Download to read offline
Uploaded byIlmiyah Nur Rahmatika
Peptida
Dokumen ini membahas tentang peptida, termasuk struktur, ikatan peptida, dan metode analisis asam amino. Penentuan urutan asam amino dalam peptida dijelaskan melalui degradasi Edman dan analisis n-terminal Sanger. Metode analisis meliputi penggunaan kromatografi dan enzim untuk mendapatkan informasi tentang asam amino yang menyusun peptida.
Peptida
- 1. Elisa Umami Ilmiyah NurRahmatika Mukhamad Nasir Rinya Laksti Dara Yolanda Wardha Anis Sulalah Kelompok VI
- 2.
- 3. Peptida Peptidamerupakan polimer asam amino. Asam amino yang menyusun peptida dinamakan residu. Asam amino penyusun tersebut terikat oleh ikatan peptida
- 4.
- 5. Peptida Ikatanpeptida terbentuk antara gugus amino dari satu residu dengan gugus karboksilat dari residu yang lain.
- 6.
- 7. Peptida Duadipeptida yang berbeda dapat dihasilkan dari dua asam amino yang sama tergantung dari gugus karboksil dan amino yang bereaksi. Contoh : Serilalanina
- 8. Peptida Glisilvaliltirosina Penulisan rumuspeptida dimulai dari asam amino N- terminal di sebelah kiri dan asam amino C- terminal di sebelah kanan.
- 9.
- 10. Ikatan Kovalendalam Peptida- peptida Atom N pada ikatan amida tidak bersifat basa sebab pasangan elektron bebasnya terdelokalisasi oleh akibat adanya tumpang tindih dengan gugus karbonil.
- 11. Ikatan Kovalendalam Peptida- peptida
- 12. Ikatan Kovalendalam Peptida- peptida Ikatan disulfida mudah terbentuk karena oksidasi ringan senyawa-senyawa tiol (R-SH). Ikatan ini mudah direduksi ringan kembali menjadi tiol
- 13. Ikatan sulfidadapat juga terjadi di dalam satu rantai, misalnya pada suatu nonpeptida vasopressin terjadi jembatan disulfida Perhatikan juga bahwa C terminal ujung vasopressin merupakan amida primer –CONH2 dan bukan asam bebas Ikatan Kovalen dalam Peptida- peptida
- 14. Ikatan Kovalendalam Peptida- peptida
- 15. Ikatan Kovalendalam Peptida- peptida
- 16. PENENTUAN STRUKTUR PEPTIDA: ANALISISASAM AMINO7.9
- 17. Analisis AsamAmino Asam-asam amino apa saja yang ada ? Berapa banyaknya masing-masing asam amino ? Bagaimana susunan asam amino tersebut ?
- 18. Dua pertanyaanpertama dapat dijawab dengan menggunakan alat yang disebut “amino acid analyzer” Alat “amino acid analyzer” merupakan instrumen otomatis yang prinsipnya adalak teknik analitik yang dikembangkan oleh William Stein dan Stanford Moore Analisis Asam Amino
- 19. CARA KERJA: Salahsatu jenis kromatografi yang dapat digunakan untuk memisahkan asam amino adalah resin penukar kation Jika larutan asam yang mengandung campuran asam amino dilewatkan melalui kolom pada resin penukar ion, asam amino akan diserap oleh resin karena gaya tarik menarik antara gugus sulfonat yang bermuatan negatif dan asama amino yang bermuatan positif. Analisis Asam Amino
- 20. Jika kolomini dicuci dengan larutan buffer pada pH tertentu, asam amino individu bergerak ke bawah kolom pada tingkat yang berbeda dan akhirnya menjadi terpisah Setiap asam amino yang berbeda yang terelusi di ujung kolom kromatografi direaksikan dengan ninhidrin Analisis Asam Amino
- 21. Warna yang ditimbulkan dideteksi dengan spektrometer Kurva waktu elusiversus absorbansi sperktrometer akan dihasilkan Analisis Asam Amino
- 22. Prolina dan Hidroksiprolinatidak dapat direaksikan dengan ninhidrin, karena gugus 𝛼-amino merupakan amina sekunder dan termasuk bagian dari siklik Analisis Asam Amino
- 23. Analisis AsamAmino
- 24. Analisis asamamino yang paling umum digunakan adalah menggunakan KCKT (Kromatografi Cair Kinerja Tinggi) atau HPLC (High Performance Liquid Chromatography) Identifikasi asam amino yang dipisahkan menggunakan KCKT dapat dilakukan dengan membandingkan waktu retensi sampel standar Analisis Asam Amino
- 25. PENENTUAN URUTAN ASAM AMINODALAM PEPTIDA: DEGRADASI EDMAN 7.10
- 26. Degradasi Edman Prinsipnya : menentukan susunan asam-asam amino dengan cara memutuskan satu residu asam amino di N- atau C- terminal dipisahkan dan diidentifikasi 1. Residu pada ujung-N (ujung amino) protein dipotong satu per satu dengan reaksi kimia, yaitu mereaksikan peptida dengan fenil isosianat diikuti dengan hidrolisis lunak menggunakan asam 2. Setelah setiap pemotongan, residu asam amino yang telah dipotong tersebut dapat diidentifikasi menggunakan kromatografi. 3. Prosedur tersebut diulangi untuk setiap residu asam amino.
- 27.
- 28.
- 29. Degradasi Edman Kelemahan metode ini adalah bahwa polipeptida yang di-sekuensing tidak dapat lebih panjang dari 50–60 residu (dapat disiasati dengan memotong-motong polipeptida berukuran besar menjadi peptida-peptida berukuran lebih kecil sebelum dilakukan reaksi).
- 30.
- 31. Analisis N-TerminalSanger Analisis N-terminal Sanger menggunakan 2,4- dinitroflorobenzena (DNFB). Ketika sebuah polipeptida direaksikan dengan DNFB pada larutan basa, reaksi subtitusi aromatik nukleofilik akan terjadi pada gugus amino bebas dari residu N-terminal. Hasil hidrolisis polipeptida adalah campuran asam amino N-terminal yang mengandung gugus 2,4- dinitrofenil Setelah asam amino terpisah dari campurannya, maka dapat dilakukan identifikasi berdasarkan perbandingan larutan standarnya.
- 32. Analisis N-TerminalSanger
- 33. DNFB akanbereaksi dengan gugus amino bebas dalam polpeptida termasuk pada 𝜀- amino lisina Fakta inilah yang mempersulit analisi Sanger. Seharusnya hanya residu asam amino N- terminal pada peptida yang akan bereaksi dengan gugus 2,4-dinitrofenil. Karena kelemahan tersebut, metode Degradasi Edman lebih banyak digunakan Analisis N-Terminal Sanger
- 34. PENENTUAN URUTAN ASAM AMINODALAM PEPTIDA: RESIDU C- TERMINAL 7.11
- 35. Residu C-Terminal Metode yang digunakan untuk menganalisis C-terminal menggunakan enzim karboksipeptidase.
- 36. Analisis dilakukan dengancara : menginkubasikan polipeptida dengan karboksipeptidase dan mengamati munculnya asam amino yang pertama dalam larutan. Degradasi selanjutnya akan muncul setelah residu C-terminal pertama lepas, akan timbul C-terminal yang baru. Proses ini akan berlanjut sampai seluruh peptida terhidrolisis. Residu C-Terminal
- 37.