Recommended
Recommended
More Related Content
Similar to Study of Signatures of Positive Selection and Gene Ontology in some Domestic and Wild Sheep Breeds in Iran
Similar to Study of Signatures of Positive Selection and Gene Ontology in some Domestic and Wild Sheep Breeds in Iran (12)
Study of Signatures of Positive Selection and Gene Ontology in some Domestic and Wild Sheep Breeds in Iran
- 1. Iranian Journal of Animal Science Research Homepage: http://ijasr.um.ac.ir Research Article Vol. 15, No.4, 2023, p. 570-584 Study of Signatures of Positive Selection and Gene Ontology in some Domestic and Wild Sheep Breeds in Iran Majid Bigham 1 , Mohammadreza Nassiri 2 *, Mahyar Heydarpour 3 , Ali Javadmanesh 4 1- Ph.D. Student, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran. 2- Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran. 3- Department of Medicine, Massachusetts General Brigham, Harvard, Medical School, Boston, USA. 4- Associate Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran. *Corresponding Author's Email: nassiryr@um.ac.ir How to cite this article: Bigham, M., Nassiri, M. R., Heydarpour, M., & Javadmanesh, A. (2023). Study of signatures of positive selection and gene ontology in some domestic and wild sheep breeds in Iran. Iranian Journal of Animal Science Research, 15(4), 570-584. (in Persian with English abstract). https://doi.org/10.22067/ijasr.2023.79931.1112 Received: 12-12-2022 Revised: 08-02-2023 Accepted: 15-02-2023 Available Online: 07-06-2022 Introduction1: Over the years, animals have been exposed to various factors such as natural selection, genetic drift, and multiple mutations, so such factors have caused changes between and within species. The genetic mutations that occur in the populations of domestic animals, will be added to the merits of animals who contain these genetic mutations and they will have more breeds. These mutations are also repeated in their breeds. If a new SNP in a population increases the competence of its carriers compared to other members of society, this choice will make the more deserving individual more involved in shaping the next generation. The most important statistical tests based on demographic differentiation are the FST statistics, which identify distinct positions under positive selection, which are of particular importance for economic characteristics. One of the best ways to understand physiological processes is to analyze gene regulation networks. Identification of genes involved in economic traits as molecular markers in breeding is of special importance. Gene regulation networks enable the researcher to study all of the genes together. The aim of this study was to identify selection signature regions and candidate genes related to economic traits. Materials and Methods: The necessary data for this research were acquired from two sources, namely NEXTGEN and HAPMAP. The dataset encompassed breeds such as Afshari (41 individuals), Ghezel (35 individuals), Moghani (35 individuals), and eight wild sheep. The initial objective was to assess data quality and perform filtration on raw data. For the remaining single nucleotide polymorphisms (SNPs), those not conforming to Hardy-Weinberg equilibrium were considered indicative of genotyping errors. A stringent probability level of 10⁻⁶, determined through Bonferroni correction, was applied. Various stages of quality control were meticulously executed using PLINK v1.9. Additionally, the study involved identifying animals positioned outside their respective groups, contributing to a comprehensive understanding of the population structure within the two groups. Principal component analysis (PCA) were done in R software. The FST index was proposed to study the distinction between subpopulations and identification of selection signature. the population structure of wild and domestic sheep breeds was analyzed. PCA analysis was performed using genotype information of the samples to investigate how the animals were grouped Investigation of identified genes using SNPs in the upper 1% range of FST were identified by Plink v1.9 software. In addition, the DAVID database (http://david.abcc.ncifcrf.gov) was used to determine biological routes. At this stage, it is assumed that genes that belong to a functional class can be considered as a ©2023 The author(s). This is an open access article distributed under Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0), which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source. https://doi.org/10.22067/ijasr.2023.79931.1112
- 2. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 571 group of genes that have some specific and common characteristics. GeneCards (http://www.genecards.org) and UniProtKB (http://www.uniprot.org) databases were also used to interpret the function of the obtained genes. Results and Discussion: The results showed that adjacent SNPs are highly dispersed in several genomic regions. From 34556 SNPs after filtration above 1%, SNPs with higher FST stabilization index (340 SNP) with FST range from 0.304 to 0.472 were selected. Selected SNPs consisted of 95 genomic regions on 23 chromosomes between domestic and wild sheep. Most regions were located on chromosomes 13 and 7 had 14 and 9 gene regions, respectively. Examination of the relationship between QTLs and important genes in selected areas showed that 95 genes related to economic traits were identified. QTLs with important economic characteristics including quality and quantity of meat, milk, fat, bone, immune system and parasite resistance were reported. Most QTLs were located on chromosomes 2, 3, 5, 6, and 7, indicating that the most positive mutations occurred on these chromosomes. Most of the identified biological pathways related to ion channels through cell membranes are neuromuscular processes, Brain and cerebellum growth, metencephalon growth, membrane ion membrane transport, and pathways involved in regulating ion transport in cell membranes. Genes identified in different genomic regions can be considered as selective candidates. A number of genes studied as selection signatures reported were consistent with previous studies. Important genes were included: GABRB1, GRM3, HERC1, HERC3 and KCND2. Conclusion: The study of genomic regions showed that these regions are directly and indirectly related to the quality and quantity of meat, milk, fat, bone, immune system and parasite resistance. Identifying important economic traits and locating parts of the genome that have changed as a result of selection could be used in sheep breeding programs. However, in this research we had limitations such as the incompleteness of information related to functional annotation of genes in sheep species and also the small sample size of this study. Therefore, in subsequent studies with more samples and more breeds of domestic and wild sheep in Iran, a better understanding of candidate genes for important economic traits in domestic and wild species would be achieved. Keywords: Domestic sheep, Economic traits, Ontology, Selection signature, Wild sheep
- 3. 572 جلد ایران دامی علوم پژوهشهای نشریه 15 شماره ، 4 زمستان 1402 نشریه پ ژوهشهای دامی علوم ایران Homepage: http://ijasr.um.ac.ir پژوهشی مقاله جلد 15 شماره ، 4 ، زمستان 1402 ص ، . 584 - 570 و انتخاب ردپای بررسی هستی ب در ژن شناسی نژاد رخی ها ایران وحشی و اهلی گوسفند ی بی مجید غم 1 نصیری رضا محمد ، 2 * حیدرپور مهیار ، 3 جوادمنش علی ، 4 :دریافت تاریخ 21 / 09 / 1401 :پذیرش تاریخ 26 / 11 / 1401 چکیده طوالنی سالیان طی در ، حیوانات در ﻣﻌﺮ ض ﻋو ا ﻣﻞ ﻣﺨﺘﻠﻔی ﻣانﻨﺪ ا نﺘﺨا ب طﺒیﻌی ، را نﺶ ژ نﺘیﮑی و ﺟﻬﺶ ﻣﺘﻌﺪد های ﻗﺮ ا ر گﺮفﺘه یﻨدیچ چ نﻨدانﺮا ،اندﺪ ﻋو ا ﻣ لی سﺒﺐ ﺗﻐییﺮ ات در نیچ دا و ﺧﻞ گونه ها است شﺪه . از دیگر سویی امروزه ﻧﯿﺎ ز ﺑﻪ ا ﻓﺰ ا یﺶ ﺗوﻟﯿﺪ سبب گوﻧﻪ ژﻧتﯿکی ﺗنوع کﺎهﺶ هﺎ ﺑووده کوﻪ ﻧگر ا ﻧی هﺎ ي ﺷﺪیﺪ ي را ﺑر اي سﯿﺴتﻢ ﺗوﻟﯿﺪ ي ﺣﯿو ا ﻧﺎ ت در سر ا سر ﺟﻬﺎ ن ﺑﻪ و ﺟو د ا آورده .سﺖ ﺗحقیق چ ا انجام از هﺪف ، ژندوﻣی ﻣﻨداطق ی شﻨاسا انﺘﺨاب ﺗحت ﺮان ا وحشی گوسﻔﻨﺪان نا سه ﻣقا در اهﻠی گوسﻔﻨﺪان در و نﺮرسی هسﺘی شﻨاسی ژن اﻗﺘصادی صﻔات نا ﻣﺮﺗﺒط ﺪ کانﺪ های ﻣی ناشﺪ . چ ا در ﺗحقیق ، داده گوسﻔﻨﺪ گﺮوه دو های اهﻠی ( 106 )راس وحشی و ( 8 ﺮان ا نوﻣی )راس از نﻌﺪ ﺶ ﺮا و کیﻔیت کﻨﺘﺮل و نا نﺮم افزارهای R و Plink آنالیز ﻣورد از اسﺘﻔاده نا حاصﻞ ج نﺘا و گﺮفﺘﻨﺪ ﻗﺮار چ آنال سﺮورهای DAVID ، GeneCards و UniProtKB داد نشدان ی نﻬدا ج نﺘا .شﺪنﺪ ﺗﻔسیﺮ ندﺪ ، 95 ﻣﻨطقده روی ژنوﻣی 23 در کﺮوﻣوزوم اهﻠی و وحشی گوسﻔﻨﺪ نا داشﺘﻨﺪ اﺧﺘالف هم و ن ی چ شﺘﺮ اﺧﺘالف کﺮوﻣوزو روی م های 13 و 7 که نوده نه نا ﺗﺮﺗیﺐ ژن های 14 و 9 ﻣی ﻣﺮﺗﺒط ناشﻨﺪ ژنوﻣی ﻣﻨاطق نﺮرسی . نژاد دو در اﺧﺘالف دارای داد نشان نﺪ ن ﻣﻨاطق چ ا که صد ا ،یﺮندی ،شدیﺮ ،گوشدت کییدت و کیﻔیدت ﻔات اسﺘﺨوان و )اهﻠی گونه در ناالﺗﺮ فﺮاوانی (نا انگﻞ نه ﻣقاوﻣت و یﻨی ا سیسﺘم ناال فﺮاوانی (نا )اهﻠی گونه در ﺗﺮ ﻣی ﻣﺮﺗﺒط ناشدﻨﺪ ژن از نﺮﺧدی . ﻣﻬدم هدای شﺪه ی شﻨاسا ، شاﻣﻞ GABRB1 ، GRM3 ، HERC1 ، HERC3 و KCND2 نﺮرسی در .نودنﺪ هسﺘی شﻨاسی ژن ،ها شدﺪه ی شﻨاسدا سﺘی ز ﻣسیﺮهای کانال نه ﻣﺮنوط ﻋﺒور های ون ها غشا از ی ﻨﺪهای فﺮآ ،سﻠولی ک ﺗحﺮ رشﺪ ،ﻋضالت ﻋصﺒی ا ،ﻣﺨچه و ﻣﻐز ی غشا نﺘقال ون ها ﻣشﺨص .نود آلی غیﺮ ی ﻣﮑان و اﻗﺘصادی ﻣﻬم صﻔات نیودن نﺨﺶ انی ها کﺮده پیﺪا ﺗﻐییﺮ انﺘﺨاب اثﺮ در که ژنوم از ی ﻣی ،انﺪ نﺮناﻣه در ﺗوانﺪ کشور در گوسﻔﻨﺪ نژادی اصالح های .گیﺮد ﻗﺮار اسﺘﻔاده ﻣورد واژه های :کلیدی وح گوسﻔﻨﺪ ،اهﻠی گوسﻔﻨﺪ ،اﻗﺘصادی صﻔات ،انﺘﺨاب نشانه ،شی هسﺘی شﻨاسی مقدمه 1 ﺟﻬﺶ ﺟیﻌیدت در که ژنﺘیﮑی های ﻣدی ری اهﻠدی حیواندات هدای 1 - ،داﻣدی ﻋﻠوم گﺮوه ،طیور و دام نژاد اصالح و ژنﺘیک دکﺘﺮی دانشجوی دانشدﮑﺪه ،کشاورزی ﻣشﻬﺪ فﺮدوسی دانشگاه ، ،ﻣشﻬﺪ .ﺮان ا 2 - ،داﻣی ﻋﻠوم گﺮوه اسﺘاد ،داﻣی ﻋﻠوم گﺮوه ،کشاورزی دانشﮑﺪه فﺮدوسدی دانشدگاه ،ﻣشﻬﺪ ،ﻣشﻬﺪ .ﺮان ا 3 - ﻋﻠوم دانشگاه ﻣحقق الدت ا ،نوسدﺘون شدﻬﺮ ،پزشدﮑی دپارﺗیان ،هاروارد پزشﮑی .ﮑا آﻣﺮ ، ،ﻣاسایوست 4 - دانش یار ،داﻣی ﻋﻠوم گﺮوه ،کشاورزی دانشﮑﺪه ،ﻣشدﻬﺪ فﺮدوسدی دانشگاه ،ﻣشدﻬﺪ .ﺮان ا . *( - :ﻣسئول سﻨﺪه نو (Email: nassiryr@um.ac.ir https://doi.org/10.22067/ijasr.2023.79931.1112 سﺘگی شا جاد ا ناﻋث ،دهﻨﺪ حاﻣﻞ حیوانات در ی ها آن هدا در و شدﺪه نﺘیجه ، ﺟﻬﺶ چ ا .داشت ﺧواهﻨﺪ نیشﺘﺮی نﺘاج حیوانات چ ا نﺘاج در ها آن ها ﻣی ﺗﮑﺮار نیز شود ا نوع چ ا . ﺟﻬﺶ ز ها ندیچ در داد ز احﺘیدال نه نسﻞ طی در ﺟیﻌیت ژندوم در اﻣدﺮوزه و شدﺪه پﺮاکﻨدﺪه ﻣﺘیدادی های ﻣی ﺪه د حیوانات .شود چ نﻨانﺮا ، در کده ﻣواردی کﺮدن پیﺪا آن هدا آلدﻞ دی دژن داه دگ ﺟا دک د از دﺪی دﻣﻔی و داو دﺧ ده دن در دیو دوس و و دﺮ دس دور دط ﻣدورد ژندی گداه ﺟا در ﺗﻨدوع کاهﺶ ناﻋث و شﺪه پﺮاکﻨﺪه )ﺟیﻌیت(ها نظﺮ شﺪه ا دام اصدالح ﻣﺘﺨصصان ﻋالﻗه ﻣورد ﻣوضوع ،ست ﻣدی ناشدﺪ ( Oldenbroek, 2007 ) . در صو ر که ﺗی ا نﺘﺨا ب نﺮ ﻣصﻨوﻋی ا طﺒیﻌی ای صﻔﺘی ﺧا و نه ناحیه نﻔو ژ از ای نو م صو رت گیﺮ ا ،د چ ا ﻣﮑا ن و ﺟ ددد و دارد د که در طو ل ز ﻣ د دد ا ن فﺮ اوا ن د دد س ی د دد یﻨﺪش ﺮ ا د دد ﮑﻠی ه د دد کاهﺶ ا شﺪ ﺪ ناپﺪ ا افﺘه ه ناشﻨﺪ . در نﺘیجه ، د هاپﻠوﺗا ک د ﺧ ﭗ داو ک حدد اسدت ﻣیﮑدچ ده ا وی
- 4. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 573 یﻨد چ ﺪ ،ناشدﺪ ژن ﻣدی ﺗواندﺪ ﺗﻨﻬ ددا ﻣﻬم ا ﭗ هاپﻠوﺗا ﭗ هاپﻠوﺗا چ ﺗﺮ ﻣوﺟو در د نه که ناشﺪ ﺟیﻌیت آن نشانه ا نﺘﺨ د ا ب 1 د ا را ن دد ناشی ﺶ از ا نﺘﺨ د ا ب 2 ﻣ د ی ( ﻨﺪ گو 2015 ., et al ri Forough Ame ) . ﻋﺒدارت نده افدﺮ سﺘگی شا ﺶ افزا ناﻋث ﺪ ﺟﺪ ﺟﻬﺶ ک یﻨانچه ،گﺮ د حاﻣدﻞ اد ﻣی ناﻋث انﺘﺨاب ،شود ﺟاﻣﻌه افﺮاد ﺮ سا نه نسﺒت آن شود ، که افﺮادی نﻌﺪ نسﻞ ﺗشﮑیﻞ در هسﺘﻨﺪ نیشﺘﺮی سﺘگی شا دارای شانس ﻣشارکت ﺗﺮﺗیﺐ چ نﺪ .ناشﻨﺪ داشﺘه نیشﺘﺮی ، ﺟﻬﺶ انت وار فﺮاوانی نسﺘه ،افﺘه سﺘگی شا ﺶ افزا در آن سﻬم نه نه ﺧواهدﺪ ﺶ افدزا نه شﺮوع سﺮﻋت کﺮد ( Sabeti et al., 2007 ) . ﻣتﺒدت انﺘﺨداب کده هﻨگاﻣی نده سدیت پدددددددیﺶ ﻣطﻠدددددددوب آلدددددددﻞ فﺮاواندددددددی ﺶ افدددددددزا ﻣی گاه ﺟا ،رود گاه ﺟا چ ا نه ک نزد ﺧﻨتی های نه ندودن پیوسﺘه ﻋﻠت ،ﻣطﻠوب آلﻞ نا ﺗحت ﺗأثیﺮ ﻣی ﻗﺮار ﺗﻨدوع الگدوی ،نﺘیجده در کده گیﺮد گداه ﺟا در گاﻣﺘی فاز ﺗﻌادل ﻋﺪم و ژنﺘیﮑی ﺟﻬدﺶ دچ ا اطدﺮاف هدای .کﺮد ﺧواهﺪ ﺗﻐییﺮ انﺘﺨانی ا فز ا فﺮ ﺶ اوا ﺟﻬﺶ نی ها ی نه و ﺟو د آ ﻣﺪ ه ﺪ پﺪ ﻋﻠت نه ا ه نﺘﺨ د ددد ا ب ک د ددد فق ه د ددد ط در نﺮﺧ د ددد ی از ﺟو ا هسﺘﻨﺪ ﻣﻔیﺪ ﻣو ، سﺒﺐ نه و ﺟو د آ ﻣﺪ ن نشانه ی ها در سطﺢ ژ نو م ﻣوﺟو دات ﻣ دی ش دد و .د ی شﻨاسا ا نشانه چ ها نه و نﺮ سیﻠه ر فﺮ سی اوا نی آ لﻠی ، ساﺧﺘا ﺗوسﻌه ر هاپﻠوﺗیﭙی ، ک ددددددد اهﺶ ﺗﻨ ددددد و ژ ع نﺘیﮑی آن در ﻣﻨطقه ا و فز ا ﺶ ا لگو ی ﻋﺪ م ﺗﻌا دل پیوسﺘگی ژ نی اﻣﮑان ﺮ پذ ( است Qanbari et al., 2014 ) نشدانه . انﺘﺨداب هدای ﮑ د دددد ی از ﺗﮑﻨیک چ ﻣﺆثﺮﺗﺮ ﻣﻨاطق ی شﻨاسا ﺟﻬت ها ژ نﺮ ﻣﺆثﺮ نوﻣی صﻔا ت ّیک ی در ح د و زه ه دد ا ی ﻣﺨﺘﻠ دد ﻒ ژ نﺘیک از ﺟیﻠه ژ حیو نﺘیک ا نی ش د ﺪ ا ه س د ت ، ز د ﺮ ا ا د ﻣﻨ چ د اطق ا غﻠ د ن ﺐ د گ ﺟا ا د ا ه ه د ا ی کﻨﺘﺮل کﻨﻨدﺪه صﻔا ت ﻣﻬم ا ﻗﺘصا ار در ،دی ﺗﺒا ط .هسﺘﻨﺪ و ژنﺘیﮑی ﺗﻨوع الگوی ﺗﻐییﺮ نه LD گاه ﺟا در های ﻣﺮﺗﺒط دک نا ﻣتﺒت انﺘﺨاب طی در سودﻣﻨﺪ ﺟﻬﺶ ، ﻣی انﺘﺨاب از ناشی رانﺶ .ﻨﺪ گو ژن نا ًاﻋیﺪﺗ ﻨﮑه ا نه ﺗوﺟه نا ژنوﻣی ﻣﻨاطق چ ا ی شﻨاسا ﻋیدﺪه هدای هسﺘﻨﺪ هیﺮاه اﻗﺘصادی ﻣﻬم صﻔات و اثﺮ ، ﻣدی دادی ز اهییدت دارای ﻣی و ناشﺪ نﻌدﺪی ﺗحقیقات اﺟﺮای نﺮای ﻣﻨاسﺒی اطالﻋاﺗی ﻣﻨانو ﺗوانﻨﺪ روش چ ا اصﻠی ای ﻣزا از ﮑی .آورنﺪ فﺮاهم اﺟﺮای اﻣﮑان ها آن ها ندا فﻨدوﺗیﭙی رکوردهای غیاب در ﻣولﮑولی اطالﻋات از اسﺘﻔاده ﻣدی ناشدﺪ ( Akey, 2009 ) . نشانه ی شﻨاسا ها ا ی نﺘﺨا ب ا دو ز ﻣﻬم ﺟﻬت ﻣی ناشﻨﺪ . اول ا ﻨﮑه ا نشانه چ ها ا طالﻋا ارز ت شیﻨﺪ در ی ﺧصو و ﺗﮑاﻣﻞ و ﻣﮑانیسم ها ی نﺮ ﻣﺆثﺮ ﺗﮑاﻣ د ددد ﻞ را فﺮ ا ﻣی هم .کﻨﻨﺪ ا دوم گا ﺟا ﻨﮑه ه ها ژ ی ﻣﺮﺗﺒط نی شﺪ شﻨاﺧﺘه و ه ﺗﻨو ژ ع نﺘیﮑ د صﻔا ی ت کیی آ شﮑا ﻣدی ر شدود . طﺮفدی از گﺮ د ، اهﻠی انﺘﺨاب و سازی نه ژگی و در شﺪت رفﺘداری و ظاهﺮی های کﺮده جاد ا ﺗﻐییﺮ اﻣﺮوزی اهﻠی حیوانات ﻣ دچ ا در .است سدیﺮ ، انﺘﺨداب 1- Selection signatures 2- Selective sweep نشانه انسان ﺗوسط شﺪه انجام های ژندوم در را ی شﻨاسدا ﻗاندﻞ هدای اﻣﺮوزی گوسﻔﻨﺪان نه نشانه چ ا آشﮑارسازی که گذاشﺘه ﺟا ﻣی ها ﺗواندﺪ کﻨﺪ کیک دام چ ا در اﻗﺘصادی ﻣﻬم صﻔات ژنﺘیﮑی نﻬﺒود و اصالح نه ( Moradi et al., 2012 ) . روش از ﮑی ه فﺮ نﻬﺘﺮ درک ای ﻨد آ ﮑی ولدوژ فیز ﺪهای ، نﺮرسدی شﺒﮑه ﻣسیﺮ و ژنی ﺗﻨظیم های ه ﻣی سﺘی ز ای ژن ی شﻨاسا .ناشﺪ هدای اﻗﺘصادی صﻔات در دﺧیﻞ نه نژاد اصالح در ﻣولﮑولی ﻣارکﺮهای ﻋﻨوان ژه و اهییت شﺒﮑه .دارد ای نده سدﺘی ز ﻣسدیﺮهای و ژندی ﺗﻨظیم های ﻣی را اﻣﮑان چ ا ﻣحقق هید ﻣطالﻌده ﺗا دهﺪ ژن ه گﺮ ﮑدﺪ درکﻨدار هدا گﺮدد انجام ( Zeraatpisheh et al., 2022 ) شدﺒﮑه چ ا از اسﺘﻔاده نا . ﻣی ژن نیچ ﻣﺘقانﻞ اثﺮات ﺗوان ندیچ کده احﺘیدالی ﻣﺘقاندﻞ اثدﺮات و ها پﺮوﺗئیچ ها داد ﻗدﺮار نحث ﻣورد را دارد وﺟود ( Mohammadi et al., 2020 ) . ﻋالوه نﺮ شﺒﮑه از ،چ ا سدﺘی ز ﻣسدیﺮهای و ژندی ﺗﻨظدیم های ﻣی افﺘچ ﺟﻬت ﺗوان ﺗﺨییچ و ﺗشﺨیص ،ی شﻨاسا نﺮای ی نیوﻣارکﺮها ندﺮد نﻬدﺮه نیدز ﮑی نیولدوژ اهدﺪاف ( Roshandel Ghalezo et al., 2022 ) شﺒﮑه چ ا . نیز را ﻣارکﺮها ﻣﺘقانﻞ اثﺮات ساﺧﺘار ها ﻣدی نظدﺮ در ﻣی ﻣوﺟﺐ که گیﺮنﺪ شود ، نﺮرسدی نه نسﺒت شﺒﮑه در ﻣارکﺮها نﺮرسی ﻣارکﺮها نه ﻣﺮحﻠده دچ ا ج نﺘدا .ناشدﺪ کارآﻣدﺪﺗﺮ نسدیار ،ﻣﻨﻔﺮد صورت ، ژن که را ﮑی نیولوژ ﻨﺪهای فﺮآ و ژنی ﻣسیﺮهای ﻣی شﺒﮑه های ﺗواندﺪ کﻨﺘﺮل در و دهﺪ ﻗﺮار ﺗأثیﺮ ﺗحت آن هدا نشدان ،ناشدﺪ ﻣدﺆثﺮ ﻣدی دهدﺪ ( Bakhshalizadeh et al., 2021 ) . دداﺧص دش دار دن دیچ داول ST F ددیچ دن ز ددا دﺗی ددطﺢ دس ددی دنﺮرس دﺮای دن ﺮﺟیﻌیدت ز نشانه ی شﻨاسا و هدا انﺘﺨاب های ددک .شددﺪ پیشددﻨﻬاد ﻣیان در گوسیﺘی هﺘﺮوز کاهﺶ ،ﺗتﺒیت شاﺧص ﺶ افددزا ﺗﻔسددیﺮ راه ﺟیﻌیت ﻣدورد طﺒیﻌدی حالدت نه نسﺒت هدا ﻣدی انﺘظددار ﺗحدت .ناشدﺪ ﺗتﺒیت شاﺧص ﻣیزان ،ﺧﻨتی ط شﺮا نه ﻣﻬاﺟﺮت و ژنﺘیﮑی رانﺶ وسیﻠه ﻣدی ﺗﻌیدیچ ،شدود ّاﻣا ﻣﻨطقده سددازگاری ﻣدی ای ز ﺗیدا ﻣیدزان ﺗواندﺪ ﺟیﻌیت لوکوس در را ها نددده ﻣﻨجدددﺮ و دهددﺪ شددﺘاب ﺧدداو های ( شدود ﺗتﺒیت شاﺧص از ندداالﺗﺮی ﺮ ﻣقدداد Sabeti et al., 2002; ., 2015 et al orough Ameri F ) . ST F ﺗﻔدﺮ دانی ارز روش دک داده ه پا نﺮ ﺟیﻌیﺘی ﻣدی ژنﺘیﮑدی یﻨﺪشﮑﻠی های ارزش .ناشدﺪ ST F از ﻣی ﺗئوری لحاظ نیچ ﺗوانﺪ 0 ﺗا )ﺗﻔاوت (نﺪون 1 هدﺮ که ،کاﻣﻞ (ﺗﻔاوت ﺗ ﻣﺘﻔاوﺗی آلﻞ نﺮای ﺟیﻌیت شﺪه تﺒیت .ناشﺪ ﻣﺘﻐیﺮ )انﺪ در ﺧﻨتی ﺗئوری ، ST F ﺗوسط رانﺶ ﻣی ﻣشﺨص ژنﺘیﮑی گاه ﺟا ﺗیام و شود ها نه صورت ﻣی ﻗﺮار ﺗأثیﺮ ﺗحت ﻣشانﻬی گیﺮنﺪ ، درحالی انحﺮاف نه ﻣﻨجﺮ انﺘﺨاب که ارزش در های ST F ژن گاه ﺟا و انﺘﺨانی های ﻣی آن اطﺮاف های .شود ﻣﻬم ﺗﺮ آزﻣون چ ﻣﺒﺘﻨی آﻣاری های آﻣدار ،ﺟیﻌیﺘدی ز ﺗیدا نﺮ ه ST F گاه ﺟا ی شﻨاسا نه که است ندﺮای که ﻣتﺒت انﺘﺨاب ﺗحت ز ﻣﺘیا های ژه و اهییت اﻗﺘصادی صﻔات ﻣی ،دارنﺪ ای پﺮدازد ( Akey, 2009 .) ﺗا پژوهﺶ کﻨون ژنﺘیﮑدی ﺧصوصدیات ندا رانطده در اندﺪکی هدای ﺗﻔداوت هیچﻨدیچ و دﺮان ا وحشی گوسﻔﻨﺪان ژنﺘیﮑدی هدای آن هدا ندا
- 5. 574 جلد ایران دامی علوم پژوهشهای نشریه 15 شماره ، 4 زمستان 1402 اسدت گﺮفﺘده صدورت اهﻠدی گوسﻔﻨﺪ ، ﻣﺮحﻠده ﺗدا ﻗﺒﻠدی ﺗحقیقدات در ی شﻨاسا SNP است شﺪه کار ﺗﻔاوت داری های ، ﻣطالﻌده دچ ا در ولی ، ژن ﻣﺮحﻠه ﺗا را اﺧﺘالف دارای نقاط چ ا شﺪ سﻌی ها نا ﻣﺮﺗﺒط صﻔات و SNP هسﺘی و .دهیم اداﻣه ژن شﻨاسی ﺗحقیدق دچ ا انجدام از هدﺪف ، شﻨاسا و انﺘﺨداب ﺗحت ژنوﻣی ﻣﻨاطق ی ژن هدای ندا ﻣدﺮﺗﺒط دﺪ کانﺪ ﻣی ﺮان ا وحشی و اهﻠی گوسﻔﻨﺪ اﻗﺘصادی صﻔات .ناشﺪ روش و مواد ها داده دای ده SNPchip50k دو از دق دﺗحقی دچ د ا داز دنی دورد دﻣ داه دگ پا داده HAPMAP (https://www.sheephapmap.org/) و ( https://projects.ensembl.org/nextgen ) Nextgen فﺮﻣددت نددا های PED و MAP .شﺪ دانﻠود شداﻣﻞ نژادهدا ( افشداری نژادهدای 41 ( ﻗزل ،)راس 35 ( ﻣﻐانی ،)راس 35 و )راس نیز 8 وحشی گوسﻔﻨﺪ راس نودنﺪ . ا در ﺮان ، وحشد گوسدﻔﻨﺪ گونده دو ی گوسدﻔﻨﺪها .دارد وﺟدود ی وحش ی اور ال ارﻣﻨ و ی ﻗﺒﻠ ﻣطالﻌات در که ، ی نه ز ﻋﻨوان ﺮگونه نظدﺮ در شﺪه گﺮفﺘه رده در نودندﺪ نﻨدﺪ ی ﺟﺪ دﺪ گوسدﻔﻨﺪ ﻣﺘﻔداوت گونده دو در وحش ی اور ال ارﻣﻨ و ی ( گﺮفﺘﻨدﺪ ﻗﺮار Kaveh Pishghadam et al., 2017 .) ارﻣﻨدی گونه از ﺗحقیق چ ا در اسﺘﻔاده ﻣورد وحشی گوسﻔﻨﺪان نیونه ﺮان ا غﺮب شیال ﻣﻨطقه شﺪه گیﺮی .انﺪ و کیﻔیت کﻨﺘﺮل ﺟﻬت ﺮ و ﺶ ا داده ﺧدام هدای ، نیونده کده ی هدا ژنوﺗیﭗ ﺗﻌییچ نﺮی فﺮاوانی آن ها از کیﺘﺮ 90 درصﺪ ،نود نه دلیﻞ ﺧطدای در داال دن د دژنوﺗی دیچ دﺗﻌی ،ﭗ دﺪ دنﻌ ده دﻣﺮحﻠ در .دﺪنﺪ دش دذف دح و ی دا دشﻨاس ، در آلﻠی فﺮاونی حﺪاﻗﻞ که ی نشانگﺮها آن ها از کیﺘﺮ پﻨج درصدﺪ ،ندود شﺪ ژنوﺗیﭗ نﺮی که ی نشانگﺮها سﭙس .شﺪنﺪ حذف ه آن ها نیونه در ها از کیﺘددﺮ 99 درصددﺪ نددود ، حددذف و ی شﻨاسددا شددﺪنﺪ ددت نﻬا در . ، نﺮای SNP ناﻗی های ،ﻣانﺪه آن ها هداردی ﺗﻌدادل در کده ی - ﻨﺒدﺮ وا نﺒ ود ، نه گذاشدﺘه کﻨدار ژنوﺗیدﭗ ﺗﻌییچ ﺧطای از ﻣﻌیاری ﻋﻨوان شدﺪ .نﺪ احﺘیال سطﺢ ﺗﻌادل نﺮای هاردی - ﻨﺒﺮ وا نﺮانﺮ نا 6 - 10 ن گﺮفﺘده ظدﺮ شﺪ که نﻨﻔﺮونی ﺗصحیﺢ از اسﺘﻔاده نا نه آﻣدﺪ دست ( Moradi et al., 2012 ; Wang et al., 2015 .) از اسدﺘﻔاده نا کیﻔیت کﻨﺘﺮل ﻣﺨﺘﻠﻒ ﻣﺮاحﻞ ندﺮم افدزار (PLINK v1.9) شﺪ انجام . و اهﻠدی گوسدﻔﻨﺪان ژندوم از ﻣﻨاطقی ی شﻨاسا نﺮای که وحشی انﺘﺨاب هﺪف ژنوﻣیدک و ﺗوز ،گﺮفﺘﻨﺪ ﻗﺮار ﻣﺨﺘﻠﻒ های ST F ﺗیام نﺮای SNP ها ژنوم روی نﺮ نه شدﺪ رسدم ﻣﻨﻬدﺘچ گدﺮاف صدورت ( Moradi et al., 2012 .) از کﺮدن نظﺮ صﺮف نیونه ﺧطای گیﺮی اصدﻠی ﻣشدﮑالت از ﮑی ST F نه دت را روش یﻨدیچ و ندوده کوکﺮهد و دﺮ و ﺗوسدط ﻣشدﮑﻞ ام ﺗصحیﺢ است ﺪه گﺮد ( Weir and Cockerham, (1984 افدﺮاد چ ا . ﺗﺨییچ روش ﺐ ُرانا گﺮ ST F ﺗﺘا نام نا ( (ө کده کﺮدندﺪ ارائه را نده طدور گﺮوه ﺗﻌﺪاد از ﻣسﺘقﻞ نیونه های هدﺮ داﺧدﻞ افدﺮاد ﺗﻌدﺪاد و شﺪه گیﺮی ﻣی ﻋیﻞ گﺮوه .کﻨﺪ FST= HT – HS/ HT )1( ﻣﻌادله در ﻣﻌادله فو ، HT و HS : نه و گوسیﺘی هﺘﺮوز کﻞ ﻣیزان ﺗﺮﺗیﺐ ﺟیﻌیت ﺮ ز در گوسیﺘی هﺘﺮوز ﻣیانگیچ ها ﻣدی ناشدﺪ ی شﻨاسدا ندﺮای . نشانه نﻬﺘﺮ ژن سطﺢ در انﺘﺨاب های وم نه ارزش گدﺮفﺘچ نظدﺮ در ﺟدای هﺮ ﻋﺪدی SNP ارزش ﻣیانگیچ از ﻋﺪ های دی SNP هدا ندا ﻣجداور ی طول SNP 5 ارزش ﻋﻨوان ﺗحت Win5 اسﺘﻔاده ﻣی شود ، درصﺪ ک هید آن در ﺗﻨﻬدا ﺗحقیق چ ا در که ژنگان از ﻣﻨاطقی از ه نشدانگﺮهای داشﺘﻨﺪ ی ناال ارزش ﻣجاور ، نه نشانه ﻋﻨوان و ی شﻨاسدا انﺘﺨداب هدای .شﺪنﺪ ﺗﻌییچ ﺗحقیق چ ا در نه ﻣﺮ ،داده دسدﺘه دو از اسدﺘﻔاده دلیﻞ کﻨﺘدﺮل احدﻞ هﺮ نﺮای کیﻔیت دسﺘه داده سﭙس و شﺪ انجام ﺟﺪاگانه ادغدام هم نا ها کده ی نشدانگﺮها ﺗدا ،شدﺪنﺪ کیﻔیت کﻨﺘﺮل ﻣجﺪد و شﺪنﺪ هدم ﺧدوانی ﻣیﮑچ ﺟیﻌیت هﺮ که است چ ا ،ادغام گﺮ د دلیﻞ .شونﺪ حذف ،نﺪارنﺪ ﻋﺪم و ناشﺪ داشﺘه اﺧﺘصاصی نشانگﺮ ﺗﻌﺪادی است هم ﺧوانی نشانگ ﺮ ها ﺟ دو در ادغدام ﻣﺮحﻠه در .شود افﺮاد رفﺘچ دست از ناﻋث یﻌیت ، گدﺮوه یی ﻗدﺪ ﺗﺮاشده دارای که وحشی گﺮوه اساس نﺮ اهﻠی ندود ﺗدﺮ ، نده روز شﺪن رسانی ﺪ ( ﺟﺪول 1 ) . گدﺮوه دو ﺟیﻌیﺘدی سداﺧﺘار زﻣیﻨده در کﻠی ﺪگاهی د داشﺘچ نﺮای گﺮفﺘه ﻗﺮار ﺧود گﺮوه از ﺧارج که حیواناﺗی ی شﻨاسا و نﺮرسی ﻣورد انﺪ ، ﺗ ﻣ ده جز ﺆ لﻔده ﻣحدیط در اصدﻠی هدای R i386 3.6.2 .شدﺪ انجدام هیچﻨیچ ، شﺒﮑه نﺮرسی ﺗوسط ژنی های نﺮم افزار Cytoscape نسدﺨه ، 3.8.2 .شﺪ انجام مطالعه QTLs ها ژن و نظر مورد های در ﻣتﺒدت انﺘﺨداب از ًثﺮاﻣﺘد ﻣﻨاطق ی شﻨاسا نﺮای ،ﻣطالﻌه چ ا در گونه نﺮای ژنوم کﻞ و و اهﻠی گوسﻔﻨﺪ های آﻣاره حشی ST F ﻣحدیط در نﺮم افزار R x64 4.0.4 ( شدﺪ ﻣحاسﺒه Taheri et al., 2020 ) . دو ﺗوز ژنوﻣیک ST F نه روش win5 ﺗیام نﺮای SNP ها انجدام ژندوم روی نﺮ شدﺪ ( Moradi et al., 2012 نﺮرسدی .) ژن هدای ندا شدﺪه ی شﻨاسدا ا اسﺘﻔاده ز SNP ها نازه در که ی درصﺪ ک ی ناال ST F ،داشدﺘﻨﺪ ﻗدﺮار ﺗوسط نﺮم افزار Plink v1.9 شﺪنﺪ ی شﻨاسا . انﺘساب ﺟﻬت SNP ژن نه ها ،ها SNP نازه در که ی ها درصﺪ ک ی ناال ST F داشﺘﻨﺪ ﻗﺮار ، ندﺮم نسﺘه از اسﺘﻔاده نا افدزاری et Durinck al., 2009 ) biomaRt ﻣحدیط در ) R ژندوم نسدﺨه از اسدﺘﻔاده ندا و گوسﻔﻨﺪ Oar_v4.0 ژن نه که ی ها SNP ژن آن داﺧدﻞ در نظﺮ ﻣورد فاصﻠه در ا 300 Kb ،داشدت ﻗدﺮار ژن آن دسدت یچ پدا ا ناالدست ( شدﺪنﺪ داده نسدﺒت Qanbari et al., 2012 ) . ژن حدﺪاﻗﻞ کده ی هدا ک حاوی SNP ژن ،ناشﻨﺪ ﻣﻌﻨی ﻣی حساب نه دار نﺨﺶ .ﻨﺪ آ ی ها از ژنوم که دارای ST F ی ناال هسﺘﻨﺪ ، نشان دهﻨﺪه ز ﺗیا نیچ دو گونه اهﻠی و وحشی ﻣی ناشﻨﺪ که نﺮ اثﺮ انﺘﺨاب های طدی در ﻣصدﻨوﻋی و طﺒیﻌدی
- 6. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 575 نسﻞ نه ﻗﺒﻞ های .است آﻣﺪه وﺟود جدول 1 - داده کیﻔیت کﻨﺘﺮل ﻣﺮاحﻞ گوسﻔﻨﺪان شﺪه ژنوﺗیﭗ ﺗﻌییچ های ﺮان ا وحشی و اهﻠی Table 1- Steps of quality control of genotyped data of Iranian domestic and wild sheep حیوانات اد غ شﺪه ام Merged animals حیوانات وحشی Wild animals حیوانات اهﻠی Domestic animals ﻣورد Item 114 8 106 حیوانات ﺗﻌﺪاد Number of animals 38924 53074 44320 ﺗﻌﺪاد نشانگﺮها ﻗﺒﻞ از کﻨﺘﺮل کیﻔیت Number of markers before quality control 0 10413 84 ﺗﻌﺪاد SNP ها نا فﺮاوانی آلﻞ نادر < 05 / 0 The number of SNPs with rare allele frequency < 0.05 62 0 392 ﺗﻌﺪاد SNP های نا 6 - 10 × <6.8 P Number of SNPs with 6-10×P<6.8 12583 3737 4356 ﺗﻌﺪاد SNP ها نا نﺮی ژنوﺗیﭗ گم شﺪه > 01 / 0 Number of SNPs with missing genotype rate > 0.01 26279 38924 39488 ﺗﻌﺪاد SNP ها نﻌﺪ از کﻨﺘﺮل کیﻔیت Number of SNPs after quality control 0.902869 0.05734 0.945316 ژنوﺗیﭗ نﺮی Genotyping rate ا در ﻣﺮحﻠه چ ، انﺘﺪا نه ،نشانگﺮها ﻣﺨﺘصات کیک نقشه انی QTL سﭙس .ﺪ گﺮد انجام نه نشانگﺮها کیک ، نقشه کده شدﺪ انجام ژنی انی ﺗوسط فو ﻣﺮحﻠه دو هﺮ نﺮم افزار plink ﻋالوه .گﺮفت صورت چ نﺮا ، از گاه پا DAVID دچ ا در .ﺪ گﺮد اسﺘﻔاده سﺘی ز ﻣسیﺮهای ﺗﻌییچ نﺮای ﻣﺮحﻠه ، نﺮ فﺮض ا چ ا ژن که ست ﻋیﻠﮑدﺮدی طﺒقده دک در که ی ها ﻣی ﻗﺮار گیﺮنﺪ ، ﻣی ﺗوانﻨﺪ نه ژن از گﺮوه ک ﻋﻨوان از نﺮﺧدی کده ی هدا ژگی و دارنﺪ ﻣشﺘﺮک و ﺧاو های ، .شونﺪ نظﺮگﺮفﺘه در نﺮای هیچﻨیچ ژن ﻋیﻠﮑﺮد نﻬﺘﺮ ﺗﻔسیﺮ نه های دسدت گداه پا از آﻣدﺪه اطالﻋداﺗی هدای GeneCards (http://www.genecards.org) و UniProtKB (http://www.uniprot.org) اسﺘﻔاده .شﺪ بحث و نتایج از پس ﺶ ﺮا و ﻣﺮاحﻞ داده ت نﻬا در ،ها 34556 نشانگﺮ SNP نه ﻣﺮنوط 114 حیوان ( 106 ،اهﻠی نیونه هشت وحش نیونه نﺮای )ی و ه ﺗجز ﺗحﻠیﻞ ﺶ ﺮا و ﻣﺨﺘﻠﻒ ﻣﺮاحﻞ .شﺪنﺪ انﺘﺨاب نﻌﺪی های داده ﺟﺪول در ها 1 داده نشان .است شﺪه اهﻠدی و وحشدی گوسﻔﻨﺪ نژادهای ﺟیﻌیﺘی ساﺧﺘار ،ﺗحقیق چ ا در نحدو نﺮرسدی نﺮای .شﺪ سه ﻣقا و نﺮرسی ه در حیواندات گدﺮفﺘچ ﻗدﺮار گﺮوه و ده ﺗجز ،ندژادی هدای ﺗحﻠیدﻞ PCA اطالﻋدات از اسدﺘﻔاده ندا ژنوﺗیﭙ ی نیونه که داد نشان ج نﺘا .شﺪ انجام ها حیوانات از اسدﺘﻔاده ندا ﻣﺆلﻔ دو چ ا در ه دو گﺮوه ﺟﺪاگانه ﻗ ﺮار گﺮفﺘﻨﺪ در و ه نقطده یچ هدم ای نﺪا پوشانی شﺘﻨﺪ (شﮑﻞ 1 .) انﺘﺨاب ﺗحت ژنگانی ﻣﻨاطق نﻬﺘﺮ ی شﻨاسا نﺮای ،پژوهﺶ چ ا در ژنگان کﻞ در ، نگار ه چ ا در .شﺪ ﺗﺮسیم ﻣﻨﻬﺘچ ،نگاره نﺨدﺶ هدای ندا ارزش ST F نشان ، انﺘﺨداب اثدﺮ در وحشی و اهﻠی نژادهای ز ﺗیا دهﻨﺪه ژنگانی ﻣﻨاطق آن در ﻣتﺒت نودنﺪ انﺘﺨاب دنﺒال نه که و طﺒیﻌدی هدای نسﻞ طی در ﻣصﻨوﻋی گاه ﺟا نﺮای ﻣﺨﺘﻠﻒ های نظﺮ ﻣورد های نه وﺟود نده ج نﺘدا .است آﻣﺪه ﻣﻨطقده چ یﻨدﺪ در کده داد نشدان آﻣدﺪه دسدت ژنگانی SNP داشدﺘﻨﺪ ی نداال ﺟیﻌیﺘی ﺗﻔﺮ ﻣجاور های در . شدﮑﻞ 2 ، ارزش و ﺗوز های Win5 ﺗﺘا وحشدی و اهﻠی نژاد ژنگان سطﺢ در آورده آن در که است شﺪه ژنگانی ﻣوﻗﻌیت SNP ﻣحدور روی ها X ارزش و آن ﺗﺘا ﻣحور روی ها Y است شﺪه داده ﺶ نیا . وحشدی و اهﻠدی نژادهدای ﺟیﻌیﺘدی ﺗﻔﺮ نﺮرسی نﺮای هیچﻨیچ ﺐ ناار نﺮآوردگﺮ از ﺮانی ا ST F نه کوکﺮهام و ﺮ و روش ﺗﺘا ﺐ ضﺮ نام نا اسدﺘﻔ نیدز ( ی نداال هیﺒسدﺘگی دارای حاصدﻞ ج نﺘدا کده شدﺪ اده 2 (r =0.9997 روش ج نﺘا نا ST F (شدﮑﻞ نودندﺪ دت را 3 ) . هیﺒسدﺘگی از ﻣی ﻣطالﻌه چ ا در آﻣاره دو چ ا ناالی ﺟیﻌیدت کده گﺮفت نﺘیجه ﺗوان و نﺪارندﺪ هدم ندا ﺗﻔداوﺗی ﺟیﻌیدت اندﺪازه نظدﺮ از سه ﻣقا ﻣورد های ST F نﺮ ﻗﺒولی ﻗانﻞ دﻗت از شﺪه ﻣحاسﺒه .نود ﺧوردار ﺗﻌﺪاد از 26279 SNP ناﻗی ﻣاندﺪه ی نداال صدﺪ در دک SNP هدا ( 260 SNP ) ﺗتﺒیت شاﺧص که ST F آن نودنﺪ ناالﺗﺮ ها ، شﺪنﺪ انﺘﺨاب . ﻣیزان ST F در SNP ﻣﻨﺘﺨﺐ های نیچ 304 / 0 ﺗا 472 / 0 .نود
- 7. شکل 1 - ﺧوشه پا نﺮ حیوانات نﻨﺪی ه ﻣﺆلﻔه وﺗحﻠیﻞ ه ﺗجز ها ( اصﻠی ی PCA اس نا ) داده از ﺘﻔاده های SNP ژنگان کﻞ Figure 1- Animal clustering based on principal component analysis (PCA) using whole genome SNP data .شﺪنﺪ ﻣشﺨص ﻗﺮﻣز رنگ نا اهﻠی گوسﻔﻨﺪان و آنی رنگ نا وحشی گوسﻔﻨﺪان Wild and domestic sheep individuals were shown in blue and red, respectively. شکل 2 - ارزش و ﺗوز های Win5 در ﺗﺘا کﺮوﻣوزوم ها ی گوسﻔﻨﺪان وحشی و اهﻠی Figure 2- Distribution of Win5theta values at the chromosomes of domestic and wild breeds شکل 3 - ﺐ ضﺮا سه ﻣقا ST F نه ﺗﺘا ﺐ ناار ﺐ ضﺮا و ت را روش نه کوکﺮهام و ﺮ و روش د ر ﺗیام SNP وحشی و اهﻠی حیوانات در شﺪه ژنوﺗیﭗ های Figure 3- Comparison of FST coefficients by Wright's method and unbiased theta coefficients by Weir and Cockerham's method in all genotyped SNPs in domestic and wild animals
- 8. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 577
- 9. 578 جلد ایران دامی علوم پژوهشهای نشریه 15 شماره ، 4 زمستان 1402
- 10. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 579 SNP ها انﺘسا از نﻌﺪ انﺘﺨانی ی ژن نه ب شداﻣﻞ ،ﻣﺮنوطده های 95 روی که نودنﺪ ژنوﻣی ﻣﻨطقه 23 در کﺮوﻣوزوم دو وحشی و اهﻠی گونه داشﺘﻨﺪ ﻗﺮار گوسﻔﻨﺪ . ن ی کﺮوﻣوزوم روی ﻣﻨاطق چ شﺘﺮ های 13 و 7 نده نا ﺗﺮﺗیﺐ 14 و 9 .داشﺘﻨﺪ ﻗﺮار ژن نه کﻠی طور ، نه طدوالنی ﻣدﺪت دلیﻞ گوسدﻔ وحشی و اهﻠی نژاد دو شﺪن ﻣشﺘق و شﺪن اهﻠی کده دﺮان ا ﻨﺪ از نیﺶ 11000 ﻣی سال ناشﺪ ( Alvarez et al., 2020 ) ﺟﻬدﺶ هدای فﺮصت ژنوم در گﺮفﺘه صورت ﻣتﺒت پیوسدﺘچ وﻗدوع نه ژندوم کدﻞ در ًاﺒ ﺗقﺮ نه ﮑﻨواﺧدت صورت را داشدﺘه اندﺪ . اﺧدﺘالف اصدﻠی ﻋاﻣدﻞ دچ ا ﺗﻌﺪاد .است شﺪه نژاد دو نیچ ژنوﺗیﭙی و فﻨوﺗیﭙی 219 SNP نا اﺧﺘالف فﺮاوانی ناال ﺟیﻌیت دو نیچ که شﺪ ی شﻨاسا هم ندا QTL ﻣشﺨصدی نﺒودندﺪ ﻣﺮﺗﺒط ﻨدﺪه آ ﺗحقیقدات در و ناشدﻨﺪ ﻣﻬدم اسدت ﻣیﮑدچ کده QTL ها نﺮای ی آن ها .شود ی شﻨاسا نﺮرسی در QTL های شﺪه ی شﻨاسا نه نشدانگﺮها ﻣﺨﺘصات کیک دا دن ST F ،داال دن 95 ی دا دشﻨاس دادی داﻗﺘص دﻔات دص دا دن دﺮﺗﺒط دﻣ ژن .دﺪ دش QTL ها ندﺮ گوسدﻔﻨﺪ در نظدﺮ ﻣورد ژنوﻣی ﻣﻨاطق در شﺪه ی شﻨاسا ی روی 19 کییدت و کیﻔیدت ﺟیﻠده از اﻗﺘصادی ﻣﻬم صﻔات نا کﺮﻣوزوم انگدﻞ نده ﻣقاوﻣدت و یﻨدی ا سیسدﺘم ،اسﺘﺨوان ،یﺮنی ،شیﺮ ،گوشت ﻣﺮﺗﺒط که نودنﺪ در ﺟﺪول 2 ﺗﮑدﺮار ﺗﻌدﺪاد و ﻣﺮنوطده صﻔات اساس نﺮ دسﺘه .انﺪ شﺪه نﻨﺪی نیشﺘﺮ چ QTL کﺮوﻣوزوم روی نﺮ ها های 2 ، 3 ، 5 ، 6 و 7 ﻣی نشان که داشﺘﻨﺪ ﻗﺮار دهﺪ ، ﺟﻬدﺶ چ نیشﺘﺮ ندﺮ ﻣتﺒدت هدای کﺮوﻣوزم چ ا روی ﺗﮑدﺮار چ نیشدﺘﺮ هیچﻨدیچ .اسدت گﺮفﺘه صورت ها QTL نا شیﺮ یﺮنی صﻔات نه ﻣﺮنوط ها 90 شدیﺮ ﺗولیدﺪ ﻣیزان ،نار 58 ﻣﺪفوع در انگﻞ ﺗﺨم ﺗﻌﺪاد ،نار 26 شدیﺮ پدﺮوﺗیچ ،نار 24 صدﻔت و ندار نﺮه ﻣجیوع نا ﻣیﺶ هﺮ نﺮای شﺪه ﻣﺘولﺪ های 16 ﺗﮑدﺮار ندار ندود کده نشان دهﻨﺪه صدﻔات چ ا ناالی اﺧﺘالف و صﻔات چ ا اﻗﺘصادی اهییت ﻣی وحشی و اهﻠی نژاد دو نیچ صﻔات چ ا اد ز ﺗﮑﺮار گﺮ د دلیﻞ .ناشﺪ ، نیشﺘﺮ ی شﻨاسا و ﻣطالﻌه QTL نده ﺗوﺟده نا صﻔات چ ا نا رانطه در ها ا اﻗﺘصادی هییت آن ها ﻣی .ناشﺪ ژن ﻣی ژنوﻣی ﻣﺨﺘﻠﻒ نواحی در شﺪه ی شﻨاسا های نه ﺗوانﻨﺪ ﻋﻨوان ژن از شدیاری .شدونﺪ ﻣطدﺮح انﺘﺨداب ﺗحت ﺪاهای کانﺪ ﻣدورد هدای نه نﺮرسی نشانه ﻋﻨوان انﺘﺨاب های ، نﺮرسی نا هدم پیشدیچ های ﺧدوانی .داشت هیﮑاران و ﻣحیﺪی ژن AKAP6 زندﺪی ندژاد گوسدﻔﻨﺪ در را وزن صﻔت نا ﻣﺮﺗﺒط نه ارﺗﺒداط هیچﻨیچ .نودنﺪ کﺮده ی شﻨاسا ﻣاهگی ﻣاهیچه نافت ﺗوسﻌه در ژن چ ا و نقدﻞ و اسﮑﻠﺘی های ان ﺘ دون قداالت شﺪ داده ﺗشﺨیص کﻠسیم ( است ه Mohammadi et al., 2020 ) . گوﻣونﺪسﺪوﺗیﺮ گوسدﻔﻨﺪ در ﻋضدﻠه ندا ﻣدﺮﺗﺒط صدﻔات نﺮرسدی در سدددددﻠﻨﺪی ا ژن دو AKAP6 و GRID2 دانسدددددت ﻣدددددﺮﺗﺒط را ( Guomundsdottir, 2015 ) ﺗوسددط شددﺪه کﺪگددذاری پددﺮوﺗئیچ . GRID2 گیﺮنﺪه از ﻋضوی ونوﺗﺮوپیک گﻠوﺗاﻣات های نوده که ﻣﺮﺗﺒط نا گیﺮنﺪه انﺘقال های پسدﺘانﺪاران ﻣﻐدز در غالﺐ ﮑی ﺗحﺮ ﻋصﺒی دهﻨﺪه ﻣی .ناشﻨﺪ هیﮑاران و دنگ ژ ن CHD2 کیﻔیدت ندا ﻣﺮﺗﺒط را نداروری دادندﺪ ﺗشدﺨیص اسدﭙﺮم ( Deng et al., 2018 .) هیﮑداران و لیدو در ژن گوسﻔﻨﺪ از ﺟیﻌیﺘی نﺮرسی EBF4 ﻣﺮﺗﺒط را ن گدزارش نﺪن رنگ ا کﺮدندﺪ ( Liu et al., 2015 ) ژن . هدای EIF4G3 و FAM13A در سﻨﺘ ﻣسیﺮ داد ﺗشﺨیص حیاﺗی شیﺮ پﺮوﺗیچ ز شﺪه ه ( انﺪ Suárez-Vega et al., 2016 .) ج نﺘا ژن نﺮرسی نز و گوسﻔﻨﺪ های است داده نشان کده ژن هدای GABRB1 و KCND2 ﻣﺮﺗﺒط سﺘی ز ﻣسیﺮهای نا و نوده پاسد در دارندﺪ فﻌالیت درد نه ( Deng et al., 2018 ; Taheri et al., 2020 .) هیچﻨیچ هیﮑاران و ﻨﺮ و اﺗیدوپی گوسدﻔﻨﺪان از ﺟیﻌیﺘدی نﺮرسدی در ، ژن GABRB1 ژن از ﮑی را نﺮای ﺪ کانﺪ های سدازگاری ط شدﺮا نده کﺮد گزارش ﻣحیطی ( Wiener et al., 2021 ) ط شدﺮا نده ﺗوﺟده ندا . ناﻣ نظﺮ نه اﺗیوپی هیانﻨﺪ ﺗحقیق چ ا نژادهای زنﺪگی ﻣحﻞ ﺟوی ساﻋﺪ ﻣی .است گﺮفﺘه صورت طﺒیﻌی انﺘﺨاب هم ژن چ ا نﺮای رسﺪ ﻣحققان از گﺮوهی ﻣطالﻌ در ﻣجزا ات ییﻨدی گاوهای روی نﺮ ، ژن GLRB ﻣحدﺮک نه پاس و ﻋصﺒی سیسﺘم نا ﻣﺮﺗﺒط را ﺗشدﺨیص هدا دادنﺪ ( Dong et al., 2014; Yang et al., 2017 ) . ﻣطالﻌه در و لی ،هیﮑاران نشانه ژن کده افﺘﻨدﺪ در ﺗﺒﺘدی ﺧوک انﺘﺨاب های GNA14 ﻣی جاد ا هیﭙوکسی ﺗوسط ﻋیﻠﮑﺮد و دارد ﺟﻔت در ﻣﻬیی نقﺶ و شود ﻣزﻣچ هیﭙوکسی ﺗحت ﺟﻨیچ ﻋﺮوﻗی انﺪوﺗﻠیال نه دلیﻞ ژن چ ا ﻋیﻠﮑﺮد .است لی و هیﮑاران و اهﻠدی گوسدﻔﻨﺪ ژندوم کﻞ روی نﺮ ﺗحقیقی در افﺘ در وحشی ﻨﺪ ژن که GRM3 و MACROD2 پسدﺘان سﺮطان در ﻣ شای ﺗﻌﺪاد هیچﻨیچ و ﺆ است ثﺮ ( Li et al., 2020 ) . هیﮑاران و ونگ در پاس ﻣطالﻌه رفﺘارهای انﺘﺨاب نه ژنوﻣی های نقﺮه روناه ( وحشی و رام ای Vulpes vulpes افﺘﻨﺪ در ) ، فﺮاوانی ﺟﻬﺶ ژن GRM3 است کﺮده پیﺪا ﻣحسوسی ﻗانﻞ ﺗﻐییﺮ رام روناه در ( Wang et al., 2015 ) . انجام ﺗحقیق در ژن چ ا ﻨﮑه ا نه ﺗوﺟه نا دارنﺪ اﺧﺘالف هم نا وحشی و اهﻠی گوسﻔﻨﺪ نیچ هم ﻣا شﺪه ، ﻣی ﺗوان ژن که گﺮفت نﺘیجه GRM3 اهﻠی ﻨﺪ فﺮآ در احﺘیالی ﺪ کانﺪ ژن ک .است سازی هیﮑداران و گونداوان ( Gunawan et al., 2021 ) و ده د ﺗجز در ژن ﭙﺘوم کﺮ ﺗﺮانس ﺗحﻠیﻞ ژن کده دادندﺪ نشدان گوسﻔﻨﺪ کﺒﺪی های GSTCD ژن از ﮑی یﺮندی ،یﺮنی نیوسﻨﺘز در دﺧیﻞ ﻣﻬم های ،دی زا ﻣﺘا و یﺮنی رسوب هیچﻨیچ .است لیﭙیﺪ نولیسم سﺮانیﺘو هیﮑداران و در نشانه نﺮرسی ﺘﺮانده ﻣﺪ ندز و گوسﻔﻨﺪ انﺘﺨاب های ژن ای GSTCD را کﺮد ﻣﻌﺮفی انﺘﺨاب ﺗحت نز در ( Serranito et al., 2021 ) . در هیﮑاران و آلوارز گوسدﻔﻨﺪ روی نﺮ ﺗحقیقی دﺟدالونﮑی 1 غدﺮب دأ دﺗ دورد دﻣ در دا دق آفﺮ ژن دت دس ز دیط دﻣح دا دن دام دازگاری دس دوﻣی دژن ثیﺮ HERC1 ﻣﻌﻨی رانطه چ ا در را کﺮدنﺪ ﺗوصیﻒ دار ( Álvarez et al., 2020 ) . ﻣدی نیدز ژن چ ا ﻨدﺪ فﺮآ در احﺘیدالی دﺪ کانﺪ ژن دک ﺗواندﺪ 1- Djallonké
- 11. 580 جلد ایران دامی علوم پژوهشهای نشریه 15 شماره ، 4 زمستان 1402 اهﻠی .ناشﺪ سازی یچ هیﮑاران و ژندوم کدﻞ ﺗوالی ﺗحﻠیﻞ و ه ﺗجز در ن گوسﻔﻨﺪ ﺗﻌﺪادی اﻣﻨش أ ژن نﺮرسدی و ی آسدیا و ی اروپا ﻣوفﻠون هدای اهﻠی نه ﻣﺮنوط گوسدﻔﻨﺪ در سازی ، ژن HERC3 را ژن از ﮑدی هدای ﻣ ﺆ کﺮدنﺪ ﻣﻌﺮفی یﻨی ا نه درپاس ثﺮ ( Chen et al., 2021 .) هیچﻨیچ الﮑاللدﺪه داران دهیﮑ و ده دﻣطالﻌ در دوﻣی دژن دواحی دن دﺨیص دﺗش دﺮای دن ای نﺮان در ﻣقاوﻣت انگﻞ ﺮ ی اسﺘﺮالیا گوسﻔﻨﺪ در گوارش دسﺘگاه های ، ژن HERC3 ﻣ را ﺆ کﺮدندﺪ ی شﻨاسا یﻨی ا سیسﺘم در ثﺮ ( Al Kalaldeh et al., 2019 ) . هیﮑاران و ﺟیائو ژن IP6K1 ﺗولیدﺪ ﻣسیﺮ در درگیﺮ را گوسﻔﻨﺪ در کﺮد گزارش سﺮﻣا ﻣﻌﺮض در حیوانات در گﺮﻣا ( نﺪ ., 2021 et al Jiao ) . دوارﺗه ،هیﮑاران و ژن JPH1 ﻣﺮندوط ﻣسیﺮهای نا ﻣﺮﺗﺒط را ﺧوک در گدزارش اسدﮑﻠﺘی ﻋضدالت رشدﺪ و یﺮندی نافت ﻣﺘانولیسم ﺗﻨظیم نه کﺮد نﺪ ( Duarte et al., 2017 .) ﺗاو هیﮑاران و ﻣطالﻌده در ندﺮای ای ژن ی شﻨاسا ند ﻣدﺮﺗﺒط های ﺗولدﺪ وزن ا ، ژن KCND2 دﺪ کانﺪ ژن را کﺮد ﻣﻌﺮفی آن ، هیچﻨیچ ها ژن ی شﻨاسا نﺮای ﻣدﺮﺗﺒط های نده اندﺪازه ﺗولﺪ ، ژن MACROD2 ﺗﻌﺪاد صﻔت نا ﻣﺮﺗﺒط را کﺮد گزارش پسﺘانک ( Tao et al., 2021 ) هیچﻨیچ . ،هیﮑداران و هدزارد ژن KCND2 را نا ﻣﺮﺗﺒط QTL های ﻣدا رفﺘار کﺮد گدزارش دری ( ندﺪ Hazard et al., 2018 ) . دئو ،هیﮑاران و ژن LDB2 الشده و رشﺪ صﻔات نا ﻣﺮﺗﺒط را درﺟوﺟه کﺮد ی شﻨاسا گوشﺘی های ( ندﺪ Dou et al., 2022 ) . و وندگ ژ هیﮑاران ن NBEA و پشم صﻔات نا ﻣﺮﺗﺒط را نیز ی گﺮﻣدا اسدﺘﺮس ﻣﻌ کﺮدنﺪ ﺮفی ( Wang et al., 2015 .) هیﮑاران و ﺗزارسیانیﺪو ژنوﻣی نﺮرسی در گ ﺘﺮانه ﻣﺪ وسﻔﻨﺪ ای ، ژن NFS1 پسددﺘانی غددﺪد رشددﺪ صددﻔت نددا ﻣددﺮﺗﺒط را کﺮدنددﺪ گددزارش ( Tsartsianidou et al., 2021 .) هیچﻨدیچ ،هیﮑداران و گدوان ژن NFS1 را ﻣ ﺆ کﺮدندﺪ رکدﺮ ﻣﺘدانولیﮑی ﻣسدیﺮهای در ثﺮ ( et al., 2016 Guan ) . ﻨگ پیﮑﺮ ﻣﻨش نﺮرسی در أ نیوزلﻨﺪ آراپاوا گوسﻔﻨﺪ ژنﺘیﮑی ، ژن NIPA1 ر کدﺮد ﻣﻌﺮفدی انﺘﺨداب نشدانه دک ا ( Pickering, 2013 ) . هیﮑاران و ﺟونز سوئیت نشانه نﺮرسی در گوسﻔﻨﺪ گونه دو انﺘﺨاب های ژن سیﺒﺮی SOCS6 گیﺮنﺪه ﺗﻨظیم ﻣسیﺮ را ی شﻨاسدا انسدولیچ هدای کﺮدنﺪ ( et al., 2021 Sweet‐Jones ) . ﻣﺨﺘﻠﻔی ﻣحققان ﺗوالی در انی ژن ی هدوا و آب ط شﺮا نه آداپﺘاسیون نﺮای وحشی گوسﻔﻨﺪ ژنوم کﻞ USH2A ﻣدﺮﺗ را کﺮدندﺪ گدزارش ی شدﻨوا و ی نیﻨدا ﻗدﺪرت ندا ﺒط ( Upadhyay et al., 2021; Chen et al., 2021 ) . هیچﻨیچ ﻋیﺪاوی هیﮑداران و ژن قدا آفﺮ و ﺧاورﻣیانده گوسدﻔﻨﺪان ژندوﻣی نﺮرسدی در USH2A ژن از را نییار ده دن دت دﻣقاوﻣ دا دن دﺮﺗﺒط دﻣ دﺪ د کانﺪ دای ده و دا دﻬ کدﺮد ﻣﻌﺮفدی هدوا و آب ط شدﺮا نه آداپﺘاسیون ( Eydivandi et al., 2020 ) هیﮑاران و ﻣوایارو ژندوﻣی ردپدای ی شﻨاسدا ندﺮای ﺗحقیقدی در دنﺒه گوسﻔﻨﺪ زﻣیچ در اسﺘﺮس نا سازگاری نﺮای ﻣصﺮی دار ﺧشک های ژن آسیا غﺮب و قا آفﺮ شﺮ ZBP1 ژن از را دﺪ کانﺪ هدای در دت ﺗقو دﺪ دکﺮدن ی دا دشﻨاس دی دیﻨ ا دﺮد دﻋیﻠﮑ (Mwacharo et al., 2017) . ورویﮑو کﺮ هیﮑاران و ﻣط در ا گوشدﺘی ﻨدوس ﻣﺮ گوسدﻔﻨﺪ ژندوم لﻌده ژن دﺮای دن دی دروس ژن دادی داﻗﺘص دﻔات دص دﺪ د کانﺪ دای ده BTB21 در را دی دﻣﻌﻨ دﻠول دس دﻌه دﺗوس و دﺪ درش دا دن دﺮﺗﺒط دﻣ دﻔات دص کﺮد دزارش دگ دار دﺪ دن ( Krivoruchko et al., 2020 .) ژن ﻣولﮑولی ﻋیﻠﮑﺮد نﻬﺘﺮ درک نﺮای ،ﻣتﺒدت انﺘﺨداب ﺗحت های هسﺘی ژن شﻨاسی .گﺮفت ﻗﺮار نﺮرسی ﻣورد ها 32 کده ﮑی نیولوژ ﻣسیﺮ ﻣیزان P-value آن از کیﺘﺮ ها 05 / 0 نود ، نه ﻣﻌﻨدی ﻣسیﺮهای ﻋﻨوان دار .شﺪنﺪ ﻣﻌﺮفی ﺟﺪول در 3 ﻣسدی از نﺮﺧی ﻣﻌﻨدی و ﻣﻬدم ﺮهای آﻣدﺪه دار .است ﻣسیﺮ نیشﺘﺮ کانال نه ﻣﺮنوط شﺪه ی شﻨاسا سﺘی ز های ﻋﺒدور های ون غشا از ها ی و ﻣﻐدز رشدﺪ ،ﻋضدالت ﻋصدﺒی ﻨدﺪهای فﺮآ ،سدﻠولی ون ی غشا انﺘقال ،ﻣﺘانسﻔالون رشﺪ ،ﻣﺨچه ﻣسیﺮهای و آلی غیﺮ های نا ﻣﺮﺗﺒط و حیﻞ ﺗﻨظیم ون نقﻞ غشا در ها ی ﻣی سﻠولی ناشﺪ ( Deng et al., 2018 ) . نتیجه گیری کلی نه ﻣﻨاطق چ ا که داد نشان ژنوﻣی ﻣﻨاطق نﺮرسی و ﻣسدﺘقیم طدور ،اسدﺘﺨوان ،یﺮندی ،شیﺮ ،گوشت کییت و کیﻔیت صﻔات نا غیﺮﻣسﺘقیم ﻣی ﻣﺮﺗﺒط انگﻞ نه ﻣقاوﻣت و یﻨی ا سیسﺘم نیدودن ﻣشدﺨص .ناشدﻨﺪ ﻣﮑان و اﻗﺘصادی ﻣﻬم صﻔات نﺨدﺶ دانی اثدﺮ در کده ژندوم از ی هدا کﺮده پیﺪا ﺗﻐییﺮ انﺘﺨاب ﻣدی ،انﺪ نﺮناﻣده در ﺗواندﺪ ندژادی اصدالح هدای نﺒودن کاﻣﻞ نه ﺗوﺟه نا الﺒﺘه .گیﺮد ﻗﺮار اسﺘﻔاده ﻣورد کشور در گوسﻔﻨﺪ حاشیه نه ﻣﺮنوط اطالﻋات ژن ﻋیﻠﮑﺮدی سی نو و گوسدﻔﻨﺪ گونه در ها ﺟیﻌیت نودن کویک هیچﻨیچ ن ﻣورد های ندا نﻌدﺪی ﻣطالﻌدات ،ﺮرسی نیونه ﺗﻌﺪاد وحشدی و اهﻠدی گوسدﻔﻨﺪ از نیشدﺘﺮ نژادهای و نیشﺘﺮ های ژن از نﻬﺘﺮی درک ،ﺮان ا در اﻗﺘصدادی ﻣﻬدم صﻔات نﺮای ﺪ کانﺪ های گونه هیچﻨد .نیدود ﺧواهدﺪ جاد ا وحشی و اهﻠی های ی چ ﺗحق ندا ی قدات ن ی شﺘﺮ ا در چ زﻣ ی ﻨه ﻣی ﺗوان ی م و زﻣان یﺮا دی نژادهدا شدﺪن ﻣشدﺘق و ژن آن ﻣسﺒﺐ های کﻨ ﻣشﺨص را ی م . رانطه در نیشﺘﺮ ﻣطالﻌات انجام نا دچ ا از نﺘدوانیم کده است آن اﻣیﺪ ﺮان ا وحشی گوسﻔﻨﺪان ی شﻨاسا نا ی شﻨاسدا ندا و کدﺮده ﻣحافظت دنیا در فﺮد نه ﻣﻨحصﺮ ژنﺘیﮑی رﺧیﺮه نده ،حیوانات چ ا ﻣطﻠوب ژنﺘیﮑی ﺧصوصیات ندژاد واردات ﺟدای هدای نﺨ نﺘوانیم ﺧارﺟی کاسﺘی از شی از انﺘقدال ندا را اهﻠدی گوسدﻔﻨﺪ هدای .کﻨیم ﺟﺒﺮان آن ﺧالص پﺮورش ا و وحشی گوسﻔﻨﺪ
- 12. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 581 جدول 3 - ﻣسیﺮهای سﺘی ز وحشی و اهﻠی نژادهای در انﺘﺨاب ﺗحت ﻣﻨاطق نا ﻣﺮﺗﺒط دار ﻣﻌﻨی شﺪة ی شﻨاسا Table 3- Identified significant biological pathways related to the areas under selection in domestic and wild sheep breeds دسﺘه هﺪف نافت ﺮ ﻣقاد P value ژن ها Category Term Count Genes GOTERM_BP_FAT ﻣﺨچه ﺗوسﻌه GO:0021549~cerebellum development 4 0.0017 ATRN, GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_BP_FAT ﺗوسﻌه ﻣﺘانسﻔالون GO:0022037~metencephalon development 4 0.0022 ATRN, GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_MF_FAT کانال فﻌالیت دروازه دار GO:0022836~gated channel activity 6 0.0043 GRID2, GABRB1, KCNH5, GLRB, ITGAV, ANO6 GOTERM_BP_FAT ﻣورفوژنز ﻣﺨچه ﻗشﺮ GO:0021696~cerebellar cortex morphogenesis 3 0.0052 GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_BP_FAT پسیچ ﻣﻐز ﺗوسﻌه GO:0030902~hindbrain development 4 0.0056 ATRN, GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_BP_FAT آلی غیﺮ کاﺗیون انﺘقال غشا GO:0098662~inorganic cation transmembrane transport 5 0.0059 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ون انﺘقال غشا آلی غیﺮ های GO:0098660~inorganic ion transmembrane transport 5 0.0061 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ﻣورفوژنز ﻣﺨچه GO:0021587~cerebellum morphogenesis 3 0.0079 GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_BP_FAT انﺘقال ی غشا کاﺗیون GO:0098655~cation transmembrane transport 5 0.0081 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ﻣورفوژنز پس ﻣﻐز ی چ GO:0021575~hindbrain morphogenesis 3 0.0089 GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_BP_FAT ون ﻣتﺒت ﺗﻨظیم ﻋﺒور های کﻨﻨﺪه GO:0043270~positive regulation of ion transport 4 0.0099 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI GOTERM_MF_FAT ونی کانال فﻌالیت GO:0005216~ion channel activity 6 0.0110 GRID2, GABRB1, KCNH5, GLRB, ITGAV, ANO6 GOTERM_BP_FAT ﻣﺨچه ﻗشﺮ رشﺪ GO:0021695~cerebellar cortex development 3 0.0122 GRID2, HERC1, RFX4 GOTERM_MF_FAT ه ﺮال ز کانال اﺧﺘصاصی فﻌالیت GO:0022838~substrate-specific channel activity 6 0.0125 GRID2, GABRB1, KCNH5, GLRB, ITGAV, ANO6 GOTERM_MF_FAT کانال فﻌالیت GO:0015267~channel activity 6 0.0140 GRID2, GABRB1, KCNH5, GLRB, ITGAV, ANO6 GOTERM_MF_FAT ه ﺮال ز کانال کﺮدن غیﺮفﻌال GO:0022803~passive transmembrane transporter activity 6 0.0140 GRID2, GABRB1, KCNH5, GLRB, ITGAV, ANO6 GOTERM_BP_FAT ی غشا نقﻞ و حیﻞ GO:0055085~transmembrane transport 6 0.0143 OCA2, AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ون ی غشا نقﻞ و حیﻞ GO:0034220~ion transmembrane transport 5 0.0143 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT کاﺗیون ی غشا نقﻞ و حیﻞ GO:0034220~ion transmembrane transport 6 0.0192 NIPA1, AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ظﺮفیﺘی ﺗک آلی غیﺮ کاﺗیون ی غشا نقﻞ و حیﻞ GO:0015672~monovalent inorganic cation transport 4 0.0217 AKAP6, ANO6, GPD1L, ATP6V1C2 GOTERM_BP_FAT ون ﻣتﺒت ﺗﻨظیم ﻋﺒور های ی غشا کﻨﻨﺪه GO:0034767~positive regulation of ion transmembrane transport 3 0.0247 AKAP6, ANO6, SRI GOTERM_BP_FAT ون ﺗﻨظیم ﻋﺒور های ی غشا کﻨﻨﺪه GO:0034765~regulation of ion transmembrane transport 4 0.0259 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI GOTERM_BP_FAT ﻋﺒور ﻣتﺒت ﺗﻨظیم ی غشا کﻨﻨﺪه GO:0034764~positive regulation of transmembrane transport 3 0.0271 AKAP6, ANO6, SRI
- 13. 582 جلد ایران دامی علوم پژوهشهای نشریه 15 شماره ، 4 زمستان 1402 جدول ادامه 3 Continue the table 3 GOTERM_BP_FAT ﻋﺒور ﺗﻨظیم ی غشا کﻨﻨﺪه GO:0034762~regulation of transmembrane transport) 4 0.0296 AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI GOTERM_CC_FAT سیﻨاپسی پس غشا GO:0045211~postsynaptic membrane 3 0.0329 GRM3, GRID2, GLRB GOTERM_MF_FAT ﻋﺒور کانال فﻌالیت ون دهﻨﺪه سﻠولی ﺧارج های GO:0005230~extracellular ligand-gated ion channel activity 3 0.0337 GRID2, GABRB1, GLRB GOTERM_CC_1 سیﻨاپس GO:0045202~synapse () 5 0.0347 GRM3, GRID2, GABRB1, GLRB, SH3GL2 GOTERM_BP_FAT ﺗﻨظیم ی غشا نالقوه کﻨﻨﺪه GO:0042391~regulation of membrane potential) 4 0.0393 GRID2, GLRB, AKAP6, GPD1L GOTERM_BP_FAT انﺘقال ون دهﻨﺪه فﻠزی های GO:0030001~metal ion transport 5 0.0413 NIPA1, AKAP6, ANO6, GPD1L, SRI GOTERM_CC_FAT ول سانﺘﺮ GO:0005814~centriole 3 0.0429 CEP250, CCDC92, TTBK2 GOTERM_CC_FAT کانال ﺗﺮکیﺒی ونی های GO:0034702~ion channel complex 4 0.0445 GRID2, GLRB, AKAP6, ANO6 GOTERM_BP_FAT ﻋصﺒی ﻨﺪهای فﺮآ - ﻋضالنی GO:0050905~neuromuscular process 3 0.0456 GRID2, HERC1, GLRB سپاسگزاری شیاره گﺮنت و ﻣشﻬﺪ فﺮدوسی دانشگاه ت حیا نا پژوهﺶ چ ا 48728 / 3 .ﺮفت پذ انجام References 1. Akey, J. M. (2009). Constructing genomic maps of positive selection in humans: Where do we go from here? Genome Research, 19(5),711-722. http://dx.doi.org/10.1101/gr.086652.108. 2. Al Kalaldeh, M., Gibson, J., Lee, S. H., Gondro, C., & Van Der Werf, J. H. (2019). Detection of genomic regions underlying resistance to gastrointestinal parasites in Australian sheep. Genetics Selection Evolution, 51(1),1-18. http://dx.doi.org/10.1186/s12711-019-0479-1. 3. Álvarez, I., Fernández, I., Traoré, A., Pérez-Pardal, L., Menéndez-Arias, N. A., & Goyache, F. (2020). Ancient homozygosity segments in West African Djallonké sheep inform on the genomic impact of livestock adaptation to the environment. Animals, 10(7),1178. http://dx.doi.org/10.3390/ani10071178. 4. Bakhshalizadeh, S., Zerehdaran, S., & Javadmanesh, A. (2021). Meta-analysis of genome-wide association studies for somatic cells score trait in dairy cows. Journal of Ruminant Research, 9(3),39-58. http://dx.doi.org/10.22069/ejrr.2021.19036.1787 (In Persian). 5. Chen, Z.H., Xu, Y.X., Xie, X.L., Wang, D.F., Aguilar-Gómez, D., Liu, G.J., Li, X., Esmailizadeh, A., Rezaei, V., Kantanen, J., Ammosov, I. Nosrati, M., Periasamy, K., Coltman, D.W., Lenstra, L.A., Nielsen, R., & Li M.H. (2021). Whole-genome sequence analysis unveils different origins of European and Asiatic mouflon and domestication-related genes in sheep. Communications Biology, 4(1),1-15. http://dx.doi.org/s42003-021-02817-4. 6. Deng, X., Wang, D., Wang, S., Wang, H., & Zhou, H. (2018). Identification of key genes and pathways involved in response to pain in goat and sheep by transcriptome sequencing. Biological Research, 51. http://dx.doi.org/10.1186/s40659-018-0174-7. 7. Dong, K., Yao, N., Pu, Y., He, X., Zhao, Q., Luan, Y., Guan, W., Rao, S., & Ma, Y. (2014). Genomic scan reveals loci under altitude adaptation in Tibetan and Dahe pigs. PLoS One, 9(10),e110520. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0110520. 8. Dou, D., Shen, L., Zhou, J., Cao, Z., Luan, P., Li, Y., Xiao, F., Guo, H., Li, H., & Zhang, H. (2022). Genome-wide association studies for growth traits in broilers. BMC Genomic Data, 23(1),1-9. http://dx.doi.org/10.1186/s12863- 021-01017-7. 9. Duarte, D.A.S., Fortes, M.R.S., de Souza Duarte, M., Guimarães, S.E., Verardo, L.L., Veroneze, R., Ribeiro, A.M.F., Lopes, P.S., de Resende, M.D.V., & e Silva, F.F. (2017). Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, 58(6),1100-1108. http://dx.doi.org/10.1071/AN16018.
- 14. ،همکاران و غم بی و انتخاب ردپای بررسی هست ی برخی در ژن شناسی ... 583 10. Durinck, S., Spellman, P. T., Birney, E., & Huber, W. (2009). Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt. Nature protocols, 4(8),1184-1191. http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2009.97. 11. Eydivandi, S., Sahana, G., Momen, M., Moradi, M. H., & Schönherz, A. A. (2020). Genetic diversity in Iranian indigenous sheep vis‐à‐vis selected exogenous sheep breeds and wild mouflon. Animal Genetics, 51(5),772-787. http://dx.doi.org/10.1111/age.12985. 12. Forough Ameri, N., Asadi Fouzi, M., & Vasmeilizade Keshkoi, A., (2015). Whole genome scanning of eight indigenous breeds of Iranian cattle to identify selection markers. Livestock Production Magazine, 18(2),201-213. (In Persian). 13. Guan, D., Luo, N., Tan, X., Zhao, Z., Huang, Y., Na, R., Zhang, J., & Zhao, Y. (2016). Scanning of selection signature provides a glimpse into important economic traits in goats (Capra hircus). Scientific Reports, 6(1),1-7. http://dx.doi.org/10.1038/srep36372. 14. Gunawan, A., Listyarini, K., Harahap, R.S., Jakaria, Roosita, K., Sumantri, C., Inounu, I., Akter, S.H., Islam, M.A., & Uddin, M.J. (2021). Hepatic transcriptome analysis identifies genes, polymorphisms and pathways involved in the fatty acids metabolism in sheep. PloS One, 16(12),e0260514. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0260514. 15. Guomundsdottir, O. O. (2015). Genome-wide association study of muscle traits in Icelandic sheep (Doctoral dissertation). (Doctoral dissertation). 16. Hazard, D., Mace, T., Foulquie, D., Delval, E., Douls, S., Carriere, F., Pradel, J., Moreno, C., & Boissy, A. (2018). Genome wide association studies of maternal behaviours in sheep. In: 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), pp. 1130-p. Massey Universtiy. 17. Jiao, D., Ji, K., Liu, H., Wang, W., Wu, X., Zhou, J., Zhang, Y., Zhou, H., Hickford, J.G., Degen, A.A., & Yang, G. (2021). Transcriptome analysis reveals genes involved in thermogenesis in two cold-exposed sheep breeds. Genes, 12(3),375. http://dx.doi.org/10.3390/genes12030375. 18. Krivoruchko, A. Y., Yatsyk, O. A., & Safaryan, E. Y. (2020). Candidate genes for productivity identified by genome-wide association study with indicators of class in the Russian meat merino sheep breed. Vavilov Journal of Genetics and Breeding, 24(8),836. http://dx.doi.org/10.18699/VJ20.681. 19. Li, Z., He, X., Zhang, X., Zhang, J., Guo, X., Sun, W., & Chu, M. (2020). Transcriptome profile of key CircRNAs and MiRNAs in oviduct that affect sheep reproduction. http://dx.doi.org/10.21203/rs.3.rs-67727/v1. 20. Liu, G., Liu, R., Tang, X., Cao, J., Zhao, S., & Yu, M. (2015). Expression profiling reveals genes involved in the regulation of wool follicle bulb regression and regeneration in sheep. International Journal of Molecular Sciences, 16(5),9152-9166. http://dx.doi.org/10. 3390 / ijms16059152. 21. Mohammadi, F., Tahmoorespur, M., & Javadmanesh, A. (2019). Study of differentially expressed genes, related pathways and gene networks in sheep fetal muscle tissue in thin-and fat-tailed breeds. Animal Sciences Journal, 32(123),301-312. http://dx.doi.org/10.22092 /asj .2018 .122913.1749. 22. Mohammadi, H., Rafat, S. A., Moradi Shahrbabak, H., Shodja, J., & Moradi, M. H. (2020). Genome-wide association study and gene ontology for growth and wool characteristics in Zandi sheep. Journal of Livestock Science and Technologies, 8(2),45-55. http://dx.doi.org/10.22103/jlst.2020.15795.1317. (In Persian). 23. Moradi, M. H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K. G., & McEwan, J. C. (2012). Genomic scan of selective sweeps in thin and fat tail sheep breeds for identifying of candidate regions associated with fat deposition. BMC Genetics, 13(1),1-15. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2156-13-10. 24. Mwacharo, J. M., Kim, E. S., Elbeltagy, A. R., Aboul-Naga, A. M., Rischkowsky, B. A., & Rothschild, M. F. (2017). Genomic footprints of dryland stress adaptation in Egyptian fat-tail sheep and their divergence from East African and western Asia cohorts. Scientific reports, 7(1),1-10. http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-17775-3. 25. Oldenbroek, K. (Ed.). (2007). Utilisation and Conservation of Farm Animal Genetic Resources. Wageningen Academic Publishers. 26. Pickering, N. K. (2013). Genetics of flystrike, dagginess and associated traits in New Zealand dual-purpose sheep. A thesis presented in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Animal Science at Massey University, Palmerston North, New Zealand (Doctoral dissertation, Massey University). 27. Kaveh Pishghadam, N., Malekian, M., & Adavodi, R. (2017). Genetic assessment of funding population of wild sheep (Ovis orientalis) in Chadegan captive breeding site. Journal of Animal Environment, 9(3),41-48. http://dx.doi.org/20.1001.1.27171388.1396.9.3.6.6.(In Persian). 28. Qanbari, S., Strom, T.M., Haberer, G., Weigend, S., Gheyas, A.A., Turner, F., Burt, D.W., Preisinger, R., Gianola, D., & Simianer, H. (2012). A high resolution genome-wide scan for significant selective sweeps: An application to pooled sequence data in laying chickens. PloS one, 7(11),e49525. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0049525. 29. Qanbari, S., Pausch, H., Jansen, S., Somel, M., Strom, T.M., Fries, R., Nielsen, R., & Simianer, H. (2014). Classic selective sweeps revealed by massive sequencing in cattle. PLoS Genetics, 10(2),e1004148. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1004148.