mikrobiologi klinik proposal

1. IDENTIFIKASI GEN PENYANDI CARBAPENEMASE PADA WASTAFEL
DI SEMUA RUMAH SAKIT DI KOTA MAKASSAR
(Identification of Carbapenemase gene in sinks of the all General Hospital in Makassar City)
Zulvinah Santy Arsyad
C195221001
Pembimbing :
dr. Firdaus Hamid, Ph.D., Sp. M.K., Bakt.(K)
dr. A.R.Sultan, DMM, M.Sc.,Ph.D.,Sp.M.K
Clinical Microbiologist in Training
Faculty of Medicine, Hasanuddin University
Makassar
2023
PROPOSAL PENELITIAN

2. PENDAHULUAN
Carbapenemase : enzim β-laktamase yang dihasilkan bakteri, mampu menghidrolisis antibiotik golongan
Penicilin, Cephalosporin, Monobactam, dan Carbapenem
Hospital Acquired Infections (HAIs) → infeksi dgn gejala timbul saat masih dirawat, gejala belum ada saat mulai
dirawat, terjadi pada pasien yang dirawat inap.
HAIs →kontak dengan lingkungan perawatan pasien (gagang pintu, tempat tidur,meja,wastafel) → tempat
yang berpotensi penyebaran infeksi
Wastafel (reservoir mikroorganisme tersembunyi,menghasilkan aerosol dalam jumlah besar), menemukan
bahwa 100% wastafel di ICU neonatal terkontaminasi dengan bakteri basil gram negatif di Brussel
Gen carbapenemase di lingkungan RS (wastafel ): risiko bagi pasien → infeksi nosokomial → rawat inap lebih
lama, biaya perawatan kesehatan lebih tinggi, serta peningkatan morbiditas dan mortalitas
(De Geyter.et.al,2017; Alvim et al., 2019)

3. EPIDEMIOLOGI
Pseudomonas aeruginosa
(VIM,GIM) →
paling sering di wastafel
Acinetobacter baumannii,
Klebsiella pneumonia
(IMP,KPC)
Klebsiella oxytoca (IMP,KPC),
Enterobacter spp (IMP,KPC),
Serratia marcescens (gen IMP)
→ bakteri negatif Gram dalam
wastafel
Indonesia, terdapat
Carbapenemase Producing
Enterobacteriaceae (CPE) di
lingkungan rumah sakit di
Denpasar Bali →air limbah
rumah sakit, udara di kamar
rumah sakit, dan swab wastafel
(Kizny Gordon et.al.,2017 ; Rasmika Dewi,et.al, 2013)

4. RUMUSAN MASALAH
• Infeksi nosokomial yang didapat di rumah sakit (Hospital Acquired
Infections) yang disebabkan oleh bakteri negatif Gram resisten yang
membawa gen Carbapenemase dapat terjadi akibat paparan
lingkungan perawatan Rumah Sakit termasuk wastafel.

5. PERTANYAAN PENELITIAN
• “Apakah gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif
Gram bisa dideteksi pada wastafel di ruang IGD, ruang ICU, ruang
kamar operasi dan ruang Perawatan Luka di semua Rumah Sakit Umum
di kota Makassar?

6. TUJUAN PENELITIAN
TUJUAN UMUM
Untuk mengidentifikasi gen penyandi carbapenemase yang diproduksi
bakteri negatif Gram pada wastafel di ruang IGD, ruang ICU, ruang
Kamar Operasi dan ruang Perawatan luka di semua Rumah Sakit Umum
di kota Makassar.

7. TUJUAN KHUSUS
1. Untuk mengetahui proporsi gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif Gram pada
wastafel di ruang IGD di semua Rumah Sakit Umum di kota Makassar.
2. Untuk mengetahui proporsi gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif Gram pada
wastafel di ruang ICU di semua Rumah Sakit Umum di kota Makassar.
3. Untuk mengetahui proporsi gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif Gram pada
wastafel di ruang kamar operasi di semua Rumah Sakit Umum di kota Makassar.
4. Untuk mengetahui proporsi gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif Gram pada
wastafel di ruang Perawatan luka di semua Rumah Sakit umum di kota Makassar.
5. Untuk mengetahui proporsi pola gen penyandi carbapenemase yang diproduksi bakteri negatif Gram
pada wastafel di ruang IGD,ruang ICU, ruang kamar operasi dan ruang Perawatan luka di semua
Rumah Sakit Umum di kota Makassar.

8. MANFAAT PENELITIAN
Manfaat Akademik
Penelitian ini diharapkan dapat menjadi bahan acuan untuk perkembangan ilmu
pengetahuan dan penelitian selanjutnya tentang pola penyebaran gen penyandi
Carbapenemase yang dihasilkan bakteri negatif Gram pada wastafel di semua Rumah Sakit
Umum di kota Makassar.
Manfaat Untuk Peneliti
• Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi, menambah
wawasan serta pengalaman meneliti dan menulis bagi peneliti.

9. MANFAAT PENELITIAN
Manfaat Untuk Instansi Kesehatan
• Penelitian ini diharapkan dapat memberikan masukan bagi rumah sakit tentang
pentingnya mendeteksi adanya gen Carbapenemase di lingkungan rumah sakit, sehingga
dapat digunakan sebagai tindakan pencegahan dan ditindaklanjuti dengan tindakan
preventif untuk meminimalisir infeksi nosokomial.
• Dengan memahami mekanisme resistensinya akan membantu dalam mencegah dan
mengendalikan penyebaran resistensi antibiotik. Disamping itu, dapat memberikan data
awal bagi Dinas Kesehatan untuk pembuatan kebijakan terkait pencegahan dan
pengendalian infeksi nosokomial.

10. KEBARUAN PENELITIAN
• Penelitian tentang adanya gen penyandi Carbapenemase yang dihasilkan bakteri
negatif Gram dari wastafel rumah sakit umum di Indonesia khususnya di kota
Makassar belum ada.
• Menghasilkan data terkait proporsi pola gen penyandi Carbapenemase dengan
menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dari wastafel di semua
rumah sakit umum di kota Makassar

11. HOSPITAL ACQUIRED INFECTIONS (HAIs)
Penyebab hospital-acquired infections berdasarkan jenis infeksi terbanyak : bakteri, fungi
dan virus
Organisme negatif Gram paling sering penyebab HAIs : famili
Enterobacteriaceae (Klebsiella pneumoniae,Klebsiella oxytoca, Escherichia coli,
Proteus mirabilis, dan Enterobacter species); Pseudomonas aeruginosa,
Acinetobacter baumanii, dan Burkholderia cepacia.
Komplikasi dan Akibat HAIs : memperpanjang waktu perawatan, meningkatkan biaya
rumah sakit, pasien di rawat inap ulang (readmisi)
Patogen yang multidrug-resistant (MDR) → penyebab infeksi di rumah sakit (ICU)
→MRSA, Vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (VISA), (VRSA),
Enterobacteriaceae (ESBL), vancomycin-resistant Enterococcus (VRE), carbapenem-
resistant Enterobacteriaceae dan Acinetobacter spp, serta MDR Pseudomonas
aeruginosa
Sikora & Zahra, 2023; Curtis,2008; Alvares et.al 2019; Mekdade 2022
TINJAUAN PUSTAKA

12. PENULARAN ORGANISME RESISTEN ANTIBIOTIK
Sukhum,et.al,2022; Van Loon,et.al,2018

13. CARBAPENEM DAN MEKANISME RESISTENSI
Carbapenem :
antibiotik memiliki
kerentanan
rendah terhadap
beta-lactamase.
Memiliki aktivitas
luas terhadap
kokus Gram
positif, basil Gram
negatif, dan
anaerob
Vrancianu.et.al,2021; Katzung et al., 2019

14. CARBAPENEMASE DAN KLASIFIKASI
Carbapenemase adalah enzim
β-laktamase yang memiliki
kemampuan untuk
menghidrolisis antibiotik
golongan Penicilin,
Cephalosporin, Monobactam,
dan Carbapenem
Organisme resisten carbapenem
(CRO) →Pseudomonas
aeruginosa, Acinetobacter
baumannii, dan
Enterobacteriaceae.
Gen penyandi carbapenemase
penting → Klebsiella pneumoniae
carbapenemase (KPC), oxacillinase-48
(OXA-48), dan Metalo-β-laktamase,
sering ditularkan antar organisme
oleh elemen genetik yang bergerak
(plasmid)
Noster et al., 2021

15. EPIDEMIOLOGI GEN CARBAPENEMASE
Kizny Gordon et al., 2017; (Mukhlis, AZR.,2022).
Adanya gen OXA-23 pada isolat klinis Pseudomonas aeruginosa → pasien di RSWS Makassar

16. DETEKSI GEN CARBAPENEMASE
The modified Hodge test
Pemeriksaan Colorimetric
Modified carbapenem inactivation
method (mCIM)
MALDI-TOF
Spectrophotometric assay
Molecular assay
Cui,X.et.al.2019; Queenan & Bush, 2007; Elshamy & Aboshanab, 2020

17. KERANGKA TEORI
WASTAFEL
CARBAPENEMASE RESISTANT ORGANISMS
HOSPITAL ACQUIRED INFECTIONS (HAIs)
GEN PENYANDI CARBAPENEMASE
OXA
OXA48 OXA23 OXA24
KELAS D
KPC IMI GES SME NMC-A
KELAS A
MBLS
NDM VIM IMP
KELAS B

18. KERANGKA KONSEP
PCR
DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
TIDAK DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
SEQUENSING
SPESIES BAKTERI
GRAM NEGATIF
OXA48
IMP
VIM
NDM
KPC
SWAB WASTAFEL
DI RUMAH SAKIT
IGD
ICU
KAMAR
OPERASI
PERAWATAN
LUKA
DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
TIDAK DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
TIDAK DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
TIDAK DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE
TIDAK DITEMUKAN GEN
CARBAPENEMASE

19. DEFENISI OPERASIONAL
Swab Wastafel
A. Defenisi Konseptual
Swab wastafel adalah Swab wastafel pada penelitian ini adalah swab yang dibasahi NaCl 0,9 % steril
yang diusapkan secara merata pada lubang pembuangan air dari wastafel di ruang UGD/IGD, ruang
ICU,ruang cuci tangan di kamar operasi dan ruang perawatan luka di Rumah Sakit umum di Kota
Makassar.
B. Kriteria Objektif
Dinyatakan swab wastafel bagus jika swab wastafel dalam medium transport Amies dalam
transport tubes maksimal 8 jam pada suhu 4’C

20. DEFENISI OPERASIONAL
Gen Penyandi Carbapenemase
A. Defenisi Konseptual
• Gen penyandi carbapenemase pada penelitian ini adalah gen Kelas A (blaKPC), gen Kelas B (gen
penyandi Metallo-ß-lactamase: blaNDM, blaVIM, blaIMP) atau gen Kelas D (gen penyandi
oxacillinase blaOXA48) dengan pemeriksaan polymerse chain reaction menggunakan primer :
• KPC-Fm CGTCTAGTTCTGCTGTCTTG ( blaKPC 798 bp ) dan KPC-Rm CTTGTCATCCTTGTTAGGCG
• NDM-F GGTTTGGCGATCTGGTTTTC ( blaNDM 621 bp ) dan NDM-R CGGAATGGCTCATCACGATC
• IMP-F GGAATAGAGTGGCTTAAYTCTC ( blaIMP 232 bp ) dan IMP-R GGTTTAAYAAAACAACCACC
• VIM-F GATGGTGTTTGGTCGCATA ( blaVIM 390 bp ) dan VIM-R CGAATGCGCAGCACCAG
• OXA-F GCGTGGTTAAGGATGAACAC ( blaOXA 438 bp ) dan OXA-R CATCAAGTTCAACCCAACCG

21. DEFENISI OPERASIONAL
Kriteria Objektif Gen Penyandi Carbapenemase
a) Ditemukan gen penyandi carbapenemase:
• Pemeriksaan PCR ditemukan gen bla KPC dinyatakan gen KPC positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR
yang nampak pada elektroforesis diperkirakan 798 bp,
• Dinyatakan gen blaNDM positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 621 bp,
• Dinyatakan gen blaVIM positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 390 bp,
• Dinyatakan gen blaIMP positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 232 bp,
• Dinyatakan gen blaOXA 48 positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 438 bp.
b) Tidak ditemukan gen penyandi carbapenemase : Pemeriksaan PCR tidak ditemukan satupun dari gen
blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP dan blaOXA48

22. DEFENISI OPERASIONAL
Klebsiella Pneumonia Carbapenemase (KPC)
A. Defenisi Konseptual
• Klebsiella Pneumonia Carbapenemase (KPC) adalah jenis gen Carbapenemase yang dimiliki
oleh Bakteri Negatif Gram yang berperan dalam menyebabkan terjadinya resistensi terhadap
antibiotik
B. Kriteria Objektif
• Dinyatakan gen KPC positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada
elektroforesis diperkirakan 798 bp.
• Tidak ditemukan Gen KPC: bila pada hasil PCR tidak ditemukan gen penyandi Klebsiella
Pneumonia Carbapenemase.

23. DEFENISI OPERASIONAL
New Delhi metallo-ß-lactamase (NDM)
A. Defenisi Konseptual
• New Delhi metallo- ß-lactamase (NDM) adalah jenis gen metallo- ß-lactamase yang dimiliki oleh
Bakteri Negatif Gram yang berperan dalam menyebabkan terjadinya resistensi terhadap antibiotik
B. Kriteria Objektif
• Dinyatakan gen NDM positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 621 bp.
• Tidak ditemukan Gen NDM : bila pada hasil PCR tidak ditemukan gen penyandi New Delhi
Metallo-Beta-Lactamase.

24. DEFENISI OPERASIONAL
Verona integron-borne metallo-ß-lactamase (VIM)
A. Defenisi Konseptual
• Verona integron-borne metallo-ß-lactamase (VIM) adalah adalah jenis gen metallo- ß-lactamase
yang dimiliki oleh Bakteri Negatif Gram yang berperan dalam menyebabkan terjadinya resistensi
terhadap antibiotik.
B. Kriteria Objektif
• Dinyatakan gen VIM positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 390 bp.
• Tidak ditemukan Gen VIM : bila pada hasil PCR tidak ditemukan gen penyandi Verona integron-
borne metallo-ß-lactamase (VIM)

25. DEFENISI OPERASIONAL
Imipenem-Resistant Pseudomonas Carbapenemase (IMP)
A. Defenisi Konseptual
• Imipenem-Resistant Pseudomonas Carbapenemase) adalah adalah jenis gen metallo- ß-
lactamase yang dimiliki oleh Bakteri Negatif Gram yang berperan dalam menyebabkan terjadinya
resistensi terhadap antibiotik.
B. Kriteria Objektif
• Dinyatakan gen IMP positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada elektroforesis
diperkirakan 232 bp.
• Tidak ditemukan Gen IMP : bila pada hasil PCR tidak ditemukan gen penyandi Imipenem-
Resistant Pseudomonas Carbapenemase (IMP)

26. DEFENISI OPERASIONAL
Oxacillinase 48 (OXA 48 )
A. Defenisi Konseptual
• Oxacillinase 48 (OXA 48) adalah adalah jenis gen yang dimiliki oleh Bakteri Negatif Gram yang
berperan dalam menyebabkan terjadinya resistensi terhadap antibiotik.
B. Kriteria Objektif
• Dinyatakan gen OXA 48 positif bila pita DNA hasil amplifikasi PCR yang nampak pada
elektroforesis diperkirakan 438 bp.
• Tidak ditemukan Gen OXA48 : bila pada hasil PCR tidak ditemukan gen penyandi Oxacillinase 48
(OXA 48)

27. METODE PENELITIAN
Jenis Penelitian
Penelitian deskriptif observatif dengan pendekatan cross sectional yang bertujuan mengetahui adanya gen
Carbapenemase yang dimiliki Enterobacteriaceae pada spesimen swab wastafel di Rumah Sakit wilayah kota
Makassar.
Waktu Penelitian
Pengambilan sampel swab pada wastafel dan identifikasi molekuler di semua Rumah Sakit umum di kota
Makassar, dilakukan dalam kurun waktu Januari 2024 -Desember 2024
Tempat Penelitian
1. Pengambilan sampel swab pada wastafel di lingkungan Rumah Sakit kota Makassar (IGD, ICU, kamar bedah
dan ruang perawatan luka)
2. Identifikasi molekular gen Carbapenemase spesimen swab dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi klinik
Rumah Sakit Pendidikan Universitas Hasanuddin Makassar.

28. POPULASI DAN SUBYEK PENELITIAN
Populasi Penelitian
Populasi pada penelitian ini adalah semua Rumah Sakit Umum yang berlokasi di kota
Makassar periode Januari 2024 - Desember 2024
Subyek Penelitian
Subyek penelitian adalah spesimen swab dari wastafel di ruangan IGD, ruang ICU, ruang
kamar bedah dan ruang perawatan di Rumah Sakit Umum yang berlokasi di kota Makassar
periode Januari 2024 - Desember 2024 yang memenuhi kriteria subyek penelitian

29. KRITERIA DAN JUMLAH SUBYEK PENELITIAN
Kriteria Inklusi
• Wastafel di ruangan IGD, ruang ICU,
kamar bedah , ruang perawatan luka rumah sakit
• Wastafel berfungsi dengan baik
JUMLAH SUBYEK PENELITIAN
n = N
n = jumlah sampel
N = jumlah wastafel yang memenuhi kriteria inklusi di RS umum di kota Makassar
Kriteria Eksklusi
• Wastafel tidak mempunyai fasilitas air
mengalir
• Wastafel tidak pernah digunakan
• Wastafel pernah digunakan membuang
sampah

30. ALUR PENELITIAN

31. JADWAL PENELITIAN

32. ALAT DAN BAHAN PENELITIAN

33. PROSEDUR PENELITIAN

34. PROSEDUR PENELITIAN

35. PROSEDUR PENELITIAN

36. TERIMA KASIH