Sistem pengelolaan sampah di Kota Muntilan cukup sistematis, dengan pemilahan sampah di rumah oleh masyarakat berdasarkan jenisnya. Sampah daur ulang diangkut ke bank sampah dan dijual, sedangkan sampah umum dikumpulkan di TPS sebelum dibawa ke TPA. Bank sampah dikelola masyarakat sedangkan TPS dikelola pemerintah. Rencana pengelolaan sampah Muntilan sampai 2035 meliputi penambahan sarana T