KabschFit on PyMOL<br />@tonets<br />
Agenda<br />RMSDとKabsch法<br />PyMOLについて<br />PyMOL上でのKabsch法の実行<br />2<br />
RMSD<br />RMSD・・・Root Mean Square Deviation<br />2つの構造間の対応する原子の距離の二乗平均根(RMS)<br />3<br />http://is-education.naist.jp/Data...
RMSD<br />RMSD計算の意味<br />並進ベクトルtによって2つの分子x, yの重心位置を揃える<br />2つの分子をぴったり合わせるような回転行列Rによってyを回転する<br />4<br />どうやって求める?->Kabsch...
Kabsch, W. (1978). ActaCrystallographica, 34, 827-828. </li></li></ul><li>Kabsch法<br />5<br />省略<br />(追記するかも)<br />
PyMOL<br />分子ビューワ<br />Pythonによる機能拡張が可能<br />学生/教員向けのEducational版(ver.1.3)は無料で使用可<br />6<br />
PyMOL上でKabsch法を実行<br />以下よりPythonスクリプト「QKabsch.py」を取得<br />コードをコピーして「QKabsch.py」という名前で保存<br />PyMOL(ver.0.97以上)を実行<br />QK...
PyMOL上でKabsch法を実行<br />対象の2つのPDBファイルをloadする<br />load A_PDB.pdb<br />load B_PDB.pdb<br />配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する<br />8<br /...
PyMOL上でKabsch法を実行<br />配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する->このPDBの場合は残基番号30~355までは全く同じなので,この範囲でフィッティングを行うことにする<br />以下のコマンドを入力<br />RMSD...
PyMOL上でKabsch法を実行<br />デフォルトでは指定した残基間の色が赤,それ以外はグレー等で表示される<br />10<br />
PyMOL上でKabsch法を実行<br />適当に表示を変更したもの<br />A_PDBは赤色,B_PDBは青色で示した.<br />->水色で囲ったヘリックスはB_PDBに,オレンジで囲ったNO3   はA_PDBにのみ存在することがわか...
References<br />蛋白質立体構造比較<br />http://is-education.naist.jp/Data/Syllabus/2007/TeachingMaterial/info-0048_1192617014.pdf<b...
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PyMOLでのKabsch法によるRMSD計算と表示方法

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Kabsch Fit on PyMOL

  1. 1. KabschFit on PyMOL<br />@tonets<br />
  2. 2. Agenda<br />RMSDとKabsch法<br />PyMOLについて<br />PyMOL上でのKabsch法の実行<br />2<br />
  3. 3. RMSD<br />RMSD・・・Root Mean Square Deviation<br />2つの構造間の対応する原子の距離の二乗平均根(RMS)<br />3<br />http://is-education.naist.jp/Data/Syllabus/2007/TeachingMaterial/info-0048_1192617014.pdfより引用<br />
  4. 4. RMSD<br />RMSD計算の意味<br />並進ベクトルtによって2つの分子x, yの重心位置を揃える<br />2つの分子をぴったり合わせるような回転行列Rによってyを回転する<br />4<br />どうやって求める?->Kabsch法<br /><ul><li>Kabsch, W. (1976). ActaCrystallographica, 32, 922-923.
  5. 5. Kabsch, W. (1978). ActaCrystallographica, 34, 827-828. </li></li></ul><li>Kabsch法<br />5<br />省略<br />(追記するかも)<br />
  6. 6. PyMOL<br />分子ビューワ<br />Pythonによる機能拡張が可能<br />学生/教員向けのEducational版(ver.1.3)は無料で使用可<br />6<br />
  7. 7. PyMOL上でKabsch法を実行<br />以下よりPythonスクリプト「QKabsch.py」を取得<br />コードをコピーして「QKabsch.py」という名前で保存<br />PyMOL(ver.0.97以上)を実行<br />QKabsch.pyのあるディレクトリ上で<br />          (lsコマンドを実行した結果の中にQKabsch.pyがあればOK)<br />run QKabsch.py と入力<br />PyMOL>run QKabsch.py以外に何も表示されていなければOK<br />7<br />http://www.pymolwiki.org/index.php/Kabsch#The_Code<br />
  8. 8. PyMOL上でKabsch法を実行<br />対象の2つのPDBファイルをloadする<br />load A_PDB.pdb<br />load B_PDB.pdb<br />配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する<br />8<br />PyMOL上での配列の確認はこのボタンで<br />
  9. 9. PyMOL上でKabsch法を実行<br />配列上でフィットさせる範囲の番号を確認する->このPDBの場合は残基番号30~355までは全く同じなので,この範囲でフィッティングを行うことにする<br />以下のコマンドを入力<br />RMSD(Å)と構造が表示されれば成功<br />9<br />optAlignA_PDB and n. CA and i. 30-355, B_PDB and n. CA and i. 30-355<br />RMSD=0.507241<br />
  10. 10. PyMOL上でKabsch法を実行<br />デフォルトでは指定した残基間の色が赤,それ以外はグレー等で表示される<br />10<br />
  11. 11. PyMOL上でKabsch法を実行<br />適当に表示を変更したもの<br />A_PDBは赤色,B_PDBは青色で示した.<br />->水色で囲ったヘリックスはB_PDBに,オレンジで囲ったNO3   はA_PDBにのみ存在することがわかる.<br />11<br />
  12. 12. References<br />蛋白質立体構造比較<br />http://is-education.naist.jp/Data/Syllabus/2007/TeachingMaterial/info-0048_1192617014.pdf<br />Kabsch- PyMOLWiki<br />http://www.pymolwiki.org/index.php/Kabsch<br />Kabsch algorithm – Wikipedia<br />http://en.wikipedia.org/wiki/Kabsch_algorithm<br />12<br />

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