Bakteri dan protista memiliki perbedaan struktur sel dan habitat. Bakteri bersel tunggal dengan struktur sel sederhana tanpa inti, sedangkan protista menunjukkan tingkat diferensiasi sel yang lebih tinggi dengan keberadaan inti. Bakteri ditemukan di hampir semua habitat, sedangkan protista hanya ditemukan di lingkungan lembab.