R, rgl, onion, sparsematrix, rPython, Python

1. 3D on R
20160730
第55回R勉強会＠東京（#TokyoR）
YF@Med_KU

2. Today’s topics
rgl
R で3D を扱おう
onion
R で四元数を扱おう
Matrix
R で疎行列を扱おう
rPython
R でどうにもならなくなったときに

3. rgl package
GUI で3次元プロットをぐりぐりできる
iris NeatMap

4. rgl package
面の関係を入力
三角形/四角形面による物体データ
頂点と面の行列が列ベクトル
Homogeneous = FALSE でxyz座標系
.obj ファイル

5. rgl package
物体データのプロット
wire3d shade3d spheres3d

6. rgl package
rgl の描出，保存
rgl.snapshot play3d/movie3d

7. Curvature of surface
Principal curvatures
kk
kk
maxarg
minarg
2
1


Mean (H) and Gaussian (G) curvatures
21
21 2/)(
kkG
kkH


r

8. Discrete mean curvature
1-ring

9. Discrete mean curvature

10. onion package
四元数を扱う

11. Matrix package
疎行列を扱う
成分のほとんどがゼロ
座標情報があればよい
たぶん計算効率とか
うんたらかんたら

12. Matrix package
行列形式（n*3） 疎行列（3n*3n）
for なしで一括演算できる
（遅いけど??）
xyz 座標

13. Spin transformation
辺の関係と角度を保って球状変換する
・四元数による回転
・疎行列による一括計算
オリジナル 平均曲率 球状変換

14. Spherical harmonics
球面を級数展開表示したい 球面調和関数
単位球表示
ルジャンドル陪関数
ルジャンドル多項式
degree , orderZl Zm )( lml 

15. Spherical harmonics
球面を級数展開表示したい
肝硬変 正常肝
J Med Syst. 2014 May;38(5):20.

16. Spherical harmonics
R でいいのがないんだけど
http://spectrum.ieee.org/computing/software/the-2016-top-programming-languages

17. rPython package
Python でできることをR へ移植する

18. rPython package
Python でできることをR へ移植する
モジュール（package）も使用可能

19. rPython package
6
6


m
l 単位球 実数表示

20. Today’s summary
rgl
R で3D を扱えるようになった
onion
R で四元数を扱えるようになった
Matrix
R で疎行列を扱えるようになった
rPython
Python でゴリ押しできるようになった