NGS速習コース：UNIXの基礎の理解／Linux導入
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バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ) 速習コース 1-3 UNIXの基礎の理解／Linux導入 http://bit.ly/ngs2014 付録： コマンド集： http://data.dbcls.jp/~nakazato/presentation/nbdcngslec.linux.140925.pdf エディタのキーバインド集： http://data.dbcls.jp/~nakazato/presentation/nbdcngslec.editor.pdf
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- 1. 1-3 UNIX 仲里 猛留 NAKAZATO, Takeru @chalkless 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター Database Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems (ROIS) 2014/9/1 バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース UNIXの基礎の理解／Linux導入
- 2. 今回の講習 とりあえず #AJACS とかで @chalkless
- 5. もしまだなら... http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014 略して http://bit.ly/ngs2014
- 6. 自己紹介
- 7. 名前仲里 猛留 ふりがななかざと たける 所属情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合 データベースセンター Twitter chalkless 詳しくは所属のページをごらんください... 7 質問などどうぞ http://dbcls.rois.ac.jp/~nakazato/
- 8. NEC バイオIT事業推進センター 文献検索（もどき）ツールの開発 8 東工大院・生命理工 Wet 浸透圧調節・イオン輸送 イオントランスポーターの クローニング 阪大院・情報科学 文献情報を利用した マイクロアレイデータの 生物学的知見の付与 99.4 02.4 05.10 08.9 Dry 07.4 14.9 遺伝子（群）への文献情報を用いた! アノテーションづけ 07.9 ライフサイエンス! 統合データベースセンター 遺伝子、疾患のアノテーション キーワードづけ、用語整備 NGSデータの整理 休眠時代 （部署解体 → 異動） 毎日、PowerPointで営業資料作成 Dry Dry
- 10. wet時代・ ウナギの海水適応機構 血圧調節分子生物学っぽく! 言ってみるイオン濃度調節 mouse の系 高Na食 or 高K食 変化が見にくい ウナギ 淡水と海水を行き来 （サケ、マスと同じ） SW FW blood urine Anguilla japonica 淡水／海水で遺伝子発現が! どうかわるか。! （イオントランスポーター中心）
- 12. wet時代・ ウナギの海水適応機構 12 経時変化 淡水 → 海水 で発現増大
- 13. 13 Na+ Cl- H2O H2O Ca2+ Mg2+ HCO3 - HCO3 - Osm H2O eSult ? 腸内 腸細胞 血液 wet時代・ ウナギの海水適応機構 海水適応に伴う浸透圧適応モデル
- 15. 公共NGSデータ検索サイト DBCLS SRA http://sra.dbcls.jp/
- 16. 本題だんだん
- 17. 注意 CAUTION
- 18. 登録者数 約90名 18
- 19. 攻撃 ATTACK
- 20. アク禁 BLOCKED
- 21. 本題
- 22. これから1.5日でやること •BioLinux に触れてみる → WindowsやMacとさほど変わらない •解析するための基本的な「呪文」について - どういう場で「呪文」が使われるか - どうやって「呪文」がかけられるか を知る • 「呪文」そのものやかけかたがわからない時の 対処法
- 23. UNIX? そもそも読めねーし。
- 24. ゆにっくす UNIXはOSです ※ OS (Operating System)：コンピューターを動かすためのプログラム Windows 7 MacOS X
- 25. UNIXの特徴 ※ 写真はイメージです マルチユーザーマルチタスク 一度に複数のユーザー一度に複数のタスク 管理者として何でもできる 特別なユーザー： super user, root NGSデータのマッピング NGSデータの クオリティチェック ソフトのバージョンアップ
- 26. Linux? UNIX? りなっくす Linuxは個人で使うレベルの（パソコン）UNIXです ディストリビューション (Distribution) Debian 系：Ubuntu RedHat 系：Fedora, CentOS OpenSuSe ※ ソフト（パッケージ）のインストールのしかたに違いが出るくらいで
- 27. kernel shell カーネルとシェル シェル ユーザーとのやりとり カーネル各機器を動かす sh tcsh bash zsh
- 28. ターミナル 設定など ファイル等 表示
- 29. ターミナル (terminal)
- 30. いよいよ最初のコマンド ターミナルを立ち上げて えるえす ls ls (list)：ファイルのリストを表示する
- 32. 次のことをそれぞれやってみましょう ls igv ls -l ls -la ls -la igv
- 33. ディレクトリファイル
- 34. admin1409@BioLinux1409[admin1409] ls -la igv ユーザー名マシン名いまいるところ （カレントディレクトリ） プロンプト (prompt) ※ 自分流に設定可能 ↓ $ と略す例： $ ls -la igv ※ $ は入力しない スーパーユーザー (root) のときは # と略す 例： # reboot
- 35. $ ls -la igv コマンド オプション （対象） 実際の命令 ひきすう 実行条件引数 (argument)
- 36. 例： $ fastqc -o rnaseq -f fastq 1K_SRR518891_1.fastq （対象） （意）フォーマットはfastq $ fastqc --format fastq … 長いオプションもあります $ fastqc -f fastq 1K_SRR518891_1.fastq -o rnaseq 引数はカタマリごとなら入れかえてもよい
- 37. ディレクトリ構造 / bin usr local tmp var lib home スラ、ルート (root) ビン(binary) ユーザー(user) ユーザー・ローカル・ビン ユーザー・ローカルリブ(library) ホーム nakazato テンプ(temporary) bin バー(variable files) ←おおもと ←基礎的なプログラムなど ←各ユーザーレベルのもの ↑ 各ユーザーが入れたプログラム ←各ユーザーのデータ置き場 ←一時ファイル置き場 ←ログなど置き場
- 38. admin1409@BioLinux1409[admin1409] ls -la igv いまいるところ （カレントディレクトリ） home admin1409 R igv / ← イマココ。（カレントディレクトリ） カレントディレクトリの移動 $ pwd /home/admin1409 $ cd igv $ pwd /home/admin1409/igv $ cd 移動先 (change directory) ← カレントディレクトリ表示 (positioning working directory)
- 39. ディレクトリの指定あれこれ home admin1409 / ← 自分用のデータ置き場 ＝ホームディレクトリ ※ ~ （ちるだ）で略します $ cd → ホームディレクトリに戻ります。つまり $ cd ~ カレントディレクトリは . ひとつ上のディレクトリは .. 例： $ cd .. ディレクトリの区切りには / を用います。 → 1つ上のディレクトリへ 例： $ cd ~/igv/genomes
- 40. / usr local bin home 絶対パスと相対パス admin1409 ← イマココ。 igv genomes ※ pass でなくて path です 絶対パス $ cd /usr/local/bin ↑ / から始まる ルートからの指定 相対パス $ cd igv/genomes ↑ / から始まらない カレントディレクトリからの指定 ← 絶対パスはここから ↓相対パスは ここから
- 41. 基本コマンド・その1 •ls, cd, pwd •mv, cp, rm •mkdir •cat, more/less, head/tail
- 42. 権限 (Permission) $ ls -l igv drwxrwxr-x 2 admin1409 admin1409 4096 Jul 16 16:50 bam -rw-rw-r-- 1 admin1409 admin1409 7058 Jul 30 14:26 igv.log ユーザー名グループ名 ↑ 頭が r, w, x の3文字 3つ組 ↑ 頭が d だとディレクトリ • ユーザー、グループ、その他で3組! • Read, Write, eXecute で3文字 ! • chmod：権限変更、chown：所有者変更! • su：root になる、sudo：rootとして実行
- 43. プログラムを書いても実行権限をつけないと動かないのです $ chmod 755 tekitou.pl 各数字は... read = 4 write = 2 execute = 1 として足し算する × ユーザー/グループ/その他 で3つ組 この例だと rwxr-xr-x になる ※ ユーザーは読み書き実行、グループと一般は読みと実行で書けない ※ $ chmod +x tekitou.pl という書き方もある ※ 自分に chmod する権限がないときは $ sudo chmod 755 tekitou.pl
- 44. 基本コマンド・その2 • grep! • sort/uniq! • シンボリックリンク ln! • コマンドの履歴表示 history
- 45. リダイレクト、パイプ $ bowtie2 -x hg19. -U SRR1294107.fastq @SQ SN:I LN:230218 @SQ SN:II LN:813184 ... 画面に出力されちゃった。 $ bowtie2 -x hg19. -U SRR1294107.fastq SRR1294107.sam ファイルに出力 ↑ $ sort result.txt | uniq ↑ プログラム処理結果を次のプログラムに渡す
- 46. ソフトのインストールなど ダウンロードする きちんとダウンロードできたか確認 解凍 インストール
- 47. ダウンロード $ wget ファイルのありか $ wget http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz $ curl ファイルのありか どちらか一方でよいが、どちらかしかない機能も
- 48. ダウンロードの確認 チェックサム (check sum) $ md5sum bowtie2-2.2.3-source.zip 143236f646abd9c3ccdf02ecf3ad7e81 bowtie2-2.2.3-source.zip
- 49. ファイルの解凍 $ gunzip hoge.gz $ tar xvzf hoge.tar.gz $ unzip hoge.zip
- 50. プログラムのインストール 通称：ソースから入れる まずはドキュメント（INSTALL等）を見るべし！ ↓ これは一般例で例外も多々あります $ wget ファイル名 $ md5sum $ tar xvzf $ cd hoge $ ./configure $ make $ sudo make install ← えてして --help つけると 設定可能内容を表示
- 51. パッケージのインストール ./configure | make | make install はメンドい。 依存関係もややこしい。 ↓ パッケージとしてまとめてくれていたり。 # apt-get install nkf (今回は =Ubuntu) ※ ディストリビューションにより apt-get でなく yum, port, zypper など
- 52. プログラムがないと言われる 将来、一度は出会います $ bwa zsh: command not found: bwa $ bwa Program: bwa (alignment ... Version: 0.6.1-r104 新しいバージョンを入れたのに 古いのが実行される それは パス (path) です プログラム等をさがす場所と順番 $ ./amelieff/ngs/bwa-0.7.10/bwa Program: bwa (alignment ... Version: 0.7.10-r789 場所も指定して実行 設定ファイルに 書いておく PATH=“/home/admin1409/amelieff/ngs/bwa-0.7.10:$PATH” ~ は使えませんでした。ごめんなさい
- 53. 設定ファイル . から始まるファイル zsh だと.zshrc など bash だと.bashrc など ※ ls で -l オプションをつけると表示される PATH=/usr/local/src/ngsplot/bin:$PATH すでにある設定↑ $ export すると現在の設定が確認できる
- 54. エディター (editor) emacs vi gedit
- 55. 基本コマンド・その3 • fg, bg! • top, ps, kill, jobs
- 56. 他のマシンにログインして作業 計算はここで表示だけ $ ssh ユーザー名@マシン名 $ scp コピー先 ユーザー名@マシン名:コピー先 $ exit ログイン ファイルコピー ログアウト ログイン
- 57. screen コマンド × 接続 切れちゃった 以後の計算はウヤムヤに... × $ screen 接続 切れちゃった $ ssh … $ screen -r 続きの作業ができる $ screen -d で おまかせ可能
- 58. 困ったときは $ man コマンド名 (manual) $ コマンド名 —help とかなんとか ググれ。 （今日 紹介したような Linuxのコマンドの場合） （自分でインストールした プログラムの場合）