Dokumen tersebut membahas tentang mikroba, pewarnaan Gram, dan pengamatan mikroba lingkungan. Secara ringkas, dokumen tersebut menjelaskan bahwa mikroba adalah organisme berukuran mikroskopis yang meliputi bakteri, fungi dan virus. Dokumen tersebut juga menjelaskan tentang teknik pewarnaan Gram untuk mengidentifikasi bakteri menjadi Gram positif dan negatif, serta keberadaan berbagai jenis mikro

1. LAMPIRAN B
LITERATUR
LB.1 Mikroba
Mikroba adalah organisme berukuran mikroskopis yang antara lain terdiri dari
bakteri, fungi dan virus. Bakteri merupakan mikroba prokariotik yang rata-rata
selnya berukuran 0,5-1 x 2-5 µm, berbentuk elips, bola, batang atau spiral. Fungi
adalah organisme eukariotik, bersifat heterotrof, dinding selnya mengandung kitin,
tidak berfotosintesis, mensekresikan enzim ekstraseluler ke lingkungan dan
memperoleh nutrien dengan cara absorpsi. Berdasarkan penampakannya, fungi
dikelompokkan ke dalam kapang (mold), khamir (yeast), dan cendawan (mushroom).
Cendawan merupakan fungi yang berukuran makroskopis, sedangkan kapang
dan yeast adalah fungi yang berukuran mikroskopis. Menurut Rachmawan (2001),
rata-rata sel kapang berukuran 1-5 x 5-30 μm dan yeast berukuran 1-5 x 1-10 μm.
Kapang adalah fungi multiseluler berfilamen dengan susunan hifa yang menyerupai
benang. Yeast merupakan fungi uniselular. Pada yeast tertentu yang bersifat
patogenik seperti Candida sp., mengalami dua fase (dimorfisme) dalam siklus
hidupnya, yaitu fase yeast (membentuk sel tunggal) dan fase miselium untuk
penetrasi ke jaringan inangnya.
Selain berinteraksi intraspesies, mikroba tersebut juga berinteraksi secara
interspesies dengan manusia, tumbuhan, dan hewan. Dalam interaksinya dengan
manusia, mikroba tersebut ada yang bersifat menguntungkan dan merugikan.
Contohnya bakteri patogen Escherichia coli dan kelompok bakteri Coliform dapat
menyebabkan diare, kolera, dan penyakit saluran pencernaan lainnya. Kapang dan
khamir menyebabkan penyakit karena menghasilkan racun (mikotoksin) dan
menginfeksi permukaan tubuh seperti kulit, kuku, dan rambut (mikosis superfisial),
serta menyerang jaringan dalam tubuh melalui peredaran darah (mikosis sistemik).
Salah satu upaya untuk melawan mikroba tersebut adalah dengan menggunakan
mikroba lain yang mempunyai sifat antagonis (antimikroba) sebagai pengganggu
atau penghambat metabolisme mikroba lainnya. Mikroba antagonis yang memiliki
kemampuan antimikroba tersebut dapat menghasilkan senyawa antimikroba.
Senyawa antimikroba yang dihasilkan oleh mikroba pada umumnya merupakan
LB-1

2. metabolit sekunder yang tidak digunakan untuk proses pertumbuhan, tetapi untuk
pertahanan diri dan kompetisi dengan mikroba lain dalam mendapatkan nutrisi,
habitat, oksigen, cahaya dan lain-lain.
Sumber : Jurnal Penelitian Kemampuan Isolat-Isolat Kapang Tanah Wonorejo
Surabaya dalam Menghambat Pertumbuhan Mikroba Lawan Bakteri
Gram Negatif, Bakteri Gram Positif dan Yeast. Institut Teknologi
Surabaya (ITS).
LB.2 Pewarnaan Gram
Salah satu tahapan untuk mengidentifikasi mikroba adalah sifat Kimiawi, yaitu
dengan Pewarnaan Gram. Pewarnaan Gram adalah suatu cara untuk "mewarnai" sel
agar terlihat di bawah mikroskop. Metode pewarnaan tersebut pertama kali
ditemukan oleh Christian Gram pada tahun 1884. Dengan metode pewarnaan Gram,
bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua, yaitu bakteri Gram positif dan Gram
negatif berdasarkan reaksi atau sifat bakteri terhadap cat tersebut. Reaksi atau sifat
bakteri tersebut ditentukan oleh komposisi dinding selnya. Oleh karena itu,
pewarnaan Gram tidak bisa dilakukan pada mikroorganisme yang tidak mempunyai
dinding sel seperti Mycoplasma sp.
Berdasarkan sifat terhadap cat Gram, bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua
yaitu bakteri Gram positif dan Gram negatif. Terdapat dua teori yang dapat
menjelaskan dasar perbedaan ini yaitu :
1. Teori Salton
Teori ini berdasarkan kadar lipid yang tinggi (20 %) di dalam dinding sel
Bakteri Gram negatif. Zat lipid ini akan larut selama pencucian dengan alkohol.
Pori-pori pada dinding sel membesar, sehingga zat warna yang sudah diserap
mudah dilepaskan dan bakteri menjadi tidak berwarna. Bakteri Gram positif
mengalami denaturasi protein pada dinding selnya akibat pencucian dengan
alkohol. Protein menjadi keras dan beku, pori - pori mengecil sehingga
kompleks kristal yodium yang berwarna ungu dipertahankan dan bakteri akan
tetap berwarna ungu.
2. Teori permeabilitas dinding sel
Teori ini berdasarkan tebal tipisnya lapisan peptidoglikan dalam dinding
LB-2

3. sel. Bakteri Gram positif mempunyai susunan dinding yang kompak dengan
lapisan peptidoglikan yang terdiri dari 30 lapisan. Permeabilitas dinding sel
kurang, dan kompleks kristal yodium tidak dapat keluar. Bakteri Gram negatif
mempunyai lapisan peptidoglikan yang tipis, hanya 1 – 2 lapisan dan susunan
dinding selnya tidak kompak. Permeabilitas dinding sel lebih besar sehingga
masih memungkinkan terlepasnya kompleks kristal yodium.
Pewarnaan Gram merupakan salah satu teknik pewarnaan yang dikerjakan di
laboratorium mikrobiologi untuk kepentingan identifikasi mikroorganisme.
Morfologi mikroskopik mikroorganisme yang diperiksa dan sifatnya yang khas
terhadap pewarnaan tertentu (pewarnaan Gram) dapat digunakan untuk identifikasi
awal. Pemeriksaan ini dapat dilakukan dengan cepat dan biaya murah serta, dalam
kasus tertentu, dapat membantu dokter untuk memulai terapi suatu penyakit tanpa
menunggu hasil kultur. Perbedaan dasar antara bakteri Gram positif dan negatif
adalah pada komponen dinding selnya. Kompleks zat iodin terperangkap antara
dinding sel dan membran sitoplasma organisme Gram positif, sedangkan
penyingkiran zat lipida dari dinding sel organisme gram negatif dengan pencucian
alkohol memungkinkan hilang dari sel. Bakteri Gram positif memiliki membran
tunggal yang dilapisi peptidohlikan yang tebal (25 – 50 nm) sedangkan bakteri
negatif lapisan peptidoglikogennya tipis (1 – 3 nm).
Reagen-reagen yang digunakan dalam pengecatan gram adalah:
1. Larutan violet kristal hucker (1 tetes) sebagai cat utama yang akan diikat oleh
peptidoglikan bakteri.
2. Iodin (1 tetes) sebagai mordan untuk mengintensifkan cat utama
3. Ethanol 95% (secukupnya sampai cat utama luntur), sebagai bahan peluntur
Untuk melunturkan cat utama
4. Safranin (1 tetes) sebagai cat penutup untuk mewarnai kembali sel-sel yang
sudah kehilangan warna cat utamanya
Pada saat pemberian larutan cat kristal violet, bakteri gram positif dan negatif
sama - sama berwarna ungu. Saat ditetesi iodin, pada gram positif terbentuk
kompleks iodin kristal violet sehingga sel berwarna biru, demikian juga Gram
negatif. Namun setelah pencucian dengan etanol warna ungu yang diikat oleh bakteri
Gram negatif luntur, sedangkan pada bakteri gram negatif tidak. Pada Gram negatif
LB-3

4. lemak terekstraksi dari dinding sel sehingga pori membesar dan kompleks violet
kristal - iodin keluar sel, sedangkan pada Gram posotif dinding sel dehidrasi, pori
berkerut dan permeabilitas rendah sehingga kompleks violet kristal - iodin
terperangkap antara dinding sel dan membran sitoplasm sehingga sel tetap biru/ungu.
Saat penambahan safranin, bakteri Gram negatif mengikatnya sedangkan Gram
negatif melewatkannya.
Sumber : Makalah Indentifikasi Mikroba Berdasarkan Sifat Kimiawi. Fakultas
Perikanan Dan Ilmu Kelautan. Universitas Padjadjaran.
LB.3 Pengamatan Mikroba Lingkungan
Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme mikroskopik yang sebagian
besar berupa satu sel yang terlalu kecil untuk dapat dilihat menggunakan mata
telanjang. Mikroba berukuran sekitar seperseribu milimeter (1 mikrometer) atau
bahkan kurang, walaupun ada juga yang lebih besar dari 5 mikrometer. Karenanya,
mikroba hanya bisa dilihat dengan menggunakan alat bantu berupa mikroskop.
Mikroba terdapat dimana - mana dalam alam. Mikroba dapat ditemui mulai dari
dasar lautan yang paling dalam sampai ke puncak gunung yang paling tinggi.
Mikroba ada yang hidup dalam air dingin, juga ada yang tahan hidup dalam air panas
pada suhu tinggi bahkan ada yang sampai 250 oC (extremophilic).
Tanah yang kita injak dipenuhi oleh mikroba. Mikroba dapat terbawa bersama
aliran air ke sungai, danau dan laut. Mikroba dapat ditemui dimana mereka
menemukan makanan, kelembaban (air), dan suhu yang cocok untuk pertumbuhan
dan perkembangbiakannya. Karena kondisi yang cocok untuk kehidupan manusia
juga cocok bagi mikroba maka tidak dapat dihindari bila kita hidup berdampingan
dengan mikroba.
Mikroba ada dalam udara yang kita hirup, mungkin juga ada dalam makanan
yang kita makan dan minuman yang kita minum terutama makanan dan minuman
yang sudah terkontaminasi, dipermukaan kulit, dalam mulut, hidung dan setiap
lubang pada tubuh, serta dalam saluran pernafasan dan pencernaan. Mikroba lebih
banyak lagi ditemui pada tanaman dan hewan. Sebagian besar mikroba tidak
berbahaya bagi manusia, dan manusia yang sehat diberi kemampuan oleh Yang
LB-4

5. Maha Kuasa untuk bertahan dari serangan mikroba yang berbahaya sampai batas-
batas tertentu.
Sumber : Isolasi Mikroba Udara. http://el-andalucy.blogspot.com/2010/12/isolasi-
mikroba-udara.html
LB.4 Aplikasi Pewarnaan Bakteri
“Karakterisasi Khamir yang Hidup pada Buah Kakao di Sulawesi Tengah”
Pada proses pengolahan biji kakao terdapat sejumlah tahapan yakni pemanenan,
sortasi buah, pemeraman buah, pembelahan buah, fermentasi, penjemuran /
pengeringan, sortasi biji, dan penyimpanan. Salah satu tahapan yang paling
menentukan kualitas mutu akhir dari biji kakao adalah tahapan fermentasi. Dalam
proses ini, ada mikroba yang terlibat dan besar peranannya dalam menentukan mutu
dan kualitas produk biji kakao kering yang dihasilkan. Salah satu mikroba yang
sangat besar peranannya dalam proses fermentasi biji kakao adalah khamir.
Kelompok mikroba ini dapat memperbaiki dan meningkatkan aroma dan citarasa biji
kakao pada saat penggarangan nantinya. Untuk memanfaatkan secara optimal
kelompok mikroba ini, maka perlu dilakukan karakterisasi melalu inventarisasi dan
identifikasi.
Sumber : Jurnal Penelitian Karakterisasi Khamir yang Hidup pada Buah Kakao di
Sulawesi Tengah. http:// isjd.pdii.lipi.go.id
LB.5 Pengamatan Mikroba Lingkungan
Ciri-cirinya :
a. Merupakan bakteri Gram negatif.
b. Berbentuk batang pendek yang memiliki
panjang sekitar 2 µm, diameter 0,7 µm,
lebar 0,4-0,7µm.
c. Bersifat anaerob fakultatif.
d. Termasuk ke dalam bakteri heterotrof.
e. E. coli membentuk koloni yang bundar,
Gambar B.1 Escherichia coli
cembung, dan halus
LB-5

6. Escherichia coli merupakan bakteri Gram negatif berbentuk batang pendek dan
bersifat anaerob fakultatif. E. coli membentuk koloni yang bundar, cembung, dan
halus dengan tepi yang nyata. E. coli adalah anggota flora normal usus. E. coli
berperan penting dalam sintesis vitamin K, konversi pigmen-pigmen empedu, asam-
asam empedu dan penyerapan zat-zat makanan. E. coli termasuk ke dalam bakteri
heterotrof yang memperoleh makanan berupa zat oganik dari lingkungannya karena
tidak dapat menyusun sendiri zat organik yang dibutuhkannya. Zat organik diperoleh
dari sisa organisme lain. Bakteri ini menguraikan zat organik dalam makanan
menjadi zat anorganik, yaitu CO2, H2O, energi, dan mineral. Di dalam lingkungan,
bakteri pembusuk ini berfungsi sebagai pengurai dan penyedia nutrisi bagi
tumbuhan. E. coli menjadi patogen jika jumlah bakteri ini dalam saluran pencernaan
meningkat atau berada di luar usus. E. coli menghasilkan enterotoksin yang
menyebabkan beberapa kasus diare. E. coli berasosiasi dengan enteropatogenik
menghasilkan enterotoksin pada sel epitel.
Sumber : Makalah Escherichia coli. Fakultas Farmasi. Universitas Padjadjaran.
LB.6 Pewarnaan Gram
Ragi Saccharomyces cerevisiae merupakan jenis ragi yang biasa tumbuh pada
tape singkong, ragi merupakan suatu makanan tradisional singkong yang
difermentasi, yang merupakan pati singkong menjadi gula, sehingga meningkatkan
rasa manis pada tape tersebut.
Ciri-cirinya :
a. Mikroorganisme bersel satu
b. Tidak berklorofil
c. Tumbuh baik pada suhu 30 oC
dan pH 4,8
d. Mempunyai sifat stabil dan cepat
mengadakan adaptasi
e. Memiliki kemampuan mengubah
glukosa menjadi alkohol dan
CO2
Gambar B.2 Saccharomyces cerevisiae
LB-6

7. S. cerevisiae merupakan khamir sejati tergolong eukariot yang secara morfologi
hanya membentuk blastospora berbentuk bulat lonjong, silindris, oval atau bulat telur
yang dipengaruhi oleh strainnya. Dapat berkembang biak dengan membelah diri
melalui "budding cell" . Reproduksinya dapat dipengaruhi oleh keadaan lingkungan
serta jumlah nutrisi yang tersedia bagi pertumbuhan sel . Penampilan makroskopik
mempunyai koloni berbentuk bulat, warna kuning muda, permukaan berkilau, licin,
tekstur lunak dan memiliki sel bulat dengan askospora 1-8 buah. Taksonomi
Saccharomyces spp. adalah sebagai berikut :
Super Kingdom : Eukaryota
Phylum : Fungi
Subphylum : Ascomycota
Class : Saccharomycetes
Order : Saccharomycetales
Family : Saccharomycetaceae
Genus : Saccharomyces
Species : Saccharomyces cerevisiae
Khamir dapat berkembang biak dalam gula sederhana seperti glukosa, maupun
gula kompleks disakarida yaitu sukrosa. Selain itu untuk menunjang kebutuhan hidup
diperlukan oksigen, karbohidrat, dan nitrogen. Pada uji fermentasi gula - gula
mempunyai reaksi positif pada gula dekstrosa, galaktosa, sukrosa, maltosa, raffinosa,
trehalosa, dan negatif pada gula laktosa. Khamir S. cerevisiae dapat dimanfaatkan
sebagai probiotik, prebiotik dan imunostimulan dan kegunaan lainnya di dalam
meningkatkan produksi ternak (Ahmad, 2007).
Sumber : Jurnal Penelitian Pengaruh Variasi Jumlah Ragi pada Fermentasi Tape
Kulit Singkong Terhadap Daya Terima Tape Kulit Singkong dan Kadar
Alkohol. Universitas Muhammadiyah Semarang;
Skripsi Pengaruh Lama Fermentasi Dan Konsentrasi Ragi Roti Terhadap
Kadar Bioetanol dari Fermentasi Glukosa Hasil Hidrolisis Selulosa
Tandan Kosong Kelapa Sawit. Universitas Sumatera Utara; dan
Jurnal Penelitian Pemanfaatan Khamir Saccharomyces Cerevisiae Untuk
Ternak. Balai Penelitian Veteriner.
LB-7