SlideShare a Scribd company logo
Iranian Journal of Animal Science Research
Homepage: http://ijasr.um.ac.ir
Research Paper
Vol. 15, No.3, Fall 2023, p. 463-473
Identification of Selective Signatures Associated with Resistance to Johne’s
Disease (JD) in Goat Breeds
Hossein Mohammadi 1*
, Mohammad Shamsollahi 2
How to cite this article:
Mohammadi, H., & Shamsollahi, M. (2023). Identification of selective signatures
associated with resistance to Johne’s disease (JD) in goat breeds. Iranian Journal
of Animal Science Research, 15(3), 463-473.
DOI: 10.22067/ijasr.2023.80444.1120
Received: 10-01-2023
Revised: 22-02-2023
Accepted: 11-03-2023
Available Online: 11-03-2023
Introduction1: Paratuberculosis, or Johne’s disease, is a chronic, granulomatous, gastrointestinal tract disease
of goat and other ruminants caused by the bacterium Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP). The
clinical signs of disease in goat are pipestream diarrhea, weight loss, and edema due to hypoproteinemia caused
by protein-losing enteropathy. Knowledge concerning genetics of susceptibility to MAP infection can contribute
to disease control programs by facilitating genetic selection for a less susceptible population to reduce incidence
of infection in the future. The opportunity for genetic improvement in susceptibility to infection is evidenced by
estimates of heritability of MAP infection ranging from 0.03 to 0.28 (Kirkpatrick and Lett, 2018). Domestication
and selection has significantly changed the behavioral and phenotypic traits in modern domestic animals. The
selection of animals by humans left detectable signatures on the genome of modern goat. The identification of
these signals can help us to improve the genetic characteristics of economically important traits in goat. Over the
last decade, interest in detection of genes or genomic regions that are targeted by selection has been growing.
Identifying signatures of selection can provide valuable insights about the genes or genomic regions that are or
have been under selection pressure, which in turn leads to a better understanding of genotype-phenotype
relationships. The aim of this study was to identify the selection signatures using the unbiased Theta method
associated with resistance to Johne’s disease in two Italian goat breeds.
Materials and Methods: The work described here is a case–control association study using the Illumina
Caprine SNP50 BeadChip to unravel the genes involved in susceptibility of goats to Johne’s disease. Goats in
herds with a high occurrence of Johne's disease were classified as healthy or infected based on the level of serum
antibodies against MAP, and 331 animals were selected for the study. For the Siriana breed 174 samples (87
cases and 87 controls) were selected from 14 herds and for the Jonica breed 157 samples (77 cases and 80
controls) were selected from 10 herds. Cases were defined as animals serologically positive for MAP by ELISA
with a sample to positive ratio (S/P) higher than 0.7 and MAP negative animals had a S/P lower than 0.6.
Positive animals were tested twice with the ID Screen Paratuberculosis confirmation test. The 331 samples were
genotyped using the Illumina GoatSNP50 BeadChip. SNP missing 5% of data, with MAF of <1% and Hardy–
Weinberg equilibrium p-values <10−6
were removed. The genotyping efficiency for samples was also verified,
and samples with more than 5% missing data were removed. Grouping was done to infer selection signatures
based on FST statistic. Bioinformatics inquiries were conducted employing the Ensembl database (Cunningham
et al., 2022), specifically for caprine genes (assembly ARS1). The aim was to pinpoint potential candidate genes
that have either been previously reported in, or are situated within the genomic regions encompassing the peak of
absolute extreme FST values. In this context, regions corresponding to the top and bottom 0.01% of acquired
positive and negative FST scores were earmarked as areas undergoing selection. The identification of genes was
executed through the application of a 250 Kb window both upstream and downstream of each core SNP.
Results and Discussion: By applying a threshold at the 99.90 percentile of the obtained Theta (θ) values, a
1- Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University,
Arak, Iran.
2- Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, University of Ilam. Ilam, Iran.
*Corresponding Author's Email: mohammadi64@araku.ac.ir
464
‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬
‫جلد‬ ‫ن‬
15
‫شماره‬ ،
3
،
‫پاییز‬
1402
total of 13 distinct genomic regions were identified in the Jonica breed. These regions were situated across
chromosomes 1, 5, 7 (in 2 regions), 8, 9 (in 2 regions), 11, 16, 17, 18, and 20 (in 2 regions). Similarly, in the
Siriana breed, genomic regions were pinpointed on chromosomes 3, 5 (in 2 regions), 10, 12, 16, 17, 18, 23, 24,
and 29. Further exploration through bioinformatics tools brought to light the overlap of these genomic regions
with genes associated with the immune system, disease resistance, bacterial infection resilience, response to
oxidative stress, and tumor suppression. The study population size is relatively modest, predominantly due to the
intricacy of procuring a substantial volume of blood samples from goats within commercial herds that have been
diagnosed with JD and are poised for culling. It's worth noting that JD diagnosis and culling procedures are not
infallible preventive measures. The gradual progression of the disease often leads to late-stage diagnosis,
allowing subclinical goats to intermittently excrete MAP in the environment. As the infection and disease
progress, the fecal shedding of MAP increases and contributes to its horizontal transmission. In combination
with genetic improvement (innate protection), vaccination (acquired protection) will support eradicating this
incurable disease.
Conclusions: To conclude, the findings of this study hold potential significance as they offer valuable
insights for identifying genomic regions and subsequently, the genes that influence Johne's disease in goats.
Nonetheless, additional research endeavors are essential to enhance and validate these outcomes. Utilizing a
more extensive sample size, incorporating whole-genome sequencing, and implementing high-density
genotyping are imperative steps to further refine and strengthen these findings.
Keywords: Immune system, Johne’s disease, Theta statistic, Signal selection
،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
…
465
‫نشریه‬
‫پ‬
‫ژوهشهای‬
‫دامی‬ ‫علوم‬
‫ایران‬
Homepage: http://ijasr.um.ac.ir
‫پژوهشی‬ ‫مقاله‬
‫جلد‬
15
‫شماره‬ ،
2
‫پاییز‬ ،
1402
.‫ص‬ ،
473
-
463
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
( ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
JD
‫بز‬ ‫نژادهای‬ ‫در‬ )
‫ّدی‬‫م‬‫مح‬ ‫حسین‬
1
*
‫محمد‬ ،
‫شمس‬
‫اللهی‬
2
:‫دریافت‬ ‫تاریخ‬
20
/
10
/
1401
:‫پذیرش‬ ‫تاریخ‬
20
/
12
/
1401
‫چکیده‬
( ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫یا‬ ‫پاراتوبرکلوزیس‬
JD
‫از‬ ‫یکی‬ )
‫بیماری‬
‫روده‬ ‫التهاب‬ ‫مزمن‬ ‫مهم‬ ‫های‬
‫اتخ‬ ‫نشخووارکننگاان‬ ‫در‬ ‫ای‬
‫خر‬ ‫ضا‬ ‫پخهوهح‬ ‫هخگ‬
،
‫شناتخایی‬
‫نشانه‬
‫می‬ ‫تیریانا‬ ‫و‬ ‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫دو‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫تتا‬ ‫ُریب‬‫ا‬ِ‫ا‬‫ن‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫خور‬ ‫من‬ ‫ایخن‬ ‫بخه‬ ‫باشخگ‬
،
‫مجمخو‬
331
‫برای‬ ‫ضیوان‬
53345
‫نشانگر‬ ‫جایگاه‬
‫ی‬
SNP
‫تراشه‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬
‫های‬
Caprine SNP50 BeadChip
‫داده‬ ‫کیفی‬ ‫کنترل‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫شگنگ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬
-
‫نهای‬ ‫در‬ ‫اولیه‬ ‫های‬
،
51182
‫نشانگر‬
SNP
‫و‬
326
‫اتتفاده‬ ‫مورد‬ ‫ضیوانات‬ ‫شگنگ‬ ‫بعگی‬ ‫آنالیزهای‬ ‫وارد‬ ‫دام‬ ‫رأس‬
‫اتاس‬ ‫بر‬
‫آنتخی‬ ‫آزمون‬
‫نخون‬ ‫تخرم‬ ‫بخادی‬
‫(اال‬
‫بی‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫دتته‬ ‫دو‬ ‫در‬ )‫یزا‬
( ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫ماری‬
162
( ‫بیمار‬ ‫و‬ )
164
‫اروه‬ )
‫صگک‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫با‬ ‫شگنگ‬ ‫بنگی‬
9
/
99
‫ارزش‬ ‫کل‬
‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫تیزده‬ ،‫تتا‬ ‫های‬
‫روی‬ ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬
‫کروموزوم‬
‫های‬
1
،
5
،
7
(
‫دو‬
‫منطقه‬
)
،
8
،
9
(
‫دو‬
‫منطقه‬
)
،
11
،
16
،
17
،
18
‫و‬
20
(
‫دو‬
‫منطقه‬
)
‫همچنخین‬ ‫شگنگ‬ ‫شناتایی‬
،
‫تخیریانا‬ ‫نخهاد‬ ‫در‬
‫ژنو‬ ‫نواضی‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫می‬
‫های‬
3
،
5
،)‫منطقه‬ ‫(دو‬
10
،
12
،
16
،
17
،
18
،
23
،
24
‫و‬
29
‫ژن‬ ‫بررتخی‬ ‫شخگنگ‬ ‫شناتخایی‬ ،‫بودنخگ‬ ‫دامنخه‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫باالتر‬
‫هخای‬
‫ژن‬ ،‫نخواضی‬ ‫ایخن‬ ‫مجخاورت‬ ‫یخا‬ ‫دانخل‬ ‫در‬ ‫کخه‬ ‫داد‬ ‫نشخان‬ ‫منخاق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬
‫هخای‬
IL4
،
IL13
،
TLR2
،
TLR4
،
IFNGR1
،
PGLYRP1
،
CHI3L2
،
PPFIBP1
‫و‬
DENND5B
‫ژن‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫بیوانفورماتیکی‬ ‫بررتی‬ ‫داشتنگ‬ ‫قرار‬
،‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ‫بخا‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫موجود‬ ‫های‬
‫می‬ ‫تحقی‬ ‫این‬ ‫نتایج‬ ‫هتتنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬ ‫ترکوب‬ ‫و‬ ‫اکتیگاتیو‬ ‫اتترس‬ ‫به‬ ‫پاتخ‬ ،‫باکتریایی‬ ‫عفون‬ ‫و‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬
‫ارزشمنگی‬ ‫اقالعاتی‬ ‫منبع‬ ‫توانگ‬
‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫زمینه‬ ‫در‬
‫نتیجه‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫ژنومی‬
،
‫ژن‬
‫آورد‬ ‫فراهم‬ ‫بز‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫های‬
‫واژه‬
‫کلیدی‬ ‫های‬
‫تیگنال‬ ،‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ،‫یون‬ ‫بیماری‬ ،‫تتا‬ ‫آماره‬ :
‫انتواب‬ ‫های‬
‫مقدمه‬
1
( ‫یخون‬ ‫بیماری‬ ‫یا‬ ‫پاراتوبرکلوزیس‬
Johne’s disease
‫بیمخاری‬ ‫از‬ )
-
‫عفون‬ ‫از‬ ‫و‬ ‫متری‬ ‫های‬
‫روده‬ ‫مزمن‬ ‫های‬
‫مخی‬ ‫باریک‬
‫عامخل‬ ‫کخه‬ ‫باشخگ‬
‫آن‬ ‫اصخخخلی‬
‫آویخخخوم‬ ‫مایکوبخخخاکتریوم‬
‫در‬ ‫پخخخاراتوبرکلوزیس‬ ‫زیراونخخخه‬
‫می‬ ‫نشووارکننگاان‬
( ‫باشگ‬
Sweeney et al., 2012
)
‫از‬ ‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬
‫اتترده‬ ‫از‬ ‫شیو‬ ‫جنبه‬
‫مهخم‬ ‫از‬ ‫اقتصخادی‬ ‫اهمی‬ ‫لحاظ‬ ‫از‬ ‫و‬ ‫ترین‬
‫تخرین‬
‫بیماری‬
‫محتو‬ ‫دامپروری‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫ها‬
‫می‬ ‫ب‬
‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬ ‫عالئم‬ ‫شود‬
‫نهایخ‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫مفرط‬ ‫الغری‬ ،‫نونی‬ ‫کم‬ ،‫شگیگ‬ ‫اتهال‬ ‫شامل‬
،
‫بخه‬ ‫منجخر‬
‫می‬ ‫دام‬ ‫مرگ‬
‫بیماری‬ ‫تایر‬ ‫به‬ ‫ضتاتی‬ ‫افزایح‬ ،‫تولیگ‬ ‫کاهح‬ ‫شود‬
‫هخا‬
1
-
،‫اراک‬ ‫دانشخگاه‬ ،‫قبیعخی‬ ‫منخابع‬ ‫و‬ ‫کشخاورزی‬ ‫دانشکگه‬ ،‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫اروه‬ ‫اتتادیار‬
‫ایران‬ ،‫اراک‬
2
-
‫اتتادیار‬
‫اروه‬
‫علوم‬
،‫دامی‬
‫دانشکگه‬
‫کش‬
،‫اورزی‬
‫دانشگاه‬
،‫ایالم‬
،‫ایالم‬
‫ایران‬
*(
-
:‫متئول‬ ‫نویتنگه‬
(Email: mohammadi64@araku.ac.ir
DOI: 10.22067/ijasr.2023.80444.1120
‫اتخ‬ ‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬ ‫اقتصادی‬ ‫پیامگهای‬ ‫از‬ ‫دام‬ ‫موعگ‬ ‫از‬ ‫پیح‬ ‫ضذ‬ ‫و‬
‫جنبه‬ ‫از‬ ‫یکی‬
‫آ‬ ‫ارتبخاط‬ ،‫یخون‬ ‫بیمخاری‬ ‫مخورد‬ ‫در‬ ‫توجخه‬ ‫مورد‬ ‫های‬
‫بخا‬ ‫ن‬
( ‫کرون‬ ‫بیماری‬
Crohn’s disease
‫و‬ ‫مخزمن‬ ‫بیمخاری‬ ‫یخک‬ ‫کخه‬ ‫ات‬ )
‫می‬ ‫انتان‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫مشابه‬
( ‫باشگ‬
Kuenstner et al., 2017
)
‫دهه‬ ‫قی‬
‫ژن‬ ‫شناتایی‬ ‫به‬ ‫تمایل‬ ‫انیر‬ ‫های‬
‫کخه‬ ‫ژنخومی‬ ‫نواضی‬ ‫و‬ ‫ها‬
‫بوده‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬
‫انگ‬
،
‫شناتایی‬ ‫ات‬ ‫بوده‬ ‫افزایح‬ ‫به‬ ‫رو‬
‫نشخانه‬
‫هخای‬
‫می‬ ‫انتواب‬
‫دیگااه‬ ‫توانگ‬
‫ژن‬ ‫مخورد‬ ‫در‬ ‫ارزشمنگی‬ ‫های‬
‫منخاق‬ ‫یخا‬ ‫و‬ ‫هخا‬
‫هتتنگ‬ ‫یا‬ ‫و‬ ‫بوده‬ ‫انتواب‬ ‫فشار‬ ‫تح‬ ‫که‬ ‫ژنومی‬
،
‫نوبخه‬ ‫به‬ ‫که‬ ‫کنگ‬ ‫فراهم‬
‫می‬ ‫فنوتیپ‬ ‫و‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫ارتباط‬ ‫بهتر‬ ‫درک‬ ‫به‬ ‫منجر‬ ‫نود‬
‫شود‬
‫یک‬ ‫چنانچه‬
‫تخایر‬ ‫بخه‬ ‫نتب‬ ‫آن‬ ‫ضامل‬ ‫افراد‬ ‫شایتتگی‬ ‫افزایح‬ ‫باعث‬ ‫جگیگ‬ ‫جهح‬
‫افرا‬
‫می‬ ‫باعث‬ ‫انتواب‬ ،‫شود‬ ‫جامعه‬ ‫د‬
‫شود‬
،
‫شایتختگی‬ ‫دارای‬ ‫کخه‬ ‫افرادی‬
‫باشخنگ‬ ‫داشخته‬ ‫بیشختری‬ ‫مشارک‬ ‫بعگ‬ ‫نتل‬ ‫تشکیل‬ ‫در‬ ‫هتتنگ‬ ‫بیشتری‬
(
Khaltabadi Farahani et al, 2020
)
‫خی‬
‫خ‬‫فراوان‬ ‫خب‬
‫خ‬‫ترتی‬ ‫خگین‬
‫خ‬‫ب‬
‫شایتتگی‬ ‫افزایح‬ ‫در‬ ‫آن‬ ‫تهم‬ ‫به‬ ‫بتته‬ ،‫یافته‬ ‫جهح‬ ‫واریان‬
‫به‬
‫ترع‬
( ‫کخرد‬ ‫نواهخگ‬ ‫افخزایح‬ ‫به‬ ‫شرو‬
Asadollahpour Nanaei et al.,
466
‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬
‫جلد‬ ‫ن‬
15
‫شماره‬ ،
3
،
‫پاییز‬
1402
2022
‫دیگر‬ ‫عبارت‬ ‫به‬ )
،
‫مثب‬ ‫انتواب‬ ‫که‬ ‫هنگامی‬
‫به‬
‫افخزایح‬ ‫تخم‬
‫می‬ ‫پیح‬ ‫مطلوب‬ ‫آلل‬ ‫فراوانی‬
‫جایگاه‬ ،‫رود‬
‫جایگخاه‬ ‫ایخن‬ ‫به‬ ‫نزدیک‬ ‫های‬
‫باشگ‬ ‫ننثی‬ ‫اثرشان‬ ‫هم‬ ‫اار‬
‫به‬
‫آل‬ ‫با‬ ‫بودن‬ ‫پیوتته‬ ‫عل‬
‫تحخ‬ ،‫مطلوب‬ ‫ل‬
‫می‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬
‫عگم‬ ‫و‬ ‫ژنتیکی‬ ‫تنو‬ ‫الگوی‬ ،‫پگیگه‬ ‫این‬ ‫نتیجه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ایرد‬
( ‫لینکاژی‬ ‫تعادل‬
LD
‫جایگاه‬ ‫در‬ )
‫تغییخر‬ ‫انتوابی‬ ‫جهح‬ ‫این‬ ‫اقرا‬ ‫های‬
،‫کرد‬ ‫نواهگ‬
‫به‬
‫قوری‬
‫که‬
‫مخی‬ ‫نزدیخک‬ ‫جگیگ‬ ‫آلل‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫چه‬ ‫هر‬
‫شخویم‬
،
‫و‬ ‫کاهح‬ ‫ژنتیکی‬ ‫تنو‬ ‫میزان‬
LD
‫می‬ ‫پیگا‬ ‫افزایح‬
‫ال‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫کنگ‬
‫گوهخا‬
‫خانه‬
‫خ‬‫نش‬
( ‫خاب‬
‫خ‬‫انتو‬ ‫خای‬
‫خ‬‫ه‬
Selection Signatures
‫خاب‬
‫خ‬‫انتو‬ ‫خای‬
‫خ‬‫ردپ‬ ‫خا‬
‫خ‬‫ی‬ )
(
Selection footprints
‫می‬ ‫افته‬ )
( ‫شود‬
Rostamzadeh Mahdabi
et al., 2021
‫مهم‬ ‫از‬ ‫یکی‬ )
‫آزمون‬ ‫ترین‬
‫نشخانه‬ ‫شناتایی‬ ‫آماری‬ ‫های‬
-
‫تثبیخ‬ ‫شانص‬ ‫یا‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫آماره‬ ،‫انتواب‬ ‫های‬
(
ST
F
‫مخی‬ )
‫باشخگ‬
‫می‬ ‫این‬ ‫روش‬ ‫اصلی‬ ‫مشکالت‬ ‫از‬ ‫یکی‬
‫نمونخه‬ ‫نطای‬ ‫که‬ ‫باشگ‬
‫را‬ ‫ایخری‬
‫نمی‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬
( ‫تتخا‬ ‫نااریب‬ ‫روش‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫مورد‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫ایرد‬
Theta,
θ
‫نشخانه‬ ‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫بخا‬ ‫پهوهشخی‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫تصحیح‬ )
‫هخای‬
‫در‬ ‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ‫پاتخ‬ ‫و‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتواب‬
‫م‬ ‫نهادهای‬
‫با‬ ‫ایران‬ ‫بومی‬ ‫رغ‬
‫اتتفاده‬
‫از‬
‫آماره‬
ST
F
‫نتایج‬ ‫بود‬ ‫شگه‬ ‫انجام‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫تحقی‬ ‫این‬
‫هخای‬
1
،
3
،
5
،
7
،
8
،
10
‫و‬
13
‫نشانه‬ ‫دارای‬
‫شامل‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫هتتنگ‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫ژن‬
‫خگای‬
‫خ‬‫کانگیخ‬ ‫خای‬
‫خ‬‫هخ‬
HSP70
،
HSPA9
،
HSP90AB1
‫و‬
PLCB4
‫آداپت‬ ‫در‬ ‫کلیگی‬ ‫نقح‬ ‫که‬ ‫بودنگ‬
‫بخه‬ ‫مقاومخ‬ ‫و‬ ‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ،‫اتیون‬
( ‫دارنگ‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬
Asadollahpour Nanaei et al., 2022
)
‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫روی‬ ‫پهوهشی‬ ‫قی‬
‫های‬
‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫انتواب‬
ST
F
( ‫اخاوی‬ ‫لکخوز‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬
BLV
)
‫نتایج‬ ‫بود‬ ‫شگه‬ ‫انجام‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫منطقه‬ ‫چهار‬ ‫تحقی‬ ‫این‬
-
‫های‬
1
،
13
،
20
‫و‬
22
‫ژن‬ ‫که‬ ‫کردنگ‬ ‫ازارش‬
‫در‬ ‫موجخود‬ ‫کانگیگای‬ ‫های‬
( ‫بودنخگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬ ‫ترکوب‬ ‫و‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬ ‫مناق‬ ‫این‬
Javan
Nikkhah, 2019
‫شناتخایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعه‬ ‫همچنین‬ )
‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬
‫آمخاره‬ ‫از‬ ‫اتختفاده‬ ‫بخا‬ ‫بیماری‬ ‫و‬ ‫تولیگی‬ ‫صفات‬ ‫با‬
ST
F
‫شخگه‬ ‫انجام‬ ‫شیری‬ ‫ااو‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬
‫بخه‬ ‫منجخر‬ ‫کخه‬ ‫اتخ‬
‫شناتایی‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬
‫های‬
3
،
6
،
7
،
9
‫و‬
27
‫بود‬ ‫شگه‬
‫ژن‬ ‫ضاوی‬ ‫که‬
‫کانگیگای‬ ‫های‬
DEFB4
،
DEFB7
‫و‬
DEFB10
‫مرتبط‬
( ‫بودنگ‬ ‫پتتان‬ ‫ورم‬ ‫بیماری‬ ‫با‬
Saravanan et al., 2021
)
‫با‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫بررتی‬ ‫و‬ ‫نلور‬ ‫ااو‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬
‫خاره‬
‫خ‬‫آم‬ ‫از‬ ‫ختفاده‬
‫خ‬‫ات‬
ST
F
‫روی‬ ‫خومی‬
‫خ‬‫ژن‬ ‫خه‬‫خ‬‫منطق‬ ‫خگین‬
‫خ‬‫چن‬ ‫خه‬
‫خ‬‫ک‬ ‫داد‬ ‫خان‬
‫خ‬‫نش‬
‫خوزوم‬
‫خ‬‫کرومخ‬
‫خای‬
‫خ‬‫هخ‬
1
،
3
،
4
،
9
،
10
،
11
،
18
‫و‬
23
‫از‬ ‫خواهگی‬
‫خ‬‫شخ‬ ‫دارای‬
‫می‬ ‫انتواب‬
‫ضاکی‬ ‫نیز‬ ‫کانگیگا‬ ‫مناق‬ ‫بررتی‬ ‫باشنگ‬
‫ژن‬ ‫کخه‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬
-
‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫اقتصخادی‬ ‫مهخم‬ ‫صخفات‬ ‫بخا‬ ‫منخاق‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫های‬
‫بخازده‬ ‫و‬ ‫بخگن‬ ‫انخگازه‬ ‫و‬ ‫رشگ‬ ،‫نشک‬ ‫و‬ ‫ارم‬ ‫هوای‬ ‫و‬ ‫آب‬ ‫به‬ ‫آداپتاتیون‬
‫نوراک‬
‫هم‬
‫پوشانی‬
( ‫دارنگ‬
Maiorano et al., 2022
)
‫به‬
‫کلی‬ ‫قور‬
،
‫هتختنگ‬ ‫انتوخاب‬ ‫تحخ‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬
،
‫بایتخت‬
‫ی‬
‫صخورت‬ ‫ایخن‬ ‫غیخر‬ ‫در‬ ،‫باشخنگ‬ ‫داشخته‬ ‫عملکخردی‬ ‫و‬ ‫شایتتگی‬ ‫اهمی‬
،
‫انتواب‬
‫آن‬
‫ها‬
‫نمی‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬ ‫تح‬ ‫را‬
،‫شگه‬ ‫بیان‬ ‫مطالب‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬ ‫دهگ‬
‫ژن‬ ‫با‬ ً‫ا‬‫عمگت‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬
‫اقتصخادی‬ ‫مهم‬ ‫صفات‬ ‫و‬ ‫اثر‬ ‫عمگه‬ ‫های‬
‫مخی‬ ‫زیادی‬ ‫اهمی‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫هتتنگ‬ ‫همراه‬
‫باشخنگ‬
(
Azizpour et al.,
2020
)
‫دیگر‬ ‫قر‬ ‫از‬
،
‫آتیب‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫صفات‬ ‫اهمی‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬
‫های‬
‫بیماری‬ ‫از‬ ‫ناشی‬
‫کخاوش‬ ، ‫تحقیخ‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫هگ‬ ،‫تبک‬ ‫دام‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫ها‬
‫نشانه‬ ‫ژنومی‬
‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫کانگیخگای‬ ‫نخواضی‬ ‫شناتخایی‬ ‫و‬ ‫انتوخاب‬ ‫هخای‬
( ‫یون‬ ‫بیماری‬
JD
‫بود‬ ‫بز‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ )
‫روش‬ ‫و‬ ‫مواد‬
‫ها‬
‫در‬
‫ر‬ ‫ضا‬ ‫پهوهح‬
،
‫مجمو‬ ‫ژنوتیپی‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬
331
‫رأس‬
‫بزهای‬
‫به‬ ‫مربوط‬ ‫نویشاونگ‬ ‫غیر‬
157
‫نهاد‬ ‫نمونه‬
‫جانیکخا‬
(
77
‫بخه‬ ‫مقخاوم‬ ‫رأس‬
‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬
80
‫بیمار‬ ‫رأس‬
)
‫و‬
174
( ‫تیریانا‬ ‫نهاد‬ ‫بزهای‬ ‫نمونه‬
87
‫و‬ ‫خالم‬
‫خ‬‫ت‬ ‫خا‬
‫خ‬‫ی‬ ‫خاری‬
‫خ‬‫بیم‬ ‫خه‬
‫خ‬‫ب‬ ‫خاوم‬
‫خ‬‫مق‬ ‫رأس‬
87
‫ختفاده‬
‫خ‬‫ات‬ )‫خار‬
‫خ‬‫بیم‬ ‫رأس‬
‫خگ‬
‫خ‬‫ش‬
(
Minozzi et al., 2023
)
‫اتختورا‬ ‫مخگیری‬ ‫که‬ ‫ات‬ ‫ذکر‬ ‫به‬ ‫الزم‬
DNA
‫نمونه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫و‬
‫ایتالیا‬ ‫کشور‬ ‫میالن‬ ‫دانشگاه‬ ‫توتط‬ ‫نیز‬ ‫ها‬
‫باالی‬ ‫کیفی‬ ‫و‬ ‫کمی‬ ‫از‬ ‫اقمینان‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬
DNA
‫اتختورا‬
‫نمونه‬ ،‫شگه‬
‫آرایه‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ها‬
‫آرایخه‬ ‫بخا‬ ‫ایلومینخا‬ ‫شخرک‬ ‫هخای‬
‫هخای‬
Caprine SNP50 BeadChip
‫داده‬ ‫شگنگ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬
‫مخورد‬ ‫های‬
‫داده‬ ‫ذنیخره‬ ‫بخرنط‬ ‫پایگخاه‬ ‫در‬ ‫پخهوهح‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫اتتفاده‬
‫ژنخومی‬ ‫هخای‬
ownCloud
( ‫دتترتی‬ ‫شماره‬ ‫با‬
u8yfoXKCaIPxelQ
‫دتترس‬ ‫در‬ )
‫می‬
‫باشگ‬
‫داده‬ ‫کیفی‬ ‫از‬ ‫اقمینان‬ ‫جه‬
‫در‬ ‫ژنوتیخپ‬ ‫تعیخین‬ ‫از‬ ‫ضاصخل‬ ‫هخای‬
‫نها‬ ‫تجزیه‬
‫ی‬
‫داده‬ ‫ویرایح‬ ،‫ی‬
‫مراضخ‬ ‫و‬ ‫هخا‬
‫بخا‬ ‫کیفیخ‬ ‫کنتخرل‬ ‫موتلخف‬ ‫ل‬
‫اتتفاده‬
‫نرم‬
‫افزار‬
PLINK
‫(نتوه‬
9
/
1
( )
Purcell et al., 2007
‫روی‬ )
‫داده‬
‫مرضلخه‬ ‫نوتتین‬ ‫در‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬ ‫شگه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫اولیه‬ ‫های‬
،
‫دام‬
-
‫بعخگی‬ ‫آنالیزهخای‬ ‫از‬ ‫رفتخه‬ ‫دت‬ ‫از‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫درصگ‬ ‫پنج‬ ‫از‬ ‫بیح‬ ‫با‬ ‫هایی‬
‫دو‬ ‫از‬ ‫تپس‬ ‫شگنگ‬ ‫ضذ‬
( ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬ ‫عامل‬
MAF
‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ )
( ‫ژنوتیپ‬
Call rate
‫نشانگر‬ ‫هر‬ ‫برای‬ )
SNP
‫و‬ ‫شخگه‬ ‫محاتخبه‬
SNP
-
‫دام‬ ‫مجمو‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫هایی‬
‫دارای‬ ‫ها‬
MAF
‫و‬
Call rate
‫به‬
‫کمتخر‬ ‫ترتیخب‬
‫و‬ ‫درصگ‬ ‫یک‬ ‫از‬
95
‫بودنگ‬ ‫درصگ‬
،
‫اذاشخته‬ ‫کنار‬ ‫آنالیزها‬ ‫بعگی‬ ‫مراضل‬ ‫از‬
‫نشانگرهای‬ ‫تپس‬ ‫شگنگ‬
‫باقی‬
‫مانگه‬
‫که‬
‫بخه‬
‫هخاردی‬ ‫تعخادل‬ ‫از‬ ‫شخگت‬
-
( ‫داشتنگ‬ ‫انحرا‬ ‫واینبرگ‬
6
-
10
˂
values
-
p
)
‫به‬
‫از‬ ‫دیگخری‬ ‫معیار‬ ‫عنوان‬
‫شگنگ‬ ‫اذاشته‬ ‫کنار‬ ‫نهایی‬ ‫آنالیز‬ ‫از‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نطای‬
‫مؤلفه‬ ‫آنالیز‬
( ‫اصلی‬ ‫های‬
PCA
‫کنتخرل‬ ‫مراضخل‬ ‫اذرانخگن‬ ‫از‬ ‫پخس‬ )
‫داده‬ ‫کیفی‬
‫نرم‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ها‬
‫افزار‬
PLINK V1.9
‫اخرا‬ ‫و‬ ‫محاتبه‬
PCA
‫تو‬
‫نرم‬ ‫تط‬
‫برنامه‬ ‫افزار‬
R
‫نتوه‬
2
/
4
‫تخا‬ ‫شخگ‬ ‫ترتخیم‬
‫عخالوه‬
‫بخر‬
‫دام‬ ،‫نهادها‬ ‫تفکیک‬
‫بخرای‬ ،‫دارنگ‬ ‫قرار‬ ‫نود‬ ‫نهادی‬ ‫توده‬ ‫از‬ ‫نار‬ ‫که‬ ‫هایی‬
‫شونگ‬ ‫شناتایی‬ ‫ضذ‬
،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
…
467
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫آماری‬ ‫آنالیز‬
‫انتخاب‬ ‫های‬
‫پهوهح‬ ‫این‬ ‫در‬
،
‫نشخانه‬ ‫شناتخایی‬ ‫برای‬
‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫انتوخاب‬ ‫هخای‬
‫ابتگا‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬
‫بخه‬ ‫بیماری‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫ابتال‬ ‫براتاس‬ ‫ضیوانات‬
‫دتته‬ )‫(شاهگ‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ )‫(موردی‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫اروه‬ ‫دو‬
‫بنخگی‬
‫دتخته‬ ‫و‬ ‫شناتایی‬ ‫برای‬ ‫شگنگ‬
‫دام‬ ‫بنخگی‬
‫ایخن‬ ‫در‬ ‫بررتخی‬ ‫مخورد‬ ‫هخای‬
‫آنتی‬ ‫آزمایح‬ ‫از‬ ‫پهوهح‬
‫دام‬ )‫(اآلیزا‬ ‫نون‬ ‫ترم‬ ‫بادی‬
‫و‬ ‫شخگه‬ ‫اتتفاده‬ ‫ها‬
‫دام‬
‫و‬ )‫(شاهگ‬ ‫بیمار‬ ، ‫مثب‬ ‫ترم‬ ‫های‬
‫دام‬
‫بخه‬ ‫مقخاوم‬ ،‫منفخی‬ ‫تخرم‬ ‫هخای‬
‫دتته‬ )‫(موردی‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬
‫شناتخایی‬ ‫بخرای‬ ‫تخپس‬ ‫شخگنگ‬ ‫بنخگی‬
‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫آزمون‬ ‫از‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫نواضی‬
ST
F
‫آزمخون‬ ‫شگ‬ ‫اتتفاده‬
‫خی‬
‫خ‬‫جمعیت‬ ‫خایز‬
‫خ‬‫تم‬
ST
F
( ‫خ‬
‫خ‬‫رای‬ ‫روش‬ ‫دو‬ ‫خه‬‫خ‬‫ب‬
Wright, 1965
‫روش‬ ‫و‬ )
( ‫تتا‬ ‫نااریب‬ ‫برآوردار‬
( )
Weir and Cockerham, 1984
‫محاتخبه‬ )
‫می‬
‫اخرفتن‬ ‫خر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫عخگم‬ ، ‫رایخ‬ ‫روش‬ ‫اصخلی‬ ‫مشکالت‬ ‫از‬ ‫یکی‬ ‫شود‬
‫نمونه‬ ‫نطای‬
‫کوکرهام‬ ‫و‬ ‫ویر‬ ‫توتط‬ ‫مشکل‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫ات‬ ‫ایری‬
(
Weir
and Cockerham, 1984
)
‫متختقل‬ ‫که‬ ‫شگ‬ ‫تصحیح‬ ‫تتا‬ ‫روش‬ ‫ارائه‬ ‫با‬
‫از‬
‫اروه‬ ‫شمار‬
‫نمونه‬ ‫های‬
‫اتخ‬ ‫اروه‬ ‫هر‬ ‫دانل‬ ‫افراد‬ ‫شمار‬ ‫و‬ ‫شگه‬ ‫ایری‬
‫ارزش‬
‫به‬ ‫های‬
‫روش‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬
‫اتخ‬ ‫متغیخر‬ ‫یک‬ ‫تا‬ ‫صفر‬ ‫بین‬ ‫ها‬
‫محاتبه‬
‫محیط‬ ‫در‬ ‫تتا‬ ‫و‬ ‫رای‬ ‫روش‬ ‫دو‬ ‫به‬ ‫مربوط‬ ‫های‬
R
‫برنامه‬
‫نویتخی‬
‫تیگنال‬ ‫بهتر‬ ‫شناتایی‬ ‫جه‬ ‫شگ‬
‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫بخه‬
‫جخای‬
‫ارزش‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬
‫هخر‬ ‫عگدی‬
SNP
‫میخانگین‬ ‫از‬
‫ارزش‬ ‫ایخری‬
‫هخای‬
‫عگدی‬
SNP
‫مجخاور‬ ‫هخای‬
‫بخه‬
‫روش‬
Creeping Window
(
CW
‫بخا‬ )
‫قول‬
500
( ‫شخگ‬ ‫اتختفاده‬ ‫بخاز‬ ‫جف‬ ‫کیلو‬
Kim et al., 2015
‫تنهخا‬ ‫و‬ )
1
/
0
‫ارزش‬ ‫مجخاور‬ ‫نشخانگرهای‬ ‫تمام‬ ‫آن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫درصگ‬
،‫داشتنگ‬ ‫باالیی‬
‫به‬
‫نشانه‬ ‫عنوان‬
‫های‬
‫شخگنگ‬ ‫تعیخین‬ ‫و‬ ‫شناتخایی‬ ‫انتوخاب‬
(
Kijas et al., 2012
; Saravanan et al., 2021
‫تحقیخ‬ ‫این‬ ‫در‬ )
،
‫ارزش‬ ‫ارا‬ ‫ترتیم‬ ‫برای‬
‫های‬
Win10
‫از‬ ‫ژنخومی‬ ‫موقعیخ‬ ‫مقابخل‬ ‫در‬
‫نرم‬ ‫بتته‬
‫افزاری‬
ggplot
‫برنامه‬ ‫در‬
R
‫اردیگ‬ ‫اتتفاده‬
‫ب‬
‫ژن‬ ‫ررسی‬
‫ی‬ ‫اا‬ ‫ژناامی‬ ‫مناانو‬ ‫مر‬ ‫شادر‬ ‫زازارش‬ ‫هاای‬
‫نشانه‬
‫انتخاب‬ ‫های‬
‫بخر‬ ‫نشخانگرها‬ ‫کردن‬ ‫مرتب‬ ‫از‬ ‫پس‬
‫بخا‬ ‫شخگه‬ ‫محاتخبه‬ ‫ارزش‬ ‫پایخه‬
‫نرم‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬
‫افزار‬
Excel
‫صگک‬
9
/
99
‫بخرای‬ ‫کخه‬ ‫مناققی‬ ‫و‬ ‫محاتبه‬
‫داشتنگ‬ ‫باالیی‬ ‫ارزش‬ ‫مجاور‬ ‫نشانگرهای‬ ‫همه‬
،
‫به‬
‫انتوخاب‬ ‫نشخانه‬ ‫عنوان‬
‫مناق‬ ‫شگنگ‬ ‫ارفته‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬
‫مخی‬ ‫تتا‬ ‫باالی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬
‫نشخان‬ ‫تواننخگ‬
-
‫اروه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشنگ‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫دهنگه‬
‫بیمخار‬ ‫و‬ )‫(مخوردی‬ ‫تالم‬ ‫های‬
)‫(شاهگ‬
‫به‬
‫بررتخی‬ ‫برای‬ ‫باشنگ‬ ‫ارفته‬ ‫قرار‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬ ‫متمایز‬ ‫صورت‬
‫ژن‬
‫و‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫های‬
250
‫جف‬ ‫کیلو‬
‫اقرا‬ ‫باز‬
‫آن‬
‫ها‬
‫بخخرنط‬ ‫اقالعخخاتی‬ ‫پایگخخاه‬ ‫از‬
Genes 108
Ensembl
Database
‫به‬
‫وتیله‬
BioMart
(
www.ensembl.org/biomart
‫بررتخی‬ ‫مخورد‬ )
‫ژن‬ ‫عملکرد‬ ‫بهتر‬ ‫تفتیر‬ ‫برای‬ ‫ارف‬ ‫قرار‬
‫های‬
‫به‬
‫پایگخاه‬ ‫از‬ ‫آمخگه‬ ‫دت‬
‫آنالیخخخخخخخخخخخن‬ ‫اقالعخخخخخخخخخخخاتی‬ ‫هخخخخخخخخخخخای‬
GeneCards
(
http://www.genecards.org
‫و‬ )
UniProtKB
(
http://www.uniprot.org
‫شگ‬ ‫اتتفاده‬ )
‫بحث‬ ‫و‬ ‫نتایج‬
‫م‬
‫مجمو‬ ‫روی‬ ‫کیفی‬ ‫کنترل‬ ‫موتلف‬ ‫راضل‬
53345
‫نشانگر‬
SNP
‫در‬
157
( ‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫بز‬ ‫رأس‬
77
‫و‬ ‫تخالم‬ ‫یخا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫رأس‬
80
‫تعگاد‬ ‫ابتگا‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬ )‫بیمار‬ ‫رأس‬
‫پنج‬
‫بز‬ ‫رأس‬
‫به‬
‫درصگ‬ ‫عل‬
SNP
‫از‬ ‫کمتر‬ ‫شگه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬
95
‫بخین‬ ‫از‬ ‫شگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫درصگ‬
SNP
‫هخای‬
‫تعگاد‬ ‫نیز‬ ‫اولیه‬
1135
‫و‬
961
‫به‬ ‫نشانگر‬
‫پخایین‬ ‫دلیخل‬
‫بخودن‬
‫بخه‬
‫ترتیخب‬
‫نهایخ‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬
،
‫تعخگاد‬
67
‫نشانگر‬
SNP
‫به‬
‫هاردی‬ ‫تعادل‬ ‫از‬ ‫انحرا‬ ‫ناقر‬
-
‫مراضل‬ ‫از‬ ‫واینبرگ‬
‫پایخان‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫اذاشته‬ ‫کنار‬ ‫بعگی‬
،
‫کنتخرل‬ ‫مراضخل‬ ‫اجخرای‬ ‫از‬ ‫پخس‬
‫داده‬ ‫کیفی‬
،‫ها‬
51182
‫و‬ ‫نشانگر‬
152
( ‫دام‬ ‫رأس‬
75
‫و‬ ‫تالم‬
77
)‫بیمار‬
‫داده‬ ‫فیلتراتیون‬ ‫موتلف‬ ‫مراضل‬ ‫توانتتنگ‬
‫و‬ ‫تجزیه‬ ‫برای‬ ‫و‬ ‫بگذراننگ‬ ‫را‬ ‫ها‬
‫تحلیل‬
‫بماننگ‬ ‫باقی‬ ‫بعگی‬ ‫های‬
‫تعگاد‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫همچنین‬
174
( ‫تخیریانا‬ ‫نخهاد‬ ‫بخز‬ ‫رأس‬
87
‫رأس‬
‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬
87
‫ضیوانی‬ ‫هیچ‬ ،)‫بیمار‬ ‫رأس‬
‫به‬
‫درصگ‬ ‫عل‬
SNP
‫تعیین‬
‫از‬ ‫کمتخر‬ ‫شخگه‬ ‫ژنوتیپ‬
95
‫بخین‬ ‫از‬ ‫شخگنگ‬ ‫ضخذ‬ ‫درصخگ‬
SNP
‫تعگاد‬ ‫نیز‬ ‫اولیه‬ ‫های‬
1362
‫و‬
725
‫به‬ ‫نشانگر‬
‫پایین‬ ‫دلیل‬
‫بودن‬
‫بخه‬
‫شگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬ ‫ترتیب‬
‫؛‬
‫نهای‬ ‫در‬ ‫و‬
،
‫تعگاد‬
73
‫نشانگر‬
SNP
‫به‬
‫هخاردی‬ ‫تعادل‬ ‫از‬ ‫انحرا‬ ‫ناقر‬
-
‫از‬ ‫واینبخرگ‬
‫اذاشخ‬ ‫کنار‬ ‫بعگی‬ ‫مراضل‬
‫پایخان‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫ته‬
،
‫مراضخل‬ ‫اجخرای‬ ‫از‬ ‫پخس‬
‫داده‬ ‫خ‬
‫خ‬‫کیفی‬ ‫خرل‬
‫خ‬‫کنت‬
،‫خا‬
‫خ‬‫ه‬
51185
‫و‬ ‫خانگر‬
‫خ‬‫نش‬
174
‫ختنگ‬
‫خ‬‫توانت‬ ‫دام‬ ‫رأس‬
‫داده‬ ‫فیلتراتیون‬ ‫موتلف‬ ‫مراضل‬
‫بگذراننگ‬ ‫را‬ ‫ها‬
.
‫به‬
‫اروه‬ ‫در‬ ‫ضیوانات‬ ‫ارفتن‬ ‫قرار‬ ‫نحوه‬ ‫بررتی‬ ‫ور‬ ‫من‬
،‫نخهادی‬ ‫هخای‬
‫تحلیل‬ ‫و‬ ‫تجزیه‬
PCA
‫ب‬ ‫با‬
‫ه‬
‫بخین‬ ‫ژنخوتیپی‬ ‫تعیخین‬ ‫اقالعخات‬ ‫کارایری‬
‫نه‬
‫جانیکا‬ ‫ادهای‬
‫تیریانا‬ ‫و‬
‫به‬
‫متمخایز‬ ‫راهخی‬ ‫عنوان‬
‫بخه‬
‫توصخیف‬ ‫خور‬ ‫من‬
‫آنالیز‬ ‫نتایج‬ ‫ارف‬ ‫قرار‬ ‫تحلیل‬ ‫و‬ ‫تجزیه‬ ‫مورد‬ ‫واارایی‬
PCA
‫داد‬ ‫نشان‬
‫با‬ ‫که‬
PC1
‫و‬ ‫تیریانا‬ ‫نهاد‬
PC2
‫جانیکا‬ ‫نهاد‬
‫به‬
‫تفکیک‬ ‫یکگیگر‬ ‫از‬ ‫نوبی‬
‫نقطه‬ ‫هیچ‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫شگنگ‬ ‫جگا‬ ‫و‬
‫هم‬ ‫با‬ ‫ای‬
‫هم‬
‫پوشانی‬
‫نگارنگ‬
‫اینکه‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬
‫عالوه‬ ،‫انتواب‬
‫جایگخاه‬ ‫تخودمنگ‬ ‫جهخح‬ ‫بر‬
‫هخای‬
‫مخی‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬ ‫تح‬ ‫هم‬ ‫را‬ ‫آن‬ ‫مجاور‬
( ‫دهخگ‬
Akey et al., 2002
‫در‬ ،)
‫تیگنال‬ ‫بهتر‬ ‫شناتایی‬ ‫جه‬ ‫پهوهح‬ ‫این‬
‫ژنخوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫به‬
‫هر‬ ‫عگدی‬ ‫ارزش‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫جای‬
SNP
‫میانگین‬ ،
‫ارزش‬ ‫ایخری‬
-
‫عگدی‬ ‫های‬
SNP
‫مج‬ ‫های‬
‫به‬ ‫اور‬
‫روش‬
CW
‫قول‬ ‫با‬
10
SNP
‫صورت‬
‫تنها‬ ‫و‬ ‫ارف‬
1
/
0
‫نشخانگرهای‬ ‫تمخام‬ ‫آن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫درصگ‬
‫به‬ ،‫باشنگ‬ ‫باالیی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫مجاور‬
‫نشانه‬ ‫عنوان‬
‫شناتایی‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫(شکل‬ ‫شگنگ‬ ‫تعیین‬ ‫و‬
‫های‬
2
‫و‬
3
)
468
‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬
‫جلد‬ ‫ن‬
15
‫شماره‬ ،
3
،
‫پاییز‬
1402
‫شکل‬
1
-
‫نوشه‬
‫ضیوانات‬ ‫بنگی‬
‫اتاس‬ ‫بر‬
‫آن‬
‫الیز‬
PCA
‫ضیوانات‬ ‫تمام‬ ‫ژنوتیپی‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬
Figure 1- Animals clustered on the basis of principal components analysis (PCA) using genotyping information animals
‫شکل‬
2
-
‫ارزش‬ ‫توزیع‬
‫های‬
win10
‫تالم‬ ‫ضیوانات‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫تتا‬
‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬
Figure 1- Distribution of 10 windowed theta values for healthy and patient in Jonica breed of Johne’s disease
‫ژنومی‬ ‫موقعی‬
SNP
‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬ ‫ها‬
X
‫ارزش‬ ‫و‬
‫تتای‬ ‫های‬
‫آن‬
‫ها‬
‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬
Y
‫نشان‬ ‫شگه‬ ‫ترتیم‬ ‫نط‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫داده‬ ‫نشان‬
‫دهنگه‬
9
/
99
‫کروموزوم‬ ‫صگک‬
‫ات‬ ‫ها‬
The SNP position on different chromosomes shown on the X-axis, and theta values are plotted on the Y-axis. The values above the
line are in the 99.9 percentile of all Theta values.
،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
…
469
‫شکل‬
3
-
‫توزیع‬
‫ارزش‬
‫های‬
win10
‫تیریانا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫ضیوانات‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫تتا‬
Figure 1- Distribution of 10 windowed theta values for healthy and patient in Siriana breed of Johne’s disease
‫ژنومی‬ ‫موقعی‬
SNP
‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬ ‫ها‬
X
‫ارزش‬ ‫و‬
‫تتای‬ ‫های‬
‫آن‬
‫ها‬
‫بر‬
‫محور‬ ‫روی‬
Y
‫نشان‬ ‫شگه‬ ‫ترتیم‬ ‫نط‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫داده‬ ‫نشان‬
‫دهنگه‬
9
/
99
‫کروموزوم‬ ‫صگک‬
‫ات‬ ‫ها‬
The SNP position on different chromosomes shown on the X-axis, and theta values are plotted on the Y-axis. The values above the
line are in the 99.9 percentile of all Theta values.
‫تو‬ ‫شگه‬ ‫ارفته‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫آتتانه‬ ‫ضگ‬
‫که‬ ‫مناققی‬ ‫فقط‬ ‫و‬ ‫بود‬ ‫ایرانه‬
‫می‬ ‫نشان‬ ‫را‬ ‫نهادها‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫را‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫بیشترین‬
‫بخا‬ ‫مشخابه‬ ‫و‬ ‫دهنگ‬
( ‫همکاران‬ ‫و‬ ‫ژو‬ ‫مطالعه‬
Zhu et al., 2015
‫نخهاد‬ ‫اوتخفنگان‬ ‫روی‬ ‫بر‬ )
‫مناققی‬ ‫بود‬ ‫موتلف‬
‫م‬ ‫تتا‬ ‫باالی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫که‬
‫ی‬
‫نشخان‬ ‫تواننگ‬
‫دهنخگه‬
‫اروه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشنگ‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬
‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫های‬
‫متمخایز‬ ‫صخورت‬
‫می‬ ‫و‬ ‫ارفته‬ ‫قرار‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬
‫به‬ ‫تواننگ‬
‫صخف‬ ‫این‬ ‫برای‬ ‫کانگیگا‬ ‫عنوان‬
‫باشنگ‬ ‫مطالعه‬ ‫مورد‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬ ‫اقتصادی‬ ‫مهم‬
‫به‬ ‫نتایج‬
،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬
13
‫بخر‬ ‫ژنخومی‬ ‫ناضیه‬
‫ک‬ ‫روی‬
‫روموزوم‬
‫های‬
1
،
5
،
7
،)‫منطقخه‬ ‫(دو‬
8
،
9
،)‫منطقخه‬ ‫(دو‬
11
،
16
،
17
،
18
‫و‬
20
‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫داشخته‬ ‫باالیی‬ ‫جمعیتی‬ ‫تفرق‬ )‫منطقه‬ ‫(دو‬
‫باالتر‬ ‫تتای‬
1
/
0
‫می‬ ‫درصگ‬
‫(شکل‬ ‫باشنگ‬
1
‫نخهاد‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫همچنین‬ )
‫به‬ ‫نتایج‬ ‫تیریانا‬
‫روی‬ ‫ژنخومی‬ ‫منخاق‬ ‫کخه‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬ ‫ضاکی‬ ،‫آمگه‬ ‫دت‬
‫خوزوم‬
‫خ‬‫کرومخ‬
‫خای‬
‫خ‬‫هخ‬
3
،
5
،
10
،
12
،
16
،
17
،
18
،
23
،
24
‫و‬
29
‫خرق‬
‫خ‬‫تفخ‬
‫جمعیخ‬ ‫دو‬ ‫بخین‬ ‫بخاالیی‬ ‫تتخای‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫داشخته‬ ‫باالیی‬ ‫جمعیتی‬
‫(شکل‬ ‫داش‬ ‫قرار‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬
2
)
‫نشانه‬ ‫روش‬ ‫از‬
‫شناتخایی‬ ‫جهخ‬ ‫تخاکنون‬ ‫تتخا‬ ‫آماره‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬
‫دام‬ ‫در‬ ‫موتلف‬ ‫های‬
‫های‬
‫اتختفاده‬ ‫اهلی‬
‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫بررتی‬ ‫یک‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬
‫جمعیتخی‬ ‫تمایز‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫آلمانی‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫در‬ ‫پتتان‬ ‫ورم‬ ‫بیماری‬
‫نتایج‬ ‫کردنگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫تتا‬
‫آن‬
‫ها‬
‫کانگیگا‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫به‬ ‫منجر‬
‫خوزوم‬
‫خ‬‫کروم‬ ‫روی‬
‫خای‬
‫خ‬‫ه‬
1
،
3
،
5
،
6
،
14
،
21
‫و‬
28
‫خ‬
‫خ‬‫بررت‬ ‫و‬ ‫خود‬
‫خ‬‫ب‬ ‫خگه‬
‫خ‬‫ش‬
‫ی‬
‫ژن‬ ‫که‬ ‫داد‬ ‫نشان‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫بیوانفورماتیکی‬
‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫موجود‬ ‫های‬
‫بیماری‬ ،‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬
‫تیتختم‬ ‫و‬ ‫تخرقان‬ ‫انخوا‬ ،‫ایمنخی‬ ‫نخود‬ ‫های‬
‫می‬ ‫مرتبط‬ ‫عصبی‬
( ‫باشنگ‬
Abbasi Moshaii, 2018
)
‫ژن‬ ،‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫شناتایی‬ ‫از‬ ‫پس‬
‫در‬ ‫موجخود‬ ‫هخای‬
‫بیوشخیمیایی‬ ‫عملکخرد‬ ‫و‬ ‫شناتخایی‬ ‫منخاق‬ ‫این‬
‫آن‬
‫هخا‬
‫شخگنگ‬ ‫بررتخی‬
‫(جگاول‬
1
‫و‬
2
)
‫ژن‬
‫جخگاول‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫مشوص‬ ‫های‬
2
-
1
‫عملکردهخای‬
‫عفونخ‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ،‫بگن‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫در‬ ‫متفاوتی‬
‫و‬ ‫باکتریخایی‬ ‫هخای‬
‫می‬ ‫که‬ ‫بوده‬ ‫انگلی‬
‫تواننگ‬
‫بخه‬
‫صخف‬ ‫بخا‬ ‫متختقیم‬ ‫غیخر‬ ‫و‬ ‫متختقیم‬ ‫قخور‬
‫بیمار‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬
‫باشنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫یون‬ ‫ی‬
‫مجمو‬ ‫در‬
،
75
‫بودنخگ‬ ‫انتوابی‬ ‫منطقه‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژن‬
،
‫ایخن‬ ‫از‬
‫ژن‬ ‫ایخن‬ ‫به‬ ‫مربوقه‬ ‫اقالعات‬ ‫شگنگ‬ ‫تعیین‬ ‫قری‬
‫جخگاول‬ ‫در‬ ‫هخا‬
2
-
1
‫بوخح‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫آورده‬
،
‫ژن‬ ‫از‬ ‫برنخی‬
‫تحخ‬ ً‫ال‬‫اضتمخا‬ ‫کخه‬ ‫هخا‬
‫بوده‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫مثب‬ ‫انتواب‬
‫انخگ‬
،
‫تحلیخل‬ ‫و‬ ‫بحخث‬ ‫مخورد‬
‫قر‬
‫می‬ ‫ار‬
‫ژن‬ ‫از‬ ‫شماری‬ ‫ایرنگ‬
‫بررتی‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫ها‬
‫بخه‬
‫نشخانه‬ ‫عنخوان‬
‫هخای‬
‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫انتواب‬
‫بررتی‬ ‫با‬ ،‫انگ‬
‫هم‬ ‫پیشین‬ ‫های‬
‫داش‬ ‫نوانی‬
‫قرار‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫ات‬ ‫ممکن‬ ‫ایمنی‬ ‫تامانه‬ ‫عملکرد‬ ‫برای‬ ‫قوی‬ ‫انتواب‬
‫عامل‬ ‫معرض‬ ‫در‬ ‫ضیوانات‬ ‫ارفتن‬
‫بیماری‬ ‫های‬
‫در‬ ‫تغییر‬ ‫هنگام‬ ‫جگیگ‬ ‫زای‬
‫اهلخ‬ ‫بخرای‬ ‫پرورشخی‬ ‫مگیری‬
‫شخکل‬ ‫و‬ ‫شخگن‬ ‫ی‬
‫دهخگ‬ ‫رخ‬ ‫نخهاد‬ ‫ایخری‬
(
Ramey et al., 2013
‫اینترلوکین‬ )
‫تایتوکین‬ ‫نانواده‬ ‫از‬ ‫جزوی‬ ‫ها‬
‫هخا‬
‫می‬
‫تایتوکین‬ ‫باشنگ‬
( ‫ها‬
Cytokines
‫مولکخول‬ ‫از‬ ‫بزرای‬ ‫نانواده‬ )
‫هخای‬
‫دارنخگ‬ ‫التهخاب‬ ‫بخه‬ ‫پاتخ‬ ‫در‬ ‫یمی‬ ‫تن‬ ‫نقح‬ ‫که‬ ‫هتتنگ‬ ‫آب‬ ‫در‬ ‫ضل‬ ‫قابل‬
‫تایتوکین‬
‫پروتئ‬ ‫ها‬
‫ین‬
‫نقخح‬ ‫ایمنخی‬ ‫خیم‬ ‫تن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫هتتنگ‬ ‫محلولی‬ ‫های‬
‫دارنگ‬
‫به‬
‫قوری‬
‫که‬
‫نقخح‬ ‫اکتتخابی‬ ‫ایمنخی‬ ‫در‬ ‫هم‬ ‫و‬ ‫ذاتی‬ ‫ایمنی‬ ‫در‬ ‫هم‬
470
‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬
‫جلد‬ ‫ن‬
15
‫شماره‬ ،
3
،
‫پاییز‬
1402
‫ژن‬ ‫دارنگ‬
‫های‬
IL4
،
IL5
‫و‬
IL13
‫تایتوکین‬ ‫اروه‬ ‫جزو‬ ‫هم‬
‫ها‬
(
IL1a,
IL1ß, IL4R, IL5, IL7, IL15, IL23A, IFN-c
‫در‬ ‫کلیگی‬ ‫نقح‬ )
‫پاتخ‬
( ‫دارنگ‬ ‫ایمنی‬ ‫های‬
https://www.genecards.org
‫مطالع‬ ‫در‬ )
‫ه‬
-
،‫چینی‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫در‬ ‫ای‬
‫ژن‬
IL5
‫و‬
IL23R
‫ایمنخی‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬
‫بیماری‬ ‫با‬ ‫ذاتی‬
‫آویوم‬ ‫مایوباکتریوم‬
‫پخاراتوبرکلوزیس‬ ‫اونه‬ ‫زیر‬
‫اخزارش‬
( ‫ات‬ ‫شگه‬
Gao et al., 2018
)
‫ب‬ ‫و‬ ‫اوتفنگ‬ ‫در‬ ‫تتا‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬
‫نهاد‬ ‫ز‬
‫با‬ ‫مصر‬ ‫بومی‬ ‫بارکی‬
49000
‫نشانگر‬
SNP
‫نخواضی‬ ‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫با‬
‫که‬ ‫داد‬ ‫نشان‬ ‫نشک‬ ‫و‬ ‫ارم‬ ‫هوای‬ ‫و‬ ‫آب‬ ‫به‬ ‫مثب‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫منطقه‬ ‫چنگین‬
‫هخای‬
1
،
3
،
7
،
10
،
12
،
13
،
17
،
19
‫و‬
21
‫می‬ ‫انتواب‬ ‫از‬ ‫شواهگی‬ ‫دارای‬
‫ژن‬ ‫بررتی‬ ‫باشنگ‬
‫ازارش‬ ‫های‬
( ‫شگه‬
IL2
،
IL7
،
IL21
‫و‬
IL1R1
‫بخا‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬ ‫ضاکی‬ )
‫ژن‬
‫تیتختم‬ ‫پاتخخ‬ ‫و‬ ‫عصخبی‬ ‫تیتختم‬ ،‫ارمایی‬ ‫اتترس‬ ‫به‬ ‫مرتبط‬ ‫های‬
‫ایمنی‬
‫هم‬
‫پوشانی‬
( ‫دارنگ‬
Kim et al., 2015
)
‫جدول‬
1
-
‫ژن‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬
‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬
‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬
Table 1- Genomic regions containing selection signatures in resistant animals with Johne’s disease, and genes reported in these
genomic regions in Jonica breed
‫کروموزوم‬ ‫شماره‬
Number of
chromosome
)‫باز‬ ‫(جف‬ ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬
Genomic position (bp)
‫ژن‬
‫موجود‬ ‫های‬
‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬
Reported genes in the region
1 85422458:85922458 U6, FXR1
5 43264473:43764473 BEST3, LRRC10, CCT2, FRS2
7 88434373:88934373 SLC22A4, IRF1, IL5, RAD50, IL13, IL4
7 54412582:54912582 KIF3A, KIF4A
8 106466079:106966079 TLR4, PEX7, SLC35D3
9 42736335:43236335 IL20RA, IL22RA2
9 61948202:62448202 IL22RA2, IFNGR1
11 4221335:4721335 LIPT1, MITD1, MRPL30, LYG2, LYG1, TXNDC9, EIF5B, REV1
16 20765529:21265529 LYPLAL1
17 66587333:67087333 MND1, TMEM131L, TLR2, RNF175, SFRP2
18 54312264:54812264
QPCTL, FBXO46, DMPK, FOXA3, IRF2BP1, MYPOP, CCDC61,
PGLYRP1, IGFL1, PPP5C
20 38685759:39185759 PRLR, AGXT2
20 38757897:39257897 DNAJC21, BRIX1
‫ژن‬
‫کانگیگای‬ ‫های‬
TLR2
‫و‬
TLR4
‫به‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ترتیب‬
‫هخای‬
17
‫و‬
8
‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫در‬
83
/
66
‫و‬
71
/
106
‫قخرار‬ ‫بخز‬ ‫اونخه‬ ‫مگابخازی‬
‫دارنگ‬
TLR
،‫ها‬
‫نانواده‬
‫ایرنگه‬ ‫از‬ ‫ای‬
‫در‬ ‫کخه‬ ‫هتتنگ‬ ‫الگو‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬
،‫تکامل‬ ‫تیر‬
‫شگه‬ ‫ضفظ‬ ‫و‬ ‫مانگه‬ ‫تغییر‬ ‫بگون‬
،‫انخگ‬
‫انخوا‬ ‫از‬ ‫بتخیاری‬ ‫در‬ ‫و‬
‫تلول‬
‫می‬ ‫بیان‬ ‫ها‬
‫پاتخ‬ ‫در‬ ‫را‬ ‫اتاتی‬ ‫نقح‬ ‫و‬ ‫شونگ‬
‫بخر‬ ‫ذاتخی‬ ‫ایمنی‬ ‫های‬
‫میکروب‬ ‫گ‬
‫ایفا‬ ‫ها‬
‫مخی‬ ‫ء‬
( ‫کننخگ‬
https://www.genecards.org
‫در‬ )
‫معنی‬ ‫ارتباط‬ ‫موتلفی‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعات‬
‫کانگیخگای‬ ‫ژن‬ ‫بخین‬ ‫داری‬
TLR2
‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫بز‬ ‫در‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫و‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬
( ‫ات‬
Abioja et al., 2023
)
‫کانگیگای‬ ‫ژن‬
IFNGR1
‫شماره‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬
9
‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬
19
/
62
‫جف‬ ‫مگا‬
‫ژن‬ ‫دارد‬ ‫قرار‬ ‫بز‬ ‫اونه‬ ‫بازی‬
IFNGR1
‫مرکزی‬ ‫نقح‬ ،
‫فرآینخگهای‬ ‫در‬ ‫همچنخین‬ ‫دارد‬ ‫را‬ ‫هخا‬ ‫پخاتوژن‬ ‫به‬ ‫ذاتی‬ ‫ایمنی‬ ‫پاتخ‬ ‫در‬
‫تخایتوکین‬ ‫تولیخگ‬ ‫در‬ ‫یبولوژیکی‬ ‫متیرهای‬
‫ژن‬ ‫دارد‬ ‫هخا‬
IFNGR1
‫در‬
‫مطالعه‬
( ‫همکخاران‬ ‫و‬ ‫چخن‬
Chen et al., 2020
)
‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫بخا‬
‫تیگنا‬
‫ل‬
‫نخهاد‬ ‫بزهخای‬ ‫روی‬ ‫بخر‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
Du’an Goat
‫اخزارش‬ ‫را‬
‫کردنگ‬
‫کانگیگای‬ ‫ژن‬
PGLYRP1
‫در‬
‫ناضیه‬
‫بین‬
562
/
54
‫و‬
566
/
54
‫مگا‬
‫جف‬
‫باز‬
‫روی‬
‫کروموزوم‬
18
‫بز‬
‫قخرار‬
‫ارفتخه‬
‫اتخ‬
‫ژن‬
PGLYRP1
‫فعال‬ ‫یمی‬ ‫تن‬ ‫نقح‬
‫کننگه‬
T-cell
‫می‬
‫ایرنگه‬ ‫باشگ‬
‫لنفوتی‬ ‫های‬
‫هخای‬
‫تلول‬
‫های‬
T
‫می‬
‫پات‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشگ‬
‫ایمنخ‬ ‫خ‬
‫ی‬
‫و‬ ‫دارنخگ‬ ‫نقخح‬ ‫ذاتخی‬
‫جخود‬
‫تلول‬
‫های‬
T
‫ب‬
‫آن‬ ‫بخگون‬ ‫و‬ ‫ات‬ ‫روری‬ ‫ایمنی‬ ‫واکنح‬ ‫رای‬
‫بخگن‬ ،‫هخا‬
‫نمی‬
‫عفون‬ ‫با‬ ‫توانگ‬
‫کنگ‬ ‫مقابله‬ ‫ها‬
‫معنی‬ ‫ارتباط‬
‫در‬ ‫چنگشخکلی‬ ‫بین‬ ‫داری‬
‫ژن‬
PGLYRP1
‫تلول‬ ‫شمارش‬ ‫با‬
‫شخیری‬ ‫ااوهخای‬ ‫در‬ ‫توماتیک‬ ‫های‬
( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫هلشتاین‬
Wang et al., 2013
‫ارتبخاط‬ ‫همچنین‬ )
‫معنی‬
‫ژن‬ ‫در‬ ‫چنگشخکلی‬ ‫بین‬ ‫داری‬
PGLYRP1
‫در‬ ‫تخرقان‬ ‫انخوا‬ ‫بخا‬
( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫انتان‬
Cui et al., 2022
)
،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
…
471
‫جدول‬
2
-
‫ژن‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬
‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬
‫تیریانا‬
Table 2- Genomic regions containing selection signatures in resistant animals with Johne’s disease, and genes reported in
these genomic regions in Siriana breed
‫کروموزوم‬ ‫شماره‬
Number of chromosome
)‫باز‬ ‫(جف‬ ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬
Genomic position (bp)
‫ژن‬
‫ه‬
‫موجود‬ ‫ای‬
‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬
Reported genes in the region
3 88164235:88664235 LRIF1, DRAM2, CEPT1, DENND2D, CHI3L2, CHIA
5 80466907:80966907 AMN1, DENND5B, KLHL42
5 76769745:77269745 REP15, PPFIBP1, SMCO2
10 31739033:32239033 -
12 67882523:68382523 RCBTB2, RB1, LPAR6
16 13346634:13846634 -
17 44288137:44788137 -
18 39462315:39962315 ZFHX3, U6
23 9537704:10037704 ATXN1
24 58027182:58527182 MALT1, ZNF532, GRP, RAX, CPLX4, LMAN1
19 25815212:26315212 SAA4, OR8D4, OR4D5, OR6T1, OR10S1, OR10G6
‫ژن‬
‫های‬
CHI3L2
‫و‬
PPFIBP1
‫به‬
‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ترتیب‬
‫هخای‬
3
‫و‬
5
‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫در‬
41
/
88
‫و‬
71
/
80
‫پخویح‬ ‫مطالعخه‬ ‫در‬ ‫داشتنگ‬ ‫قرار‬
‫در‬ ‫مثبخ‬ ‫انتوخاب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬
‫پخنج‬
‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ،‫توئگی‬ ‫ااوهای‬ ‫نهاد‬
PPFIBP1
‫بخه‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬
‫عفون‬
( ‫اتخ‬ ‫شخگه‬ ‫اخزارش‬ ‫باکتریایی‬ ‫های‬
Ghoreishifar et al.,
2020
‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعه‬ ‫در‬ ‫همچنین‬ )
‫های‬
‫بیمخاری‬ ‫بخه‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتواب‬
‫معخگه‬ ‫انگلخی‬ ‫هخای‬
-
‫روده‬
‫در‬ ‫ای‬
‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ،‫اوتفنگ‬
CHI3L2
( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬
McRae et al.,
2014
)
‫ه‬
‫کانگیخخگای‬ ‫ژن‬ ‫مچنخخین‬
DENND5B
‫کرومخخوزوم‬ ‫روی‬
5
‫در‬ ‫و‬
‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬
01
/
77
‫پخویح‬ ‫مطالعخه‬ ‫در‬ ‫دارد‬ ‫قخرار‬ ‫بخز‬ ‫اونخه‬ ‫مگابازی‬
‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬
‫نخهاد‬ ‫اوشختی‬ ‫ااوهخای‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
Canchim
‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ،
DENND5B
‫مقاومخ‬ ‫در‬ ‫کخه‬ ‫شگ‬ ‫ازارش‬
‫بیماری‬ ‫به‬
‫کلی‬ ‫نقح‬ ‫عصبی‬ ‫تیتتم‬ ‫و‬ ‫انگلی‬ ‫های‬
( ‫دارد‬ ‫گی‬
Duarte et
al., 2022
)
‫نتیجه‬
‫کلی‬ ‫گیری‬
‫مطالعه‬ ‫این‬ ‫در‬
،
‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫برای‬
‫تمخایز‬ ‫آمخاره‬ ‫از‬ ‫انتوخاب‬ ‫های‬
‫نشانه‬ ‫و‬ ‫شگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫تتا‬ ‫جمعیتی‬
‫بوخح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬
‫ژنخوم‬ ‫از‬ ‫هخایی‬
‫بررتی‬ ‫در‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫برنی‬ ‫که‬ ‫شگ‬ ‫شناتایی‬
‫انتخان‬ ‫در‬ ‫پیشین‬ ‫های‬
‫و‬
‫دام‬
‫ژن‬ ‫بررتخی‬ ‫بودنخگ‬ ‫شگه‬ ‫تأییگ‬ ‫نیز‬ ‫دیگر‬ ‫اهلی‬ ‫های‬
‫نخواضی‬ ‫در‬ ‫هخا‬
‫ژن‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬
‫تیتختم‬ ‫بخا‬ ‫منخاق‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫های‬
‫مقاوم‬ ،‫ایمنی‬
‫به‬
‫بیمخاری‬
‫و‬
‫عفونخ‬
،‫باکتریخایی‬
‫پاتخخ‬
‫بخه‬
‫اتخترس‬
‫اکتیگاتیو‬
‫و‬
‫ترکوب‬
‫مجمخو‬ ‫در‬ ‫هتختنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬
،
‫ایخن‬ ‫نتخایج‬
‫می‬ ‫تحقی‬
‫اقالعا‬ ‫منبع‬ ‫توانگ‬
‫ژن‬ ‫شناتخایی‬ ‫جه‬ ‫در‬ ‫ارزشی‬ ‫با‬ ‫تی‬
‫هخای‬
‫بررتی‬ ‫برای‬ ‫آغازی‬ ‫و‬ ‫دهگ‬ ‫ارائه‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫مهارکننگه‬
‫در‬ ‫بیشختر‬ ‫های‬
‫به‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫و‬ ‫زمینه‬ ‫این‬
‫ویهای‬ ‫شناتایی‬ ‫در‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬
‫های‬
‫باشگ‬ ‫بز‬ ‫پروش‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫اقتصادی‬ ‫مهم‬ ‫بیماری‬ ‫این‬ ‫ژنتیکی‬
References
1. Abbasi Moshaii, B. (2018). Genomic scan for selection signatures and identification of some candidate regions
associated with mastitis in German Holstein cattle. Ph.D. Thesis of Animal Breeding and Genetics, Sari
Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran. 128.
2. Abioja, M. O., Logunleko, M. O., Majekodunmi, B. C., Adekunle, E. O., Shittu, O. O., Odeyemi, A. J., Nwosu, E.
U., Oke, O. E., Iyasere, O. S., Abiona, J. A., & Williams, T. J. (2022). Roles of candidate genes in the adaptation
of goats to heat stress: A review. Small Ruminant Research, 2,106878.
https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2022.106878.
3. Akey, J. M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L., & Shriver, M. D. (2002). Interrogating a high-density SNP map for
signatures of natural selection. Genome Research, 12(12), 1805-1814. doi: 10.1101/gr.631202
4. Asadollahpour Nanaei, H., Kharrati-Koopaee, H., & Esmailizadeh, A. (2022). Genetic diversity and signatures of
selection for heat tolerance and immune response in Iranian native chickens. BMC Genomics, 23(1),224. doi:
10.1186/s12864-022-08434-7.
5. Azizpour, N., Khelatabadi, A., Moradi, M., Mohammadi, H. (2020). Genome-wide association study based on
gene-set enrichment analysis associated with milk yield in Holstein cattle. Journal of Animal Science Research,
30(1), 79-92. (In Persian). doi: 10.22034/as.2020.11009.
472
‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬
‫جلد‬ ‫ن‬
15
‫شماره‬ ،
3
،
‫پاییز‬
1402
6. Chen, Q., Wang, Z., Sun, J., Huang, Y., Hanif, Q., Liao, Y., & Lei, C. (2020). Identification of genomic
characteristics and selective signals in a Du'an Goat Flock. Animals (Basel), 10(6),994. doi: 10.3390/ani10060994.
7. Cui, X., Chang, Z., Dang, T., Meng, J., Wang, P., Wu, J., & Chai, J. (2022). TNF upregulates peptidoglycan
recognition protein 1 in esophageal cancer cells to clear the path to its signaling: Making the "enemy" a friend.
Archives of Biochemistry and Biophysics, 722,109192. doi: 10.1016/j.abb.2022.109192.
8. Duarte, I. N. H., Bessa, A. F. O., Rola, L. D., Genuíno, M. V. H., Rocha, I. M., Marcondes, C. R., Regitano, L. C.
A., Munari, D. P., Berry, D. P., & Buzanskas, M. E. (2022). Cross-population selection signatures in Canchim
composite beef cattle. PLoS One, 17(4),e0264279. doi: 10.1371/journal.pone.0264279.
9. Gao, Y., Jiang, J., Yang, S., Cao, J., Han, B., Wang, Y., Zhang, Y., Yu, Y., Zhang, S., & Zhang Q. (2018).
Genome-wide association study of Mycobacterium avium subspecies Paratuberculosis infection in Chinese
Holstein. BMC Genomics, 19(1),972. doi: 10.1186/s12864-018-5385-3.
10. Ghoreishifar, S. M., Eriksson, S., Johansson, A. M., Khansefid, M., Moghaddaszadeh-Ahrabi, S., Parna, N.,
Davoudi, P., & Javanmard, A. (2020). Signatures of selection reveal candidate genes involved in economic traits
and cold acclimation in five Swedish cattle breeds. Genetic Selection Evolution, 52(1),52. doi: 10.1186/s12711-
020-00571-5.
11. Javan Nikkhah, M. (2019). Identification of selective signatures associated with resistance to bovine leukosis
(BLV) in Iranian Holstein cows. Ph.D. Thesis of Animal Breeding and Genetics, Tehran University, Iran. 139.
12. Khaltabadi Farahani, A. H., mohammadi, H., & moradi, H. (2020). Gene set enrichment analysis using genome-
wide association study to identify genes and pathways associated with litter size in various sheep breeds. Animal
Production, 22(3), 325-335. (In Persian). doi: 10.22059/jap.2020.292715.623468.
13. Kim, H., Song, K. D., Kim, H. J., Park, W., Kim, J., & Lee, T. (2015). Exploring the genetic signature of body
size in Yucatan miniature pig. PLoS one, 10,4e0121732. doi: 10.1371/journal.pone.0121732.
14. Kuenstner, J. T., Naser, S., Chamberlin, W., Borody, T., Graham, D. Y., McNees, A., Hermon-Taylor, J., Hermon-
Taylor, A., Dow, C. T., & Kuenstner, L. (2017). The Consensus from the Mycobacterium avium ssp.
paratuberculosis (MAP) Conference. Frontiers Public Health, 5,208. doi: 10.3389/fpubh.2017.00208.
15. Kijas, J. W., Lenstra, J. A., Hayes, B., Boitard, S., Porto Neto, L. R., San Cristobal, M., Servin, B., McCulloch, R.,
Whan, V., McEwan, J., & Dalrymple, B. (2012). International sheep genomics consortium members. Genome-
wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection. PLoS
Biological, 10(2),e1001258. doi: 10.1371/journal.pbio.1001258.
16. McRae, K. M., McEwan, J. C., Dodds, K. G., & Gemmell, N. J. (2014). Signatures of selection in sheep bred for
resistance or susceptibility to gastrointestinal nematodes. BMC Genomics, 15(1),637. doi: 10.1186/1471-2164-15-
637.
17. Maiorano, A. M., Cardoso, D. F., Carvalheiro, R., Júnior, G. A. F., de Albuquerque, L. G., & de Oliveira, H. N.
(2022). Signatures of selection in Nelore cattle revealed by whole-genome sequencing data. Genomics,
114(2),110304. doi: 10.1016/j.ygeno.2022.110304.
18. Minozzi, G., De Iorio, M. G., Palazzo, F., Gandini, G., Biffani, S., Paolillo, G., Ciani, E., Di Marco Lo Presti, V.,
Stella, A., & Williams, J. L. (2023). Genome-wide association study for antibody response to Mycobacterium
avium ssp. paratubeculosis in goats. Animal Genetics, 54(1),78-81. doi: 10.1111/age.13271.
19. Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A., Bender, D., Maller, J., Sklar, P., de Bakker,
P. I., Daly, M. J., & Sham, P. C. (2007). PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based
linkage analyses. American Journal of Human Genetics, 81(3),559-75. doi: 10.1086/519795.
20. Ramey, H., Decker, J., McKay, S., Rolf, M., Schnabel, R., & Taylor, J. (2013). Detection of selective sweeps in
cattle using genome-wide SNP data. BMC Genomics, 14,382. doi: 10.1186/1471-2164-14-382.
21. Rostamzadeh Mahdabi, E., Esmailizadeh, A., Ayatollahi Mehrgardi, A., & Asadi Fozi, M. (2021). A genome-wide
scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes. Genetic Selection Evolution,
53(1),72. doi: 10.1186/s12711-021-00664-9.
22. Saravanan, K. A., Panigrahi, M., Kumar, H., Parida, S., Bhushan, B., Gaur, G. K., Dutt, T., Mishra, B. P., &
Singh, R. K. (2021). Genomic scans for selection signatures revealed candidate genes for adaptation and
production traits in a variety of cattle breeds. Genomics, 113(3),955-963. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.02.009.
23. Sweeney, R. W., Collins, M. T., Koets, A. P., McGuirk, S. M., & Roussel, A. J. (2012). Paratuberculosis (Johne's
disease) in cattle and other susceptible species. Journal of Veterinary International Medicine, (6),1239-50. doi:
10.1111/j.1939-1676.2012.01019.x.
24. Wang, H. L., Li, Z. X., Wang, L. J., He, H., Yang, J., Chen, L., & Liu, X. L. (2013). Polymorphism in PGLYRP-1
gene by PCR-RFLP and its association with somatic cell score in Chinese Holstein. Research Veterinary Science,
95(2),508-14. doi: 10.1016/j.rvsc.2013.06.005.
25. Weir, B. S., & Cockerham, C. C. (1984). Estimating F‐statistics for the analysis of population structure. Evolution,
38(6),1358-1370. doi: 10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x
26. Wright, S. (1965). The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of
mating. Evolution, 1,395-420.
،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬
‫نشانه‬ ‫شناسایی‬
‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬
…
473
27. Zhu, C., Fan, H., Yuan, Z., Hu, S., Zhang, L., Wei, C., Zhang, Q., Zhao, F., & Du, L. (2015). Detection of
selection signatures on the X chromosome in three sheep breeds. International Journal of Molecular Sciences,
16,20360-20374. doi: 10.3390/ijms160920360.

More Related Content

More from Iranian Journal of Animal Science Research

Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak HenUsing Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
Iranian Journal of Animal Science Research
 
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
Iranian Journal of Animal Science Research
 
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
Iranian Journal of Animal Science Research
 

More from Iranian Journal of Animal Science Research (8)

Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak HenUsing Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
Using Nonlinear Growth Models to Fit the Egg Production Curve in Khazak Hen
 
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
The Effect of Different Levels of Monosodium Glutamate on Performance, Egg Qu...
 
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
The Effect of Using Different Fat Sources in Close-Up Diets on the Feed Consu...
 
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
Comparison of Different Genomic Relationship Matrices for Multibreed Weighted...
 
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
Effect of Wet Litter Biochar, Probiotic and Zeolite on Performance, immunity ...
 
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
The Effects of Different Levels and Sources of Oil on Production Performance,...
 
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
Investigating the Residual Heavy Metals Lead, Cadmium, Chromium, Arsenic and ...
 
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
Dietary Effects of Pomegranate Pomace Powder with or without Tannase Enzyme o...
 

Identification of Selective Signatures Associated with Resistance to Johne’s Disease (JD) in Goat Breeds

  • 1. Iranian Journal of Animal Science Research Homepage: http://ijasr.um.ac.ir Research Paper Vol. 15, No.3, Fall 2023, p. 463-473 Identification of Selective Signatures Associated with Resistance to Johne’s Disease (JD) in Goat Breeds Hossein Mohammadi 1* , Mohammad Shamsollahi 2 How to cite this article: Mohammadi, H., & Shamsollahi, M. (2023). Identification of selective signatures associated with resistance to Johne’s disease (JD) in goat breeds. Iranian Journal of Animal Science Research, 15(3), 463-473. DOI: 10.22067/ijasr.2023.80444.1120 Received: 10-01-2023 Revised: 22-02-2023 Accepted: 11-03-2023 Available Online: 11-03-2023 Introduction1: Paratuberculosis, or Johne’s disease, is a chronic, granulomatous, gastrointestinal tract disease of goat and other ruminants caused by the bacterium Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP). The clinical signs of disease in goat are pipestream diarrhea, weight loss, and edema due to hypoproteinemia caused by protein-losing enteropathy. Knowledge concerning genetics of susceptibility to MAP infection can contribute to disease control programs by facilitating genetic selection for a less susceptible population to reduce incidence of infection in the future. The opportunity for genetic improvement in susceptibility to infection is evidenced by estimates of heritability of MAP infection ranging from 0.03 to 0.28 (Kirkpatrick and Lett, 2018). Domestication and selection has significantly changed the behavioral and phenotypic traits in modern domestic animals. The selection of animals by humans left detectable signatures on the genome of modern goat. The identification of these signals can help us to improve the genetic characteristics of economically important traits in goat. Over the last decade, interest in detection of genes or genomic regions that are targeted by selection has been growing. Identifying signatures of selection can provide valuable insights about the genes or genomic regions that are or have been under selection pressure, which in turn leads to a better understanding of genotype-phenotype relationships. The aim of this study was to identify the selection signatures using the unbiased Theta method associated with resistance to Johne’s disease in two Italian goat breeds. Materials and Methods: The work described here is a case–control association study using the Illumina Caprine SNP50 BeadChip to unravel the genes involved in susceptibility of goats to Johne’s disease. Goats in herds with a high occurrence of Johne's disease were classified as healthy or infected based on the level of serum antibodies against MAP, and 331 animals were selected for the study. For the Siriana breed 174 samples (87 cases and 87 controls) were selected from 14 herds and for the Jonica breed 157 samples (77 cases and 80 controls) were selected from 10 herds. Cases were defined as animals serologically positive for MAP by ELISA with a sample to positive ratio (S/P) higher than 0.7 and MAP negative animals had a S/P lower than 0.6. Positive animals were tested twice with the ID Screen Paratuberculosis confirmation test. The 331 samples were genotyped using the Illumina GoatSNP50 BeadChip. SNP missing 5% of data, with MAF of <1% and Hardy– Weinberg equilibrium p-values <10−6 were removed. The genotyping efficiency for samples was also verified, and samples with more than 5% missing data were removed. Grouping was done to infer selection signatures based on FST statistic. Bioinformatics inquiries were conducted employing the Ensembl database (Cunningham et al., 2022), specifically for caprine genes (assembly ARS1). The aim was to pinpoint potential candidate genes that have either been previously reported in, or are situated within the genomic regions encompassing the peak of absolute extreme FST values. In this context, regions corresponding to the top and bottom 0.01% of acquired positive and negative FST scores were earmarked as areas undergoing selection. The identification of genes was executed through the application of a 250 Kb window both upstream and downstream of each core SNP. Results and Discussion: By applying a threshold at the 99.90 percentile of the obtained Theta (θ) values, a 1- Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran. 2- Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, University of Ilam. Ilam, Iran. *Corresponding Author's Email: mohammadi64@araku.ac.ir
  • 2. 464 ‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬ ‫جلد‬ ‫ن‬ 15 ‫شماره‬ ، 3 ، ‫پاییز‬ 1402 total of 13 distinct genomic regions were identified in the Jonica breed. These regions were situated across chromosomes 1, 5, 7 (in 2 regions), 8, 9 (in 2 regions), 11, 16, 17, 18, and 20 (in 2 regions). Similarly, in the Siriana breed, genomic regions were pinpointed on chromosomes 3, 5 (in 2 regions), 10, 12, 16, 17, 18, 23, 24, and 29. Further exploration through bioinformatics tools brought to light the overlap of these genomic regions with genes associated with the immune system, disease resistance, bacterial infection resilience, response to oxidative stress, and tumor suppression. The study population size is relatively modest, predominantly due to the intricacy of procuring a substantial volume of blood samples from goats within commercial herds that have been diagnosed with JD and are poised for culling. It's worth noting that JD diagnosis and culling procedures are not infallible preventive measures. The gradual progression of the disease often leads to late-stage diagnosis, allowing subclinical goats to intermittently excrete MAP in the environment. As the infection and disease progress, the fecal shedding of MAP increases and contributes to its horizontal transmission. In combination with genetic improvement (innate protection), vaccination (acquired protection) will support eradicating this incurable disease. Conclusions: To conclude, the findings of this study hold potential significance as they offer valuable insights for identifying genomic regions and subsequently, the genes that influence Johne's disease in goats. Nonetheless, additional research endeavors are essential to enhance and validate these outcomes. Utilizing a more extensive sample size, incorporating whole-genome sequencing, and implementing high-density genotyping are imperative steps to further refine and strengthen these findings. Keywords: Immune system, Johne’s disease, Theta statistic, Signal selection
  • 3. ،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬ ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ … 465 ‫نشریه‬ ‫پ‬ ‫ژوهشهای‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫ایران‬ Homepage: http://ijasr.um.ac.ir ‫پژوهشی‬ ‫مقاله‬ ‫جلد‬ 15 ‫شماره‬ ، 2 ‫پاییز‬ ، 1402 .‫ص‬ ، 473 - 463 ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ( ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ JD ‫بز‬ ‫نژادهای‬ ‫در‬ ) ‫ّدی‬‫م‬‫مح‬ ‫حسین‬ 1 * ‫محمد‬ ، ‫شمس‬ ‫اللهی‬ 2 :‫دریافت‬ ‫تاریخ‬ 20 / 10 / 1401 :‫پذیرش‬ ‫تاریخ‬ 20 / 12 / 1401 ‫چکیده‬ ( ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫یا‬ ‫پاراتوبرکلوزیس‬ JD ‫از‬ ‫یکی‬ ) ‫بیماری‬ ‫روده‬ ‫التهاب‬ ‫مزمن‬ ‫مهم‬ ‫های‬ ‫اتخ‬ ‫نشخووارکننگاان‬ ‫در‬ ‫ای‬ ‫خر‬ ‫ضا‬ ‫پخهوهح‬ ‫هخگ‬ ، ‫شناتخایی‬ ‫نشانه‬ ‫می‬ ‫تیریانا‬ ‫و‬ ‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫دو‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫تتا‬ ‫ُریب‬‫ا‬ِ‫ا‬‫ن‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫خور‬ ‫من‬ ‫ایخن‬ ‫بخه‬ ‫باشخگ‬ ، ‫مجمخو‬ 331 ‫برای‬ ‫ضیوان‬ 53345 ‫نشانگر‬ ‫جایگاه‬ ‫ی‬ SNP ‫تراشه‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫های‬ Caprine SNP50 BeadChip ‫داده‬ ‫کیفی‬ ‫کنترل‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫شگنگ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ - ‫نهای‬ ‫در‬ ‫اولیه‬ ‫های‬ ، 51182 ‫نشانگر‬ SNP ‫و‬ 326 ‫اتتفاده‬ ‫مورد‬ ‫ضیوانات‬ ‫شگنگ‬ ‫بعگی‬ ‫آنالیزهای‬ ‫وارد‬ ‫دام‬ ‫رأس‬ ‫اتاس‬ ‫بر‬ ‫آنتخی‬ ‫آزمون‬ ‫نخون‬ ‫تخرم‬ ‫بخادی‬ ‫(اال‬ ‫بی‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫دتته‬ ‫دو‬ ‫در‬ )‫یزا‬ ( ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫ماری‬ 162 ( ‫بیمار‬ ‫و‬ ) 164 ‫اروه‬ ) ‫صگک‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫با‬ ‫شگنگ‬ ‫بنگی‬ 9 / 99 ‫ارزش‬ ‫کل‬ ‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫تیزده‬ ،‫تتا‬ ‫های‬ ‫روی‬ ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫کروموزوم‬ ‫های‬ 1 ، 5 ، 7 ( ‫دو‬ ‫منطقه‬ ) ، 8 ، 9 ( ‫دو‬ ‫منطقه‬ ) ، 11 ، 16 ، 17 ، 18 ‫و‬ 20 ( ‫دو‬ ‫منطقه‬ ) ‫همچنخین‬ ‫شگنگ‬ ‫شناتایی‬ ، ‫تخیریانا‬ ‫نخهاد‬ ‫در‬ ‫ژنو‬ ‫نواضی‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫می‬ ‫های‬ 3 ، 5 ،)‫منطقه‬ ‫(دو‬ 10 ، 12 ، 16 ، 17 ، 18 ، 23 ، 24 ‫و‬ 29 ‫ژن‬ ‫بررتخی‬ ‫شخگنگ‬ ‫شناتخایی‬ ،‫بودنخگ‬ ‫دامنخه‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫باالتر‬ ‫هخای‬ ‫ژن‬ ،‫نخواضی‬ ‫ایخن‬ ‫مجخاورت‬ ‫یخا‬ ‫دانخل‬ ‫در‬ ‫کخه‬ ‫داد‬ ‫نشخان‬ ‫منخاق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫هخای‬ IL4 ، IL13 ، TLR2 ، TLR4 ، IFNGR1 ، PGLYRP1 ، CHI3L2 ، PPFIBP1 ‫و‬ DENND5B ‫ژن‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫بیوانفورماتیکی‬ ‫بررتی‬ ‫داشتنگ‬ ‫قرار‬ ،‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ‫بخا‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫موجود‬ ‫های‬ ‫می‬ ‫تحقی‬ ‫این‬ ‫نتایج‬ ‫هتتنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬ ‫ترکوب‬ ‫و‬ ‫اکتیگاتیو‬ ‫اتترس‬ ‫به‬ ‫پاتخ‬ ،‫باکتریایی‬ ‫عفون‬ ‫و‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫ارزشمنگی‬ ‫اقالعاتی‬ ‫منبع‬ ‫توانگ‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫زمینه‬ ‫در‬ ‫نتیجه‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫ژنومی‬ ، ‫ژن‬ ‫آورد‬ ‫فراهم‬ ‫بز‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫های‬ ‫واژه‬ ‫کلیدی‬ ‫های‬ ‫تیگنال‬ ،‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ،‫یون‬ ‫بیماری‬ ،‫تتا‬ ‫آماره‬ : ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫مقدمه‬ 1 ( ‫یخون‬ ‫بیماری‬ ‫یا‬ ‫پاراتوبرکلوزیس‬ Johne’s disease ‫بیمخاری‬ ‫از‬ ) - ‫عفون‬ ‫از‬ ‫و‬ ‫متری‬ ‫های‬ ‫روده‬ ‫مزمن‬ ‫های‬ ‫مخی‬ ‫باریک‬ ‫عامخل‬ ‫کخه‬ ‫باشخگ‬ ‫آن‬ ‫اصخخخلی‬ ‫آویخخخوم‬ ‫مایکوبخخخاکتریوم‬ ‫در‬ ‫پخخخاراتوبرکلوزیس‬ ‫زیراونخخخه‬ ‫می‬ ‫نشووارکننگاان‬ ( ‫باشگ‬ Sweeney et al., 2012 ) ‫از‬ ‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬ ‫اتترده‬ ‫از‬ ‫شیو‬ ‫جنبه‬ ‫مهخم‬ ‫از‬ ‫اقتصخادی‬ ‫اهمی‬ ‫لحاظ‬ ‫از‬ ‫و‬ ‫ترین‬ ‫تخرین‬ ‫بیماری‬ ‫محتو‬ ‫دامپروری‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫ها‬ ‫می‬ ‫ب‬ ‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬ ‫عالئم‬ ‫شود‬ ‫نهایخ‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫مفرط‬ ‫الغری‬ ،‫نونی‬ ‫کم‬ ،‫شگیگ‬ ‫اتهال‬ ‫شامل‬ ، ‫بخه‬ ‫منجخر‬ ‫می‬ ‫دام‬ ‫مرگ‬ ‫بیماری‬ ‫تایر‬ ‫به‬ ‫ضتاتی‬ ‫افزایح‬ ،‫تولیگ‬ ‫کاهح‬ ‫شود‬ ‫هخا‬ 1 - ،‫اراک‬ ‫دانشخگاه‬ ،‫قبیعخی‬ ‫منخابع‬ ‫و‬ ‫کشخاورزی‬ ‫دانشکگه‬ ،‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫اروه‬ ‫اتتادیار‬ ‫ایران‬ ،‫اراک‬ 2 - ‫اتتادیار‬ ‫اروه‬ ‫علوم‬ ،‫دامی‬ ‫دانشکگه‬ ‫کش‬ ،‫اورزی‬ ‫دانشگاه‬ ،‫ایالم‬ ،‫ایالم‬ ‫ایران‬ *( - :‫متئول‬ ‫نویتنگه‬ (Email: mohammadi64@araku.ac.ir DOI: 10.22067/ijasr.2023.80444.1120 ‫اتخ‬ ‫بیمخاری‬ ‫ایخن‬ ‫اقتصادی‬ ‫پیامگهای‬ ‫از‬ ‫دام‬ ‫موعگ‬ ‫از‬ ‫پیح‬ ‫ضذ‬ ‫و‬ ‫جنبه‬ ‫از‬ ‫یکی‬ ‫آ‬ ‫ارتبخاط‬ ،‫یخون‬ ‫بیمخاری‬ ‫مخورد‬ ‫در‬ ‫توجخه‬ ‫مورد‬ ‫های‬ ‫بخا‬ ‫ن‬ ( ‫کرون‬ ‫بیماری‬ Crohn’s disease ‫و‬ ‫مخزمن‬ ‫بیمخاری‬ ‫یخک‬ ‫کخه‬ ‫ات‬ ) ‫می‬ ‫انتان‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫مشابه‬ ( ‫باشگ‬ Kuenstner et al., 2017 ) ‫دهه‬ ‫قی‬ ‫ژن‬ ‫شناتایی‬ ‫به‬ ‫تمایل‬ ‫انیر‬ ‫های‬ ‫کخه‬ ‫ژنخومی‬ ‫نواضی‬ ‫و‬ ‫ها‬ ‫بوده‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬ ‫انگ‬ ، ‫شناتایی‬ ‫ات‬ ‫بوده‬ ‫افزایح‬ ‫به‬ ‫رو‬ ‫نشخانه‬ ‫هخای‬ ‫می‬ ‫انتواب‬ ‫دیگااه‬ ‫توانگ‬ ‫ژن‬ ‫مخورد‬ ‫در‬ ‫ارزشمنگی‬ ‫های‬ ‫منخاق‬ ‫یخا‬ ‫و‬ ‫هخا‬ ‫هتتنگ‬ ‫یا‬ ‫و‬ ‫بوده‬ ‫انتواب‬ ‫فشار‬ ‫تح‬ ‫که‬ ‫ژنومی‬ ، ‫نوبخه‬ ‫به‬ ‫که‬ ‫کنگ‬ ‫فراهم‬ ‫می‬ ‫فنوتیپ‬ ‫و‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫ارتباط‬ ‫بهتر‬ ‫درک‬ ‫به‬ ‫منجر‬ ‫نود‬ ‫شود‬ ‫یک‬ ‫چنانچه‬ ‫تخایر‬ ‫بخه‬ ‫نتب‬ ‫آن‬ ‫ضامل‬ ‫افراد‬ ‫شایتتگی‬ ‫افزایح‬ ‫باعث‬ ‫جگیگ‬ ‫جهح‬ ‫افرا‬ ‫می‬ ‫باعث‬ ‫انتواب‬ ،‫شود‬ ‫جامعه‬ ‫د‬ ‫شود‬ ، ‫شایتختگی‬ ‫دارای‬ ‫کخه‬ ‫افرادی‬ ‫باشخنگ‬ ‫داشخته‬ ‫بیشختری‬ ‫مشارک‬ ‫بعگ‬ ‫نتل‬ ‫تشکیل‬ ‫در‬ ‫هتتنگ‬ ‫بیشتری‬ ( Khaltabadi Farahani et al, 2020 ) ‫خی‬ ‫خ‬‫فراوان‬ ‫خب‬ ‫خ‬‫ترتی‬ ‫خگین‬ ‫خ‬‫ب‬ ‫شایتتگی‬ ‫افزایح‬ ‫در‬ ‫آن‬ ‫تهم‬ ‫به‬ ‫بتته‬ ،‫یافته‬ ‫جهح‬ ‫واریان‬ ‫به‬ ‫ترع‬ ( ‫کخرد‬ ‫نواهخگ‬ ‫افخزایح‬ ‫به‬ ‫شرو‬ Asadollahpour Nanaei et al.,
  • 4. 466 ‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬ ‫جلد‬ ‫ن‬ 15 ‫شماره‬ ، 3 ، ‫پاییز‬ 1402 2022 ‫دیگر‬ ‫عبارت‬ ‫به‬ ) ، ‫مثب‬ ‫انتواب‬ ‫که‬ ‫هنگامی‬ ‫به‬ ‫افخزایح‬ ‫تخم‬ ‫می‬ ‫پیح‬ ‫مطلوب‬ ‫آلل‬ ‫فراوانی‬ ‫جایگاه‬ ،‫رود‬ ‫جایگخاه‬ ‫ایخن‬ ‫به‬ ‫نزدیک‬ ‫های‬ ‫باشگ‬ ‫ننثی‬ ‫اثرشان‬ ‫هم‬ ‫اار‬ ‫به‬ ‫آل‬ ‫با‬ ‫بودن‬ ‫پیوتته‬ ‫عل‬ ‫تحخ‬ ،‫مطلوب‬ ‫ل‬ ‫می‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬ ‫عگم‬ ‫و‬ ‫ژنتیکی‬ ‫تنو‬ ‫الگوی‬ ،‫پگیگه‬ ‫این‬ ‫نتیجه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ایرد‬ ( ‫لینکاژی‬ ‫تعادل‬ LD ‫جایگاه‬ ‫در‬ ) ‫تغییخر‬ ‫انتوابی‬ ‫جهح‬ ‫این‬ ‫اقرا‬ ‫های‬ ،‫کرد‬ ‫نواهگ‬ ‫به‬ ‫قوری‬ ‫که‬ ‫مخی‬ ‫نزدیخک‬ ‫جگیگ‬ ‫آلل‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫چه‬ ‫هر‬ ‫شخویم‬ ، ‫و‬ ‫کاهح‬ ‫ژنتیکی‬ ‫تنو‬ ‫میزان‬ LD ‫می‬ ‫پیگا‬ ‫افزایح‬ ‫ال‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫کنگ‬ ‫گوهخا‬ ‫خانه‬ ‫خ‬‫نش‬ ( ‫خاب‬ ‫خ‬‫انتو‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫ه‬ Selection Signatures ‫خاب‬ ‫خ‬‫انتو‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫ردپ‬ ‫خا‬ ‫خ‬‫ی‬ ) ( Selection footprints ‫می‬ ‫افته‬ ) ( ‫شود‬ Rostamzadeh Mahdabi et al., 2021 ‫مهم‬ ‫از‬ ‫یکی‬ ) ‫آزمون‬ ‫ترین‬ ‫نشخانه‬ ‫شناتایی‬ ‫آماری‬ ‫های‬ - ‫تثبیخ‬ ‫شانص‬ ‫یا‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫آماره‬ ،‫انتواب‬ ‫های‬ ( ST F ‫مخی‬ ) ‫باشخگ‬ ‫می‬ ‫این‬ ‫روش‬ ‫اصلی‬ ‫مشکالت‬ ‫از‬ ‫یکی‬ ‫نمونخه‬ ‫نطای‬ ‫که‬ ‫باشگ‬ ‫را‬ ‫ایخری‬ ‫نمی‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ( ‫تتخا‬ ‫نااریب‬ ‫روش‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫مورد‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫ایرد‬ Theta, θ ‫نشخانه‬ ‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫بخا‬ ‫پهوهشخی‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫تصحیح‬ ) ‫هخای‬ ‫در‬ ‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ‫پاتخ‬ ‫و‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتواب‬ ‫م‬ ‫نهادهای‬ ‫با‬ ‫ایران‬ ‫بومی‬ ‫رغ‬ ‫اتتفاده‬ ‫از‬ ‫آماره‬ ST F ‫نتایج‬ ‫بود‬ ‫شگه‬ ‫انجام‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫تحقی‬ ‫این‬ ‫هخای‬ 1 ، 3 ، 5 ، 7 ، 8 ، 10 ‫و‬ 13 ‫نشانه‬ ‫دارای‬ ‫شامل‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫هتتنگ‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫ژن‬ ‫خگای‬ ‫خ‬‫کانگیخ‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫هخ‬ HSP70 ، HSPA9 ، HSP90AB1 ‫و‬ PLCB4 ‫آداپت‬ ‫در‬ ‫کلیگی‬ ‫نقح‬ ‫که‬ ‫بودنگ‬ ‫بخه‬ ‫مقاومخ‬ ‫و‬ ‫ایمنخی‬ ‫تیتختم‬ ،‫اتیون‬ ( ‫دارنگ‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬ Asadollahpour Nanaei et al., 2022 ) ‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫روی‬ ‫پهوهشی‬ ‫قی‬ ‫های‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫انتواب‬ ST F ( ‫اخاوی‬ ‫لکخوز‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ BLV ) ‫نتایج‬ ‫بود‬ ‫شگه‬ ‫انجام‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫منطقه‬ ‫چهار‬ ‫تحقی‬ ‫این‬ - ‫های‬ 1 ، 13 ، 20 ‫و‬ 22 ‫ژن‬ ‫که‬ ‫کردنگ‬ ‫ازارش‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫کانگیگای‬ ‫های‬ ( ‫بودنخگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬ ‫ترکوب‬ ‫و‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬ ‫مناق‬ ‫این‬ Javan Nikkhah, 2019 ‫شناتخایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعه‬ ‫همچنین‬ ) ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫آمخاره‬ ‫از‬ ‫اتختفاده‬ ‫بخا‬ ‫بیماری‬ ‫و‬ ‫تولیگی‬ ‫صفات‬ ‫با‬ ST F ‫شخگه‬ ‫انجام‬ ‫شیری‬ ‫ااو‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬ ‫بخه‬ ‫منجخر‬ ‫کخه‬ ‫اتخ‬ ‫شناتایی‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫های‬ 3 ، 6 ، 7 ، 9 ‫و‬ 27 ‫بود‬ ‫شگه‬ ‫ژن‬ ‫ضاوی‬ ‫که‬ ‫کانگیگای‬ ‫های‬ DEFB4 ، DEFB7 ‫و‬ DEFB10 ‫مرتبط‬ ( ‫بودنگ‬ ‫پتتان‬ ‫ورم‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ Saravanan et al., 2021 ) ‫با‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫بررتی‬ ‫و‬ ‫نلور‬ ‫ااو‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫خاره‬ ‫خ‬‫آم‬ ‫از‬ ‫ختفاده‬ ‫خ‬‫ات‬ ST F ‫روی‬ ‫خومی‬ ‫خ‬‫ژن‬ ‫خه‬‫خ‬‫منطق‬ ‫خگین‬ ‫خ‬‫چن‬ ‫خه‬ ‫خ‬‫ک‬ ‫داد‬ ‫خان‬ ‫خ‬‫نش‬ ‫خوزوم‬ ‫خ‬‫کرومخ‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫هخ‬ 1 ، 3 ، 4 ، 9 ، 10 ، 11 ، 18 ‫و‬ 23 ‫از‬ ‫خواهگی‬ ‫خ‬‫شخ‬ ‫دارای‬ ‫می‬ ‫انتواب‬ ‫ضاکی‬ ‫نیز‬ ‫کانگیگا‬ ‫مناق‬ ‫بررتی‬ ‫باشنگ‬ ‫ژن‬ ‫کخه‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬ - ‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫اقتصخادی‬ ‫مهخم‬ ‫صخفات‬ ‫بخا‬ ‫منخاق‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫های‬ ‫بخازده‬ ‫و‬ ‫بخگن‬ ‫انخگازه‬ ‫و‬ ‫رشگ‬ ،‫نشک‬ ‫و‬ ‫ارم‬ ‫هوای‬ ‫و‬ ‫آب‬ ‫به‬ ‫آداپتاتیون‬ ‫نوراک‬ ‫هم‬ ‫پوشانی‬ ( ‫دارنگ‬ Maiorano et al., 2022 ) ‫به‬ ‫کلی‬ ‫قور‬ ، ‫هتختنگ‬ ‫انتوخاب‬ ‫تحخ‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ، ‫بایتخت‬ ‫ی‬ ‫صخورت‬ ‫ایخن‬ ‫غیخر‬ ‫در‬ ،‫باشخنگ‬ ‫داشخته‬ ‫عملکخردی‬ ‫و‬ ‫شایتتگی‬ ‫اهمی‬ ، ‫انتواب‬ ‫آن‬ ‫ها‬ ‫نمی‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬ ‫تح‬ ‫را‬ ،‫شگه‬ ‫بیان‬ ‫مطالب‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬ ‫دهگ‬ ‫ژن‬ ‫با‬ ً‫ا‬‫عمگت‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫اقتصخادی‬ ‫مهم‬ ‫صفات‬ ‫و‬ ‫اثر‬ ‫عمگه‬ ‫های‬ ‫مخی‬ ‫زیادی‬ ‫اهمی‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫هتتنگ‬ ‫همراه‬ ‫باشخنگ‬ ( Azizpour et al., 2020 ) ‫دیگر‬ ‫قر‬ ‫از‬ ، ‫آتیب‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫صفات‬ ‫اهمی‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬ ‫های‬ ‫بیماری‬ ‫از‬ ‫ناشی‬ ‫کخاوش‬ ، ‫تحقیخ‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫هگ‬ ،‫تبک‬ ‫دام‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫ها‬ ‫نشانه‬ ‫ژنومی‬ ‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫کانگیخگای‬ ‫نخواضی‬ ‫شناتخایی‬ ‫و‬ ‫انتوخاب‬ ‫هخای‬ ( ‫یون‬ ‫بیماری‬ JD ‫بود‬ ‫بز‬ ‫موتلف‬ ‫نهادهای‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ) ‫روش‬ ‫و‬ ‫مواد‬ ‫ها‬ ‫در‬ ‫ر‬ ‫ضا‬ ‫پهوهح‬ ، ‫مجمو‬ ‫ژنوتیپی‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬ 331 ‫رأس‬ ‫بزهای‬ ‫به‬ ‫مربوط‬ ‫نویشاونگ‬ ‫غیر‬ 157 ‫نهاد‬ ‫نمونه‬ ‫جانیکخا‬ ( 77 ‫بخه‬ ‫مقخاوم‬ ‫رأس‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ 80 ‫بیمار‬ ‫رأس‬ ) ‫و‬ 174 ( ‫تیریانا‬ ‫نهاد‬ ‫بزهای‬ ‫نمونه‬ 87 ‫و‬ ‫خالم‬ ‫خ‬‫ت‬ ‫خا‬ ‫خ‬‫ی‬ ‫خاری‬ ‫خ‬‫بیم‬ ‫خه‬ ‫خ‬‫ب‬ ‫خاوم‬ ‫خ‬‫مق‬ ‫رأس‬ 87 ‫ختفاده‬ ‫خ‬‫ات‬ )‫خار‬ ‫خ‬‫بیم‬ ‫رأس‬ ‫خگ‬ ‫خ‬‫ش‬ ( Minozzi et al., 2023 ) ‫اتختورا‬ ‫مخگیری‬ ‫که‬ ‫ات‬ ‫ذکر‬ ‫به‬ ‫الزم‬ DNA ‫نمونه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫و‬ ‫ایتالیا‬ ‫کشور‬ ‫میالن‬ ‫دانشگاه‬ ‫توتط‬ ‫نیز‬ ‫ها‬ ‫باالی‬ ‫کیفی‬ ‫و‬ ‫کمی‬ ‫از‬ ‫اقمینان‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬ DNA ‫اتختورا‬ ‫نمونه‬ ،‫شگه‬ ‫آرایه‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ها‬ ‫آرایخه‬ ‫بخا‬ ‫ایلومینخا‬ ‫شخرک‬ ‫هخای‬ ‫هخای‬ Caprine SNP50 BeadChip ‫داده‬ ‫شگنگ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫مخورد‬ ‫های‬ ‫داده‬ ‫ذنیخره‬ ‫بخرنط‬ ‫پایگخاه‬ ‫در‬ ‫پخهوهح‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫اتتفاده‬ ‫ژنخومی‬ ‫هخای‬ ownCloud ( ‫دتترتی‬ ‫شماره‬ ‫با‬ u8yfoXKCaIPxelQ ‫دتترس‬ ‫در‬ ) ‫می‬ ‫باشگ‬ ‫داده‬ ‫کیفی‬ ‫از‬ ‫اقمینان‬ ‫جه‬ ‫در‬ ‫ژنوتیخپ‬ ‫تعیخین‬ ‫از‬ ‫ضاصخل‬ ‫هخای‬ ‫نها‬ ‫تجزیه‬ ‫ی‬ ‫داده‬ ‫ویرایح‬ ،‫ی‬ ‫مراضخ‬ ‫و‬ ‫هخا‬ ‫بخا‬ ‫کیفیخ‬ ‫کنتخرل‬ ‫موتلخف‬ ‫ل‬ ‫اتتفاده‬ ‫نرم‬ ‫افزار‬ PLINK ‫(نتوه‬ 9 / 1 ( ) Purcell et al., 2007 ‫روی‬ ) ‫داده‬ ‫مرضلخه‬ ‫نوتتین‬ ‫در‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬ ‫شگه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫اولیه‬ ‫های‬ ، ‫دام‬ - ‫بعخگی‬ ‫آنالیزهخای‬ ‫از‬ ‫رفتخه‬ ‫دت‬ ‫از‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫درصگ‬ ‫پنج‬ ‫از‬ ‫بیح‬ ‫با‬ ‫هایی‬ ‫دو‬ ‫از‬ ‫تپس‬ ‫شگنگ‬ ‫ضذ‬ ( ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬ ‫عامل‬ MAF ‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ ) ( ‫ژنوتیپ‬ Call rate ‫نشانگر‬ ‫هر‬ ‫برای‬ ) SNP ‫و‬ ‫شخگه‬ ‫محاتخبه‬ SNP - ‫دام‬ ‫مجمو‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫هایی‬ ‫دارای‬ ‫ها‬ MAF ‫و‬ Call rate ‫به‬ ‫کمتخر‬ ‫ترتیخب‬ ‫و‬ ‫درصگ‬ ‫یک‬ ‫از‬ 95 ‫بودنگ‬ ‫درصگ‬ ، ‫اذاشخته‬ ‫کنار‬ ‫آنالیزها‬ ‫بعگی‬ ‫مراضل‬ ‫از‬ ‫نشانگرهای‬ ‫تپس‬ ‫شگنگ‬ ‫باقی‬ ‫مانگه‬ ‫که‬ ‫بخه‬ ‫هخاردی‬ ‫تعخادل‬ ‫از‬ ‫شخگت‬ - ( ‫داشتنگ‬ ‫انحرا‬ ‫واینبرگ‬ 6 - 10 ˂ values - p ) ‫به‬ ‫از‬ ‫دیگخری‬ ‫معیار‬ ‫عنوان‬ ‫شگنگ‬ ‫اذاشته‬ ‫کنار‬ ‫نهایی‬ ‫آنالیز‬ ‫از‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نطای‬ ‫مؤلفه‬ ‫آنالیز‬ ( ‫اصلی‬ ‫های‬ PCA ‫کنتخرل‬ ‫مراضخل‬ ‫اذرانخگن‬ ‫از‬ ‫پخس‬ ) ‫داده‬ ‫کیفی‬ ‫نرم‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ها‬ ‫افزار‬ PLINK V1.9 ‫اخرا‬ ‫و‬ ‫محاتبه‬ PCA ‫تو‬ ‫نرم‬ ‫تط‬ ‫برنامه‬ ‫افزار‬ R ‫نتوه‬ 2 / 4 ‫تخا‬ ‫شخگ‬ ‫ترتخیم‬ ‫عخالوه‬ ‫بخر‬ ‫دام‬ ،‫نهادها‬ ‫تفکیک‬ ‫بخرای‬ ،‫دارنگ‬ ‫قرار‬ ‫نود‬ ‫نهادی‬ ‫توده‬ ‫از‬ ‫نار‬ ‫که‬ ‫هایی‬ ‫شونگ‬ ‫شناتایی‬ ‫ضذ‬
  • 5. ،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬ ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ … 467 ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫آماری‬ ‫آنالیز‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ ‫پهوهح‬ ‫این‬ ‫در‬ ، ‫نشخانه‬ ‫شناتخایی‬ ‫برای‬ ‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫انتوخاب‬ ‫هخای‬ ‫ابتگا‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫بخه‬ ‫بیماری‬ ‫این‬ ‫به‬ ‫ابتال‬ ‫براتاس‬ ‫ضیوانات‬ ‫دتته‬ )‫(شاهگ‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ )‫(موردی‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫اروه‬ ‫دو‬ ‫بنخگی‬ ‫دتخته‬ ‫و‬ ‫شناتایی‬ ‫برای‬ ‫شگنگ‬ ‫دام‬ ‫بنخگی‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫بررتخی‬ ‫مخورد‬ ‫هخای‬ ‫آنتی‬ ‫آزمایح‬ ‫از‬ ‫پهوهح‬ ‫دام‬ )‫(اآلیزا‬ ‫نون‬ ‫ترم‬ ‫بادی‬ ‫و‬ ‫شخگه‬ ‫اتتفاده‬ ‫ها‬ ‫دام‬ ‫و‬ )‫(شاهگ‬ ‫بیمار‬ ، ‫مثب‬ ‫ترم‬ ‫های‬ ‫دام‬ ‫بخه‬ ‫مقخاوم‬ ،‫منفخی‬ ‫تخرم‬ ‫هخای‬ ‫دتته‬ )‫(موردی‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫شناتخایی‬ ‫بخرای‬ ‫تخپس‬ ‫شخگنگ‬ ‫بنخگی‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫آزمون‬ ‫از‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫نواضی‬ ST F ‫آزمخون‬ ‫شگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫خی‬ ‫خ‬‫جمعیت‬ ‫خایز‬ ‫خ‬‫تم‬ ST F ( ‫خ‬ ‫خ‬‫رای‬ ‫روش‬ ‫دو‬ ‫خه‬‫خ‬‫ب‬ Wright, 1965 ‫روش‬ ‫و‬ ) ( ‫تتا‬ ‫نااریب‬ ‫برآوردار‬ ( ) Weir and Cockerham, 1984 ‫محاتخبه‬ ) ‫می‬ ‫اخرفتن‬ ‫خر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫عخگم‬ ، ‫رایخ‬ ‫روش‬ ‫اصخلی‬ ‫مشکالت‬ ‫از‬ ‫یکی‬ ‫شود‬ ‫نمونه‬ ‫نطای‬ ‫کوکرهام‬ ‫و‬ ‫ویر‬ ‫توتط‬ ‫مشکل‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫ات‬ ‫ایری‬ ( Weir and Cockerham, 1984 ) ‫متختقل‬ ‫که‬ ‫شگ‬ ‫تصحیح‬ ‫تتا‬ ‫روش‬ ‫ارائه‬ ‫با‬ ‫از‬ ‫اروه‬ ‫شمار‬ ‫نمونه‬ ‫های‬ ‫اتخ‬ ‫اروه‬ ‫هر‬ ‫دانل‬ ‫افراد‬ ‫شمار‬ ‫و‬ ‫شگه‬ ‫ایری‬ ‫ارزش‬ ‫به‬ ‫های‬ ‫روش‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬ ‫اتخ‬ ‫متغیخر‬ ‫یک‬ ‫تا‬ ‫صفر‬ ‫بین‬ ‫ها‬ ‫محاتبه‬ ‫محیط‬ ‫در‬ ‫تتا‬ ‫و‬ ‫رای‬ ‫روش‬ ‫دو‬ ‫به‬ ‫مربوط‬ ‫های‬ R ‫برنامه‬ ‫نویتخی‬ ‫تیگنال‬ ‫بهتر‬ ‫شناتایی‬ ‫جه‬ ‫شگ‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫بخه‬ ‫جخای‬ ‫ارزش‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫هخر‬ ‫عگدی‬ SNP ‫میخانگین‬ ‫از‬ ‫ارزش‬ ‫ایخری‬ ‫هخای‬ ‫عگدی‬ SNP ‫مجخاور‬ ‫هخای‬ ‫بخه‬ ‫روش‬ Creeping Window ( CW ‫بخا‬ ) ‫قول‬ 500 ( ‫شخگ‬ ‫اتختفاده‬ ‫بخاز‬ ‫جف‬ ‫کیلو‬ Kim et al., 2015 ‫تنهخا‬ ‫و‬ ) 1 / 0 ‫ارزش‬ ‫مجخاور‬ ‫نشخانگرهای‬ ‫تمام‬ ‫آن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫درصگ‬ ،‫داشتنگ‬ ‫باالیی‬ ‫به‬ ‫نشانه‬ ‫عنوان‬ ‫های‬ ‫شخگنگ‬ ‫تعیخین‬ ‫و‬ ‫شناتخایی‬ ‫انتوخاب‬ ( Kijas et al., 2012 ; Saravanan et al., 2021 ‫تحقیخ‬ ‫این‬ ‫در‬ ) ، ‫ارزش‬ ‫ارا‬ ‫ترتیم‬ ‫برای‬ ‫های‬ Win10 ‫از‬ ‫ژنخومی‬ ‫موقعیخ‬ ‫مقابخل‬ ‫در‬ ‫نرم‬ ‫بتته‬ ‫افزاری‬ ggplot ‫برنامه‬ ‫در‬ R ‫اردیگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫ب‬ ‫ژن‬ ‫ررسی‬ ‫ی‬ ‫اا‬ ‫ژناامی‬ ‫مناانو‬ ‫مر‬ ‫شادر‬ ‫زازارش‬ ‫هاای‬ ‫نشانه‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ ‫بخر‬ ‫نشخانگرها‬ ‫کردن‬ ‫مرتب‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫بخا‬ ‫شخگه‬ ‫محاتخبه‬ ‫ارزش‬ ‫پایخه‬ ‫نرم‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫افزار‬ Excel ‫صگک‬ 9 / 99 ‫بخرای‬ ‫کخه‬ ‫مناققی‬ ‫و‬ ‫محاتبه‬ ‫داشتنگ‬ ‫باالیی‬ ‫ارزش‬ ‫مجاور‬ ‫نشانگرهای‬ ‫همه‬ ، ‫به‬ ‫انتوخاب‬ ‫نشخانه‬ ‫عنوان‬ ‫مناق‬ ‫شگنگ‬ ‫ارفته‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫مخی‬ ‫تتا‬ ‫باالی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫نشخان‬ ‫تواننخگ‬ - ‫اروه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشنگ‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫دهنگه‬ ‫بیمخار‬ ‫و‬ )‫(مخوردی‬ ‫تالم‬ ‫های‬ )‫(شاهگ‬ ‫به‬ ‫بررتخی‬ ‫برای‬ ‫باشنگ‬ ‫ارفته‬ ‫قرار‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬ ‫متمایز‬ ‫صورت‬ ‫ژن‬ ‫و‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫های‬ 250 ‫جف‬ ‫کیلو‬ ‫اقرا‬ ‫باز‬ ‫آن‬ ‫ها‬ ‫بخخرنط‬ ‫اقالعخخاتی‬ ‫پایگخخاه‬ ‫از‬ Genes 108 Ensembl Database ‫به‬ ‫وتیله‬ BioMart ( www.ensembl.org/biomart ‫بررتخی‬ ‫مخورد‬ ) ‫ژن‬ ‫عملکرد‬ ‫بهتر‬ ‫تفتیر‬ ‫برای‬ ‫ارف‬ ‫قرار‬ ‫های‬ ‫به‬ ‫پایگخاه‬ ‫از‬ ‫آمخگه‬ ‫دت‬ ‫آنالیخخخخخخخخخخخن‬ ‫اقالعخخخخخخخخخخخاتی‬ ‫هخخخخخخخخخخخای‬ GeneCards ( http://www.genecards.org ‫و‬ ) UniProtKB ( http://www.uniprot.org ‫شگ‬ ‫اتتفاده‬ ) ‫بحث‬ ‫و‬ ‫نتایج‬ ‫م‬ ‫مجمو‬ ‫روی‬ ‫کیفی‬ ‫کنترل‬ ‫موتلف‬ ‫راضل‬ 53345 ‫نشانگر‬ SNP ‫در‬ 157 ( ‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫بز‬ ‫رأس‬ 77 ‫و‬ ‫تخالم‬ ‫یخا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫رأس‬ 80 ‫تعگاد‬ ‫ابتگا‬ ‫شگ‬ ‫انجام‬ )‫بیمار‬ ‫رأس‬ ‫پنج‬ ‫بز‬ ‫رأس‬ ‫به‬ ‫درصگ‬ ‫عل‬ SNP ‫از‬ ‫کمتر‬ ‫شگه‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ 95 ‫بخین‬ ‫از‬ ‫شگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫درصگ‬ SNP ‫هخای‬ ‫تعگاد‬ ‫نیز‬ ‫اولیه‬ 1135 ‫و‬ 961 ‫به‬ ‫نشانگر‬ ‫پخایین‬ ‫دلیخل‬ ‫بخودن‬ ‫بخه‬ ‫ترتیخب‬ ‫نهایخ‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬ ، ‫تعخگاد‬ 67 ‫نشانگر‬ SNP ‫به‬ ‫هاردی‬ ‫تعادل‬ ‫از‬ ‫انحرا‬ ‫ناقر‬ - ‫مراضل‬ ‫از‬ ‫واینبرگ‬ ‫پایخان‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫اذاشته‬ ‫کنار‬ ‫بعگی‬ ، ‫کنتخرل‬ ‫مراضخل‬ ‫اجخرای‬ ‫از‬ ‫پخس‬ ‫داده‬ ‫کیفی‬ ،‫ها‬ 51182 ‫و‬ ‫نشانگر‬ 152 ( ‫دام‬ ‫رأس‬ 75 ‫و‬ ‫تالم‬ 77 )‫بیمار‬ ‫داده‬ ‫فیلتراتیون‬ ‫موتلف‬ ‫مراضل‬ ‫توانتتنگ‬ ‫و‬ ‫تجزیه‬ ‫برای‬ ‫و‬ ‫بگذراننگ‬ ‫را‬ ‫ها‬ ‫تحلیل‬ ‫بماننگ‬ ‫باقی‬ ‫بعگی‬ ‫های‬ ‫تعگاد‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫همچنین‬ 174 ( ‫تخیریانا‬ ‫نخهاد‬ ‫بخز‬ ‫رأس‬ 87 ‫رأس‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ 87 ‫ضیوانی‬ ‫هیچ‬ ،)‫بیمار‬ ‫رأس‬ ‫به‬ ‫درصگ‬ ‫عل‬ SNP ‫تعیین‬ ‫از‬ ‫کمتخر‬ ‫شخگه‬ ‫ژنوتیپ‬ 95 ‫بخین‬ ‫از‬ ‫شخگنگ‬ ‫ضخذ‬ ‫درصخگ‬ SNP ‫تعگاد‬ ‫نیز‬ ‫اولیه‬ ‫های‬ 1362 ‫و‬ 725 ‫به‬ ‫نشانگر‬ ‫پایین‬ ‫دلیل‬ ‫بودن‬ ‫بخه‬ ‫شگنگ‬ ‫ضذ‬ ‫ژنوتیپ‬ ‫تعیین‬ ‫نرخ‬ ‫و‬ ‫نادر‬ ‫آللی‬ ‫فراوانی‬ ‫ترتیب‬ ‫؛‬ ‫نهای‬ ‫در‬ ‫و‬ ، ‫تعگاد‬ 73 ‫نشانگر‬ SNP ‫به‬ ‫هخاردی‬ ‫تعادل‬ ‫از‬ ‫انحرا‬ ‫ناقر‬ - ‫از‬ ‫واینبخرگ‬ ‫اذاشخ‬ ‫کنار‬ ‫بعگی‬ ‫مراضل‬ ‫پایخان‬ ‫در‬ ‫شخگنگ‬ ‫ته‬ ، ‫مراضخل‬ ‫اجخرای‬ ‫از‬ ‫پخس‬ ‫داده‬ ‫خ‬ ‫خ‬‫کیفی‬ ‫خرل‬ ‫خ‬‫کنت‬ ،‫خا‬ ‫خ‬‫ه‬ 51185 ‫و‬ ‫خانگر‬ ‫خ‬‫نش‬ 174 ‫ختنگ‬ ‫خ‬‫توانت‬ ‫دام‬ ‫رأس‬ ‫داده‬ ‫فیلتراتیون‬ ‫موتلف‬ ‫مراضل‬ ‫بگذراننگ‬ ‫را‬ ‫ها‬ . ‫به‬ ‫اروه‬ ‫در‬ ‫ضیوانات‬ ‫ارفتن‬ ‫قرار‬ ‫نحوه‬ ‫بررتی‬ ‫ور‬ ‫من‬ ،‫نخهادی‬ ‫هخای‬ ‫تحلیل‬ ‫و‬ ‫تجزیه‬ PCA ‫ب‬ ‫با‬ ‫ه‬ ‫بخین‬ ‫ژنخوتیپی‬ ‫تعیخین‬ ‫اقالعخات‬ ‫کارایری‬ ‫نه‬ ‫جانیکا‬ ‫ادهای‬ ‫تیریانا‬ ‫و‬ ‫به‬ ‫متمخایز‬ ‫راهخی‬ ‫عنوان‬ ‫بخه‬ ‫توصخیف‬ ‫خور‬ ‫من‬ ‫آنالیز‬ ‫نتایج‬ ‫ارف‬ ‫قرار‬ ‫تحلیل‬ ‫و‬ ‫تجزیه‬ ‫مورد‬ ‫واارایی‬ PCA ‫داد‬ ‫نشان‬ ‫با‬ ‫که‬ PC1 ‫و‬ ‫تیریانا‬ ‫نهاد‬ PC2 ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫به‬ ‫تفکیک‬ ‫یکگیگر‬ ‫از‬ ‫نوبی‬ ‫نقطه‬ ‫هیچ‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫شگنگ‬ ‫جگا‬ ‫و‬ ‫هم‬ ‫با‬ ‫ای‬ ‫هم‬ ‫پوشانی‬ ‫نگارنگ‬ ‫اینکه‬ ‫به‬ ‫توجه‬ ‫با‬ ‫عالوه‬ ،‫انتواب‬ ‫جایگخاه‬ ‫تخودمنگ‬ ‫جهخح‬ ‫بر‬ ‫هخای‬ ‫مخی‬ ‫قرار‬ ‫تأثیر‬ ‫تح‬ ‫هم‬ ‫را‬ ‫آن‬ ‫مجاور‬ ( ‫دهخگ‬ Akey et al., 2002 ‫در‬ ،) ‫تیگنال‬ ‫بهتر‬ ‫شناتایی‬ ‫جه‬ ‫پهوهح‬ ‫این‬ ‫ژنخوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫به‬ ‫هر‬ ‫عگدی‬ ‫ارزش‬ ‫ارفتن‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫جای‬ SNP ‫میانگین‬ ، ‫ارزش‬ ‫ایخری‬ - ‫عگدی‬ ‫های‬ SNP ‫مج‬ ‫های‬ ‫به‬ ‫اور‬ ‫روش‬ CW ‫قول‬ ‫با‬ 10 SNP ‫صورت‬ ‫تنها‬ ‫و‬ ‫ارف‬ 1 / 0 ‫نشخانگرهای‬ ‫تمخام‬ ‫آن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫درصگ‬ ‫به‬ ،‫باشنگ‬ ‫باالیی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫مجاور‬ ‫نشانه‬ ‫عنوان‬ ‫شناتایی‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫(شکل‬ ‫شگنگ‬ ‫تعیین‬ ‫و‬ ‫های‬ 2 ‫و‬ 3 )
  • 6. 468 ‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬ ‫جلد‬ ‫ن‬ 15 ‫شماره‬ ، 3 ، ‫پاییز‬ 1402 ‫شکل‬ 1 - ‫نوشه‬ ‫ضیوانات‬ ‫بنگی‬ ‫اتاس‬ ‫بر‬ ‫آن‬ ‫الیز‬ PCA ‫ضیوانات‬ ‫تمام‬ ‫ژنوتیپی‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ Figure 1- Animals clustered on the basis of principal components analysis (PCA) using genotyping information animals ‫شکل‬ 2 - ‫ارزش‬ ‫توزیع‬ ‫های‬ win10 ‫تالم‬ ‫ضیوانات‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫تتا‬ ‫جانیکا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ Figure 1- Distribution of 10 windowed theta values for healthy and patient in Jonica breed of Johne’s disease ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬ SNP ‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬ ‫ها‬ X ‫ارزش‬ ‫و‬ ‫تتای‬ ‫های‬ ‫آن‬ ‫ها‬ ‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬ Y ‫نشان‬ ‫شگه‬ ‫ترتیم‬ ‫نط‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫داده‬ ‫نشان‬ ‫دهنگه‬ 9 / 99 ‫کروموزوم‬ ‫صگک‬ ‫ات‬ ‫ها‬ The SNP position on different chromosomes shown on the X-axis, and theta values are plotted on the Y-axis. The values above the line are in the 99.9 percentile of all Theta values.
  • 7. ،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬ ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ … 469 ‫شکل‬ 3 - ‫توزیع‬ ‫ارزش‬ ‫های‬ win10 ‫تیریانا‬ ‫بز‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫ضیوانات‬ ‫ژنوم‬ ‫تطح‬ ‫در‬ ‫تتا‬ Figure 1- Distribution of 10 windowed theta values for healthy and patient in Siriana breed of Johne’s disease ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬ SNP ‫محور‬ ‫روی‬ ‫بر‬ ‫ها‬ X ‫ارزش‬ ‫و‬ ‫تتای‬ ‫های‬ ‫آن‬ ‫ها‬ ‫بر‬ ‫محور‬ ‫روی‬ Y ‫نشان‬ ‫شگه‬ ‫ترتیم‬ ‫نط‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫داده‬ ‫نشان‬ ‫دهنگه‬ 9 / 99 ‫کروموزوم‬ ‫صگک‬ ‫ات‬ ‫ها‬ The SNP position on different chromosomes shown on the X-axis, and theta values are plotted on the Y-axis. The values above the line are in the 99.9 percentile of all Theta values. ‫تو‬ ‫شگه‬ ‫ارفته‬ ‫ر‬ ‫ن‬ ‫در‬ ‫آتتانه‬ ‫ضگ‬ ‫که‬ ‫مناققی‬ ‫فقط‬ ‫و‬ ‫بود‬ ‫ایرانه‬ ‫می‬ ‫نشان‬ ‫را‬ ‫نهادها‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫را‬ ‫جمعیتی‬ ‫تمایز‬ ‫بیشترین‬ ‫بخا‬ ‫مشخابه‬ ‫و‬ ‫دهنگ‬ ( ‫همکاران‬ ‫و‬ ‫ژو‬ ‫مطالعه‬ Zhu et al., 2015 ‫نخهاد‬ ‫اوتخفنگان‬ ‫روی‬ ‫بر‬ ) ‫مناققی‬ ‫بود‬ ‫موتلف‬ ‫م‬ ‫تتا‬ ‫باالی‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫که‬ ‫ی‬ ‫نشخان‬ ‫تواننگ‬ ‫دهنخگه‬ ‫اروه‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشنگ‬ ‫ژنوم‬ ‫از‬ ‫مناققی‬ ‫به‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫های‬ ‫متمخایز‬ ‫صخورت‬ ‫می‬ ‫و‬ ‫ارفته‬ ‫قرار‬ ‫انتواب‬ ‫هگ‬ ‫به‬ ‫تواننگ‬ ‫صخف‬ ‫این‬ ‫برای‬ ‫کانگیگا‬ ‫عنوان‬ ‫باشنگ‬ ‫مطالعه‬ ‫مورد‬ ‫نهادهای‬ ‫در‬ ‫اقتصادی‬ ‫مهم‬ ‫به‬ ‫نتایج‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬ 13 ‫بخر‬ ‫ژنخومی‬ ‫ناضیه‬ ‫ک‬ ‫روی‬ ‫روموزوم‬ ‫های‬ 1 ، 5 ، 7 ،)‫منطقخه‬ ‫(دو‬ 8 ، 9 ،)‫منطقخه‬ ‫(دو‬ 11 ، 16 ، 17 ، 18 ‫و‬ 20 ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫داشخته‬ ‫باالیی‬ ‫جمعیتی‬ ‫تفرق‬ )‫منطقه‬ ‫(دو‬ ‫باالتر‬ ‫تتای‬ 1 / 0 ‫می‬ ‫درصگ‬ ‫(شکل‬ ‫باشنگ‬ 1 ‫نخهاد‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫همچنین‬ ) ‫به‬ ‫نتایج‬ ‫تیریانا‬ ‫روی‬ ‫ژنخومی‬ ‫منخاق‬ ‫کخه‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬ ‫ضاکی‬ ،‫آمگه‬ ‫دت‬ ‫خوزوم‬ ‫خ‬‫کرومخ‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫هخ‬ 3 ، 5 ، 10 ، 12 ، 16 ، 17 ، 18 ، 23 ، 24 ‫و‬ 29 ‫خرق‬ ‫خ‬‫تفخ‬ ‫جمعیخ‬ ‫دو‬ ‫بخین‬ ‫بخاالیی‬ ‫تتخای‬ ‫ارزش‬ ‫دارای‬ ‫و‬ ‫داشخته‬ ‫باالیی‬ ‫جمعیتی‬ ‫(شکل‬ ‫داش‬ ‫قرار‬ ‫بیمار‬ ‫و‬ ‫تالم‬ ‫یا‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ 2 ) ‫نشانه‬ ‫روش‬ ‫از‬ ‫شناتخایی‬ ‫جهخ‬ ‫تخاکنون‬ ‫تتخا‬ ‫آماره‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫دام‬ ‫در‬ ‫موتلف‬ ‫های‬ ‫های‬ ‫اتختفاده‬ ‫اهلی‬ ‫بخا‬ ‫مخرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫بررتی‬ ‫یک‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫جمعیتخی‬ ‫تمایز‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫آلمانی‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫در‬ ‫پتتان‬ ‫ورم‬ ‫بیماری‬ ‫نتایج‬ ‫کردنگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫تتا‬ ‫آن‬ ‫ها‬ ‫کانگیگا‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫به‬ ‫منجر‬ ‫خوزوم‬ ‫خ‬‫کروم‬ ‫روی‬ ‫خای‬ ‫خ‬‫ه‬ 1 ، 3 ، 5 ، 6 ، 14 ، 21 ‫و‬ 28 ‫خ‬ ‫خ‬‫بررت‬ ‫و‬ ‫خود‬ ‫خ‬‫ب‬ ‫خگه‬ ‫خ‬‫ش‬ ‫ی‬ ‫ژن‬ ‫که‬ ‫داد‬ ‫نشان‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫بیوانفورماتیکی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫موجود‬ ‫های‬ ‫بیماری‬ ،‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬ ‫تیتختم‬ ‫و‬ ‫تخرقان‬ ‫انخوا‬ ،‫ایمنخی‬ ‫نخود‬ ‫های‬ ‫می‬ ‫مرتبط‬ ‫عصبی‬ ( ‫باشنگ‬ Abbasi Moshaii, 2018 ) ‫ژن‬ ،‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫شناتایی‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫هخای‬ ‫بیوشخیمیایی‬ ‫عملکخرد‬ ‫و‬ ‫شناتخایی‬ ‫منخاق‬ ‫این‬ ‫آن‬ ‫هخا‬ ‫شخگنگ‬ ‫بررتخی‬ ‫(جگاول‬ 1 ‫و‬ 2 ) ‫ژن‬ ‫جخگاول‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫مشوص‬ ‫های‬ 2 - 1 ‫عملکردهخای‬ ‫عفونخ‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ،‫بگن‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫در‬ ‫متفاوتی‬ ‫و‬ ‫باکتریخایی‬ ‫هخای‬ ‫می‬ ‫که‬ ‫بوده‬ ‫انگلی‬ ‫تواننگ‬ ‫بخه‬ ‫صخف‬ ‫بخا‬ ‫متختقیم‬ ‫غیخر‬ ‫و‬ ‫متختقیم‬ ‫قخور‬ ‫بیمار‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫باشنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫یون‬ ‫ی‬ ‫مجمو‬ ‫در‬ ، 75 ‫بودنخگ‬ ‫انتوابی‬ ‫منطقه‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫ژن‬ ، ‫ایخن‬ ‫از‬ ‫ژن‬ ‫ایخن‬ ‫به‬ ‫مربوقه‬ ‫اقالعات‬ ‫شگنگ‬ ‫تعیین‬ ‫قری‬ ‫جخگاول‬ ‫در‬ ‫هخا‬ 2 - 1 ‫بوخح‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫آورده‬ ، ‫ژن‬ ‫از‬ ‫برنخی‬ ‫تحخ‬ ً‫ال‬‫اضتمخا‬ ‫کخه‬ ‫هخا‬ ‫بوده‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫مثب‬ ‫انتواب‬ ‫انخگ‬ ، ‫تحلیخل‬ ‫و‬ ‫بحخث‬ ‫مخورد‬ ‫قر‬ ‫می‬ ‫ار‬ ‫ژن‬ ‫از‬ ‫شماری‬ ‫ایرنگ‬ ‫بررتی‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫ها‬ ‫بخه‬ ‫نشخانه‬ ‫عنخوان‬ ‫هخای‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫انتواب‬ ‫بررتی‬ ‫با‬ ،‫انگ‬ ‫هم‬ ‫پیشین‬ ‫های‬ ‫داش‬ ‫نوانی‬ ‫قرار‬ ‫از‬ ‫پس‬ ‫ات‬ ‫ممکن‬ ‫ایمنی‬ ‫تامانه‬ ‫عملکرد‬ ‫برای‬ ‫قوی‬ ‫انتواب‬ ‫عامل‬ ‫معرض‬ ‫در‬ ‫ضیوانات‬ ‫ارفتن‬ ‫بیماری‬ ‫های‬ ‫در‬ ‫تغییر‬ ‫هنگام‬ ‫جگیگ‬ ‫زای‬ ‫اهلخ‬ ‫بخرای‬ ‫پرورشخی‬ ‫مگیری‬ ‫شخکل‬ ‫و‬ ‫شخگن‬ ‫ی‬ ‫دهخگ‬ ‫رخ‬ ‫نخهاد‬ ‫ایخری‬ ( Ramey et al., 2013 ‫اینترلوکین‬ ) ‫تایتوکین‬ ‫نانواده‬ ‫از‬ ‫جزوی‬ ‫ها‬ ‫هخا‬ ‫می‬ ‫تایتوکین‬ ‫باشنگ‬ ( ‫ها‬ Cytokines ‫مولکخول‬ ‫از‬ ‫بزرای‬ ‫نانواده‬ ) ‫هخای‬ ‫دارنخگ‬ ‫التهخاب‬ ‫بخه‬ ‫پاتخ‬ ‫در‬ ‫یمی‬ ‫تن‬ ‫نقح‬ ‫که‬ ‫هتتنگ‬ ‫آب‬ ‫در‬ ‫ضل‬ ‫قابل‬ ‫تایتوکین‬ ‫پروتئ‬ ‫ها‬ ‫ین‬ ‫نقخح‬ ‫ایمنخی‬ ‫خیم‬ ‫تن‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫هتتنگ‬ ‫محلولی‬ ‫های‬ ‫دارنگ‬ ‫به‬ ‫قوری‬ ‫که‬ ‫نقخح‬ ‫اکتتخابی‬ ‫ایمنخی‬ ‫در‬ ‫هم‬ ‫و‬ ‫ذاتی‬ ‫ایمنی‬ ‫در‬ ‫هم‬
  • 8. 470 ‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬ ‫جلد‬ ‫ن‬ 15 ‫شماره‬ ، 3 ، ‫پاییز‬ 1402 ‫ژن‬ ‫دارنگ‬ ‫های‬ IL4 ، IL5 ‫و‬ IL13 ‫تایتوکین‬ ‫اروه‬ ‫جزو‬ ‫هم‬ ‫ها‬ ( IL1a, IL1ß, IL4R, IL5, IL7, IL15, IL23A, IFN-c ‫در‬ ‫کلیگی‬ ‫نقح‬ ) ‫پاتخ‬ ( ‫دارنگ‬ ‫ایمنی‬ ‫های‬ https://www.genecards.org ‫مطالع‬ ‫در‬ ) ‫ه‬ - ،‫چینی‬ ‫هلشتاین‬ ‫ااوهای‬ ‫در‬ ‫ای‬ ‫ژن‬ IL5 ‫و‬ IL23R ‫ایمنخی‬ ‫با‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫بیماری‬ ‫با‬ ‫ذاتی‬ ‫آویوم‬ ‫مایوباکتریوم‬ ‫پخاراتوبرکلوزیس‬ ‫اونه‬ ‫زیر‬ ‫اخزارش‬ ( ‫ات‬ ‫شگه‬ Gao et al., 2018 ) ‫ب‬ ‫و‬ ‫اوتفنگ‬ ‫در‬ ‫تتا‬ ‫آماره‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫نهاد‬ ‫ز‬ ‫با‬ ‫مصر‬ ‫بومی‬ ‫بارکی‬ 49000 ‫نشانگر‬ SNP ‫نخواضی‬ ‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫با‬ ‫که‬ ‫داد‬ ‫نشان‬ ‫نشک‬ ‫و‬ ‫ارم‬ ‫هوای‬ ‫و‬ ‫آب‬ ‫به‬ ‫مثب‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ژنومی‬ ‫منطقه‬ ‫چنگین‬ ‫هخای‬ 1 ، 3 ، 7 ، 10 ، 12 ، 13 ، 17 ، 19 ‫و‬ 21 ‫می‬ ‫انتواب‬ ‫از‬ ‫شواهگی‬ ‫دارای‬ ‫ژن‬ ‫بررتی‬ ‫باشنگ‬ ‫ازارش‬ ‫های‬ ( ‫شگه‬ IL2 ، IL7 ، IL21 ‫و‬ IL1R1 ‫بخا‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫که‬ ‫بود‬ ‫آن‬ ‫از‬ ‫ضاکی‬ ) ‫ژن‬ ‫تیتختم‬ ‫پاتخخ‬ ‫و‬ ‫عصخبی‬ ‫تیتختم‬ ،‫ارمایی‬ ‫اتترس‬ ‫به‬ ‫مرتبط‬ ‫های‬ ‫ایمنی‬ ‫هم‬ ‫پوشانی‬ ( ‫دارنگ‬ Kim et al., 2015 ) ‫جدول‬ 1 - ‫ژن‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬ ‫جانیکا‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ Table 1- Genomic regions containing selection signatures in resistant animals with Johne’s disease, and genes reported in these genomic regions in Jonica breed ‫کروموزوم‬ ‫شماره‬ Number of chromosome )‫باز‬ ‫(جف‬ ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬ Genomic position (bp) ‫ژن‬ ‫موجود‬ ‫های‬ ‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬ Reported genes in the region 1 85422458:85922458 U6, FXR1 5 43264473:43764473 BEST3, LRRC10, CCT2, FRS2 7 88434373:88934373 SLC22A4, IRF1, IL5, RAD50, IL13, IL4 7 54412582:54912582 KIF3A, KIF4A 8 106466079:106966079 TLR4, PEX7, SLC35D3 9 42736335:43236335 IL20RA, IL22RA2 9 61948202:62448202 IL22RA2, IFNGR1 11 4221335:4721335 LIPT1, MITD1, MRPL30, LYG2, LYG1, TXNDC9, EIF5B, REV1 16 20765529:21265529 LYPLAL1 17 66587333:67087333 MND1, TMEM131L, TLR2, RNF175, SFRP2 18 54312264:54812264 QPCTL, FBXO46, DMPK, FOXA3, IRF2BP1, MYPOP, CCDC61, PGLYRP1, IGFL1, PPP5C 20 38685759:39185759 PRLR, AGXT2 20 38757897:39257897 DNAJC21, BRIX1 ‫ژن‬ ‫کانگیگای‬ ‫های‬ TLR2 ‫و‬ TLR4 ‫به‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ترتیب‬ ‫هخای‬ 17 ‫و‬ 8 ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫در‬ 83 / 66 ‫و‬ 71 / 106 ‫قخرار‬ ‫بخز‬ ‫اونخه‬ ‫مگابخازی‬ ‫دارنگ‬ TLR ،‫ها‬ ‫نانواده‬ ‫ایرنگه‬ ‫از‬ ‫ای‬ ‫در‬ ‫کخه‬ ‫هتتنگ‬ ‫الگو‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬ ،‫تکامل‬ ‫تیر‬ ‫شگه‬ ‫ضفظ‬ ‫و‬ ‫مانگه‬ ‫تغییر‬ ‫بگون‬ ،‫انخگ‬ ‫انخوا‬ ‫از‬ ‫بتخیاری‬ ‫در‬ ‫و‬ ‫تلول‬ ‫می‬ ‫بیان‬ ‫ها‬ ‫پاتخ‬ ‫در‬ ‫را‬ ‫اتاتی‬ ‫نقح‬ ‫و‬ ‫شونگ‬ ‫بخر‬ ‫ذاتخی‬ ‫ایمنی‬ ‫های‬ ‫میکروب‬ ‫گ‬ ‫ایفا‬ ‫ها‬ ‫مخی‬ ‫ء‬ ( ‫کننخگ‬ https://www.genecards.org ‫در‬ ) ‫معنی‬ ‫ارتباط‬ ‫موتلفی‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعات‬ ‫کانگیخگای‬ ‫ژن‬ ‫بخین‬ ‫داری‬ TLR2 ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫بز‬ ‫در‬ ‫ایمنی‬ ‫تیتتم‬ ‫و‬ ‫ضرارتی‬ ‫تنح‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ( ‫ات‬ Abioja et al., 2023 ) ‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ IFNGR1 ‫شماره‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ 9 ‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬ 19 / 62 ‫جف‬ ‫مگا‬ ‫ژن‬ ‫دارد‬ ‫قرار‬ ‫بز‬ ‫اونه‬ ‫بازی‬ IFNGR1 ‫مرکزی‬ ‫نقح‬ ، ‫فرآینخگهای‬ ‫در‬ ‫همچنخین‬ ‫دارد‬ ‫را‬ ‫هخا‬ ‫پخاتوژن‬ ‫به‬ ‫ذاتی‬ ‫ایمنی‬ ‫پاتخ‬ ‫در‬ ‫تخایتوکین‬ ‫تولیخگ‬ ‫در‬ ‫یبولوژیکی‬ ‫متیرهای‬ ‫ژن‬ ‫دارد‬ ‫هخا‬ IFNGR1 ‫در‬ ‫مطالعه‬ ( ‫همکخاران‬ ‫و‬ ‫چخن‬ Chen et al., 2020 ) ‫شناتخایی‬ ‫هخگ‬ ‫بخا‬ ‫تیگنا‬ ‫ل‬ ‫نخهاد‬ ‫بزهخای‬ ‫روی‬ ‫بخر‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ Du’an Goat ‫اخزارش‬ ‫را‬ ‫کردنگ‬ ‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ PGLYRP1 ‫در‬ ‫ناضیه‬ ‫بین‬ 562 / 54 ‫و‬ 566 / 54 ‫مگا‬ ‫جف‬ ‫باز‬ ‫روی‬ ‫کروموزوم‬ 18 ‫بز‬ ‫قخرار‬ ‫ارفتخه‬ ‫اتخ‬ ‫ژن‬ PGLYRP1 ‫فعال‬ ‫یمی‬ ‫تن‬ ‫نقح‬ ‫کننگه‬ T-cell ‫می‬ ‫ایرنگه‬ ‫باشگ‬ ‫لنفوتی‬ ‫های‬ ‫هخای‬ ‫تلول‬ ‫های‬ T ‫می‬ ‫پات‬ ‫در‬ ‫که‬ ‫باشگ‬ ‫ایمنخ‬ ‫خ‬ ‫ی‬ ‫و‬ ‫دارنخگ‬ ‫نقخح‬ ‫ذاتخی‬ ‫جخود‬ ‫تلول‬ ‫های‬ T ‫ب‬ ‫آن‬ ‫بخگون‬ ‫و‬ ‫ات‬ ‫روری‬ ‫ایمنی‬ ‫واکنح‬ ‫رای‬ ‫بخگن‬ ،‫هخا‬ ‫نمی‬ ‫عفون‬ ‫با‬ ‫توانگ‬ ‫کنگ‬ ‫مقابله‬ ‫ها‬ ‫معنی‬ ‫ارتباط‬ ‫در‬ ‫چنگشخکلی‬ ‫بین‬ ‫داری‬ ‫ژن‬ PGLYRP1 ‫تلول‬ ‫شمارش‬ ‫با‬ ‫شخیری‬ ‫ااوهخای‬ ‫در‬ ‫توماتیک‬ ‫های‬ ( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫هلشتاین‬ Wang et al., 2013 ‫ارتبخاط‬ ‫همچنین‬ ) ‫معنی‬ ‫ژن‬ ‫در‬ ‫چنگشخکلی‬ ‫بین‬ ‫داری‬ PGLYRP1 ‫در‬ ‫تخرقان‬ ‫انخوا‬ ‫بخا‬ ( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ ‫انتان‬ Cui et al., 2022 )
  • 9. ،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬ ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ … 471 ‫جدول‬ 2 - ‫ژن‬ ‫و‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫نهاد‬ ‫در‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫در‬ ‫شگه‬ ‫شناتایی‬ ‫های‬ ‫تیریانا‬ Table 2- Genomic regions containing selection signatures in resistant animals with Johne’s disease, and genes reported in these genomic regions in Siriana breed ‫کروموزوم‬ ‫شماره‬ Number of chromosome )‫باز‬ ‫(جف‬ ‫ژنومی‬ ‫موقعی‬ Genomic position (bp) ‫ژن‬ ‫ه‬ ‫موجود‬ ‫ای‬ ‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ ‫در‬ Reported genes in the region 3 88164235:88664235 LRIF1, DRAM2, CEPT1, DENND2D, CHI3L2, CHIA 5 80466907:80966907 AMN1, DENND5B, KLHL42 5 76769745:77269745 REP15, PPFIBP1, SMCO2 10 31739033:32239033 - 12 67882523:68382523 RCBTB2, RB1, LPAR6 16 13346634:13846634 - 17 44288137:44788137 - 18 39462315:39962315 ZFHX3, U6 23 9537704:10037704 ATXN1 24 58027182:58527182 MALT1, ZNF532, GRP, RAX, CPLX4, LMAN1 19 25815212:26315212 SAA4, OR8D4, OR4D5, OR6T1, OR10S1, OR10G6 ‫ژن‬ ‫های‬ CHI3L2 ‫و‬ PPFIBP1 ‫به‬ ‫کروموزوم‬ ‫روی‬ ‫ترتیب‬ ‫هخای‬ 3 ‫و‬ 5 ‫ژنومی‬ ‫نواضی‬ ‫در‬ 41 / 88 ‫و‬ 71 / 80 ‫پخویح‬ ‫مطالعخه‬ ‫در‬ ‫داشتنگ‬ ‫قرار‬ ‫در‬ ‫مثبخ‬ ‫انتوخاب‬ ‫تح‬ ‫ژنومی‬ ‫مناق‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫پخنج‬ ‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ،‫توئگی‬ ‫ااوهای‬ ‫نهاد‬ PPFIBP1 ‫بخه‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫عفون‬ ( ‫اتخ‬ ‫شخگه‬ ‫اخزارش‬ ‫باکتریایی‬ ‫های‬ Ghoreishifar et al., 2020 ‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫پویح‬ ‫مطالعه‬ ‫در‬ ‫همچنین‬ ) ‫های‬ ‫بیمخاری‬ ‫بخه‬ ‫مقاوم‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتواب‬ ‫معخگه‬ ‫انگلخی‬ ‫هخای‬ - ‫روده‬ ‫در‬ ‫ای‬ ‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ،‫اوتفنگ‬ CHI3L2 ( ‫ات‬ ‫شگه‬ ‫ازارش‬ McRae et al., 2014 ) ‫ه‬ ‫کانگیخخگای‬ ‫ژن‬ ‫مچنخخین‬ DENND5B ‫کرومخخوزوم‬ ‫روی‬ 5 ‫در‬ ‫و‬ ‫ژنومی‬ ‫ناضیه‬ 01 / 77 ‫پخویح‬ ‫مطالعخه‬ ‫در‬ ‫دارد‬ ‫قخرار‬ ‫بخز‬ ‫اونخه‬ ‫مگابازی‬ ‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫هگ‬ ‫با‬ ‫ژنومی‬ ‫نخهاد‬ ‫اوشختی‬ ‫ااوهخای‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ Canchim ‫کانگیگای‬ ‫ژن‬ ، DENND5B ‫مقاومخ‬ ‫در‬ ‫کخه‬ ‫شگ‬ ‫ازارش‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫کلی‬ ‫نقح‬ ‫عصبی‬ ‫تیتتم‬ ‫و‬ ‫انگلی‬ ‫های‬ ( ‫دارد‬ ‫گی‬ Duarte et al., 2022 ) ‫نتیجه‬ ‫کلی‬ ‫گیری‬ ‫مطالعه‬ ‫این‬ ‫در‬ ، ‫نشانه‬ ‫شناتایی‬ ‫برای‬ ‫تمخایز‬ ‫آمخاره‬ ‫از‬ ‫انتوخاب‬ ‫های‬ ‫نشانه‬ ‫و‬ ‫شگ‬ ‫اتتفاده‬ ‫تتا‬ ‫جمعیتی‬ ‫بوخح‬ ‫در‬ ‫انتواب‬ ‫های‬ ‫ژنخوم‬ ‫از‬ ‫هخایی‬ ‫بررتی‬ ‫در‬ ‫مناق‬ ‫این‬ ‫از‬ ‫برنی‬ ‫که‬ ‫شگ‬ ‫شناتایی‬ ‫انتخان‬ ‫در‬ ‫پیشین‬ ‫های‬ ‫و‬ ‫دام‬ ‫ژن‬ ‫بررتخی‬ ‫بودنخگ‬ ‫شگه‬ ‫تأییگ‬ ‫نیز‬ ‫دیگر‬ ‫اهلی‬ ‫های‬ ‫نخواضی‬ ‫در‬ ‫هخا‬ ‫ژن‬ ،‫داد‬ ‫نشان‬ ‫انتواب‬ ‫تح‬ ‫تیتختم‬ ‫بخا‬ ‫منخاق‬ ‫ایخن‬ ‫در‬ ‫موجخود‬ ‫های‬ ‫مقاوم‬ ،‫ایمنی‬ ‫به‬ ‫بیمخاری‬ ‫و‬ ‫عفونخ‬ ،‫باکتریخایی‬ ‫پاتخخ‬ ‫بخه‬ ‫اتخترس‬ ‫اکتیگاتیو‬ ‫و‬ ‫ترکوب‬ ‫مجمخو‬ ‫در‬ ‫هتختنگ‬ ‫مرتبط‬ ‫ترقان‬ ، ‫ایخن‬ ‫نتخایج‬ ‫می‬ ‫تحقی‬ ‫اقالعا‬ ‫منبع‬ ‫توانگ‬ ‫ژن‬ ‫شناتخایی‬ ‫جه‬ ‫در‬ ‫ارزشی‬ ‫با‬ ‫تی‬ ‫هخای‬ ‫بررتی‬ ‫برای‬ ‫آغازی‬ ‫و‬ ‫دهگ‬ ‫ارائه‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫مهارکننگه‬ ‫در‬ ‫بیشختر‬ ‫های‬ ‫به‬ ‫اقالعات‬ ‫از‬ ‫اتتفاده‬ ‫و‬ ‫زمینه‬ ‫این‬ ‫ویهای‬ ‫شناتایی‬ ‫در‬ ‫آمگه‬ ‫دت‬ ‫های‬ ‫باشگ‬ ‫بز‬ ‫پروش‬ ‫صنع‬ ‫در‬ ‫اقتصادی‬ ‫مهم‬ ‫بیماری‬ ‫این‬ ‫ژنتیکی‬ References 1. Abbasi Moshaii, B. (2018). Genomic scan for selection signatures and identification of some candidate regions associated with mastitis in German Holstein cattle. Ph.D. Thesis of Animal Breeding and Genetics, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran. 128. 2. Abioja, M. O., Logunleko, M. O., Majekodunmi, B. C., Adekunle, E. O., Shittu, O. O., Odeyemi, A. J., Nwosu, E. U., Oke, O. E., Iyasere, O. S., Abiona, J. A., & Williams, T. J. (2022). Roles of candidate genes in the adaptation of goats to heat stress: A review. Small Ruminant Research, 2,106878. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2022.106878. 3. Akey, J. M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L., & Shriver, M. D. (2002). Interrogating a high-density SNP map for signatures of natural selection. Genome Research, 12(12), 1805-1814. doi: 10.1101/gr.631202 4. Asadollahpour Nanaei, H., Kharrati-Koopaee, H., & Esmailizadeh, A. (2022). Genetic diversity and signatures of selection for heat tolerance and immune response in Iranian native chickens. BMC Genomics, 23(1),224. doi: 10.1186/s12864-022-08434-7. 5. Azizpour, N., Khelatabadi, A., Moradi, M., Mohammadi, H. (2020). Genome-wide association study based on gene-set enrichment analysis associated with milk yield in Holstein cattle. Journal of Animal Science Research, 30(1), 79-92. (In Persian). doi: 10.22034/as.2020.11009.
  • 10. 472 ‫ایرا‬ ‫دامی‬ ‫علوم‬ ‫پژوهشهای‬ ‫نشریه‬ ‫جلد‬ ‫ن‬ 15 ‫شماره‬ ، 3 ، ‫پاییز‬ 1402 6. Chen, Q., Wang, Z., Sun, J., Huang, Y., Hanif, Q., Liao, Y., & Lei, C. (2020). Identification of genomic characteristics and selective signals in a Du'an Goat Flock. Animals (Basel), 10(6),994. doi: 10.3390/ani10060994. 7. Cui, X., Chang, Z., Dang, T., Meng, J., Wang, P., Wu, J., & Chai, J. (2022). TNF upregulates peptidoglycan recognition protein 1 in esophageal cancer cells to clear the path to its signaling: Making the "enemy" a friend. Archives of Biochemistry and Biophysics, 722,109192. doi: 10.1016/j.abb.2022.109192. 8. Duarte, I. N. H., Bessa, A. F. O., Rola, L. D., Genuíno, M. V. H., Rocha, I. M., Marcondes, C. R., Regitano, L. C. A., Munari, D. P., Berry, D. P., & Buzanskas, M. E. (2022). Cross-population selection signatures in Canchim composite beef cattle. PLoS One, 17(4),e0264279. doi: 10.1371/journal.pone.0264279. 9. Gao, Y., Jiang, J., Yang, S., Cao, J., Han, B., Wang, Y., Zhang, Y., Yu, Y., Zhang, S., & Zhang Q. (2018). Genome-wide association study of Mycobacterium avium subspecies Paratuberculosis infection in Chinese Holstein. BMC Genomics, 19(1),972. doi: 10.1186/s12864-018-5385-3. 10. Ghoreishifar, S. M., Eriksson, S., Johansson, A. M., Khansefid, M., Moghaddaszadeh-Ahrabi, S., Parna, N., Davoudi, P., & Javanmard, A. (2020). Signatures of selection reveal candidate genes involved in economic traits and cold acclimation in five Swedish cattle breeds. Genetic Selection Evolution, 52(1),52. doi: 10.1186/s12711- 020-00571-5. 11. Javan Nikkhah, M. (2019). Identification of selective signatures associated with resistance to bovine leukosis (BLV) in Iranian Holstein cows. Ph.D. Thesis of Animal Breeding and Genetics, Tehran University, Iran. 139. 12. Khaltabadi Farahani, A. H., mohammadi, H., & moradi, H. (2020). Gene set enrichment analysis using genome- wide association study to identify genes and pathways associated with litter size in various sheep breeds. Animal Production, 22(3), 325-335. (In Persian). doi: 10.22059/jap.2020.292715.623468. 13. Kim, H., Song, K. D., Kim, H. J., Park, W., Kim, J., & Lee, T. (2015). Exploring the genetic signature of body size in Yucatan miniature pig. PLoS one, 10,4e0121732. doi: 10.1371/journal.pone.0121732. 14. Kuenstner, J. T., Naser, S., Chamberlin, W., Borody, T., Graham, D. Y., McNees, A., Hermon-Taylor, J., Hermon- Taylor, A., Dow, C. T., & Kuenstner, L. (2017). The Consensus from the Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) Conference. Frontiers Public Health, 5,208. doi: 10.3389/fpubh.2017.00208. 15. Kijas, J. W., Lenstra, J. A., Hayes, B., Boitard, S., Porto Neto, L. R., San Cristobal, M., Servin, B., McCulloch, R., Whan, V., McEwan, J., & Dalrymple, B. (2012). International sheep genomics consortium members. Genome- wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection. PLoS Biological, 10(2),e1001258. doi: 10.1371/journal.pbio.1001258. 16. McRae, K. M., McEwan, J. C., Dodds, K. G., & Gemmell, N. J. (2014). Signatures of selection in sheep bred for resistance or susceptibility to gastrointestinal nematodes. BMC Genomics, 15(1),637. doi: 10.1186/1471-2164-15- 637. 17. Maiorano, A. M., Cardoso, D. F., Carvalheiro, R., Júnior, G. A. F., de Albuquerque, L. G., & de Oliveira, H. N. (2022). Signatures of selection in Nelore cattle revealed by whole-genome sequencing data. Genomics, 114(2),110304. doi: 10.1016/j.ygeno.2022.110304. 18. Minozzi, G., De Iorio, M. G., Palazzo, F., Gandini, G., Biffani, S., Paolillo, G., Ciani, E., Di Marco Lo Presti, V., Stella, A., & Williams, J. L. (2023). Genome-wide association study for antibody response to Mycobacterium avium ssp. paratubeculosis in goats. Animal Genetics, 54(1),78-81. doi: 10.1111/age.13271. 19. Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A., Bender, D., Maller, J., Sklar, P., de Bakker, P. I., Daly, M. J., & Sham, P. C. (2007). PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. American Journal of Human Genetics, 81(3),559-75. doi: 10.1086/519795. 20. Ramey, H., Decker, J., McKay, S., Rolf, M., Schnabel, R., & Taylor, J. (2013). Detection of selective sweeps in cattle using genome-wide SNP data. BMC Genomics, 14,382. doi: 10.1186/1471-2164-14-382. 21. Rostamzadeh Mahdabi, E., Esmailizadeh, A., Ayatollahi Mehrgardi, A., & Asadi Fozi, M. (2021). A genome-wide scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes. Genetic Selection Evolution, 53(1),72. doi: 10.1186/s12711-021-00664-9. 22. Saravanan, K. A., Panigrahi, M., Kumar, H., Parida, S., Bhushan, B., Gaur, G. K., Dutt, T., Mishra, B. P., & Singh, R. K. (2021). Genomic scans for selection signatures revealed candidate genes for adaptation and production traits in a variety of cattle breeds. Genomics, 113(3),955-963. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.02.009. 23. Sweeney, R. W., Collins, M. T., Koets, A. P., McGuirk, S. M., & Roussel, A. J. (2012). Paratuberculosis (Johne's disease) in cattle and other susceptible species. Journal of Veterinary International Medicine, (6),1239-50. doi: 10.1111/j.1939-1676.2012.01019.x. 24. Wang, H. L., Li, Z. X., Wang, L. J., He, H., Yang, J., Chen, L., & Liu, X. L. (2013). Polymorphism in PGLYRP-1 gene by PCR-RFLP and its association with somatic cell score in Chinese Holstein. Research Veterinary Science, 95(2),508-14. doi: 10.1016/j.rvsc.2013.06.005. 25. Weir, B. S., & Cockerham, C. C. (1984). Estimating F‐statistics for the analysis of population structure. Evolution, 38(6),1358-1370. doi: 10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x 26. Wright, S. (1965). The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of mating. Evolution, 1,395-420.
  • 11. ،‫اللهی‬ ‫شمس‬ ‫و‬ ‫محمدی‬ ‫نشانه‬ ‫شناسایی‬ ‫یون‬ ‫بیماری‬ ‫به‬ ‫مقاومت‬ ‫با‬ ‫مرتبط‬ ‫انتخاب‬ ‫های‬ … 473 27. Zhu, C., Fan, H., Yuan, Z., Hu, S., Zhang, L., Wei, C., Zhang, Q., Zhao, F., & Du, L. (2015). Detection of selection signatures on the X chromosome in three sheep breeds. International Journal of Molecular Sciences, 16,20360-20374. doi: 10.3390/ijms160920360.