7. HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) (ttp://www.expasy.ch/sprot/hamap/ ) Escherichia coli ECOLI Batterio G- Salmonella typhimurium SALTY Batterio G- Thermos termophilus THET Batterio G- Bacillus subtilis BACSU Batterio G+ Staphylococcus aureus STAAN Batterio G+ Pyrococcus furiosus PYRFU Archea-estremofilo Methanococcus jannaschii METJA Archea-estremofilo Archaeoglobus fulgidus ARCFU Archaea Globulo rosso umano ERITRO

10. conteggio aminoacidi A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 187 15 42 17 8 17 9 183 10 315 364 23 47 64 163 128 99 41 98 187 conteggio dimeri LI 56 LL 55 IL 50 LA 43 IG 40 GL 39 II 38 AI 35 IA 34 FL 32 VL 31 conteggio trimeri IGL 13 LIL 12 LLL 10 LLA 9 VIG 9 FLL 8 GLA 8 IAG 8

11. Analisi composizionale TMP ARCFU BACSU ECOLI METJA PYRFU abun sigma abun sigma abun sigma abun sigma abun sigma 13,2593 2,8662 11,0384 2,8833 12,3541 2,6995 8,4810 2,9413 9,9437 2,4693 0,9339 0,7370 0,7346 0,6201 0,9733 0,6660 0,8207 0,7692 0,9956 0,7944 1,2859 0,8099 1,3606 0,8884 1,3714 0,8187 1,7518 1,0495 1,4256 0,9744 0,5975 0,6010 0,5126 0,5218 0,5248 0,5387 0,9369 0,7851 0,6850 0,6768 0,6228 0,5889 1,0819 0,8149 1,4883 0,9320 1,0992 0,8310 0,2301 0,3668 0,7598 0,6157 1,0237 0,7015 1,0397 0,7109 0,5614 0,5453 0,7334 0,6632 0,7393 0,6995 0,5649 0,5491 0,5325 0,5374 1,0160 1,0033 0,9447 0,8878 7,2639 2,3814 8,3949 2,5103 8,7367 2,4724 8,1275 2,6671 8,3237 2,4224 0,6124 0,5708 0,7064 0,6576 0,6710 0,6933 0,5593 0,5087 0,5493 0,6029 11,9560 2,4991 13,6947 2,8188 11,0783 2,6230 18,1128 3,2251 13,9256 2,7669 18,1391 3,2240 17,4876 2,8067 18,8206 3,4664 17,3565 2,8239 19,1524 3,0296 0,6517 0,6048 0,6488 0,6086 0,4908 0,4881 1,5132 1,2760 1,1148 0,8493 3,0154 1,3177 3,6791 1,4888 4,2505 1,5512 2,9038 1,3521 2,9836 1,4635 2,7710 1,1718 2,4789 1,1998 2,6418 1,1955 2,3118 1,2177 2,8111 1,2442 9,5124 2,3984 9,8087 2,3830 7,9071 2,2990 9,2901 2,5222 8,9888 2,2416 6,0930 1,9005 5,9642 1,7879 5,3208 1,6727 5,7818 1,8371 6,0557 2,0133 4,5196 1,4284 4,7990 1,6415 4,7619 1,5318 4,1167 1,6573 4,8055 1,5220 1,6731 1,2083 1,8876 1,1713 2,8773 1,5159 1,2156 0,9568 1,6952 1,0417 4,4956 1,6105 3,7852 1,5902 3,0600 1,4540 5,0398 1,7628 4,6698 1,7601 11,0981 2,3806 10,3483 2,1675 11,0991 2,5149 9,0042 2,2889 9,9663 2,2426 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

12. Analisi composizionale TMP GEOM< arcfu bacsu ecoli metja pyrfu salty staan thet eritro Simil PYRFU Simil THET Simil ERITRO ARCFU 0 1,528 1,550 2,515 1,109 2,484 1,804 4,358 0,423 2,25 7,23 2,03 BACSU 1,528 0 1,261 2,193 1,482 2,235 1,015 2,843 1,678 2,82 6,96 2,85 ECOLI 1,550 1,261 0 4,069 2,293 0,968 2,292 3,408 1,937 3,30 6,15 2,67 METJA 2,515 2,193 4,069 0 1,798 3,012 1,565 6,524 2,501 3,04 6,52 3,91 PYRFU 1,109 1,482 2,293 1,798 0 2,521 2,345 4,525 2,224 0,00 6,66 3,06 SALTY 2,484 2,235 0,968 3,012 2,521 0 2,844 3,896 1,447 3,66 5,95 2,44 STAAN 1,804 1,015 2,292 1,565 2,345 2,844 0 4,505 1,538 2,88 6,73 2,46 THET 4,358 2,843 3,408 6,524 4,525 3,896 4,505 0 3,730 6,66 0,00 6,54 ERITRO 1,721 1,678 1,937 2,501 2,224 1,447 1,538 3,730 0 3,06 6,54 0,00

13. ARCFU ERITRO PYRFU BACSU STAAN METJA ECOLI SALTY THET Analisi composizionale TMP

14. Analisi composizionale TMP ARCFU METJA ECOLI SALTY PYRFU BACSU THET8 ERITRO STAAN

16. Analisi composizionale TMP 'A' 'R' 'N' 'D' 'C' 'Q' 'E' 'G' 'H' 'I' 'L' ARCFU BACSU ECOLI METJA INLKALAALAKKIL 28,57 0,00 7,14 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 14,29 28,57 0,80 0,55 0,87 0,83 GIGKYLHSAKKFGKAWVGEIMNS 8,70 0,00 4,35 0,00 0,00 0,00 4,35 17,39 4,35 8,70 4,35 0,31 0,47 0,24 0,27 KWKLFKKIPKFLHSAKKF 5,56 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 5,56 5,56 11,11 0,59 0,54 0,42 0,40 RGLRRLGRKIAHGVKKYGPTVLRIIRIAG 6,90 20,69 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 17,24 3,45 13,79 10,34 0,50 0,15 0,46 0,48 KNLRRIIRKIIHIIKKYG 0,00 16,67 5,56 0,00 0,00 0,00 0,00 5,56 5,56 33,33 5,56 0,74 0,88 0,96 0,61 KNLRRIIRKGIHIIKKYG 0,00 16,67 5,56 0,00 0,00 0,00 0,00 11,11 5,56 27,78 5,56 0,79 0,85 0,90 0,60 KNLRRITRKIIHIIKKYG 0,00 16,67 5,56 0,00 0,00 0,00 0,00 5,56 5,56 27,78 5,56 0,63 0,67 0,73 0,55 VGALAVVVWLFLWLW 13,33 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 6,67 0,00 0,00 26,67 0,12 0,65 0,52 0,66 VGALAVVVWLYLWLW 13,33 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 6,67 0,00 0,00 26,67 0,12 0,66 0,58 0,64

17. Analisi composizionale TMP