Dokumen tersebut membahas tentang taksonomi dan klasifikasi mikroorganisme, termasuk sistem klasifikasi berdasarkan karakteristik morfologi, genetik, dan filogenetik; nomenklatur binomial; dan pembahasan mengenai beberapa jenis mikroorganisme patogenik seperti Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Bordetella, Haemophilus, Staphylococcus, dan Streptococcus.

1. Taksonomi dan klasifikasi
• Taxonomy dan Klasifikasi
• TaxonomyPengaturan spesies ke dalam kelompok tertentu
Sistem phenetik:
* hubungan evolusioner
* Sequence 16s rRNA
NOMENCLATURE
• Binomial nomenclature
• Genus & spesies
• Classification Hierarchy
KINGDOM
5 Kingdoms (1967: Whittaker)
• Animalia
• Plantae
• Protista (Unicellular Eucaryotes)
• Monera/ Procaryotae
• Fungi (Multicellular Eucaryotes)
3 Domain (1978: Woses)
• Eubacteria: bacteria
• Archaebacteria
• Eucaryotes: Protista, Fungi, Plantae and Animalia
Dasar Klasifikasi

2. 1.Karakteristik morfologi
2.Sifat pengecatan
3.Sifat fisiologi
4.Karakteristik ekologi
5.Karakteristik genetik/ molekuler
*Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 2nded
Seq 16S rRNA
phylogenetik
Vol 1: Archae dan bakteri phototropic dengan cabangnya
Vol 2: Proteobacteria
Vol 3: Bakteri Gram positif dengan G+C rendah
Vol 4: Bakteri Gram positif dengan G+C tinggi
Vol 5: Planctomycetes, spirochaetes, Fibrobacteria,
Bacteroides, Fusobacteria
Struktur & Morfologi Kuman
a.Morfologi bakteri
b.Struktur kuman
• Ciri Kuman Gram +
• Ciri Kuman Gram -
PEWARNAAN KUMAN
A.Living state: 1.Wet Mount Method

3. 2.Hanging drop Preparat
3.Fixed state: pewarnaan
B.Fiksasi
1. Langkah-langkah fiksasi
2. Macam fiksasi
3. Sifat cat
4. Macam cat
5. Preparasi smear
6. Smear: lesi, exudate, darah, jaringan atau
C.Types of Stain
• Simple stains
• Differential stains
• Special stains
• General stains
HOST-PARASITE RELATIONSHIP
Infectious Disease
Infeksi
Proses terjadinya penyakit infeksi
Cara penyebaran
Patogenesis terjadinya penyakit
Prevensi dan pengobatan
Host- parasite relationship:Mutualisme ,Comensalisme ,Parasitisme

4. Host - microorganisme:
Normal flora
Patogen
Transmisi penyakit:Portal of entryt/ exit dan vector
Pathogenicity:
Virulensi
Parasit
True pathogen: infecting agent dan Oportunistic pathogen
Timbulnya suatu penyakit:
1. Portal of entry
2. Dapat berkembang biak dan invasi
3. Portal of exit
Faktor yang mempengaruhi derajat patogenisitas
1. faktor mikrobia
2. Faktor lingkungan/ external
3. Faktor hospes
Kontribusi mikroorganisme
1. Survival terhadap kondisi lingkun
2. Attachment & adherence
3. Motility
4. Produksi substansi : siderophore

5. • Faktor invasive (kemampuan patogen masuk dan menyebar ke dalam sel/
jaringan host)
Toxigenicity
Eksotoksin
Produksi exoenzyme metabolit yang berperan terjadinya penyakit
Endositosis parasit
Host
Mekanisme Pertahanan Tubuh
1. Non spesific factor
2. Spesific factor: Natural Immunity
Acquired Immunity
Mycobacterium tuberculosis
a.Penyebab
b. Gejala
c. Pencegahan
d.Struktur antigenic
e.Kekebalan kuman
f.Faktor resiko
g.Patogenesis
h.Respon imun

6. i.Pemberantasan peny. tuberkulosis paru
a.Strategi DOTS (Directly Observed
b.Treatment, Shortcourse)
c.Spesimen
d. Pelaporan hasil
e.Macam-macam specimen
j.Diagnosis mikrobiologis
1. Mikroskopis
2. Kultur:Media padat
k.Terapi : OAT (obat anti tuberkulosis)
1. INH (isoniazid) : bakterisid 90% kuman awal Tx
2. Rifampicine : bakterisid, membunuh dormant
3. Pirazinamid : bakterisid intrasel/suasana asam
4. Streptomycin : bakterisid
5. Ethambutol : bakteriostatik
Mycobacterium leprae
A. penyebab lepra / Morbus Hansen / MH
B.sejarah
C.Faktor resiko → genetik : defect gen DR2 dari HLA
D.Patogenesis:natural host
sumber infeksi
masa inkubasi
E.Ridley & Jopling : 5 tipe lepra
1. TT : tuberculoid
2. BT : borderline tuberculoid
3. BB : borderline
4. BL : borderline lepromatous
5. LL : lepromatous leprosy
anergi pd lepromin, sering ENL

7. Bordetella
a.Morfologi
b.Identifikasi
c.Kultur
d.Struktur Antigen
e.Patogenesis
f.Klinis
g.Diagnosa
h.Spesimen
i.Karakteristik Bordetella sp
j.Terapi
k.Karakterisasi
l.Patogenesis
• Corynebacterium lain
a.Gejala Klinis
b.Dx Laboratoris
c.Terapi
Haemophilus
A.Morfologi
A.Haemophillus influenza

8. C.Infeksi akut
D.Kultur
E.Struktur Antigen
F.Patogenesis
G.Klinis
H.Diagnosa
I.Pengobatan dan Pencegahan
j.beberapa contoh haemophilus:1.H. ducreyi
2.H. aegyptius
STAPHYLOCOCCUS
A.Taksonomi
B.Morfologi
C.Sifat Pertumbuhan
D.Resistensi
E.Struktur Antigen
F.Enzym & Toxin
G.Identifikasi
H.Penyakit

9. STREPTOCOCCI
A.Ciri Streptococci
B.jenis
C.Enterococci