2014年3月7日
LODチャレンジJapan2013授賞式
◆受賞者◆
古崎晃司,山縣友紀,加藤敦丈
今井健,大江和彦,溝口理一郎
◆推薦の言葉◆
ライフサイエンス・医療という専門分野の作品ですが、LODの特徴
である「他のデータセットとつなげる」ことによって、画像情報を
含めた統合的な情報閲覧が可能となっており、 他分野へも応用
可能な点を評価して優秀賞に選考いたしました。今後、本分野
における知識基盤の整備と活用が、更に促進されることを期待
します。
疾患コンパス
「疾患連鎖LOD」(LODチャレンジ2013「ライフサイエンス賞」)を,
他のデータセットと“つなげる”ことで,「疾患に関する様々な情報
を統合的に閲覧」できるサービスです.
古崎 晃司,山縣友紀,加藤 敦丈(大阪大学)
今井 健,大江 和彦(東京大学)
溝口 理一郎(北陸先端科学技術大学院大学)
※本システムは「医療情報システムのための医療知識基盤データベース研究開発事業
(2010-2012,2013-2015年度,厚生労働省委託事業)」の助成を受け開発されたものです.
→詳細 http://www.med-ontology.jp/
LODチャレンジJapan 2013:a105
DBpedia(日/英)
http://lifesciencedb.jp/bp3d/
疾患が「どのような原因/メカニズムで起こるか?」
疾患が「どのような症状を引き起こすか?」
といった疾患知識(オントロジー)をLOD化したもの.
(※各診療科の臨床医が記述)
疾患連鎖LOD
BodyParts3D
(DBCLSにて公開)
http://ja.dbpedia.org/ http://dbpedia.org/
…
他
の
関
連
情
報
へ
臓器,器官等
の3D画像
疾患の概要
「疾患コンパス」の利用方法
公開ページ http://lodc.med-ontology.jp/
表示する疾患の「選択」or「検索」
(疾患名or含まれる症状などで検索可能)
疾患連鎖(≒「原因」から
「主な病態」「症状」に至る
「因果連鎖」)を表示
(疾患連鎖LODから生成)
疾患の主な影響範囲を
3D画像で可視化
(BodyParts3Dを利用)
疾患の概要を表示
(DBpediaを利用)
疾患定義
因果関係
異常状態
(病態,症状など)
「疾患コンパス」の利用方法
公開ページ http://lodc.med-ontology.jp/
表示する疾患の「選択」or「検索」
(疾患名or含まれる症状などで検索可能)
疾患連鎖(≒「原因」から
「主な病態」「症状」に至る
「因果連鎖」)を表示
(疾患連鎖LODから生成)
疾患の主な影響範囲を
3D画像で可視化
(BodyParts3Dを利用)
疾患の概要を表示
(DBpediaを利用)
疾患連鎖上で「選択」した異常状態
(病態,症状など)に対象箇所がハ
イライトされる
関連するDB
へのリンク
まとめ・今後の展開
• 「疾患連鎖LOD」を他のデータセットとつなげることで「疾患に関する様々
な情報を統合的に閲覧」できるサービスを開発した.
– DBpedia(日本語/英語)を介した,疾患の概要表示,ICD,Meshなど既存
コード体系へのリンク
– ライフサイエンス統合データベースセンターが提供しているBodyPart3Dとの
連携による,疾患影響範囲(関連する部位)の3D画像を表示
• 技術的には,RDF,SPARQLベースで開発されているため,他のLODとの
連携も同様に可能
– リンク先のLOD/データベースの追加作業中.
• 最新版では,「各モジュールをAPI化」しており,他のWebサービスと連携
したアプリケーションの開発が可能
– マウス表現型DBと連携したシステムの開発中
– 他の分野でのシステム開発に利用できるような汎用化も検討中
謝辞:
本研究の一部は,日本学術振興会の最先端研究開発支援プログラムおよび厚生
労働省医療知識基盤研究開発事業により,助成を受けたものである.
これらの研究・開発に参加された方々,特に,疾患オントロジー記述のご尽力と臨
床医学的な知識の提供を頂いた東大病院の臨床医の先生方(大友夏子先生,林
亜紀先生,松村貴由先生,桜井亮太先生,寺田さとみ先生,脇嘉代先生ら)に心
よりの感謝致します.
公開ページ http://lodc.med-ontology.jp/
プロジェクトHP http://www.med-ontology.jp/

LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 優秀賞