IBM Integrated Analytics System DSX R Studio 利用ガイド

統合データ分析プラットフォーム
IBM Integrated Analytics System(IIAS)
IIAS DSX Local RStudio利⽤ガイド
2018年3⽉15⽇
1

IBM Cloud © 2017 IBM Corporation 2
注意事項
本資料はIBM Integrated Analytics System(IIAS)のRStudioを利⽤するユーザーー⽅向けに作成され
たドキュメントになります。IIAS⾃体の機能特徴の紹介や説明は別資料を参照ください。
本資料掲載事項は、ある特定の環境・使⽤状況においての正確性がIBMによって確認されていますが、
すべての環境において同様の結果が得られる保証はありません。これらの製品を本番環境に適⽤する際
には、事前に検証確認を実施いただくようにお願いします。
本導⼊⼿順書はオフライン環境(CRANに接続できない)の IBM Integrated Analytics System v1.0.6
FullRackをベースに、RStudioを利⽤する準備作業として実施した内容を元に作成しています。CRAN
やプライベートミラーを持っている場合は適宜読み替えてください。
必要に応じ下記最新マニュアルを確認の上、作業を実施してください。
IBM Db2 Warehouse Knowledge Center (⽇本語版) ※ IBM Integrated Analytics System
https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/ja/SS6NHC/com.ibm.swg.im.dashdb.kc.doc/welcome.html
IBM Db2 Warehouse Knowledge Center (英語版) ※ IBM Integrated Analytics System
https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/ja/SS6NHC/com.ibm.swg.im.dashdb.kc.doc/welcome.html
IBM Integrated Analtyics System データサイエンティスト向け利⽤ガイド本編
https://ibm.box.com/s/izvo60rrjblkct76yf9shcrymkbue6ec

IBM Cloud © 2017 IBM Corporation
IIAS RStudio利⽤ガイド⽬次
3
• DSX Local ユーザーー作成
• RStudioの利⽤⽅法
• データベースからデータを取得するための事前準備
• データベース接続の確認
• 注意点

DSX Localユーザー作成
4
RStudioを含む分析機能を利⽤するためには、IIAS DSXを利⽤するユーザーーの作成を⾏う必要があります。
このセクションは⼀部 IIAS DSX利⽤ガイドに同様のセクションがあります。

DSX Localへの接続
• Webブラウザより以下のURLを⼊⼒してDSXにアクセスします。
− https://[node0101のIPアドレス]:8444
• IPアドレスはFloating IP (IIAS WebコンソールのIPアドレス)ではなく、ノード1
(node0101)のIPアドレスであることにご注意ください。
• ポートは 8444 です。こちらもIIAS Webコンソールと異なります。
5

DSX Local ユーザー作成
IIAS版DSX Localのユーザー作成には以下の⽅法がある
1. 管理者ユーザーにて、開発者⽤ユーザーを作成・管理する
2. 開発者⾃⾝でユーザーを作成（Sign up)を⾏い、管理者ユーザーが承認する
DSX Sign up画⾯Data Platform Manager
ユーザーー管理画⾯
ユーザー作成
【DSX管理者】
【開発者】
ユーザー名/フルネーム/eメールアドレ
ス/ロール(Admin or User)⼊⼒
ユーザー作成
名/姓/ユーザー名/eメールアドレス
/パスワード⼊⼒
ユーザー作成完了
(パスワード⾃動⽣成)
パスワード変更(任意)
Data Platform Manager
ユーザーー管理画⾯
【DSX管理者】
作成済ユーザーの承認
ロールの設定(Admin or User)
ログイン可能
1.管理者によるユーザー作成
開発者に通知(任意)
ログイン可能
管理者に承認
を依頼(任意)
2.開発者によるユーザー作成
承認完了
連絡

管理者ユーザーにて、開発者⽤ユーザーを作成・管理する
管理者ユーザー adminユーザーーでDSX Localコンソールにログインする

管理者 adminユーザーーによる新規ユーザー作成
管理ユーザーによる、作成済ユーザーの承認
DSXコンソール左上の「IBM Data Science Experience Local」をクリック
→「IBM Data Platform Manager」を選択
→「IBM Data Platform Manager」画⾯が開く

DSX Localユーザー作成
管理者 admin による新規ユーザー作成
「User Management」を押下してユーザー管理画⾯を開く

以下の情報を記⼊して「Add」押下
Name：ユーザー名(ログイン名)
Username：ユーザー名
Email：メールアドレス
Access Level：
ドロップダウンリストから
User または Admin を選択
(プロジェクトを作成するユーザーであれば
Adminを選択)

ユーザー作成完了
パスワードはシステムによる⾃動⽣成
⾃動⽣成された
パスワード

(任意) DPM ユーザー管理画⾯より、作成されたユーザーのパスワード変更を実施することができる
adminユーザーか、管理者権限のあるユーザーであればパスワード変更可能
新しいパスワード
を指定

DSXコンソールから新規ユーザーを作成する(Sign up)
下記URLにWebブラウザでアクセス、DSXコンソールを開く
https://<host_name>:8444/auth/login/login.html
「Sign up」画⾯でユーザー情報を⼊⼒
以後のログイン時に⽤いるのは
Username/Password
「Sign Up」を押下
この時点では、作成したユーザー
ではログインすることが
できません。
（→ 次ページ）
※IIAS Webコンソールで作成するユーザーとは別に、DSX⽤ユーザーを作成する必要があります。

・管理ユーザーによる、作成済ユーザーの承認
・管理者ユーザー adminでDSXコンソールにログインする
デフォルトの
パスワード
は”password”

DSXコンソール左上の「IBM Data Science Experience Local」をクリック
→「IBM Data Platform Manager」を選択
→「IBM Data Platform Manager」画⾯が開く
IBM Data Platform Manager画⾯

「IBM Data Platform Manager」画⾯のサイドメニュー「User Management」を開く

RStudioの利⽤⽅法
17
RStudioをWebブラウザから利⽤する⽅法について記載

RStudioへの接続 (直接接続)
• Webブラウザより以下のURLを⼊⼒します。
− https://[node0101のIPアドレス]:8444/analytics/rstudio
• ログイン画⾯に⼊⼒後RStudioが起動します。
18

RStudioへの接続 (DSX Localから接続)
• Webブラウザより以下のURLを⼊⼒してDSXにアクセスします。
− https://[node0101のIPアドレス]:8444
• ログイン画⾯に⼊⼒後DSX画⾯左上ののマークをクリックし、RStudioをクリックします。
19
ここをクリック

データベースからデータを取得するための事前準備
20
RStudioはIIASに事前に構成済みですぐに利⽤可能です。
ただし、IIASのデータベースに接続してデータを取得するためには事前に構成が必要です。
この作業にはroot権限が必要です。

• RStudioからIIAS BLUDBへ接続を⾏うために設定と構成が必要です。この作業はroot権限が必要です。
• rootパスワードはIIASにより1⽇毎に⾃動で変更されます。⽇付はIIASに設定されているタイムゾーンに依存
します。実際の作業実施⽇およびバッファの⽇付分のrootパスワードを、事前にIBMサポートに依頼して取得
ください。
• パスワード取得にはマシンのシリアル情報が必要となります。シリアルはCLIもしくはGUIから取得ください。
21
• IIAS Web Consoleの画⾯左上のボタンから “SETTINGS” -> “CALL HOME”
• IIAS にapuserでsshログイン後以下コマンドを実⾏
apuser$ ap info | grep Serial
| Serial | 7840183
⼿順1.rootパスワードの取得

• 以下rootで作業を実施します。
22
• 999はコンテナ内のadminユーザーーIDです。
• db2jcc*.jarの出⼒がない場合は作業を中⽌しIBMサポートに連絡してください。
• rootでログイン後RStudioコンテナからJavaを再構成します。以下出⼒は実⾏例になります。
root$ docker ps | grep rstudio | grep startup | grep 999
c7564993ffd7 localhost:5005/privatecloud-rstudio "/scripts/startup.sh" About an hour ago Up About an
hour k8s_rstudio_rstudio-deployment-3496611909-58wd4_ibmdsxuser-999_2b5149bc-216f-11e8-8d00-98be94734b30_1
root$ docker exec -it c7564993ffd7 bash
rstudioContainer$ find / -name "db2jcc*.jar" -print
/opt/ibm/dsdriver/java/db2jcc.jar
/opt/ibm/dsdriver/java/db2jcc4.jar
rstudioContainer$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.7.0_141
Java home path : /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.141-2.6.10.1.el7_3.ppc64le/jre
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
(出⼒省略)
ここでRStudioのコンテナの
シェルに接続しています
⼿順2. Javaの再構成

• 利⽤するパッケージをRStudioに接続するPCにダウンロードします。
− rJava： https://cran.r-project.org/web/packages/rJava
− RJDBC： https://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/
− ibmdbR： https://cran.r-project.org/web/packages/ibmdbR/
23
こちらをダウンロードします
⼿順3. IIAS Db2 Warehouse接続に必要なパッケージを準備

• RStudioにadminユーザーでログインして必要なファイルをアップロードします。
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• RStudioのファイルアップロード機能を利⽤します。
Uploadボタンを押下してアップロードを実⾏
します。
アップロードするファイルは先程のステップで
ダウンロードした3つのパッケージとなります
⼿順4.ファイルのアップロード

• DSXにadminユーザーでログインしてパッケージのインストールを実⾏します。
25
• RStudioを起動し、Consoleもしくはscriptから、
インストールしたパッケージの配置ディレクトリを指定してインストールを実⾏します。
> install.packages("/home/rstudio/rJava_0.9-9.tar.gz",repos=NULL, type="source", lib="/user-home/_global_/R")
* installing *source* package ‘rJava’ ...
** package ‘rJava’ successfully unpacked and MD5 sums checked
(省略)
** testing if installed package can be loaded
* DONE (rJava)
> install.packages("/home/rstudio/RJDBC_0.2-7.tar.gz",repos=NULL, type="source", lib="/user-home/_global_/R")
* installing *source* package ‘RJDBC’ ...
** package ‘RJDBC’ successfully unpacked and MD5 sums checked
(省略)
* DONE (RJDBC)
> install.packages("/home/rstudio/ibmdbR_1.49.0.tar.gz",repos=NULL, type="source", lib="/user-home/_global_/R")
* installing *source* package ‘ibmdbR’ ...
** package ‘ibmdbR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
(省略)
* DONE (ibmdbR)
⼿順5.パッケージのインストール

データベース接続の確認
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インストールしたパッケージをもとにデータベースへの接続を確認します。

RStudioに接続してデータベース接続からデータを取得
27
• 以下任意のDSXユーザーーでログインして作業を実施します。
• RScriptもしくはRconsoleで以下を実⾏します(以下はユーザー kai の例です)
> library(RJDBC,lib="/user-home/_global_/R")
> library(rJava,lib="/user-home/_global_/R")
> library(ibmdbR,lib="/user-home/_global_/R")
> driverClassName <- "com.ibm.db2.jcc.DB2Driver"
> driverPath <- "/opt/ibm/dsdriver/java/db2jcc4.jar"
> url <- "jdbc:db2://iias-IP:50000/BLUDB"
> databaseUsername <- "kai"
> databasePassword <- ”passw0rd"
> drv <- JDBC(driverClassName, driverPath)
Rjava.init.warning: lost 157015 bytes of stack after JVM initialization.
> conn <- dbConnect(drv, url, databaseUsername, databasePassword)
> selStr <- "select * from kai.TEST";
> dbGetQuery(conn, selStr)
ID MONEY COUNT_BUY COUNT_LOGIN SEX OPTION
1 9 69.310 15 6 1 41
2 80 6.850 11 17 0 28
(省略)
166 88 6.800 1 15 0 27
パッケージの読み込み
データベース接続の準備
接続とSQLの実⾏

• ワークショップ、セッション、および資料は、IBMまたはセッション発表者によって準備され、それぞれ独⾃の⾒解を反映したものです。それらは情報提供の⽬的のみで提供されており、いかなる参加者に対しても法律的ま
たはその他の指導や助⾔を意図したものではなく、またそのような結果を⽣むものでもありません。本講演資料に含まれている情報については、完全性と正確性を期するよう努⼒しましたが、「現状のまま」提供され、明
⽰または暗⽰にかかわらずいかなる保証も伴わないものとします。本講演資料またはその他の資料の使⽤によって、あるいはその他の関連によって、いかなる損害が⽣じた場合も、IBMは責任を負わないものとします。本
講演資料に含まれている内容は、IBMまたはそのサプライヤーやライセンス交付者からいかなる保証または表明を引きだすことを意図したものでも、IBMソフトウェアの使⽤を規定する適⽤ライセンス契約の条項を変更する
ことを意図したものでもなく、またそのような結果を⽣むものでもありません。
• 本講演資料でIBM製品、プログラム、またはサービスに⾔及していても、IBMが営業活動を⾏っているすべての国でそれらが使⽤可能であることを暗⽰するものではありません。本講演資料で⾔及している製品リリース⽇付
や製品機能は、市場機会またはその他の要因に基づいてIBM独⾃の決定権をもっていつでも変更できるものとし、いかなる⽅法においても将来の製品または機能が使⽤可能になると確約することを意図したものではありませ
ん。本講演資料に含まれている内容は、参加者が開始する活動によって特定の販売、売上⾼の向上、またはその他の結果が⽣じると述べる、または暗⽰することを意図したものでも、またそのような結果を⽣むものでもあ
りません。パフォーマンスは、管理された環境において標準的なIBMベンチマークを使⽤した測定と予測に基づいています。ユーザーーが経験する実際のスループットやパフォーマンスは、ユーザーーのジョブ・ストリー
ムにおけるマルチプログラミングの量、⼊出⼒構成、ストレージ構成、および処理されるワークロードなどの考慮事項を含む、数多くの要因に応じて変化します。したがって、個々のユーザーーがここで述べられているも
のと同様の結果を得られると確約するものではありません。
• 記述されているすべてのお客様事例は、それらのお客様がどのようにIBM製品を使⽤したか、またそれらのお客様が達成した結果の実例として⽰されたものです。実際の環境コストおよびパフォーマンス特性は、お客様ごと
に異なる場合があります。
• IBM、IBM ロゴ、ibm.com、[以下当該情報に関連し商標リスト中に掲載されたＩＢＭブランドやＩＢＭの製品名称があれば追加する]は、世界の多くの国で登録されたInternational Business Machines Corporationの商
標です。他の製品名およびサービス名等は、それぞれIBMまたは各社の商標である場合があります。現時点での IBM の商標リストについては、www.ibm.com/legal/copytrade.shtml をご覧ください。
• Adobe, Adobeロゴ, PostScript, PostScriptロゴは、Adobe Systems Incorporatedの⽶国およびその他の国における登録商標または商標です。
• IT Infrastructure LibraryはAXELOS Limitedの登録商標です。
• インテル, Intel, Intelロゴ, Intel Inside, Intel Insideロゴ, Centrino, Intel Centrinoロゴ, Celeron, Xeon, Intel SpeedStep, Itanium, およびPentium は Intel Corporationまたは⼦会社の⽶国およびその他の国における
商標または登録商標です。
• Linuxは、Linus Torvaldsの⽶国およびその他の国における登録商標です。
• PowerLinux is a trademark of International Business Machines Corp. The registered trademark Linux is used pursuant to a sublicense from LMI, the exclusive licensee of Linus Torvalds, owner of the mark
on a world-wide basis.
• Microsoft, Windows, Windows NT および Windowsロゴは Microsoft Corporationの⽶国およびその他の国における商標です。
• ITILはAXELOS Limitedの登録商標です。
• UNIXはThe Open Groupの⽶国およびその他の国における登録商標です。
• Cell Broadband Engineは、Sony Computer Entertainment, Inc.の⽶国およびその他の国における商標であり、同社の許諾を受けて使⽤しています。
• JavaおよびすべてのJava関連の商標およびロゴは Oracleやその関連会社の⽶国およびその他の国における商標または登録商標です。
• Linear Tape-Open, LTO, LTOロゴ, UltriumおよびUltriumロゴは、HP, IBM Corp.およびQuantumの⽶国およびその他の国における商標です。
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