Recommended
More Related Content
Featured
Featured (20)
生物資訊Bioinformatic
- 1. 生物資訊 Bioinformatics 醫學資訊概論＠醫管 By CPBL：鄭丞恩｜彭晨峯｜陳迪聖｜李秉嘉
- 2. 大綱 生物資訊的發展 生物資訊重大領域 DNA序列 生物資料庫 演算法的發展 生物資訊的延伸 網路：共享成果
- 4. Bioinformatics 101 電腦科學資訊技術生物學 生物資訊
- 6. 分子生物學
- 8. 了解生物資訊的好處 是醫學資訊的好夥伴 加速生醫技術發展 幫助新藥物設計 預測基因的功能 不會受到地理空間、經濟狀況的限制。
- 9. DNA序列 生物資料庫 分析演算法 生物資訊重大領域
- 12. Sequence analysis DNA(基因)序列 GAT TAC AGA TTA CAG GAT TAC AGA TTA CAG ATT ACA GAT TAC AGA TTA CAG ATT ACA GAT TAC AGA TTA CAG ATT ACA GAT TAC AGA TTA CAG ATT ACA GAT TAC AGA TTA CAG ATT ACA
- 13. DNA Deoxyribonucleic acid 去氧(脱氧)核糖核酸，是一種長鏈聚合物，藉著四種鹼基組成的遺傳密碼，以引導生物發育與生命機能運作。 雙股螺旋(double helix)-> Double helix
- 14. DNA Watson ＆ Crick在1953推論出基因結構為「雙股螺旋」 基因序列以反向且平行的 方式存在 ex： A──C──G──T T──G──C──A
- 15. DNA的功能 生物遺傳之「藍圖」。 DNA所包含的指令，是建構細胞內其他的化合物，如蛋白質與RNA所不可或缺的元素。 帶有遺傳訊息的DNA片段稱為基因，基因依照不同的指令組成不同的DNA序列，有些直接以自身構造發揮作用，有些則參與調控遺傳訊息的表現。
- 16. DNA的功能 核苷酸（Nucleotide）是核苷和磷酸結合的化學物質。 多個核苷酸連接成鎖狀的物質叫聚核苷酸。 核苷酸是構成DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)的單位，生物的細胞中都存在。
- 17. 核苷酸（Nucleotide）
- 18. 核苷酸（Nucleotide）
- 19. DNA序列 任意長度大於四的一串核苷酸被稱作一個序列。 典型的基因序列無間隔的排列在一起。 例如：序列AAAGTCTGAC 基因序列每三個一組，經由轉錄及轉譯的過程，分別各司其職的成為不同功能的蛋白質。
- 20. DNA RNA Protein蛋白質 DNA序列的功能 轉譯 轉錄 一段基因序列，經過轉錄、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後修飾，在沒有基因突變的情況下，真實的呈現出DNA欲傳遞給外在的訊息。
- 21. 轉錄＆轉譯過程 mRNA tRNA rRNA
- 22. 蛋白質簡介 Protein是一種複雜的有機化合物。 蛋白質的胺基酸序列是由對應基因所編碼。除了遺傳密碼所編碼的20種「標準」胺基酸，在蛋白質中，某些胺基酸殘基還可以被翻譯後修飾而發生化學結構的變化，從而對蛋白質進行激活或調控。 多個蛋白質可以一起，往往是通過結合在一起形成穩定的蛋白質複合物，發揮某一特定功能。
- 24. GenBank, SWISS-PROT, PDB 生物資料庫 Sequence database
- 25. 生物資料庫 Biological Database就是存放大量生物分子序列與資訊的資料庫。 是生物資訊中一個很重要的領域，透過有系統的資料庫設計，來執行快速搜尋、正確的資料比對，將不同資料庫間做連結，對生物分子有整合性的認識。
- 26. GenBank 由美國生物技術資訊中心NCBI建立並維護，GenBank是一個核酸序列資料庫。 內容同時包含與之相關的生物學資訊和參考文獻，是世界上的權威DNA序列資料庫 。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
- 27. SWISS-PROT 為歐洲生物資訊所 ( EBI )，歐洲分子生物實驗室 ( EMBL )及瑞士生物資訊所 ( SBI ) 共同維持。 此資料庫主要致力於提供功能清楚、結構確定的核甘酸序列。 http://www.expasy.ch/sprot/
- 32. 演算法有這些 Alignment 演算法 Sequence Alignment 序列比對 Phylogenetic Tree 演化樹 Hidden Markov Model 隱馬爾可夫模型
- 33. Alignment演算法 在生物資訊領域中，是相當基本的演算法，主要目的在於比較兩條序列之間的相似度 。 根據特徵對生物進行分類並非完全正確，因為自然界中存在趨同演化的現象。只憑特徵來鑑定物種之間的親緣關係可能會發生錯誤，因此需要演算法來定序。
- 34. Alignment演算法 其中BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)演算法為目前常用的基因體資料庫搜尋演算法。 廣泛使用於分析生物資訊的程式，協助分析DNA及蛋白質資料庫而發展出來的快速尋找相似序列的機制。 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- 35. Sequence Alignment 序列比對(Sequence alignment )可比較分析出兩條或多條序列之間的相似程度，相似度高的序列彼此間會有相似的結構及功能，代表它們可能源自共同的祖先。 生物學家一旦拿到未知功能的 DNA ,或蛋白質序列時，最常做的事情就是利用序列比對工具搜尋資料庫，藉此推測手中序列的生物功能。
- 36. Sequence Alignment 常見的 DNA 突變有 3 種，分別是取代、插入及刪除。 上述3 種突變又稱為 DNA 的編輯運算。生物學家會衡量兩條 DNA 序列之間的相異程度。 例如 GACGGATAG 和 GATCGGAATAG 這兩條 DNA 序列，乍看這兩條長度不同的 DNA 序列似乎不太相似。 但是把它們重疊在一起，利用編輯運算的插入，就可發現這兩條 DNA 序列有相似度。這種序列重疊的方式，就稱為序列的比對。
- 37. Phylogenetic Tree 系統發生樹（Phylogenetic tree ）又稱為演化樹，就是具有共同祖先的各物種間演化關係的樹。 利用距離矩陣資料，由序列建立親緣關係圖。先由序列算出物種的演化距離，將所有的演化距離資料整理成一個距離矩陣，再利用距離矩陣的資料畫出樹型。
- 38. Phylogenetic Tree 在演化樹中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先， 節點間的線段長度對應演化距離（估計的演化時間）。
- 39. Hidden Markov Model 隱馬爾可夫模型最初是在60年代 Leonard Baum和其它作者在統計學論文中描述的。 在80年代後半期，隱馬爾可夫模型開始應用到生物序列，尤其是DNA的分析中。
- 40. Hidden Markov Model 隱馬爾可夫模型是統計模型，他從可觀察的參數中確定該過程的隱含參數，然後利用這些參數來作進一步的分析，例如模式識別。 隱馬爾可夫模型中，狀態並不是直接可見的。每一個狀態在可能輸出的符號上都有機率分佈。因此輸出符號的序列能夠透露出狀態序列的一些訊息。
- 42. LIMS(實驗室資訊管理系統) Laboratory Information Management System 屬於GALP實驗室系統底下的一環。 整合實驗室數據最有效的工具。 http://www.open-lims.org/ http://www.labmatica.com/ http://www.chemicalanalysis.com/
- 43. 將來…(遠目) 蛋白質結構預測／表達分析 比較基因組學 基因表達分析 生物系統模擬 在藥物研發方面的應用 轉議醫學 結合基礎醫學和藥物開發以及臨床治療
- 46. 生物資訊的共享 網際網路的發達，讓資料庫分享變得容易。 資料庫之間可以交叉關連查詢。 不必高級實驗室／設備，只要有一台可以上網的個人電腦，就可以使用這些資料庫。 實際操作去
- 47. 了解生物資訊的好處 是醫學資訊的好夥伴 加速生醫技術發展 幫助新藥物設計 預測基因的功能 不會受到地理空間、經濟狀況的限制。 很適合台灣
- 49. 生物資訊重大領域
- 50. DNA序列
- 51. 生物資料庫
- 52. 演算法的發展
- 53. LIMS
- 55. 謝謝大家 THE END