1. Arthtropod-Borne Flaviruses
Tes molekul telah digunakan untuk mendeteksi dan mengkarakterisasi urutan virus
RNA arthtropod borne dari virus yang terisolasi dalam kultur dan langsung dari spesimen
yang terinfeksi seperti: nyamuk, burung dan manusia. Tes yang digunakan dalam program
pengawasan vektor dan reservoir semakin meningkat untuk tujuan diagnostik.
Strategi molekular
Berbagai uji molekul yang berbeda telah dikembangkan dari virus west nile ensefalitis
(WNI) dan virus St. Louis ensefalitis (SLE) berdasarkan RT-PCR konvensional, TaqMan
RT-PCR dan NASBA dengan molekul beacon. Tes ini juga menggunakan berbagai primer
dan probe berbeda. Meskipun amplifikasi strategi dan target berbeda, semua uji muncul untuk
mendapatkan sensitivitas analitis yang sama dan sensitivitas untuk mendeteksi urutan virus
dalam spesimen klinis yang sama. Tes ini tidak menunjukkan reaktivitas silang dengan virus
lain yang berkaitan.
Beberapa RT-PCR memiliki jarak yang lebih luas, yang telah dikembangkan untuk
penghancuran semua flaviviruses atau mosquito-borne. Sensitivitas dan spesifisitas primers
pada genus berbeda dari flavivirus spesifik telah dievaluasi, dan hasil terbaik diperoleh dari
pasangan primer cFD2-MA, yang dimana gen target NS5 sangat dilestarikan. Jenis tertentu
flavivirus dapat ditentukan dengan menggunakan probe jenis khusus atau sekuensing
langsung dari amplicon ditambah dengan analisa filogenetik. Pendekatan ini sudah baik untuk
identifikasi virus yang terisolasi dalam budaya tetapi belum dievaluasi secara ketat untuk
dideteksi langsung dan diidentifikasi dari flaviviruses dalam spesimen klinis.

2. Aplikasi Klinis
Respon yang tepat untuk kesehatan masyarakat untuk virus epidemi SLE dan WN
yang mirip dan melibatkan pendidikan masyarakat dan program pengendalian nyamuk.
Implementasi waktu dari campur tangan ini adalah penting untuk mengurangi resiko untuk
manusia. Oleh karena itu, pengawasan program virus SLE dan WN harus dapat dengan cepat
mendeteksi virus ini di dalam nyamuk dan, dalam kasus virus WN, dalam burung mati.
Secara tradisional, isolasi dan identifikasi virus oleh uji IF jika telah digunakan, tetapi metode
ini mungkin memerlukan lebih dari 1 minggu untuk penyelesaian. Beberapa asam nukleat
didasarkan uji untuk deteksi cepat dari virus WN dan SLE pada nyamuk dari kolam renang
dan jaringan pada burung yang telah dijelaskan. Dalam pengaturan diagnostik laboratorium,
IgM menangkap assay dan IgG ELISA adalah sarana utama manusia yang tinfereksi dengan
virus SLE dan W yang telah didiagnosis. Namun, karena hubungan antigen sangat dekat, uji
ini tidak bisa membedakan antara dua virus. Konfirmasi dari jenis virus yang menginfeksi
hanya mungkin melalui empat kali lipat deteksi atau peningkatan besar virus tertentu yang
menetralisir titer antibodi CSF atau serum dengan melakukan uji netralisasi pengurangan plak
dengan beberapa flaviviruses. Isolasi virus dari CSF atau serum adalah prosedur yang
biasanya rendah hasilnya karena tingkatan virus yang rendah di CSF dan viremia yang
pendek umurnya. Beberapa peneliti yang baru-baru ini menggambarkan asam nukleat
berbasis pengujian untuk mendeteksi virus ini pada spesimen klinis manusia dengan
sensitivitas yang lebih unggul daripada kultur virus, menyarankan bahwa tes ini memegang
harapan untuk diagnosis infeksi pada manusia.
Tes dasar asam nukleat telah membuka bab baru pada diagnostik arbovirus. Meskipun
sejumlah asam nukleat yang berbeda berdasarkan tes untuk flaviviruses telah dijelaskan
dalam literatur, tak satu pun diuji ketat dengan sejumlah besar spesimen klinis, dan sebagai
akibatnya, dapat didefinisikan oleh karakteristik kinerja yang tidak memadai. Namun, data

3. yang tersedia menunjukkan bahwa tes ini akan menjadi tambahan yang berarti dan berguna
untuk pengujian serologi dan isolasi virus sebagai bagian dari diagnostik pendekatan
komprehensif untuk infeksi flavivirus. Keprihatinan tentang penularan virus WN oleh
transfusi darah mendorong palang merah amerika untuk memulai tes skrining penelitian asam
nukleat untuk virus WN RNA pada 29 juni 2003. Sebuah uji berbasis TMA telah
dikembangkan untuk tujuan ini oleh Gen Probe, San Diego, Calif. Ini adalah TV-1/HCV
NAT, dan tes virus WN juga dilakukan pada 16 kolam yang sama. CDC memperkirakan
bahwa pendonor darah positif WNV 384 dapat dilihat selama tahun 2003 pada musim
nyamuk.