1. USA:
Livingston, NJ
Europe:
Barcelona, Spain
Oxford, UK
Hamburg, Germany
Asia:
Kobe, Japan
South America:
Lima, Peru
VALIDATION OF MICROARRAY CGH
FOR PGD BY FISH REANALYSIS
Santiago Munné, Cristina Gutierrez-Mateo,
Jorge Sanchez-Garcia, Kelly Ketterson, Renata
Prates, Daniel Kenigsberg
Reprogenetics, Livingston, NJ; Long Island IVF, Melville, NY

2. DDiiffffeerreenntt ssttrraatteeggiieess ffoorr
AAnnaallyyzziinngg aallll cchhrroommoossoommeess
• CCoonnvveerrssiioonn
• SSeeqquueennttiiaall FFIISSHH wwiitthh 2244 pprroobbeess
• CCoommppaarraattiivvee GGeennoommee HHyybbrriiddiizzaattiioonn ((CCGGHH))
• SSiinnggllee NNuucclleeoottiiddee PPoollyymmoorrpphhiissmm ((SSNNPP)) aarrrraayy
• AArrrraayy CCGGHH ((aaCCGGHH))

3. CCoommppaarraattiivvee GGeennoommee
HHyybbrriiddiizzaattiioonn ((CCGGHH))
TTeesstt DDNNAA NNoorrmmaall DDNNAA
NNoorrmmaall TTrriissoommyy MMoonnoossoommyy
Kallioniemi et al. (1992), applied to single cells by Wells et al. (1999)

4. CCGGHH oonn bbllaassttooccyysstt bbiiooppssiieess::
RReessuullttss
DDiissaaddvvaannttaaggee:: ttiimmee--ccoonnssuummiinngg
rreeqquuiirriinngg eemmbbrryyoo ffrreeeezziinngg..
IInnddiiccaattiioonn:: bbllaassttooccyysstt bbiiooppssyy
• >>330000 ccaasseess ddoonnee
• bbllaassttooccyyssttss aannaallyyzzaabbllee:: 9944%%
• NNoorrmmaall bbllaassttooccyyssttss:: 5522%%
• 110000%% ssuurrvviivvaall aafftteerr ffrreeeezzee//tthhaaww
SScchhoooollccrraafftt eett aall.. (iinn pprreessss)

5. CCGGHH oonn bbllaassttooccyysstt bbiiooppssiieess::
PPrreelliimmiinnaarryy cclliinniiccaall rreessuullttss
CCyycclleess MMaatt.. PPrreevv.. eemmbbrryyooss iimmppllaannttaattiioonn
aaggee ffaaiilleedd rreeppllaacceedd ((++ ssaacc))
ccyycclleess
CCGGHH :: 4455 3377..77 22..44 22..00 7722%%
ccoonnttrrooll :: 111133 3377..11 11..22 22..77 4466%%
pp<<00..00000011
SScchhoooollccrraafftt eett aall.. (iinn pprreessss)

6. VVaalliiddaattiioonn ooff aaCCGGHH

7. CCGGHH--bbaasseedd DDNNAA
MMiiccrrooaarrrraayy ((aaCCGGHH))
Test
DNA
Normal
DNA
2700 probes
Same band resolution as karyotype

8. aaCCGGHH aaddvvaannttaaggeess
• RReessuullttss iinn 2244 hhoouurrss;; aalllloowwss ffoorr PPBB oorr ddaayy 33 bbiiooppssyy
• PPaarreennttaall DDNNAA nnoott rreeqquuiirreedd:: aadd hhoocc ddeecciissiioonnss ppoossssiibbllee
• DDeetteeccttss ttrriissoommyy oorriiggiinnaattiinngg ffrroomm mmiittoottiicc eerrrroorrss oorr MMIIII
mmeeiioottiicc eerrrroorrss wwiitthhoouutt ccrroossssiinngg--oovveerr ((SSNNPP aarrrraayy mmaayy nnoott))..

9. 46,XX

10. 47,XX+2

11. 44,XX-9-17

12. DDeetteeccttiioonn ooff aabbnnoorrmmaalliittiieess::
aaCCGGHH ddeetteecctteedd 5500%% mmoorree aabbnnoorrmmaalliittiieess tthhaann FFIISSHH--1122 aanndd 2200%%
mmoorree aabbnnoorrmmaall eemmbbrryyooss ((CCoollllss eett aall.. 22000099))
46,XY-10 +16
aaCCGGHH vvss FFIISSHH--1122
Detectable by FISH

13. aaCCGGHH vvaalliiddaattiioonn:: nnoo rreessuullttss
• OOlldd11 aarrrraayy::
EEmmbbrryyooss uunnddiiaaggnnoosseedd ((bbiiooppssyy ddaayy 55)):: 5500%% ((nn==3300))
• NNeeww22 aarrrraayy,, oolldd33 aammpplliiffiiccaattiioonn::
EEmmbbrryyooss uunnddiiaaggnnoosseedd ((bbiiooppssyy ddaayy 33)):: 1122%% ((nn==116633))
• NNeeww22 aarrrraayy,, NNeeww44 aammpplliiffiiccaattiioonn::
EEmmbbrryyooss uunnddiiaaggnnoosseedd ((bbiiooppssyy ddaayy 33)):: 00%% ((nn==7733))
EEmmbbrryyooss uunnddiiaaggnnoosseedd ((bbiiooppssyy ddaayy 55)):: 00%% ((nn==1166))
1: Undisclosed; 2: Bluegnome; 3: Genomplex, Sigma; 4: Sureplex, Bluegnome

14. aaCCGGHH vvaalliiddaattiioonn:: eerrrroorr rraattee
• VVaalliiddaattiioonn mmeetthhoodd:: RReeaannaallyyssiiss ooff tthhee rreesstt ooff tthhee eemmbbrryyoo
bbyy FFIISSHH wwiitthh 1122 cchhrroommoossoommeess pplluuss tthhoossee ffoouunndd aabbnnoorrmmaall
bbyy aaCCGGHH
• EErrrroorr rraattee ((bbiiooppssyy ddaayy 33)):: 66%% ((ssaammee aass eexxppeecctteedd bbyy
mmoossaaiicciissmm)),, bbiiooppssyy dd55 ssttiillll nn//aa

15. aaCCGGHH rreessuullttss oonn ddaayy 33:: vvaalliiddaattiioonn ddaattaa
CCeellllss ffrroomm tthhee ssaammee eemmbbrryyoo::
XXOO,, ++22,, --44pp,, ++1111,, --1133,, --1188,, --2222
XXXX,, --22,, --44pp,, ++44qq3311,, --1133,, --1188,, --2222
XXXXXX,, ++22,, --44pp,, --44qq3311,, ++1111,, --1133,, --1188,, --2222
XXOO,, ++22,, ++44pp,, --44qq3311,, --1111,, --1133,, --1188,, --2222
Who said
mosaicism
was a FISH
artifact?

16. CCoommppaarriissoonn ooff ppllaattffoorrmmss
FFIISSHH CCGGHH aarrrraayy SSNNPP
1122 CCGGHH aarrrraayyss
pprroobbeess qquuaanntt..//qquuaall..
DDaayy 33 bbiiooppssyy// ddaayy 55 rreessuullttss yyeess nnoo yyeess yyeess
PPaarreennttaall DDNNAA nneeeeddeedd nnoo nnoo nnoo yyeess
DDeetteecctt ggeennee ddeeffeeccttss nnoo nnoo nnoo yyeess
DDeetteecctt ppoollyyppllooiiddyy ((eerrrroorrss)) yyeess 00..22%% 00..22%% yyeess
DDeetteecctt MMIIII ttrriissoommiieess ww//oo ccrroossssoovveerr yyeess yyeess yyeess yyeess // nnoo
DDeetteecctt mmiittoottiicc ttrriissoommiieess ((eerrrroorrss)) yyeess yyeess yyeess yyeess // 33..44%%
EErrrroorr rraattee 77%% 88%% 66%% uunnkk
NNoo RReessuullttss RRaattee 33%% 66%% 00%% uunnkk
IInnccrreeaasseedd iimmppllaannttaattiioonn rraattee ++ ++ ++ ++ uunnkk uunnkk
RReepprrooggeenneettiiccss ddaattaa..

17. CCoonncclluussiioonnss:: ccoommpprreehheennssiivvee
cchhrroommoossoommee aannaallyyssiiss
- BBllaassttooccyysstt bbiiooppssyy ++ CCGGHH ++ vviittrriiffiiccaattiioonn sshhoowwss vveerryy
hhiigghh iimmppllaannttaattiioonn rraatteess ((7722%%,, aavv.. AAggee 3388))..
- AArrrraayy CCGGHH mmoosstt lliikkeellyy wwiillll pprroodduuccee ssiimmiillaarr bbeenneeffiittss iinn
tthhaatt ccoommbbiinnaattiioonn
- AArrrraayy CCGGHH aanndd ddaayy 33 bbiiooppssyy ((ddaayy 55 rreessuullttss)) wwiillll ddeetteecctt
2200%% mmoorree aabbnnoorrmmaall eemmbbrryyooss tthhaann FFIISSHH--1122 pprroobbeess
- AAddddiittiioonnaall vviittiirriiffccaattiioonn sstteepp mmaayy ssttiillll bbee aaddvvaannttaaggeeoouuss

18. SSaannttiiaaggoo MMuunnnnéé,, PPhhDD,, DDiirreeccttoorr
JJaaccqquueess CCoohheenn,, PPhhDD,, DDiirreeccttoorr
PPeerree CCoollllss,, PPhhDD
DDaaggaann WWeellllss,, PPhhDD
TToommaass EEssccuuddeerroo,, MMSS
KKeellllyy KKeetttteerrssoonn,, MMSS
UUSSAA
JJiillll FFiisscchheerr,, MMSS
JJoohhnn ZZhheenngg,, MMDD
GGeeoorrggee PPiieecczzeenniikk,, PPhhDD
CCrriissttiinnaa GGuuttiieerrrreezz,, PPhhDD
PPiieeddaadd GGaarrzzoonn
JJoorrggee SSaanncchheezz,, MMSS
TTiimm SScchhiimmmmeell,, BBSS
SSaasshhaa SSaaddoowwyy,, BBSS
SSoopphhiiaa TToorrmmaassii,, BBSS
JJeessssiiccaa VVeeggaa,, MMSS
NN--nneekkaa EEsspprriitt--NNggaacchhoouu,, BBSS
LLaauurriiee FFeerrrraarraa
RReennaattaa PPrraatteess,, BBSS
BBeekkkkaa SSeelllloonn--WWrriigghhtt
mmuunnnnee@@rreepprrooggeenneettiiccss..ccoomm
wwwwww..rreepprrooggeenneettiiccss..ccoomm
SSppaaiinn
MMiirreeiiaa SSaannddaalliinnaass,, MMSS
CCaarrlleess GGiimméénneezz,, PPhhDD
CCééssaarr AArrjjoonnaa,, MMSS
AAnnaa JJiimméénneezz,, PPhhDD
EElleennaa GGaarrcciiaa,, MMSS
JJaappaann
TTeettssuuoo OOttaannii,, MMDD
MMuurriieell RRoocchhee
MMiihhoo MMiizzuuiikkee
UUKK
DDaaggaann WWeellllss,, PPhhDD
EEllppiiddaa FFrraaggoouullii,, PPhhDD
SSaammeerr AAllffaarraawwaattii,, MMSS
SSoouutthh AAmmeerriiccaa
PPaauull LLooppeezz,, BBSS
LLuuiiss AAllbbeerrttoo GGuuzzmmaann,, BBSS
FFrraanncciissccoo PPaarreerraa,, PPhhDD
GGeerrmmaannyy
KKaarrsstteenn HHeelldd,, MMDD

19. aaCCGGHH,, CCGGHH ccaannnnoott ddeetteecctt ppoollyyppllooiiddyy
9911,,007700 eemmbbrryyooss aannaallyyzzeedd bbyy FFIISSHH wwiitthh 99--1122 pprroobbeess::
PPoollyyppllooiidd oorr hhaappllooiidd:: 77..77%%
-- pplluuss aanneeuuppllooiiddyy:: 55..99%% ((ddeetteeccttaabbllee bbyy aaCCGGHH))
-- nnoo ootthheerr aabbnnoorrmmaalliittiieess:: 11..88%% ((nnoott ddeetteeccttaabbllee bbyy aaCCGGHH))
-- AArrrreesstteedd oorr ddyyssmmoorrpphhiicc:: 11..66%% ((uunnlliikkeellyy rreeppllaacceedd))
-- GGoooodd mmoorrpphhoollooggyy:: 00..22%% ((rriisskk ooff mmiissddiiaaggnnoossiiss))

20. SSNNPP aarrrraayyss mmaayy nnoott ddeetteecctt mmiittoottiicc ttrriissoommiieess
9911,,007700 eemmbbrryyooss aannaallyyzzeedd bbyy FFIISSHH wwiitthh 99--1122 pprroobbeess::
CCoommpplleexx aabbnnoorrmmaall mmoossaaiiccss:: 2266,,662244 ((2299%%))
-- wwiitthh oonnllyy ttrriissoommiieess:: 44,,002299
-- ooff mmiittoottiicc oorriiggiinn ((7766..22%%))**:: 33,,007700 ((33..44%% ppootteennttiiaall eerrrroorr))
** MMuunnnnee eett aall.. ((22000022))