El uso de los hongos en la investigacion criminal nos pueden ayudar a resolver casos en donde la ubicacion geografica del cadaver nos aporte informacion si este fue trasladado o no del sitio del suceso.
O documento descreve um caso em que musgos foram usados para estimar o tempo mínimo pós-morte de um esqueleto humano encontrado na Itália. O musgo no crânio foi identificado como Leptodictyum riparium e sua idade estimada entre 24-30 meses com base no crescimento de espécie similar. Isso ajudou a reduzir a busca por uma mulher desaparecida há 2 anos, que foi depois identificada pelo esqueleto com base em características dentárias e do septo nasal.
El uso de los hongos en la investigacion criminal nos pueden ayudar a resolver casos en donde la ubicacion geografica del cadaver nos aporte informacion si este fue trasladado o no del sitio del suceso.
O documento descreve um caso em que musgos foram usados para estimar o tempo mínimo pós-morte de um esqueleto humano encontrado na Itália. O musgo no crânio foi identificado como Leptodictyum riparium e sua idade estimada entre 24-30 meses com base no crescimento de espécie similar. Isso ajudou a reduzir a busca por uma mulher desaparecida há 2 anos, que foi depois identificada pelo esqueleto com base em características dentárias e do septo nasal.
Coinvolgimento della Membrana Plasmatica e delle Proteine Citoscheletriche ne...IlariaCata
L'infertilità di coppia rappresenta un importante problema medico e sociale. Almeno la metà delle sue cause è da ricercare nel maschio. I soggetti infertili possono essere caratterizzati da un ridotto numero di spermatozoi, da una ridotta motilità, da un'alterata morfologia nemaspermica o da un insieme di tutti questi fattori. Tra di essi la motilità spermatica rappresenta una condizione necessaria ai fini della fertilizzazione e quindi uno dei principali determinanti
dell'infertilità maschile. Sulla base di ciò il seguente studio ha posto l'attenzione sull'analisi dell'astenozoospermia di tipo idiopatico, condizione caratterizzata da una riduzione della percentuale di spermatozoi mobili le cui cause possibili non sono individuabili. Pertanto inizialmente verrà introdotta una panoramica sull'analisi del liquido seminale e sulle cause che possono alterarne i principali parametri. Verrà poi presentata la popolazione oggetto di studio. Quindi verranno esposte le tecniche attraverso le quali sono state effettuate l'analisi del liquido seminale e l'isolamento degli spermatozoi. Poi saranno esaminate
le caratteristiche chimico-siche della membrana plasmatica dello spermatozoo e verrà determinata l'espressione immunoistochimica di proteine transmembrana e citoscheletriche coinvolte nella fertilizzazione. Infine verranno riportati i risultati che saranno discussi, alla luce di quanto riportato finora in letteratura.
Perche' e come organizzare e monitorare: gli audit clinici (Beppe Belleri) csermeg
Seminario di Primavera CSeRMEG 19 aprile 2008 COSA STIAMO FACENDO? Visibilità, indicatori e bilanci della medicina generale nelle cure primarie - www.csermeg.it
The document discusses developing novel molecular descriptors for antimicrobial peptides (AMPs) using machine learning methods. It aims to use distances between transmembrane proteins of different organisms as descriptors in quantitative structure-activity relationship (QSAR) models to improve selectivity predictions of AMPs. A workflow is proposed that involves selecting homogeneous AMP datasets, developing QSAR models using genetic algorithms and artificial neural networks, defining new distance-based metrics between proteomes, and testing the novel molecular descriptors.
This document is a thesis submitted by Federica Campana for a PhD in molecular dynamics investigations of drug-cell membrane interactions. It summarizes research on how drug molecules interact with and influence cell membranes. Key findings include that membrane cholesterol content influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. Hydroxylamine derivatives were found to modify membrane physical state and induce heat shock proteins. Hydroxy arachidonic acid was identified as a potential new non-steroidal anti-inflammatory drug that targets cyclooxygenase enzymes with less affinity than arachidonic acid.
This document summarizes Federica Campana's doctoral thesis on investigating drug-cell membrane interactions using molecular dynamics simulations. The thesis examines how membrane composition influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. It also analyzes the binding of anti-inflammatory molecules like hydroxyarachidonic acid to cyclooxygenase enzymes. The overall goal is to better understand how drug molecules interact with and modulate lipid bilayer properties at a molecular level.
Coinvolgimento della Membrana Plasmatica e delle Proteine Citoscheletriche ne...IlariaCata
L'infertilità di coppia rappresenta un importante problema medico e sociale. Almeno la metà delle sue cause è da ricercare nel maschio. I soggetti infertili possono essere caratterizzati da un ridotto numero di spermatozoi, da una ridotta motilità, da un'alterata morfologia nemaspermica o da un insieme di tutti questi fattori. Tra di essi la motilità spermatica rappresenta una condizione necessaria ai fini della fertilizzazione e quindi uno dei principali determinanti
dell'infertilità maschile. Sulla base di ciò il seguente studio ha posto l'attenzione sull'analisi dell'astenozoospermia di tipo idiopatico, condizione caratterizzata da una riduzione della percentuale di spermatozoi mobili le cui cause possibili non sono individuabili. Pertanto inizialmente verrà introdotta una panoramica sull'analisi del liquido seminale e sulle cause che possono alterarne i principali parametri. Verrà poi presentata la popolazione oggetto di studio. Quindi verranno esposte le tecniche attraverso le quali sono state effettuate l'analisi del liquido seminale e l'isolamento degli spermatozoi. Poi saranno esaminate
le caratteristiche chimico-siche della membrana plasmatica dello spermatozoo e verrà determinata l'espressione immunoistochimica di proteine transmembrana e citoscheletriche coinvolte nella fertilizzazione. Infine verranno riportati i risultati che saranno discussi, alla luce di quanto riportato finora in letteratura.
Perche' e come organizzare e monitorare: gli audit clinici (Beppe Belleri) csermeg
Seminario di Primavera CSeRMEG 19 aprile 2008 COSA STIAMO FACENDO? Visibilità, indicatori e bilanci della medicina generale nelle cure primarie - www.csermeg.it
The document discusses developing novel molecular descriptors for antimicrobial peptides (AMPs) using machine learning methods. It aims to use distances between transmembrane proteins of different organisms as descriptors in quantitative structure-activity relationship (QSAR) models to improve selectivity predictions of AMPs. A workflow is proposed that involves selecting homogeneous AMP datasets, developing QSAR models using genetic algorithms and artificial neural networks, defining new distance-based metrics between proteomes, and testing the novel molecular descriptors.
This document is a thesis submitted by Federica Campana for a PhD in molecular dynamics investigations of drug-cell membrane interactions. It summarizes research on how drug molecules interact with and influence cell membranes. Key findings include that membrane cholesterol content influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. Hydroxylamine derivatives were found to modify membrane physical state and induce heat shock proteins. Hydroxy arachidonic acid was identified as a potential new non-steroidal anti-inflammatory drug that targets cyclooxygenase enzymes with less affinity than arachidonic acid.
This document summarizes Federica Campana's doctoral thesis on investigating drug-cell membrane interactions using molecular dynamics simulations. The thesis examines how membrane composition influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. It also analyzes the binding of anti-inflammatory molecules like hydroxyarachidonic acid to cyclooxygenase enzymes. The overall goal is to better understand how drug molecules interact with and modulate lipid bilayer properties at a molecular level.
The document summarizes 4 projects being conducted as part of a PhD program:
1) Studying the effect of G protein lipids on membrane structure using molecular dynamics simulations. Results show the lipids interact differently with the membrane.
2) Examining 2-hydroxy arachidonic acid as a potential anti-inflammatory drug through binding energy and docking analyses with COX enzymes. It may have advantages over arachidonic acid.
3) Investigating how the drug BGP-15 remodels plasma membrane rafts using density profiles. It enhances docking with cholesterol-rich regions and increases order.
4) Developing GRIMD, a system for distributed molecular dynamics simulations across multiple machines
7. Database Paese Sito Web (http://) Anno Numero di sequenze AMSDb ITALIA www.bbcm.units.it/~tossi/pag1.htm 2002 804 APPDb IRLANDA ercbinfo1.ucd.ie/APPDb/ 2002 SAPD FINLANDIA oma.terkko.helsinki.fi:8080/~SAPD 2002 ~200 ANTIMIC SINGAPORE research.i2r.a-star.edu.sg/Templar/DB/ANTIMIC/ 2004 1700 APD USA aps.unmc.edu/AP/main.html 2004 526 Peptaibols UK www.cryst.bbk.ac.uk/peptaibol 2004 307 Defensins SINGAPORE defensins.bii.a-star.edu.sg/ 2006 350 PenBase FRANCIA penbase.immunaqua.com/ 2006 200
13. Sappiamo che gli AMP interagiscono con particolari domini di membrana ma non è possibile determinare sperimentalmente il meccanismo In ogni organismo sono presenti sequenze peptidiche transmembrana
19. mean(A) median(A) trimmean iqr(A) mad(A) range(A) std(A) A 9.946969 9.895833 9.850927 3.109966 1.895804 15.386686 2.459542 R 0.994661 0.990099 0.772769 0.956998 0.594214 4.838710 0.794100 N 1.426511 1.136364 1.334014 1.526390 0.784821 4.787234 0.981287 D 0.684437 0.529101 0.515462 1.063830 0.525710 5.172414 0.679448 C 0.232200 0.000000 0.127124 0.520159 0.307689 1.895735 0.369977 Q 0.732651 0.531915 0.544379 0.571629 0.511893 3.141361 0.662653 E 0.943068 0.938967 0.703481 0.652138 0.611739 6.896552 0.881986 G 8.324893 8.241758 8.243749 3.367347 1.938552 12.629773 2.418436 H 0.548854 0.518135 0.380092 0.979197 0.438348 3.428571 0.604753 I 13.926745 14.070352 13.913042 3.832976 2.225817 14.260175 2.768701 L 19.148035 19.021739 19.118976 4.230597 2.447674 15.633075 3.041508
20. conteggio aminoacidi A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 187 15 42 17 8 17 9 183 10 315 364 23 47 64 163 128 99 41 98 187 conteggio dimeri LI 56 LL 55 IL 50 LA 43 IG 40 GL 39 II 38 AI 35 IA 34 FL 32 VL 31 conteggio trimeri IGL 13 LIL 12 LLL 10 LLA 9 VIG 9 FLL 8 GLA 8 IAG 8
21. L’analisi attualmente condotta su Pyrococcus furiosus e su eritrociti umani sarà completata sugli organismi suindicati L’analisi su tutti gli ennameri presenti in tutti i peptidi antimicrobici presenti nel database metterà le premesse per una estesa analisi computazionale degli AMP L’analisi statistica della composizione aa dei proteomi transmembrana ha mostrato differenze statisticamente significative. Sarà ricercata la correlazione tra la tossicità esibita da alcuni peptidi e la differenza tra TPM di batteri e quelli di eritrocita Dei nuovi descrittori molecolari, basati sulla distanza di Mahalanobis tra i diversi TPM, saranno impiegati nella nuova generazioni di modelli QSAR di attività antimicrobica.
22.
Editor's Notes
L’obiettivo principale di questo lavoro di dottorato è la progettazione di nuovi farmaci (peptidi o peptidomimetici) con attività antimicrobica e/o antifungina.
L’obiettivo principale di questo lavoro di dottorato è la progettazione di nuovi farmaci (peptidi o peptidomimetici) con attività antimicrobica e/o antifungina.
Studiando i peptidi ad azione antimicrobica ci si è imbattuti nell’evidenza che molte delle banche date che raccolgono sequenze attive non forniscono sufficienti informazioni sui metodi sperimentali che hanno portato ad isolare e a caratterizzare le sequenze stesse. I database oggi disponibili non consentono di effettuare ricerche molto dettagliate, ad esempio, sulla base della MIC propria di ogni sequenza, o relative all’azione su uno specifico agente patogeno. Nella seguente tabella sono riportate le maggiori banche dati di peptidi antimicrobici oggi disponibili nel Web, alcune di queste sono consultabili gratuitamente.
Da un punto di vista computazionale risulterebbe estremamente complesso simulare modelli di membrane a causa dell’eterogeneità dei lipidi che le costituiscono. Si è pensato per questo di intraprendere lo studio delle proteine di membrana….
VANTAGGI Da un punto di vista computazionale risulterebbe estremamente complesso simulare modelli di membrane a causa dell’eterogeneità dei lipidi che le costituiscono. Si è pensato per questo di intraprendere lo studio delle proteine di membrana….
Per poter isolare le sequenze proteiche transmembrana relative ai seguenti organismi batterici e archeobatterici abbiamo dovuto disporre dell’intero proteoma degli stessi. Per proteoma si intende la totalità delle proteine espresse e modificate dopo l’espressione da un genoma durante l’arco dell’intera vita di una cellula o di un tessuto. Nella serie d’eventi regolatori che da un gene portano ad una proteina attiva, il proteoma rappresenta il prodotto finale del genoma. I dati ottenuti dall'analisi del proteoma, in particolare i dati di spettrometria di massa, sono inseriti in banche dati che in alcuni casi , come quello dell’ HAMAP , sono pubbliche.