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Swc2013 yamamoto
- 1. 生命科学分野におけるデータベースの 統合化を目指したLODの構築 ライフサイエンス統合データベースセンター 山本泰智 ( @yayamamo ) 13年3月7日木曜日
- 2. ライフサイエンス統合データベースセンター 生命科学分野のデータベースを使い やすくするために 2007年4月に誕生 現在、2期目のプロジェクトを遂行 13年3月7日木曜日
- 3. 組織体系 文部科学省 情報・システ ム研究機構 大学共同利用機関法人 遺伝学研究所 DBCLS 情報学研究所 極地研 統計数理 新領域融合研 研究所 究センター We are here gpatague online porfolio DBCLS: ライフサイエンス統合データベースセンター 13年3月7日木曜日
- 4. 生物関連情報の多様性 © DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 © DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 CK-12 Foundation 13年3月7日木曜日
- 5. 生命科学研究の対象としてのヒト ヒトゲノム： 30億塩基対 遺伝子： 2万数千個 タンパク質 ：10万以上 SNP： 3千万個 その他の生体分子(糖鎖, 脂質, 低分子） X 細胞：200−300種類 疾患：7000 （遺伝子の関係するもの） =膨大 時間：発生, 発達, 概日周期, 老化 環境：生活習慣, 居住地 Ｘ 個人レベルの解析 BodyParts3D © DBCLS licensed under CC BY-SA 2.1 （数字は主にNCBIデータを参照） 13年3月7日木曜日
- 6. NCBI Taxonomy 4,000 biomedical journals Database indexed at NLM 1994 4 DBs GenBank SWISSPROT PIR EMBL PRF DDBJ PDB dbEST GenBank dbSTS EMBL LANL DDBJ Patent LANL Patent 3442 Nucleic Acids Research, 1994, Vol. 22, No. 17 37 DBs 2013 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery 13年3月7日木曜日
- 7. NAR Database Issue 1400 1380 1330 1300 1230 1200 1170 1078 1100 2008 2009 2010 2011 2012 Source: Oxford University Press 92 databases added every year 93 dullhunk 13年3月7日木曜日
- 8. 生命科学研究の新たな転換期 生命科学の情報爆発 仮説検証型からデータ駆動型の科学への転換 多種多様なデータの標準化が 13年3月7日木曜日
- 9. 日本のライフサイエンスDBの問題点 ● 複数主体によるバラバラのDB構築・管理 最適DBを見つける困難 利用法を把握する困難 信頼性を把握する困難 ● 大型プロジェクトの成果公開が不十分 DBを用いた研究が困難 13年3月7日木曜日
- 10. 多様なDBの統合化へ 第1段階 DBを網羅的に収集しメタデータを付与する 第2段階 DB毎にフォーマットと用語の統一を行う 第3段階 複数のDBを再構築し、使いやすいインターフェース にまとめあげる 山口敦子（ライフサイエンス統合データベースセンター）、片山俊明（東京大学医科学研究所） 13年3月7日木曜日
- 11.
- 12. セマンティックウェブ技術を用いた統合へ 各DBをRDFを用いて(再)構築 オントロジーを関連組織と意見交換しつつ開発 BioHackathon、SPARQLthon 繋がる分散DB空間の構築を目指す 13年3月7日木曜日
- 13. 略語DBや辞書のRDF化、LODへ 開発事例 下記言語資源について行った Allie: 生命科学分野の略語に関するDB LSD: 生命科学分野の日英対訳辞書* オントロジー構築とRDF化、DBpediaへのリンク付与 SPARQLエンドポイントの設置 * ライフサイエンス辞書プロジェクトによる編纂 13年3月7日木曜日
- 14. "特定病原体除去の"@ja allie:LongForm Abbreviation SPF "specific pathogen-free"@en rdfs:label rdf:type Long form rdfs:label specific pathogen-free http://purl.org/allie/id/longform/1528191 English allie:hasLongFormOf 特定病原体除去の Japanese http://purl.org/allie/id/pair/1547869 rdf:type allie:hasShortFormOf allie:EachPair http://purl.org/allie/id/pair/1547869 RDFデータの一部 rdfs:label rdf:type "SPF"@en allie:ShortForm 13年3月7日木曜日
- 15. 圧縮後ファイ トリプル数 ルサイズ Allie 2億1700万 1G程度 LSD 560万 39M UniProt (参考) 50億 - 13年3月7日木曜日
- 16. LOD構築にまつわる課題 URIの設計 既存オントロジーの検索と選択 既存オントロジーのライセンス 適切なデータモデルの選択 13年3月7日木曜日
- 17. RDFデータを構築し公開する際に 参考となる資料 http://patterns.dataincubator.org/book/ 13年3月7日木曜日
- 18.
- 19. LOD構築周辺 作る 置く 良いエディタ 良いレポジトリ 探す 使う 良い検索サービス 良いライセンス 13年3月7日木曜日
- 20. レポジトリ (トリプルストア) 現状 実装の未成熟 スケールしにくい 非効率なSPARQLクエリ処理 UTF8処理の不備 SPARQL1.1への未対応 頑健性を欠く動作 13年3月7日木曜日
- 21. BioHackathon / SPARQLthon 効率よく必要な開発を行うための集まり 関係者を一堂に集めて期間中に集中開発 BioHackathonは世界各地から開発者を招待 2013年は6月下旬にDBCLSにて開催 13年3月7日木曜日
- 22.
- 23. Knowledge LO D LO D LO D LO D Reduce LOD LOD Reuse Recycle BodyParts3D, © ライフサイエンス統合データベー スセンター licensed under CC表示 継承2.1 日本 13年3月7日木曜日
- 24.
- 25. 謝辞 川本祥子 JSTライフサイエンスデータベース統合推進事業 13年3月7日木曜日