Tahapan Program PPSP di Daerah terdiri dari 3 tahap utama yaitu kampanye, edukasi dan advokasi untuk menarik minat daerah peserta, penyusunan rencana strategis sanitasi, serta pelaksanaan dan pemantauan program. Tahap pertama melibatkan penjaringan minat daerah dan verifikasi surat minat oleh pemerintah provinsi dan pusat.