aCGH “Array comparative hybridization”

1. aCGH “Array
comparative
hybridization”
MIKEL TXOPIEA ELORRIAGA
ANDER CASTANDER OLARIETA

2. AURKIBIDEA
1. Zer da?
2. Zertarako da?
1. Zer detektatzeko erabiltzen da
2. Erabilera klinikoa
3. Orain arte erabilitako tekniken mugak
4. Metodologia
1. Prestakuntza pausuak eta DNAren liseriketa
2. DNA zatien markaketa
3. Hibridazioa DNA mikrotxipekin
4. Emaitzen irudikapena eta interpretazioa
5. Abantailak eta desabantailak

3. 1-ZER DA?
 CNVen (“genomic copy number variations”) detekzioa
 Bereizmen handiko teknika

4. 2-ZERTARAKO DA?
 2.1-Zer detektatzeko erabiltzen da?
-Aldaketa genetiko desorekatuak (delekzioak eta duplikazioak)

5.  2.2-Erabilera klinikoak
-Jaio aurretiko eta osteko diagnostikorako (atzerapen mentala,
autismoa…)
-Minbiziaren azterketa

6. 3-ORAIN ARTE ERABILITAKO
TEKNIKEN MUGAK
-Kariotipoaren azterketa (>4 Mb)

7. FISH:
Denbora asko
Mutazioaren kokapenaren aldez aurretiko ezagutza

8. -CGH
Bereizmen baxua
Prozedura konplexua

9. 4-METODOLOGIA
4.1-Prestakuntza pausuak eta DNAren liseriketa
 Aztertu nahi den DNA-ren erauzketa
 DNA-ren kuantifikazioa eta kalitatearen konprobaketa
Espektofotometria
 DNA liseriketa
Kalitate kontrola(elektroforesia)
Mikrotxipeko fragmentuekin hibridatzea erraztu
 DNA-ren anplifikazioa (behar izatekotan)
GenomiPhi
Alu I
Rsa I
Alu I
Rsa I

10. 4.2-DNA zatien markaketa
Tindaketa fluoreszentea
 Aztergai dugun DNA: Cy3 tindatzaile fluoreszentea
 DNA kontrola: Cy5 tindatzaile fluoreszentea
Garbiketa/purifikazioa

11. 4.3-Hibridazioa DNA mikrotxipekin
Hibridazio ez-espezifikoaren blokeoa
 Cot-1 DNA
DNA-ren prezipitazioa
DNA-ren desnaturalizazioa
Inkubaketa
Hibridazio konpetitboa mikrotxipean
Garbiketa

12. 4.4-Emaitzen interpretazioa eta irudikapena
Fluoreszentzia eskaner azterketa
Programa informatikoen bidezko interpretazioa

15. 5.-Abantailak
 Bereizmen handia
 Automatizaziorako aukera
 Genoma osoaren azterketa
 Zelulen hazkuntzarik ez
 Denbora murriztea
• Translokazio eta inbertsioak ez
• Poliploidien azterketarik ez
• Desoreka genetikoaren kausak
zehaztugabe
• Mosaizismoaren predikzioan mugak
• CNV-en esangura klinikoa?
6.-Desabantailak