Dokumen ini membahas tentang protein dan pemodelan homologi protein. Protein adalah senyawa organik yang terbentuk dari asam amino dan memiliki berbagai struktur mulai dari primer, sekunder, tersier, hingga kuarterner. Database protein seperti Protein Data Bank menyimpan data struktur protein eksperimental namun jumlahnya masih sangat kecil dibanding jumlah sekuen protein. Oleh karena itu, metode komputasi seperti pemodelan homologi digunakan untuk memp

1. Protein
Modelling
Materi Lab Bioinformatika 2020
Pertemuan ke-5

2. Pengertian
Protein
Database
Protein
Struktur
Protein
Homology
Modelling
02
01
04
03
TABLE OF CONTENTS

3. Apa itu
Protein
?
Protein adalah senyawa organik yang terbentuk dari asam amino
yang disusun dalam sebuah rangkaian linear dan dibungkus ke
dalam sebuah bentuk melingkar. Protein berfungsi sebagai zat
pembangun dan pengatur bagi tubuh. Protein merupakan
rangkaian polimer yang terdiri dari 20 jenis asam amino yang
berbeda. Susunan asam amino dalam sebuah protein disebut juga
dengan sekuen dari sebuah gen yang dituliskan ke dalam kode
genetik. Sebuah individual asam amino disebut juga dengan
residu.

4. merupakan polipeptida yang
menunjukkan urutan asam amino
penyusunnya.
Struktur Primer
Protein
menggambarkan struktur primer dan
ikatan hidrogen antar residu asam
amino yang berdekatan dan
membentuk struktur α-helix dan β-helix.
Struktur ini terbentuk dari interaksi
berbagai struktur sekunder yang
berbeda dan membentuk folding dengan
bentuk struktur yang paling stabil.
merupakan struktur tiga dimensi dari
beberapa subunit protein yang saling
terikat satu sama lain.
Struktur
Sekunder Protein
Struktur Tersier
Protein (3D)
Struktur
Kuarterner Protein
Struktur
Protein

5. Gambar Struktur Protein
PRIMER SEKUNDER TERSIER (3D) KUARTENER

6. Database
Protein
Protein Data Bank (PDB) didirikan pada tahun 1971 untuk
menyediakan repositori untuk data struktur tiga dimensi (3-D)
makromolekul biologis yang telah ditentukan secara eksperimental.
Dari sekitar 2 juta sekuen protein pada database Swissprot dan
TrEMBL, hanya sekitar 30.000 protein yang strukturnya telah
ditentukan secara eksperimental atau uji laboratorium (Gupta et al.,
2016).
Meskipun tingkat penentuan struktur protein secara eksperimental
akan terus meningkat, namun jumlah sekuen protein yang baru
ditemukan tumbuh jauh lebih cepat dibandingkan dengan jumlah
struktur yang berhasil ditentukan. Karena penentuan struktur secara
eksperimental hanya dapat dilakukan pada sebagian kecil dari
sekuen protein, metode komputasi untuk pemodelan struktur protein
memainkan peran yang sangat penting dalam menghasilkan model
yang cocok untuk digunakan dalam berbagai bidang maupun
aplikasi.

7. Homology
Modeling
Di antara semua molekul biologis, protein dianggap sebagai molekul
yang paling kompleks dan untuk memahami struktur serta fungsinya
merupakan hal yang sangat sulit, hal ini dikarenakan penelitian
laboratorium untuk mengetahui struktur tiga dimensi dari protein
memerlukan alat yang canggih, waktu yang lama, dan biaya yang
terbilang cukup besar, sehingga digunakan metode teoritis untuk
menentukan struktur tiga dimensi protein dari sekuen protein, salah
satunya adalah dengan metode homology modeling.
Comparative modeling/Homology modeling merupakan salah satu
metode yang dapat digunakan untuk memprediksi struktur tiga
dimensi protein yang memiliki tingkat kesulitan komputasi yang
relatif mudah dan waktu pengerjaan yang relatif cepat.
Pada metode pemodelan homologi struktur suatu protein akan
ditentukan berdasarkan struktur protein lain yang telah diketahui
dan memiliki kemiripan sekuen dengan protein target.

8. Terimakasih