NGS現場の会 第３回 モーニング教育セッション 配布用資料 「いまさら聞けない NGS超！入門」
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次世代シーケンシング（NGS＝Next Generation Sequencing）についての、初心者向けセッションの配布資料です。（2013年9月）
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NGS現場の会 第３回 モーニング教育セッション 配布用資料 「いまさら聞けない NGS超！入門」
- 4. OUTLINE • NGS：なにができるの？ • 「次世代」シーケンサー – 活躍中のシーケンサー – 第ｎ世代シーケンサーたち • 基本の「き」 用語集 – ライブラリー作製 – シーケンシング – データ解析 • 情報源のまとめ
- 6. http://cell-innovation.nig.ac.jp/public/contents/sra_stat.html ４２％ NCBI Short Read Archive DDBJ = DRA
- 8. アプリケーション • 新規ゲノム解析 • リシーケンス（変異） • RNA-seq（発現） • 新規トランスクリプトーム • miRNA • ChIP-seq • メチル化 • 16S rRNAメタゲノム • メタゲノム（ショットガン） などなど
- 9. NGS ＝ 実験ツール “一方、シークエンサーはマイクロアレイと違い、DNA 多型から、転写、 DNAタンパク質相互作用、エピゲノムまで、あらゆる現象を捉える「多目的 顕微鏡」になっている。先日、“何々-Seq”がどのぐらいあるかを、数人で思 い出してみたところ、60手法ぐらいはすらすらと出てきた。” （大会長挨拶より）
- 10. 「次世代」シーケンサーたち
- 14. Next“次世代”シーケンサー • Qiagen GeneReader – Intelligent Bio-System “Max-Seq Genome Sequencer” – 20-400M reads/flowcell, 20 flowcell (independent) – Early access starts 2013 • GnuBIO – Beta version start shipping in April – Sequence by Hybridization – Read length ~1000bp, 1.2Gb/run, $50,000 • Oxford Nanopore GridION & MinION
- 15. 基本の「き」 用語集
- 17. ライブラリー作製 • DNA断片化→シーケンシングアダプター付与 • フラグメントサイズ：断片化したDNAの長さ • RNA：PolyA濃縮／ rRNA除去後、ｃDNA作製 • Target capture • Amplicon など
- 22. “生データ” • 生データ： ベースコールと最低限のフィルタ リング後、シーケンサーから出力されるリード 配列とそのクオリティー情報 （Fastq, SFF, etc) • 出力データ量 ＝ リード数 x リード長 • リード長 • クオリティー Phred Score
- 25. トリミング・フィルタリング 生データのQual. Valueの分布 1 51 bp トリミング後のデータの Qual. Valueの分布 1 51 bp （株）ジナリス
- 30. メイトペアリード
- 31. コンティグ コンティグ
- 34. アセンブリー結果の評価 • アセンブリーサイズ：総コンティグ／スキャフォールド長 • コンティグ・スキャフォールド数 • N50 • ギャップ数・ギャップ長
- 41. 高次解析 • 遺伝子アノテーション • SNP解析 • 発現量解析 • コピー数 • 菌叢推定 などなど
- 42. 情報収集源
- 51. 業界ニュース
- 53. 匠たちに聞く • Twitter
- 54. #ngsfield