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変態にRを与えた結果がこれだよ…7
Rでネットワーク解析とGIS
20131109
Tokyo.R#35 @ニフティ株式会社 新宿フロントタワー18F
YF@Med_KU
本日の内容
ネットワーク解析
{igraph} and {linkcomm}
レイアウトの微調整の話

Rで地図
{spsurvey} and {RgoogleMaps}
地図がプロットできたら楽しいという話
真面目にネットワーク解析

第2回Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
R+igraphではじめる生物ネットワーク解析 竹本和広

http://www.slideshare.net/kztakemoto/r-seminar-on-ig...
ネットワーク (グラフ)

node
edge
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
グラフの準備 {igraph}
隣接行列
graph.adjacency()
エッジリスト
graph.data.frame()
1,2
1,5
…

無向グラフなら対称行列
無向グラフ
無向グラフと有向グラフ

「にこまき」と「まきにこ」は同等
「遥真」と「真遥」は同等でない
(百合は可換) キマシタワー
(ホモは非可換) アッhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
無向グラフと有向グラフ

「にこまき」と「まきにこ」は同等
「遥真」と「真遥」は同等でない
(百合は可換) キマシタワー
(ホモは非可換) アッhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
ネットワークの統計量
次数 Degree
線が集まる点ほど中心性が高い

近接中心性 Closeness
他の点と距離が近いほど中心性が高い

媒介中心性 Betweenness
その点を通る経路が多いほど中心性が高い

推移性 Cluster...
Scale free network

Bioinformatics. 2012 Jan 1;28(1):84-90.
Scale free network

べき乗則(パレート分布)になる
ネットワーク解析の問題点

レイアウトが難しい!!
レイアウトが難しい!!

layout.*()が用意されているが…
レイアウトが難しい!!

ネットワークレイアウト編集
Gephi https://gephi.org/
Cytoscape http://www.cytoscape.org/

(使ったことないけど…)
人力補正

http://www.kegg.jp/kegg-bin/highlight_pathway?scale=1.0&map=map04115&keyword=p53
レイアウトが難しい!!
R上級者()なら {igraph}
tkplot()
Tcl/TkによるGUIでのグラフ調整
tkplot.getcoords(tkid)
座標が取得できる!!
レイアウトが難しい!!

http://d.hatena.ne.jp/kmgs100/20090806/1249574893
レイアウトが難しい!!

tkplot

layout.circle
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106
Rで地図
日本全体の統計量(疫学,売上,etc…)
地図データには緯度経度がある:座標

Rで遊べんじゃね??
{spsurvey}
.shp ファイルが必要
ESRIジャパン株式会社 (市町村対応)
http://www.esrij.com/products/data/japan-shp/

Global Administrative Areas (世...
{spsurvey}

重い

かなり重い

死ぬほど重い
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130317
{spsurvey}
新卒医学生の就職内定動向

都道府県単位の色指定
緯度軽度による中心・拡大縮小指定

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130928
{igraph}と{spsurvey}をmerge
新幹線接続データ

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912
ファッ!?!?
ファッ!?!?

緯度経度(座標)があれば、
segments()とpoints()でゴリ押しが可能
iPhone5sのつながりやすさ(山手線)

(どこがつながりやすいんだよ…??)

http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
祇園祭をTSPで回る

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715
{RgoogleMaps}
GoogleMapの見た目そのままの図を取得する。
中心座標とズームを指定する。
iPhone5sのつながりやすさ(山手線)

通信速度を取得
駅の緯度・経度を取得
http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
iPhone5sのつながりやすさ(山手線)

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)
表面抗原発現パターンから分化系統樹作成

Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10)...
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)
n次元定量データのパターンから分化系統樹作成
新規

退会

課金厨

無課金厨
重課金厨

Nat Bio...
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20131109 TokyoR#35 Rでネットワーク解析とGIS

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20131109 TokyoR#35 Rでネットワーク解析とGIS

  1. 1. 変態にRを与えた結果がこれだよ…7 Rでネットワーク解析とGIS 20131109 Tokyo.R#35 @ニフティ株式会社 新宿フロントタワー18F YF@Med_KU
  2. 2. 本日の内容 ネットワーク解析 {igraph} and {linkcomm} レイアウトの微調整の話 Rで地図 {spsurvey} and {RgoogleMaps} 地図がプロットできたら楽しいという話
  3. 3. 真面目にネットワーク解析 第2回Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会 R+igraphではじめる生物ネットワーク解析 竹本和広 http://www.slideshare.net/kztakemoto/r-seminar-on-igraph https://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information
  4. 4. ネットワーク (グラフ) node edge http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007 http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
  5. 5. グラフの準備 {igraph} 隣接行列 graph.adjacency() エッジリスト graph.data.frame() 1,2 1,5 … 無向グラフなら対称行列 無向グラフ
  6. 6. 無向グラフと有向グラフ 「にこまき」と「まきにこ」は同等 「遥真」と「真遥」は同等でない (百合は可換) キマシタワー (ホモは非可換) アッhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
  7. 7. 無向グラフと有向グラフ 「にこまき」と「まきにこ」は同等 「遥真」と「真遥」は同等でない (百合は可換) キマシタワー (ホモは非可換) アッhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
  8. 8. ネットワークの統計量 次数 Degree 線が集まる点ほど中心性が高い 近接中心性 Closeness 他の点と距離が近いほど中心性が高い 媒介中心性 Betweenness その点を通る経路が多いほど中心性が高い 推移性 Clustering coefficient (transitivity) 頂点が結ばれている確率 Motif, hub, and community are also important… 無向グラフと有向グラフでは計算が異なる
  9. 9. Scale free network Bioinformatics. 2012 Jan 1;28(1):84-90.
  10. 10. Scale free network べき乗則(パレート分布)になる
  11. 11. ネットワーク解析の問題点 レイアウトが難しい!!
  12. 12. レイアウトが難しい!! layout.*()が用意されているが…
  13. 13. レイアウトが難しい!! ネットワークレイアウト編集 Gephi https://gephi.org/ Cytoscape http://www.cytoscape.org/ (使ったことないけど…)
  14. 14. 人力補正 http://www.kegg.jp/kegg-bin/highlight_pathway?scale=1.0&map=map04115&keyword=p53
  15. 15. レイアウトが難しい!! R上級者()なら {igraph} tkplot() Tcl/TkによるGUIでのグラフ調整 tkplot.getcoords(tkid) 座標が取得できる!!
  16. 16. レイアウトが難しい!! http://d.hatena.ne.jp/kmgs100/20090806/1249574893
  17. 17. レイアウトが難しい!! tkplot layout.circle http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106
  18. 18. Rで地図 日本全体の統計量(疫学,売上,etc…) 地図データには緯度経度がある:座標 Rで遊べんじゃね??
  19. 19. {spsurvey} .shp ファイルが必要 ESRIジャパン株式会社 (市町村対応) http://www.esrij.com/products/data/japan-shp/ Global Administrative Areas (世界対応) http://www.gadm.org/Japan
  20. 20. {spsurvey} 重い かなり重い 死ぬほど重い http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130317
  21. 21. {spsurvey} 新卒医学生の就職内定動向 都道府県単位の色指定 緯度軽度による中心・拡大縮小指定 http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130928
  22. 22. {igraph}と{spsurvey}をmerge 新幹線接続データ http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912
  23. 23. ファッ!?!?
  24. 24. ファッ!?!? 緯度経度(座標)があれば、 segments()とpoints()でゴリ押しが可能
  25. 25. iPhone5sのつながりやすさ(山手線) (どこがつながりやすいんだよ…??) http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
  26. 26. 祇園祭をTSPで回る http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715
  27. 27. {RgoogleMaps} GoogleMapの見た目そのままの図を取得する。 中心座標とズームを指定する。
  28. 28. iPhone5sのつながりやすさ(山手線) 通信速度を取得 駅の緯度・経度を取得 http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
  29. 29. iPhone5sのつながりやすさ(山手線) http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921
  30. 30. Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE) 表面抗原発現パターンから分化系統樹作成 Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91 Science. 2011 May 6;332(6030):687-96 http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922
  31. 31. Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE) n次元定量データのパターンから分化系統樹作成 新規 退会 課金厨 無課金厨 重課金厨 Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91 Science. 2011 May 6;332(6030):687-96 http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922

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