Ekosistem terumbu karang dan padang lamun merupakan sumber daya alam penting di Indonesia yang memiliki peran ekologis dan ekonomi. Namun, ekosistem ini terancam kerusakan akibat aktivitas manusia seperti penangkapan ikan berlebih dan pengeboman serta faktor alam seperti pemanasan global. Upaya pelestarian sedang dilakukan melalui regulasi hukum dan rehabilitasi ekosistem.