Dokumen tersebut membahas tentang klasifikasi dan taksonomi bakteri. Bakteri diklasifikasikan berdasarkan karakteristik morfologi, metabolisme, dan genetika. Sistem klasifikasi bakteri yang digunakan saat ini adalah sistem binomial yang dikembangkan oleh Linnaeus, yang memberi nama genus dan spesies untuk setiap organisme. Beberapa filum bakteri yang dijelaskan meliputi Proteobacteria, Cyanobacteria, dan Archaea.
2. Klasifikasi dan Taksonomi
Classification is the process of grouping things together on the basis of the
features they have in common. Anything can be classified.
Taksonomi = ilmu tentang pengklasifikasian organisme.
Pengelompokan/klasifikasi organisme dapat dibuat berdasarkan hubungan
evolusi, kesamaan morfologi, dll.
Taxon = tingkatan-tingkatan klasifikasi. Tingkatan terendah (spesies) menunjukkan
kesamaan yang paling tinggi.
3. Filogeni bakteri
Paling sedikit ada 18 filum bakteri diketahui melalui telaah kultur di laboratorium dan sebagian
melalui sekuen gen rRNA dari lingkungan alami.
Filum yang banyak dikulturkan antara lain bakteria gram-positif, sianobakteria dan Proteobakteria.
Sebagian besar bakteri gram-positif bersifat kemoorganotrof.
Sianobakteria termasuk prokariot fototrof oksigenik.
Proteobakteria merupakan filum dengan anggota paling banyak sehingga dapat dibagi ke dalam
kelompok Alfa, Beta, Gamma, Delta, Epsilon.
4. Binomial Nomenclature
Seluruh jenis makhluk hidup diberikan sebuah nama Latin (two words scientific name, one name one
organism), dan juga nama umum (many names for one organism).
Contohnya Plantago major:
- nama Inggris: broad-leaved plantain
- 45 nama Inggris lainnya
- 11 nama Perancis
- 75 nama Belanda
- 106 nama Jerman
Carolus Linnaeus (naturalis Swedia) menciptakan binomial nomenklatur.
5. Carl Linne (Linnaeus) developed the classification scheme we use today, called the binomial system. In it,
the first word is the genus (general type), and the second word is the species. Both are in Latin, and the
genus is capitalized while the species is not. Thus humans are Homo sapiens. “Homo” is the genus, which
we share with some extinct species such as Homo erectus. “sapiens” is the species.
Binomial nomenklatur: nama genus + nama spesies + nama Author/penemu
Contoh:
- Escherichia coli (nama genus + penunjuk spesies)
- Nama genus juga ditulis miring, huruf depan kapital = Escherichia
- nama penunjuk spesies tidak diawali huruf kapital = coli
- nama spesies ditulis miring atau digaris bawah
6. Spesies bakteri menunjukkan kemiripan yang sama dalam hal: reaksi biokimiawi, komposisi kimia, struktur
sel, karakteristik genetik, kondisi imunologis
Mengidentifikasi suatu spesies bakteri dapat menggunakan kunci dikotom dari beberapa uji yang
dilakukan.
Bakteri termasuk ke dalam Kingdom Monera dengan pembagian sbb:
1. Eubacteria = kebanyakan bakteri yang ditemukan sehari-hari, termasuk penyebab penyakit, juga
merupakan asal muasal mitokondria.
2. Cyanobacteria = bakteri yang berklorofil, asal muasal kloroplas.
3. Archaeobacteria = hidup di tempat ekstrim
7. Kunci identifikasi/
dichotomous key
Sumber: Karomi, ASA. 2020. Identification of Some
Potential Mutagens In Izo Colorants Using Bacterial
Model. Annals of Tropical Medicine & Public Health,
23 (10).
8. Strain/galur
Merupakan tingkatan takson di bawah spesies, setara dengan subspesies pada
tumbuhan/hewan.
Kesamaan strain bakteri dalam satu spesies yang sama berarti sangat mirip.
9. Filum Proteobakteria
Anggota filum ini memiliki keragaman metabolisme yang
besar dan sebagian besar telah diketahui mempunyai arti
penting di dalam aspek medis, industri, dan pertanian.
10. Verma & Melcher. 2012. A Support Vector Machine based method to distinguish proteobacterial proteins from eukaryotic plant proteins. BMC
Bioinformatics, 13 (Suppl 15): S9, pp 1-8.
11. Contoh-contoh genus dari tiap subdivisi
Alfa: Acetobacter, Bradyrhizobium, Nitrobacter, Rhizobium,
Rickettsia
Beta: Aquaspirillum, Neisseria, Nitrosomonas, Thiobacillus
Gamma: Chromatium, Escherichia, Pseudomonas, Nitrosococcus,
bakteri ungu sulfur, Salmonella dan bakteri enterik lain, Vibrio,
Xanthomonas
Delta: bakteri pereduksi sulfat, Myxococcus dan mikobakteria
Epsilon: Helicobacter
12. Kelompok Pseudomonas dan pseudomonad
Contoh kelompok ini: Pseudomonas, Xanthomonas
Sifat: kemoorganotrof, bentuk batang, aerob, dan berflagela polar
Xanthomonas berpigmen kuning dan pathogen pada tanaman.
Bakteri ini tidak membentuk gas dari glukosa, oksidase positif (ciri pembeda dengan
bakteri enterik).
Membutuhkan nutrisi sederhana, tumbuh pada pH netral, mesofil
Peran bakteri ini sangat penting dalam degradasi berbagai senyawa terlarut hasil
peruraian substansi tanaman atau hewan.
Bakteri ini juga penting dalam proses bioremediasi (menguraikan banyak senyawa
xenobiotic seperti pestisida dan bahan kimia toksik).
Sebagian besar tergolong gram-negatif.
