1. SARS-CoV-2 pertama kali muncul di Wuhan, Cina pada Desember 2019 dan menyebabkan wabah COVID-19. Virus ini menyebar dengan cepat ke seluruh dunia. 2. Terdapat beberapa varian SARS-CoV-2 yang meningkatkan penularan dan virulensi seperti Alpha, Beta, Gamma, dan Delta. 3. Teknologi sekuensing genom memungkinkan identifikasi dan karakterisasi varian-varian baru SARS-CoV-2.

1. Desember 2019, sebuah novel coronavirus (nCoV) yang disebut SARS-CoV-2, muncul
di kota Wuhan, Cina dan menyebabkan wabah pneumonia virus yang tidak biasa, hal ini
diumumkan oleh WHO sebagai penyebab merebaknya Coronavirus Disease (COVID-19) dan
dinamai dengan COVID-19 pada 11 Februari 2020
Coronavirus adalah virus Asam Ribonukleat (RNA) yang beruntai tunggal. Virus ini
utamanya menginfeksi hewan (kelelawar dan unta). Terdapat enam jenis
SARS-CoV-2 adalah virus berselubung yang mengandung genom RNA non-
segmentasi, untai tunggal. Virus ini di kalsifikasikan sebagai virus baru yang muncul dengan
gejalah klinis yang parah atau fatal pada manusia. Klasifikasi ini mendistribusikan 39 spesies
CoVs dalam 27 subgenera, 5 genera, dan 2 subfamili yang dikategorikan dalam toksonomi
genus : betacoronavirus
subgenus : Sarbecovirus
famili : Coronaviridae
Subfamily : Coronavirinae
subordo : Cornidovirineae
ordo : Nidovirale
Spike glikoprotein memainkan peran penting dalam patogenesis dengan mengikat sel
inang. Protein S memulai infeksi dengan menempelkan virion ke sel inang. mengandung 2
subunit, yaitu S1, dan S2' . Subunit S1 terlibat dalam perlekatan virion dengan membran sel
inang dengan berinteraksi dengan Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) manusia yang
selanjutnya memulai proses infeksi. S2 bekerja sebagai protein fusi yang membantu dalam fusi
virion dengan membran sel mamalia
Protein membran anvelope (E) adalah sekelompok protein virus yang relatif kecil yang
membantu dalam perakitan dan pelepasan virion. Protein E juga memainkan peran penting
dalam morfogenesis. Protein E diketahui bertindak sebagai viroporin yang berkumpul menjadi
membran inang membentuk pori-pori protein-lipid yang terlibat dalam transpor ion.
Protein M adalah 222 protein struktural panjang asam amino yang berfungsi bersamaan
dengan protein E, N, dan S, dan memainkan peran utama dalam pengemasan RNA.
Protein nukleokapsid (N) memainkan peran penting dalam pengemasan RNA virus
menjadi ribonukleokapsid. Ini memediasi perakitan virus dengan berinteraksi dengan genom
virus dan protein M, yang membantu dalam augmentasi transkripsi dan replikasi RNA virus.

2. Poliprotein replikasi adalah enzim penting dalam pembelahan RNA inang ,traskripsi
dan replikasi RNA, protein ini multifungsi yang melakuan berbagai tugas, berkontribusi pada
patogenitas virus. Terbagi menjadi :
NSP1 memediasi pemrosesandanreplikasi RNA
NSP2 memodulasi jalurpensinyalankelangsunganhidupsel inang
NSP3 memisahkanproteinyang telahditerjemahkan
NSP4 berisi domaintransmembran2(TM2) dan memodifikasi membranER
NSP5 berpartisipasi dalamprosespoliproteinselamareplikasi
NSP6 Domaintransmembran
NSP7 & NSP8 meningkatkankombinasinsp12dan RNA template-primer
NSP9 berfungsi sebagai proteinpengikatssRNA
NSP10 untukmetilasi mRNA virus
NSP11 dan
NSP12
mengandungRNA-dependentRNA polymerase (RdRp),yangmerupakan
komposisi pentingdari replikasi dantranskripsi viruscorona
NSP13 mengikatdenganATP,domainpengikatseng,danberpartisipasidalamproses
replikasi dantranskripsi
NSP14 domainexoribonucleaseproofreading
NSP15 aktivitasendoribonuklease
NSP16 metiltransferase2'-O-ribosa
Sejak kasus pertama di Wuhan, terjadi peningkatan kasus COVID-19 di Cina setiap
hari dan memuncak diantara akhir Januari hingga awal Februari 2020. Menurut komisi
kesehatan nasional China, jumlah total kasus terus meningkat tajam pada awal Februari 2020
dengan rata-rata lebih dari 3.000 kasus baru yang dikonfirmasi per hari, disusul dengan
penyebaran internasional COVID-19 meningkat sejak akhir Februari 2020.
Kelompok besar infeksi telah dilaporkan dari semakin banyak di berbagai negara.
Efisiensi transmisi SARS-CoV-2 yang tinggi dan banyaknya perjalanan internasional

3. memungkinkan penyebaran COVID-19 yang cepat ke seluruh dunia. Pada tanggal 11 Maret
2020, WHO secara resmi menetapkan COVID-19 sebagai wabah pandemi global. Data 17
November 2021 menunjukkan kasus yang terkonfirmasi berjumlah 255.103.209 dan 5.126.415
kasus kematian
Amerika, India dan Brazil telah menjadi pusat pandemik COVID-19 dengan kasus
dan kematian telah melampaui Cina.
Tanggal 17 Nov 2021 Amerika Serikat menduduki peringkat pertama dengan kasu
47.660.379 orang penambahan kasus baru sebanyak 2.219.302 kasus per 28 hari
1. Saat ini, penyebaran SARS-CoV-2 dari manusia ke manusia menjadi sumber
transmisi utama sehingga penyebaran menjadi lebih agresif. Transmisi SARS-CoV-
2 dari pasien simptomatik terjadi melalui droplet yang keluar saat batuk atau bersin.
Selain itu, telah diteliti bahwa SARS-CoV-2 dapat viable pada aerosol (dihasilkan
melalui nebulizer) selama 3 jam.
2. SARS-CoV-2 ditularkan melalui fomites dan droplet selama kontak dekat tanpa
pelindung antara yang terinfeksi dan yang tidak terinfeksi. Pasien dengan gejala dan
tanpa gejala adalah sumber utama infeksi.
3. Virus ini juga dapat menyebar melalui penularan kontak tidak langsung. Tetesan
yang mengandung virus mencemari tangan, orang kemudian menghubungi selaput
lendir mulut, hidung, dan mata, sehingga menyebabkan infeksi. Penularan SARS-
CoV-2 tidak terbatas pada saluran pernapasan.
4. Beberapa penelitian juga telah menunjukkan transmisi aerosol SARS-CoV-2.
Selama wabah COVID-19
Analisis filogenetik untuk seluruh genom menunjukkan bahwa SARS-CoV-2
dikelompokkan dengan SARS-CoV ditemukan pada kelelawar, menempatkannya di subgenus
Sarbecovirus dari genus Betacoronavirus.
Dalam clade ini, SARS-CoV-2 dikelompokkan dalam garis keturunan yang berbeda
bersama dengan empat isolat coronavirus kelelawar RaTG13, RmYN02, ZC45 dan ZXC21,
serta coronavirus baru yang baru-baru ini diidentifikasi pada trenggiling, yang dikelompokkan
sejajar dengan SARS-CoV lainnya. Meskipun terkait secara filogenetik, SARS-CoV-2 berbeda
dari semua virus corona lain dari kelelawar dan trenggiling dalam spesies ini

4. VOI (Variant of Interest) adalah varian SARS-CoV-2 ditandai dengan mutasi asam
amino yang menyebabkan perubahan fenotip virus yang diketahui dapat mengubah
karakteristik virus, kondisi epidemiologi, antigenisitas dan virulensi virus. Varian ini di
kelomokan menjadi dua yaitu Lamda (C37) dan Mu (B1621)
Varian VOC (Variantof Concern) memiliki peningkatan penularan dan perubahan yang
merugikan dalam epidemiologi infeksi SARS-CoV-2, serta peningkatan virulensi atau
perubahan presentasi penyakit klinis. Varian ini dikelompokan kedalam Alpha (B117), Belta
(B1351), Gamma (P1) dan Delta (B16172).
Varian VUM (Variant Under Monitoring) adalah varian dengan perubahan genetika
yang di duga mempengaruhi karakteristik virus, dengan ideikasi dapat menimbulkan resiko
dimasa depan, tetapi bukti dampak fenotip atau epidemiologis saat ini tidak jelas, masih
dipelajari dan memerlukan penelitian lebih lanjut. Varian ini di bagi menjadi AZ5, C12,
B.16171, B1526, B1525 dan B.1630 (WHO, 2021).
Penggolongan menuru CDC ini menambahkan satu varian yang berbeda dengan WHO
yaitu variant of high consequence VOHC (Variantof High Consequence) varian ini menunjukan
penyakit klinis yang lebih parah dan peningkatan rawat inap, selai itu menunjukkan pula
penurunan yang signifikan dalam efektivitas vaksin, jumlah infeksi yang tinggi secara tidak
proporsional pada orang yang divaksinasi, parah varian ini masi di pelajari dan dilakukan
penelitian lebih lanjut
a. Alpha : B117 muncul di Inggris pada September 2020, dengan bukti peningkatan
penularan dan virulensi. Mutasi penting termasuk N501Y dan P681H .
b. Beta : Garis keturunan B1351 muncul di Afrika Selatan pada Mei 2020, dengan bukti
peningkatan penularan dan perubahan antigenisitas, dengan beberapa pejabat kesehatan
masyarakat meningkatkan kekhawatiran tentang dampaknya terhadap kemanjuran
beberapa vaksin. Mutasi penting termasuk K417N , E484K dan N501Y.
c. Gamma : P.1 muncul di Brazil pada November 2020, juga dengan bukti peningkatan
penularan dan virulensi, di samping perubahan antigenisitas. Kekhawatiran serupa
tentang kemanjuran vaksin telah dikemukakan. Mutasi penting juga termasuk K417N,
E484K dan N501Y.

5. d. Delta : B16172 muncul di India pada Oktober 2020. Ada juga bukti peningkatan
transmisibilitas dan perubahan antigenisitas.
e. Lambda : C.37 pertama kali diidentifikasi di Peru pada bulan Desember tahun 2020.
varian ini memiiliki 2 mutasi pada domain pengikat reseptor protein spike virus SARS-
CoV-2 yaitu L452Q dan F490S
f. Omicron : B.1.1.529 pertama kali diidentifikasi di Afrika pada tanggal 24 November
2021.
metode hierarchical sequencing adalah genom DNA dipotong menjadi fragmen-
fragmen pendek berukuran sekitar 150kb, kemudian potongan DNA ini disisipkan ke vector
BAC, lalu di transformasi ke E.coli. Setelah proses kloning berhasil, sisipan BAC diisolasi dan
dipetakan untuk menentukan urutan setiap fragmen DNA. Proses ini, disebut sebagai Golden
Tiling Path. Berikutnya, proses yang dilakukan adalah penjajaran. Potongan fragmen DNA
yang memiliki kedekatan kemudian dirangkai menjadi urutan untai DNA utuh. Keuntungan
dari metode ini adalah kemungkinan kesalahan pada saat pembacaan sekuen DNA sangan kecil
karena urutan lokasi-lokasi gen pada genom sudah diketahui sebelum disisipkan ke BAC.
Kerugian dari metode ini adalah metode ini membutuhkan biaya tinggi dan waktu yang lama
dalam pengerjaannya
Metode yang kedua adalah shotgun sequencing. Metode ini lebih disukai untuk genom
prokariotik yang ukuran genomnya lebih kecil dan mengandung sedikit repetitive DNA. Pada
metode ini, genomic DNA dipotong secara acak menjadi potongan-potongan kecil, yang
selanjutnya dikloning ke plasmid dan dilakukan sekuensing pada kedua untainya. Ketika hasil
pembacaan sekuen telah didapatkan maka dilakukan penjajaran dan dirangkai menjadi satu
untaian utuh. Metode ini lebih cepat dan biaya yang diperlukan tidak sebesar metode
hierarchical sequencing. Kekurangan metode ini adalah lebih rentan terhadap kesalahan
pembacaan karena terjadinya kesalahan pembacaan pada saat proses perakitan untai DNA.
Pada proses ini DNA genom di potong-potong menjadi fragmen DNA dengan Panjang
200-500 bp. Adeptor 5’ dan 3’ ditambahkan ke kedua ujuang segmen, tagmentasi
menggabungkan reaksi frakmentasi dan ligase menjadi satu. Kemudian fragmen di tempeli
adeptor-ligated akan di amplifikassi, selanjunya fragmen dimurnikan dengan cara dicuci.
Flow cell digunakan untuk meyerap fragmen DNA seluler dan juga merupakan wadah
reactor pengurutan inti dimana semua pengurutan terjadi disini. Fragmen DNA library akan di

6. urut secara acak dan menempel pada jalur di permukaan flow cell. Setiap flow cell memiliki
8 jalur, dan setiap jalur memiliki adeptor yang menempel di permukaan sehingga dapat
mencocokan adaptor yang ditambahan pada ujung fragmen DNA dalam proses amplifikasi.
Bridge PCRdilakukan dengan mengunakan adeptor pada permukaan flow cell sebagai templet,
setelah siklus amplifikasi setiap fragmen DNA pada akhirnya akan dikelompokan dalam
lokasinya masing-masing. Tujuan dari proses ini adalah untuk memperkuan intensitas sinyal
sehingga dapat memenuhi persyaratan sekuansing. Ketika pembuatan cluster selesai template
tersebut siap untuk di urutkan (https://sapac.illumina.com).
Pengurutan didasarkan mengunakan metode SBS. Komponen penting pada proses ini
adalah DNA polimersa, primer dan dNTP yang telah dilapisi dengan fluoresen spesifik, serta
dilapisi 3’-OH, sehingga hanya satu basa saja yang akan ditambahkan saat waktu pengurutan.
Semua dNTP bebas dan DNA polimerse yang tidak terpakai dielusi setalah reaksi sintesis.
Kemudian larutan buffer ditambahkan utuk eksitasi fluoresansi dan sinyal fluoresansi
ditangkap oleh laser sehingga sinyal tersebut dapat direkam oleh peralatan optik. Setelah itu
sinyal yang diterima diubah menjadi basis pengurutan dengan analisi computer. Ketika sinyal
fluoresansi direkam, regaen buffer ditambahkan untuk membilas sinyal fluoresansi dan
menghilangkan gugus pelindung dNTP 3’-OH, sehingga putaran sekuensing berikutnya dapat
dilakukan
Pembacaan urutan yang baru di indentifikasi disejajarkan dengan genom referensi
dengam dianalisis secara bioinformatika