Organisasi Islam utama di Indonesia yaitu Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah bermula dari gerakan pembaruan Islam untuk meningkatkan kualitas kehidupan umat dan memajukan pendidikan agama. Nahdlatul Ulama didirikan oleh Hasyim Asy'ari pada 1926 untuk memperkuat persatuan antar ulama, sementara Muhammadiyah didirikan oleh KH Ahmad Dahlan pada 1912 untuk menyebarkan ajaran Nabi Muhammad SAW berdasarkan al-Qur'an dan Had