20151205 のJapanR5 でのLT です。

1. R で数理モデルシミュレーション
～ワクチン接種と感染症伝播～
20151205 リクルートGINZA8
YF@Med_KU

2. はじめにお断り
製薬会社の
回し者では
あ り ま せ ん
今日の内容は
今までになく
真 面 目 で す

3. 感染症の数理モデル：SIR model
Susceptible Infected Recovered
p time

4. 感染症の数理モデル：ワクチン
Susceptible Infected Recovered
)1( vp  time
Vaccination

5. もしも世界が I*J 人の村だったら
J
I
単純に I*J の行列を想定する
Vaccinated Infected Susceptible

6. R 的実装
j
i
1i
1i
1j 1j
],[ ji]1,[ ji ]1,[ ji
],1[ ji ]1,1[  ji ]1,1[  ji
],1[ ji ]1,1[  ji ]1,1[  ji
)1( vp  p
の感染者は周囲8方向に sample関数で感染させる],[ ji
ntt 

7. R 的ベクトル実装
j
i
1i
1i
1j 1j
])1([ ijI ])2([ ijI  ][ iIj 
]1)1([  ijI]1)2([  ijI ]1[ iIj
]1)1([  ijI]1)2([  ijI ]1[ iIj
行列へのアクセスは でも可能
（行列はもともとベクトル）
])1([ ijI 
ntt 

8. Simulation
100*100 の行列, 感染期間 3
感染効率 0.7, ワクチン効率 0.9
接種率 0.95 接種率 0.75
0tt 

9. Simulation
100*100 の行列, 感染期間 3
感染効率 0.7, ワクチン効率 0.9
接種率 0.95 接種率 0.75
ntt 

10. Simulation
100*100 の行列, 感染期間 3
感染効率 0.7, ワクチン効率 0.9
接種率 0.95 接種率 0.75
endtt 

11. Simulation
接種率0.95接種率0.75

12. 接種率の感染予防効果
接種率0.95接種率0.75
ワクチン接種
しなかった人も
感染してない
ワクチン接種
した人も
感染している

13. 経過中に
接種率0.95接種率0.75
外来は確実に
パ ン ク す る

14. まとめ
R で数理モデルシミュレーションができる
ワクチンはたくさん接種してくれると
接種しなかった人も予防できる
ワクチンはたくさん接種しないと
接種した人も感染する
Let’s try !
人の移動，潜伏期間，再発，医療経済…