Dokumen tersebut membahas tentang sistem penamaan binominal dan klasifikasi bakteri. Bakteri dinamai dengan dua nama yang terdiri dari nama genus dan epitheton specifikum. Ada beberapa klasifikasi bakteri berdasarkan karakteristiknya maupun genetiknya. Bergey's Manual digunakan sebagai pedoman klasifikasi bakteri.

1. BINOMIAL NOMENKLATUR
 Seperti halnya tanaman , kuman juga
menggunakan 2 nama, yaitu nama binominal
(binominal name) , yang diajukan oleh Carolus
Linnaeus untuk tanaman dalam tahun 1753. Jadi
nama kuman selalu terdiri dari nama genus dan
epitheton specifikum. Nama genus dimulai
dengan huruf besar dan epitheton specifikum
ditulis dengan huruf kecil. Misalnya
Staphylococcus aureus

2. Nama kuman dapat berasal dari kata baru yang
disesuaikan dalam bahasa latin atau nama seseorang
(penyelidik)yang dilatinkan, Contoh :
 Bascillus : batang
 Clostridium : spindele, pintalan yang halus
 Mikrococcus : butiran kecil
 Erwinia : dari nama Erwin
 Plateurella : dari nama Pasteur
 Salmonella : dari nama Salmon
 Salmonella Typhi : thypi merupakan penyebab
tyfoid
 Salmonella pullorum: ditemukan pada ayam
 BrucellA : dari nama bruce
 Brucella Abortus : penyebab abortus pada ternak

3. Nama ilmiah yang banyak dipakai adalah:
Gonococcus-go : Neisseria gonorrhoeae
Sifilis : Treponema pallidum
Hansen : Mycobacterium leprae
Koch, tbc : Mycobacterium tuberculosis
Pneumococcus : Streptococcus pneumoniae

4. Spesies bakteri ditentukan oleh:
 Sifat struktural yang trdiri daari bentuk, besar, cara
pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan gram serta
pertumbuhan makroskopik (sifat-sifat koloni).
 Sifat-sifat biokimia akan kebutuh, produk-produk
akhir metabolisme, susunan biokimiawi komponen
sel dan metabolik-metaboliknya
 Sifat-sifat fisiologisnya terhadap
oksigen, temperatur, pH dan respon terhadap zat-zat
anti bakteri
 Sifat
 Komposisi bahasa DNA, homologi dan sifat-sifat
genetik

5. Strain adalah biakan murni kuman tersusun dari
kelompok kuman yang merupakan keturunan kuman
dari 1 isolat. Misalnya :
Staphylococcus aureus strain Oxford
merupakan kuman standar untuk macam macam
keperluan di labolatorium

6. KLASIFIKASI BAKTERI PATOGEN
Berbeda dengan nomenklatur, tidak ada
klasifikasi bakteri yang resmi. Bergey‟s Manual of
Systematic Bacteriology edisi ke-8 tidak
menggunakan lagi taksa yang lebih tinggi karena
ketidakjelasan hubungan genetika.

7. Bergey‟s Manual yang terakhir membagi
prokariota dalam 4 divisi utama :
Gracilicutes : bakteri negatif Gram
Firmicutes :bakteri positif Gram
Tenericutes :bakteri tanpa dinding sel
Archaebacteria
I,II, dan III termasuk dalam Eubacteria

8. TAKSONOMI NUMERIK
Menggambarkan persamaan, kemiripan dan
perbedaan karakteristik bakteri. Jaccord similary
coefficent (Sj) menyatakan sifat-sifat positif dan
negatif. Koefisien-koefisien tersebut
menggambarkan persentase sifat-sifat yang
sama di antara organisme-organisme

9.  Sj = a
a+b+c
 Ssm= a+b
a+b+c+d
a = jumlah sifat-sifat yang ada pada kedua strain
b = jumlah sifat-sifat yang ada pada strain pertama
saja
c = jumlah sifat-sifat yang ada pada strain kedua
saja
d = jumlah sifat-sifat yang tidak ada pada kedua
strain

10. KLASIFIKASI BERDASARKAN
GENETIK
Perkembangan-perkembangan dalam biologi
molekuler memungkinkan diperolehnya informasi
mengenai kekerabatan organisme-organisme pada
tingkat genetik berdasarkan :
 Komposisi basa DNA
 Homologi sekuens DNA dan rRNA
 Pola-pola metabolisme stabil yang dikontrol oleh gen
 Polimer-polimer pada sel
 Struktur organel dan pola regulasinyan

11.  kekerabat berdasarkan homologi asam nukleat
(homologi sekuens DNA) :
%G+C= (G+C)
(G+C+A+T)
G= guanin
C = citosin
A = adenin
T = timin

12. KLASIFIKASI MIKROBA
 Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan
seringkali digunakan atau dipertukarkan dengan
taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai
klasifikasi atau penataan sistematik organism ke
dalam kelompok atau kategori yang disebut taksa
( tunggal : takson). Tetapi penyusunan
taksonomik mikroorganisme mensyaratkan
diidentifikasi sebagaimana mestinya dan diberi
nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni
tentang pengklasifikasian, penamaan dan
pengidentifikasian mikroorganisme disebut
sebagai sistematika mokroba

13. Klasifikasi bakteri
Klasifikasi bakteri yang dipakai di Eropa dan
Amerika serikat sekarang ini banyak
menggunakan sistematik yang disusun oleh
Bergey. Yang ditulis oleh Bergey pada bukunya
yang berjudul „bergey’s manual of determinative
bacteriology’.

14.  Berdasarkan bentuknya yang tetap dindingnya
yang kuat dan adanya kemampuan untuk hidup
autotrof maka bakteri digolongkan pada dunia
tumbuhan. Dunia tumbuhan pada garis besarnya
dibagi atas takson-takson seperti devisi, kelas,
ordo, family (genus), species, varietas, (“taxa”
jamak dari “takson” dan takson berarti satuan
atau kelompok) tersebut sering kali juga ada
penyisipan subkelompok seperti subdivisi,
subkelas, subordo, subfamily, subgenus,
subspecies, dsb.

15.  Sebagai contoh klasifikasi bakteri pengasam
susu, Streptococcus lactis. Bakteri tersebut
termasuk :
 Dunia ; Tumbuhan
 Divisi : Protophyta
 Klas : Schizomycetes
 Ordo : Eubacteriales
 Sub-ordo : Eubacteriineae
 Famili : Lactobacteriaceae
 Sub-famili : Streptococceae
 Genus : Streptococcus
 Spesies : S. lactis

16. Klasifikasi bakteri menurut Bergey‟s, bakteri tergolong
salah satu kelas pada devisi I Protophyta, lengkapnya
adalah :
Dunia mahluk hidup :
 Dunia hewan
 Dunia tumbuhan
Devisi I : Protophuta, terdiri atas 3 kelas yakni
Kelas I : Schizophyceae (ganggang biru)
Kelas II : Schizomycetes (bakteri dan bentuk bentuk
serupa)
Kelas III : microtatobiotes (Rickettsia dan Virus)
Devisi II :Thallophyta
Devisi III :Bryophyta
Devisi IV :Pteridophyta
Devisi V :Spermatophyta