Sbc13. 生物芯片的分类 DNA 芯片 cDNA 芯片 Oligo 芯片 信息 生物芯片 多肽芯片 生物 芯片 微流体芯片 功能 生物芯片 芯片实验室 组织芯片 蛋白芯片 抗体芯片 蛋白质芯片 SAGE/CAGE epigenetics 芯片 质粒 microarray Oligo 芯片 基因组 genetics 转录组 mRNA 19. 实验结果 06/08/09 Lane 1, panicle; lane 2, flag leaf; lane 3, tillering shoot; lane 4, seedling shoot; lane 5, seedling root. 各个部位基因表达的聚类分析 A :染色体上平均每 100kb 距离内基因表达的平均强度,定量 B :染色体上平均每 100kb 距离内基因表达的比例,定性 21. mRNA 表达谱 06/08/09 利用表达谱芯片监测拟南芥在外界压力刺激下( Actinomycin D ),细胞内基因转录水平在各个时间点的下降情况,并对几种刺激(渗透压,物理损伤,遗传毒性,氧化和 UV-B )造成的影响进行了比对。 22. 实验结果 06/08/09 A : SOM 聚类,针对不同的时间点寻找表达谱模式类似的转录本。 B :整体聚类,同时和其他刺激进行了比对 渗透压,物理损伤,遗传毒性,氧化和 UV-B 照射。右侧的功能分类显示主要改变的功能,蛋白合成,代谢,转录,细胞间通讯,细胞间运输。 24. SNP Array 06/08/09 Worldwide Human Relationships Inferred from Genome-Wide Patterns of Variation , Science 22 February 2008: Vol. 319. no. 5866 Genotype, haplotype and copy-number variation in worldwide human populations , Nature 451 , 998-1003 (21 February 2008) | 用 SNP 差异寻找人类迁移 25. Slide : June 8, 2009 拷贝数变异和精神发育迟缓 缺失 扩增 扩增 扩增 芯片筛查拷贝数变异区段 FISH (荧光原位杂交) aCGH and CNV 26. 三、 高通量测序技术的应用 技术服务热线: 800-820-5086 / 800-820-3665 技术服务网站: http://www.ebioservice.com 06/08/09 —— 高通量测序技术 —— DNA 芯片技术 28. 细菌基因组 de novo 测序 对棒状杆菌 DSM44385 进行基因组 de novo 测序,并对其基因组进行注释,绘制代谢图,初步了解亲脂杆菌在缺乏霉菌酸的条件的生理过程。 29. 利用已知数据库,对棒状杆菌 DSM44385 进行功能注释,并利用已有数据库构建了一个代谢通路。 参照已有数据: C. jeikeium K411 (red), C. urealyticum DSM7109 (blue), C.diphtheriae NCTC 13129 (green); 对 DSM44385 进行了基因注释 测序结果统计 30. Small RNA 深度测序 formation of trans-acting siRNAs (tasiRNAs) 用 microRNA 深度测序研究了拟南芥中的 RNA 干扰通路 通过全基因组的分析,证明拟南芥中 RNA 依赖的 类 RNA 聚合酶 6/dicer 通路 ( RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE6/DICER-LIKE Pathway ) ,是基于 microRNA 和 siRNA 的反式作用。 31. Small RNA 深度测序 陆生植物中不同种类,不同序列的 Small RNA 具有类似的功能。植物的小分子 RNA 在功能上有很高的保守性。 32. Digital expression profiling & microRNA re-sequencing : hESC : human embryonic stem cells EB : embryoid bodies Genome Res. 2008. 18: 610-621 33. ChIP-seq : Sequenced short reads (typically 25–50 bp) from ChIP-Seq experiments are first mapped onto the reference genome. The mapped reads are then used to estimate statistical parameters, which include the estimation of the average length F of sequenced DNA fragments. 用染色质免疫沉淀( ChIP )富集 DNA ,然后进行高通量测序( seq ),根据参比基因组数据,寻找新的蛋白质— DNA 结合位点。 34. 第二部分 SBC 综合解决方案 技术服务热线: 800-820-5086 / 800-820-3665 技术服务网站: http://www.ebioservice.com 48. 根据芯片筛查结果,做了 WRK62,-76,-19 和 45 高表达的转基因植株,其中只有 WRK45 对稻瘟菌侵袭表现出抗性。 分别生长在在培养箱( Growth Camber , GC )和温室( Green House , GH )中的 WRKY45 转基因水稻和野生型( wt )受感染后菌斑计数。 53. microRNA 预测和 SNP 筛查 通过和 Sanger database ( http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/ )的序列比对,预测到 4831 个 microRNA 前体( precursors ) 通过与 reference sequence 的比对,筛查到 14318 个可能的 SNP 位点。 59. :吴淞码头出发 :在南极 DoomA :雪龙号返程途中 数据结果显示人在不同的环境和心理因素下 1 、即将出发去极地 2 、到达极地,高寒,缺氧,孤独,强紫外 3 、结束考察,返航 会表现出不同的基因表达谱模式,各有一组特异的基因持续的升高 部分明确的功能为 hemoglobin complex oxygen transport oxygen transporter activity Platelet degranulation Formation of Platelet plug Platelet Activation IL 3 signaling pathway IL 6 signaling pathway 61. 大鼠 iPS 细胞(诱导多功能干细胞) 诱导的大鼠 ES 细胞是否具有和 ES 细胞相同的特性 —— 用基因表达谱检验不同组织和细胞之间的亲缘性 从成纤维细胞诱导成的 ES 细胞,是否具有和其他 ES 细胞一样的基因表达模式, iPS 细胞(诱导多功能干细胞)到底是不是 ES 细胞。 66. 四、 SBC 的平台优势 技术服务热线: 800-820-5086 / 800-820-3665 技术服务网站: http://www.ebioservice.com 06/08/09 67. SBC, 中国最系统的基因组学研究服务平台之一 投资 2.9 亿人民币于 2001 年建立于上海浦东张江高科技园区 拥有超过 300 名员工, 4 万平方米土地, 7 幢主建筑, 22 万平方米面积的实验室,包括部分 GMP 实验室( Good Manufacture Practice ,良好药品生产规范)和 GLP 实验室( Good Laboratory Practice , 良好药品实验研究规范 ) 。 —— 用我们的平台,加速您的研究 68. SBC 提供高质量数据的保障体系 06/08/09 通过 ISO 9001:2000 版质量管理体系认证 中国首家 Affymetrix 服务认证的技术服务供应商 中国唯一 A gilent 服务认证的技术服务供应商 通过 Affymetrix SNP 6.0 芯片技术培训认证 “ Agilent 亚太地区最佳服务供应商”奖 “ Affymetrix 优秀服务商”奖 “ 上海服务外包重点企业” 2005 年 2 月 2005 年 4 月 2007 年 8 月 2007 年 9 月 2008 年 1 月 2008 年 12 月 2008 年 12 月