SlideShare a Scribd company logo
ライフサイエンス分野における
Linked Open Dataの活用例


    LODチャレンジ実行委員 細見,豊田



    Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会   1
ライフサイエンス分野のLOD
   病気、薬、様々なタンパク質、遺伝子、医学論文、
                                 従来の公開データ
    臨床試験などに関するデータが米欧や日本で公開 (相互にリンクが無く、フォーマットや名称表記も
   データ提供者・公開者とデータ公開URL        異なるため、相互参照が困難)

    – W3C Linking Open Drug Data project                  薬情報      臨床試験情報
      (http://www.w3.org/wiki/HCLSIG/LODD/Data)       DrugBank     ClinicalTrials

    – 欧州Ontotext社                                                  The human
                                                      DailyMed
      (http://linkedlifedata.com/)                                 diseasome
                                                          薬情報     病気,遺伝子情報
    – 理化学研究所(http://BioLOD.org/)
    – サーバーエッヂ社                                            W3CやOntotext社によるLOD化
      (http://www.semanticweb.jp/lod/LodOfLsd.html)       (互いの情報がリンクで容易に参照可能)

   データの規模
                                                           使用した薬の詳細
    – 種類によって数千(基本概念)                                                 臨床試験情報
                                                      薬情報
      ~数十億(タンパク質など)                                 DrugBank          LinkedCT
   データ形式                                                                 病気の詳細
                                                薬同士の関係
    – 殆どがRDF形式(構文はNotation3 or XML)
      で入手可能                                         DailyMed         Diseasome
                                                     薬情報             病気,遺伝子情報
                                                           病気と薬の関係


                      Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会                             2
病気に関するLOD(Diseasome)の例
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
                                                                   左記のRDF(Notation3)データを
<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>
                                                                      図化&和訳したもの
 "Alzheimer_disease" .
                                                                   病気(Disease)
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
a                                                                          「アルツハイマー病」
                                                                 上位概念
 <http://www4.wiwiss.fu-
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/diseases> .                                ラベル
                                                     Diseasomeの病気ID
                                                                           病気74
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
<http://www4.wiwiss.fu-                                                            病気種別
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/class>
 <http://www4.wiwiss.fu-                                         関連遺伝子             神経疾患
berlin.de/diseasome/resource/diseaseClass/Neurological> .

<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>                  候補薬剤
                                                                       PSEN1
<http://www4.wiwiss.fu-
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/associatedGene>
 <http://www4.wiwiss.fu-
berlin.de/diseasome/resource/genes/PSEN1> .                  DailyMedの薬ID
                                                                                 薬205
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
<http://www4.wiwiss.fu-
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/possibleDrug>             DailyMedのデータセットへのリンクで
 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/dailymed/resource/drugs/205> .  薬205の詳細な情報を参照可能

                           Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会                              3
TripleMapを用いたLOD活用例
     http://triplemap.com/




      臨床試験                         ピック病
       データ



                                          関連する
                                          遺伝子
                             認知症
     薬と標的疾患の候補




                                          アルツハイマー病



TripleMapでLODの検索と各種関連データのビジュアルな参照が可能。
「最近見つかったアルツハイマー病の新たな候補薬剤が、関連遺伝子PSEN1が共通するピック病に
活かせるかも?」 といった調査・検討が効率的にできる。
                   Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会   4
日本における大規模LOD公開サイト
   W3C のレイヤーケーキ図                                       詳細は http://ja.BioLOD.org
                                                                  Unifying logic

                                                               Logic for biology
                                                               BioSPARQL.org
                                                                    OWL-based
                                                                   Query builder
                                                                SemanticJSON.org
                                                                  Ontology: OWL
                                                      Query:       BioLOD.org      Rule
                                                     SPARQL            RDFS        RIF
                                                                    SciNetS.org
The Semantic Web layer cake: the technology
stack for the W3C Web architecture                             Data interchange:
http://www.ibm.com/developerworks/xml/tutorials/x-                    RDF
sparql/section2.html                                            LinkData.org

LinkData.jp はライフサイエンスに限定しない日本語LOD投稿サイトで、誰でも簡単にRDF作品を創って公
開できる(平成23年12月から運用開始)。その中から選ばれたデータがライフサイエンスの専門家によって
SciNetS.org の情報基盤で再編纂され、オントロジーで体系化されて BioLOD.org からダウンロードできる
                                   Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会                      5

More Related Content

Similar to ライフサイエンス分野におけるLinked Open Dataの活用例

第52回生命科学夏の学校
第52回生命科学夏の学校第52回生命科学夏の学校
第52回生命科学夏の学校
yayamamo @ DBCLS Kashiwanoha
 
ライフサイエンスデータベースの現状
ライフサイエンスデータベースの現状ライフサイエンスデータベースの現状
ライフサイエンスデータベースの現状
Takeru Nakazato
 
Bh13.13 sagace 1
Bh13.13 sagace 1Bh13.13 sagace 1
Bh13.13 sagace 1
Maori Ito
 
Swc2013 yamamoto
Swc2013 yamamotoSwc2013 yamamoto
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
pinmarch_t Tada
 
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
Shinji Kobayashi
 
ゼミ用スライド2015 6
ゼミ用スライド2015 6ゼミ用スライド2015 6
ゼミ用スライド2015 6
Ryuji Matsuoka
 
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
Amelieff
 

Similar to ライフサイエンス分野におけるLinked Open Dataの活用例 (8)

第52回生命科学夏の学校
第52回生命科学夏の学校第52回生命科学夏の学校
第52回生命科学夏の学校
 
ライフサイエンスデータベースの現状
ライフサイエンスデータベースの現状ライフサイエンスデータベースの現状
ライフサイエンスデータベースの現状
 
Bh13.13 sagace 1
Bh13.13 sagace 1Bh13.13 sagace 1
Bh13.13 sagace 1
 
Swc2013 yamamoto
Swc2013 yamamotoSwc2013 yamamoto
Swc2013 yamamoto
 
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
SNPのオープンデータを覗き見る TokyoWebmining #47 (2015.06.27)
 
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
医療分野におけるオープンソースソフトウェアの開発と利用
 
ゼミ用スライド2015 6
ゼミ用スライド2015 6ゼミ用スライド2015 6
ゼミ用スライド2015 6
 
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
フリーソフトで始めるNGS解析_第41・42回勉強会資料
 

More from Linked Open Dataチャレンジ実行委員会

三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
Linked Open Dataチャレンジ実行委員会
 
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
Linked Open Dataチャレンジ実行委員会
 
OpenData_DataCurator_20140927
OpenData_DataCurator_20140927OpenData_DataCurator_20140927
OpenData_DataCurator_20140927
Linked Open Dataチャレンジ実行委員会
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞Linked Open Dataチャレンジ実行委員会
 

More from Linked Open Dataチャレンジ実行委員会 (20)

三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
三原さん20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
 
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
栗原先生20150926 lodチャレンジ2015キックオフ
 
20141223リアルセンサーハッカソンpdf
20141223リアルセンサーハッカソンpdf20141223リアルセンサーハッカソンpdf
20141223リアルセンサーハッカソンpdf
 
20141114アーバンデータチャレンジ
20141114アーバンデータチャレンジ20141114アーバンデータチャレンジ
20141114アーバンデータチャレンジ
 
OpenData_DataCurator_20140927
OpenData_DataCurator_20140927OpenData_DataCurator_20140927
OpenData_DataCurator_20140927
 
20140927 lodチャレンジ@キックオフイベントlast
20140927 lodチャレンジ@キックオフイベントlast20140927 lodチャレンジ@キックオフイベントlast
20140927 lodチャレンジ@キックオフイベントlast
 
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 最優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 最優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アプリケーション部門 優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 ビジュアライゼーション部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 ビジュアライゼーション部門 最優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 ビジュアライゼーション部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 ビジュアライゼーション部門 最優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 最優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 最優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 基盤技術部門 優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 最優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 最優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 データセット部門 優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 最優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 最優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 最優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 優秀賞LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 優秀賞
LODチャレンジ Japan 2013 アイディア部門 優秀賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 子育てライフ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 子育てライフ賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 子育てライフ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 子育てライフ賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストプレゼンテーション賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 LOD推進賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 LOD推進賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 LOD推進賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 LOD推進賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストファシリテータ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストファシリテータ賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストファシリテータ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 ベストファシリテータ賞
 
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 データカタログ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 データカタログ賞LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 データカタログ賞
LODチャレンジ Japan 2013 審査員特別賞 データカタログ賞
 

Recently uploaded

MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
iPride Co., Ltd.
 
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
Matsushita Laboratory
 
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
yassun7010
 
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
harmonylab
 
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
NTT DATA Technology & Innovation
 
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアルLoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
CRI Japan, Inc.
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
FIDO Alliance
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
FIDO Alliance
 
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
Toru Tamaki
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
FIDO Alliance
 
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
atsushi061452
 
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
Yuuitirou528 default
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
FIDO Alliance
 
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
Sony - Neural Network Libraries
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
FIDO Alliance
 
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
Fukuoka Institute of Technology
 

Recently uploaded (16)

MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
MPAなWebフレームワーク、Astroの紹介 (その2) 2024/05/24の勉強会で発表されたものです。
 
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
TaketoFujikawa_物語のコンセプトに基づく情報アクセス手法の基礎検討_JSAI2024
 
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
2024年度_サイバーエージェント_新卒研修「データベースの歴史」.pptx
 
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
【DLゼミ】XFeat: Accelerated Features for Lightweight Image Matching
 
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
YugabyteDB適用に向けた取り組みと隠れた魅力 (DSS Asia 2024 発表資料)
 
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアルLoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
LoRaWAN 4チャンネル電流センサー・コンバーター CS01-LB 日本語マニュアル
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: PlayStation Passkey Deployment Case Study.pdf
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: LY-DOCOMO-KDDI-Mercari Panel.pdf
 
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
論文紹介:When Visual Prompt Tuning Meets Source-Free Domain Adaptive Semantic Seg...
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: NEC & Yubico Panel.pdf
 
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
論文紹介: Offline Q-Learning on diverse Multi-Task data both scales and generalizes
 
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
CS集会#13_なるほどわからん通信技術 発表資料
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: Welcome Slides.pdf
 
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
【AI論文解説】Consistency ModelとRectified Flow
 
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdfFIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
FIDO Alliance Osaka Seminar: CloudGate.pdf
 
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
単腕マニピュレータによる 複数物体の同時組み立ての 基礎的考察 / Basic Approach to Robotic Assembly of Multi...
 

ライフサイエンス分野におけるLinked Open Dataの活用例

  • 1. ライフサイエンス分野における Linked Open Dataの活用例 LODチャレンジ実行委員 細見,豊田 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 1
  • 2. ライフサイエンス分野のLOD  病気、薬、様々なタンパク質、遺伝子、医学論文、 従来の公開データ 臨床試験などに関するデータが米欧や日本で公開 (相互にリンクが無く、フォーマットや名称表記も  データ提供者・公開者とデータ公開URL 異なるため、相互参照が困難) – W3C Linking Open Drug Data project 薬情報 臨床試験情報 (http://www.w3.org/wiki/HCLSIG/LODD/Data) DrugBank ClinicalTrials – 欧州Ontotext社 The human DailyMed (http://linkedlifedata.com/) diseasome 薬情報 病気,遺伝子情報 – 理化学研究所(http://BioLOD.org/) – サーバーエッヂ社 W3CやOntotext社によるLOD化 (http://www.semanticweb.jp/lod/LodOfLsd.html) (互いの情報がリンクで容易に参照可能)  データの規模 使用した薬の詳細 – 種類によって数千(基本概念) 臨床試験情報 薬情報 ~数十億(タンパク質など) DrugBank LinkedCT  データ形式 病気の詳細 薬同士の関係 – 殆どがRDF形式(構文はNotation3 or XML) で入手可能 DailyMed Diseasome 薬情報 病気,遺伝子情報 病気と薬の関係 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 2
  • 3. 病気に関するLOD(Diseasome)の例 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> 左記のRDF(Notation3)データを <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> 図化&和訳したもの "Alzheimer_disease" . 病気(Disease) <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> a 「アルツハイマー病」 上位概念 <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/diseases> . ラベル Diseasomeの病気ID 病気74 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> <http://www4.wiwiss.fu- 病気種別 berlin.de/diseasome/resource/diseasome/class> <http://www4.wiwiss.fu- 関連遺伝子 神経疾患 berlin.de/diseasome/resource/diseaseClass/Neurological> . <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> 候補薬剤 PSEN1 <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/associatedGene> <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/genes/PSEN1> . DailyMedの薬ID 薬205 <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> <http://www4.wiwiss.fu- berlin.de/diseasome/resource/diseasome/possibleDrug> DailyMedのデータセットへのリンクで <http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/dailymed/resource/drugs/205> . 薬205の詳細な情報を参照可能 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 3
  • 4. TripleMapを用いたLOD活用例 http://triplemap.com/ 臨床試験 ピック病 データ 関連する 遺伝子 認知症 薬と標的疾患の候補 アルツハイマー病 TripleMapでLODの検索と各種関連データのビジュアルな参照が可能。 「最近見つかったアルツハイマー病の新たな候補薬剤が、関連遺伝子PSEN1が共通するピック病に 活かせるかも?」 といった調査・検討が効率的にできる。 Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 4
  • 5. 日本における大規模LOD公開サイト W3C のレイヤーケーキ図 詳細は http://ja.BioLOD.org Unifying logic Logic for biology BioSPARQL.org OWL-based Query builder SemanticJSON.org Ontology: OWL Query: BioLOD.org Rule SPARQL RDFS RIF SciNetS.org The Semantic Web layer cake: the technology stack for the W3C Web architecture Data interchange: http://www.ibm.com/developerworks/xml/tutorials/x- RDF sparql/section2.html LinkData.org LinkData.jp はライフサイエンスに限定しない日本語LOD投稿サイトで、誰でも簡単にRDF作品を創って公 開できる(平成23年12月から運用開始)。その中から選ばれたデータがライフサイエンスの専門家によって SciNetS.org の情報基盤で再編纂され、オントロジーで体系化されて BioLOD.org からダウンロードできる Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 5