トーゴーの日 2015にて紹介したD2RQ Mapperについてのポスターです。

1. トーゴーの日シンポジウム 2015
平成 27 年 10 月 5, 6 日 於 東京大学弥生講堂 一条ホール
Licensed under a Creative Commons 表示 2.1 日本 license (c)2015
山本 泰智、片山 俊明 (DBCLS)
○山本 泰智 ( @yayamamo / yy@dbcls.rois.ac.jp ) 片山 俊明 ( ktym@dbcls.rois.ac.jp )
情報・システム研究機構 (ROIS) ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
概要
関係データベースを効率的に RDF 化する D2RQ Mapper
生命科学分野における多くの関係データベースの存在
生命科学分野において、古くからのデータは依然として MySQL や PostgreSQL などの関係デー
タベース (RDB) に格納されていることも多い。
RDF を利用したデータを表現の興隆
再利用性をより高めるために Resource Description Framework (RDF) を利用してデータを表
現する活動が国内外で広まりつつある。
RDB と RDF を繋ぐ架け橋となるツール、D2RQ の存在
RDB の各行データを RDF として表現できれば、既存の RDB をそのままに、RDF データベース
としても利用可能にできる。これを実現するツールの一つとして D2RQ がある。
D2RQ 向けのルールファイルを記述する煩雑さ
RDB データを RDF 化するためのルール集を記述する必要があるが、D2RQ の記法が複雑なため
手作業で行うにはかなりの手間がかかる。
D2RQ Mapper の開発
我々はこのルール集を効率良く自動生成し編集できるウェブアプリ、D2RQ Mapper を開発して
いる。必要最小限のルールを自然に誤りなく記述できるサイトデザインとし、また、Docker イメー
ジとしても配布している。これにより、対象 RDB にアクセスできるマシンで容易に D2RQ
Mapper を立ち上げ、編集作業を進められる。
今後の予定
D2RQ
利用方法
D2RQ Mapper
http://d2rq.dbcls.jp/
アルバイト募集中です。勤務地は柏の葉キャンパス駅前。
@yayamamo / yy@dbcls.rois.ac.jp
までお願いします。
8
Poster
効率的に RDB のデータを RDF として表現可能にするために
RDB に SPARQL を用いて問合せ
RDB のデータにウェブを介して Linked Data としてアクセス
利用者の指定したルールに基づいて RDB のデータを RDF データベース ( トリプルストア ) に格
納可能な RDF データとしてダンプ
RDB のデータに Apach Jena API を用いてアクセス
D2RQ は RDB を RDF データセットとして参照可能にするためのツールであり、以下の事項を可
能とする。
SPARQL
クライアント
Linked Data
クライアント
ウェブ
ブラウザ
HTTP
Java
アプリケーション
トリプルストア
D2R
サーバー
SPARQL
RDF
HTML
D2RQ
エンジン
Jena/Sesame
RDF dump
D2R
マッピングファイル
RDB
http://d2rq.org/ より
D2RQ Mapper は D2R マッピングファイルを効率良く記述するためのウェブアプリ。D2RQ
Mapper を利用することで、以下の事項が可能になる。
ウェブインターフェースによる D2R マッピングファイル生成
必要最小限度の文字入力や対象の RDB を意識したフォーム生成による設定ファイルの誤り低減
D2RQ Mapper アプリの Docker イメージ提供によるイントラ内での RDB に対応
R2RML 形式でのマッピングファイル生成
D2R
サーバー
D2RQ
エンジン
D2R
マッピングファイル
RDB
D2RQ Mapper
サーバー
ウェブ
ブラウザ
HTTP
Docker イメージ
$ docker pull d2rqmapper/d2rq-mapper
$ docker run -d -p 80:80 d2rqmapper/d2rq-mapper
Docker ターミナルで以下のコマンドを実行する。
続いて Docker ターミナル起動時に表示されるアド
レスにウェブブラウザでアクセスすることでイント
ラネット内で運用されている RDB に対しても
D2RQ Mapper を利用可能。
現状では全ての D2R マッピング言語仕様に対応していないため、この問題に対応する。
同様に R2RML に対しても対応する。
マップ対象のオントロジーを参照しながら編集できるようなインターフェースを開発する。
http://d2rq.dbcls.jp/ にアクセスする。本アプ
リで利用者登録が行えるほか、Twitter もしくは
Facebook のアカウントでも利用できる。なお、
Docker イメージでの利用では本アプリ内でのアカ
ウントのみ有効。
サインインすると最初に生成対象マッピ
ングファイルに関する基本情報と対応する RDB の
設定を行う。
1
2
3
4
5
6
2 3
4 RDB の設定を終えると、対象 DB に含まれる
テーブルの一覧が表示され、マップ対象の RDF デー
タに各テーブルのデータを含めるか否かを設定で
きる。また、複数テーブルにわたって関係するデー
タを RDF データにできるよう、JOIN の設定も可能。
JOIN の設定をすると、それを一つのテーブルと同
等に扱え、マッピングの設定ができる。
表示されているテーブル一覧のうち一つを選
択すると、列の一覧や実際のデータが表示され、
生成される RDF データの仕様を具体的に設定でき
る。すなわち、主語、述語、目的語のそれぞれに
ついて、対象テーブルの値の表現方法を規定する。
5
6 各テーブルに対する設定を終えると、マッピ
ングファイルが生成される。RDF データをダウン
ロードしたり、SPARQL 検索したりできる。
R2RML
マッピングファイル
1
構築には手作業を伴
い手間ひまがかかる