SNOMED CT Patologia 2019 -projektin suunnitelman esittely. Suunnitelmien katselmointi ja keskustelu rajauksista, tavoitteista, konkreettisista tuotoksista ja työsuunnitelmista. Paula Kujala, THL ja Pekka Laurila, HUSLAB SNOMED CT 2019 -seminaari työpaja 1 (29.3.2019)

1. SNOMED CT Patologian
työpaja
SNOMED CT Seminaari 2019
29.3.2019
Esa-Matti Tolppanen

2. SNOMED CT soveltamisesta ja LIMS
tietorakenteista
▪ Jaeltava määritysaineisto
– Perusaineisto syntyy laatimalla yhteinen lista T, M ja D luokista + mappaamalla nämä luokat SNOMED CT:hen
– TMD –luokille generoidaan InputID, joka pääsääntöisesti ensimmäiseltä 5 merkiltään = SNOMED-2 virallinen versio.
Paitsi maligniteettien osalta ICDO-O-3.
– Tavoitteena on, että NHS Histopathology T ja M subsetteja voisi käyttää myös tarvittaessa tarkennuksina…
(generoidaanko kaikille NHS määrityksille InputID käyttäen esim. lisänumeroita)?
– MOASE_2017_master_demo.xlsx esimerkkinä NHS kasvaimet – lisäksi tarpeellisia ”lisätauluja” – vaikkapa hierarkiat ja
disorder → topografia/morfolgia, SNOMED CT ID maligniteetit (Suomen Syöpärekisterin ilmoituksia varten).
▪ Pohdintaa LIMS tietokantarakenteesta:
– Tarvitaanko loogisesti eri asioille omat kentät? Miten hoidetaan ”etu-” ja ”takaliitteet”?
– Omat kentät: Finding site (ent. topografia), Morphologic abnormality (ent. morfologia), Finding (ei vanhassa, osittain
morfologiassa / osittain ”taulukkotietoja”?), Disorder (Disease), Specimen (ei käytössä ennestään, näytteen tieto osittain
mukana topografia-kentässä?) ja Laterality (puolisuus, on attribuutti SNOMED CT ”komponenteissa”)
▪ Lisäksi specimen tiedot sytologiassa: ohutneulabiopsia/virtsa/peritoneaali- ja pleuraneste jne, morfologia: löydös koodattuna ’morphologic
abnormality’.
– Jos sallitaan Disorder-tiedon syöttö (todennäköisesti pitää sallia) niin käyttöliittymässä voidaan käyttää SNOMED CT
järjestelmän tuottamaa tietoa miten koodi jakautuu T ja M –kenttiin.
▪ Esimerkiksi disorder muotoisten NHS:n maligniteettien mappaus T:ksi ja M:ksi
2

3. SNOMED CT käytön pohdintaa
▪ Käytetään vanhaan tapaan antamalla topografia ja morfologia –tiedot, esimerkkinä
on ihomelanooma (päänahan ihomelanooma)
▪ Topografian voi antaa InputID:lla T0200000 = Skin, NOS tai tarkemmin T0210200 =
Skin of Scalp tai (mahdollisesti jos niin päätetään) vielä tarkemmin: 181486008
Occipital region of scalp, jolle voitaisiin tarvittaessa generoida suomalaista käyttöä
varten InputID T02102.05 (tai jotakin vastaavaa)
▪ Tietokantaan tallentuu myös InputID:ta vastaava SNOMED CT koodi joka
tapauksessa (varustettuna tiedolla että tämä tieto on syötetty primaaristi.
▪ Toinen optio toteutuksessa voi sellainen, että käyttäjä hakee tekstihaulla primaaristi
käsitettä SNOMED CT termeistä, sitä vastaava SNOMED CT ID talletetaan ao
kenttään ja käyttöliittymä hakee myös SNOMED koodia vastaavan InputID:n jotta
tämäkin kenttä saa arvon
3

4. SNOMED CT käyttöä havainnollistavan esimerkin
läpikäynti
▪ Morfologia pitkälle samalla tavalla. Karkeasti Maligni melanoma NOS M8720300 → SCTID
372156000 tai tarkemmin Superficial spreading melanoma M87433 → SCTID 55320002.
29.3.2019 4

5. Poiminnat Suomen syöpärekisteriin
▪ Suomen syöpärekisterin (SSR) määrittelemä osajoukko, mitkä näytteet raportoidaan
rekisterille
– Pohjana oma nykyinen lista?
– Pohjana voi olla myös NHS:n tuottama lista syöpädiagnooseista?
– Joka tapauksessa tarvitaan SCT ID tunnusten luettelosta, joista tiedot siirretään SSR:iin
▪ SSR ylläpitää Koodistopalveluun tätä osajoukkoa
▪ SSR ilmoitusosajoukko on mukana jakelussa Koodistopalvelu – sairaaloiden LIMS
5

6. Miten poiminnat / tilastoraportointi /
tietoallasliittymät?
▪ Raportointia varten SNOMED CT aineistot (tai THL:n tuottamat lisäaineistot, jossa
tietoa on jo prosessoitu käyttövalmiimpaan muotoon), kts vaikkapa topografia –
hierarkia tai edellä olevat ”parent” aineistot (josta tämä esimerkki on tehty)
▪ SNOMED CT määrittelytietokanta sopivassa muodossa käytössä LIMS järjestelmissä
– Tiedon syöttötoimintoihin ja hakuihin/poimintoihin/ LIMS perusraportointiin todennäköisesti
riittää muutama tiedosto toimintoihin tarvittavien taustarekisterien muodostamiseen. LISÄÄ
esimerkki miltä näyttää SNOMED CT patologia määrittelytiedosto… (SNOMED CT ID, FSN,
(mahdollinen) suomenkielinen ensisijainen termi, InputID, Aktiivinen/ei-aktiivinen,
<päivämäärä, jolloin voimaan>, päivämäärä, jolloin pois käytöstä>, <muuta metatietoa>
▪ Tietoallasliittymiin mukaan aina TMD (ja mahdollisesti muihinkin) kenttiin sekä
InputID että SNOMED CT käsitetunnus. Tietoaltaassa SNOMED CT hyödyntäminen
on sitten vielä oma kysymyksensä…
6

7. Mistä varsinaiset aineistot saa käyttöönsä?
▪ Suunnittelu yms. käyttöön browser.ihtsdotools.org selaimen tuottama tieto riittää
pitkälle, mutta vaativampaan kehittämistyöhön voi olla tarpeen ottaa käyttöön
paikallisesti SNOMED CT määrittelyaineisto – helpottaa määrittelytyötä Patologian
projektin kokemusten mukaan
▪ SNOMED CT määrittelyaineisto relaatiokantaan
– Ensin liitännäissopimus/-jäsenyys, haetaan mlds-palvelimen kautta
– Aineistot saa käyttöönsä mlds-palvelimelta kun käyttäjätunnus on kunnossa
– Määrittelyaineisto on käytännössä joukko SNOMED CT lataustiedostoja (csv-muodossa)
– Valmiit perl ja SQL –skriptit on saatavissa Githubista, esim. MySQL kantaa varten skriptit ja
dokumentaatio: https://github.com/rorydavidson/SNOMED-CT-Database/tree/master/mysql-
loader-with-optimized-views
– (Eri tietokantaversioille on olemassa vastaavat sivut, mutta näyttävät olevan ilman MySQL
sivuilta löytyviä “optimoituja näkymiä”, ei tarkistettu)
7

8. Kiitokset!