2. Con Elisabetta I, l'Inghilterra consolidò il suo potere in Irlanda. Le foreste irlandesi erano un bene inestimabile in quanto fonte di legno per la costruzione delle navi; il legno di quercia inoltre veniva trasformato in carbone destinato alla fusione dei metalli. L'Irlanda era importante anche dal punto di vista strategico, in quanto costituiva una possibile via di fuga in caso di evasione da parte dei nemici dell'Europa continentale.
3. La giurisdizione inglese fu imposta nel Connaught e nel Munster malgrado alcune ribellioni delle famiglie dominanti locali. Il successo della politica di Elisabetta fu confermato quando alcuni sopravvissuti dell'Armata spagnola nel 1588 giunsero sulle coste occidentali dell'Irlanda e furono in gran parte massacrati dagli sceriffi locali e dai loro soldati. Elisabetta I promulgò inoltre i Trentanove Articoli, enumerando in maniera francamente settaria le 39 divergenze in materia di dogmi tra protestanti e cattolici e dando così luogo alle crudeli persecuzioni di questi ultimi.
4. L'unica preoccupazione di Elisabetta era l'Ulster, l'ultimo avamposto dei capi irlandesi. Hugh O'Neill, conte di Tyrone, fu il principale promotore dell'ultimo grave attacco al potere degli inglesi in Irlanda. O'Neill aveva studiato a Londra e Elisabetta credeva che le sarebbe stato fedele. A partire dal 1594 O'Neill venne a un conflitto aperto con gli inglesi, dando inizio alla Guerra dei Nove Anni (1594- 1603). Si rivelò un avversario coraggioso e astuto, tanto che gli inglesi, pur intensificando la campagna contro di lui, ebbero poco successo fino al 1601. Hugh O’Neill
5. Nel settembre di quell'anno un'armata spagnola arrivò in Irlanda per unirsi a O'Neill, ma purtroppo sbarcarono a Kinsale, nella contea di Cork, a circa 480 Km dal territorio di O'Neill. Questi fu costretto a marciare verso sud per raggiungerli, e dopo un viaggio massacrante combatté nei pressi di Kinsale in un territorio sconosciuto. Gli irlandesi furono sconfitti dagli Inglesi guidati da Lord Mountjoy, mentre l'esercito spagnolo rimase bloccato a Kinsale. La battaglia di Kinsale segnò la fine per O'Neill e per l'Ulster. O'Neill e le sue armate riuscirono a ritornare nell'Ulster, ma il suo potere era ormai compromesso e 15 mesi dopo, nel 1603, egli si arrese e firmò il trattato di Mellifont, con il quale cedeva il potere e l'autorità alla corona inglese. Gli fu concesso di rimanere nell'Ulster a condizione che giurasse fedeltà alla corona, cosa che egli fece, ma nel 1607, dopo anni di frustante assoggettamento e vessazioni, O'Neill e altri 90 capi dell'Ulster si imbarcarono per l'Europa a Lough Swilly e lasciarono l'Irlanda per sempre. Questo evento venne chiamato 'Fuga dei Conti' (Flight or the Earls) e lasciò l'Ulster senza guida e aperta al dominio inglese.
6. Con la partenza dei capi locali, Elisabetta I e il suo successore Giacomo I intrapresero una politica di colonizzazione chiamata 'Plantation‘. Enormi appezzamenti di terra furono confiscati agli irlandesi e dalla Scozia e dall'Inghilterra giunsero molti coloni, che portarono un nuovo stile di vita e una religione diversa. Nello stesso tempo, la creazione del Trinity College a Dublino, università proibita ai cattolici, sottolineava la volontà dell'Inghilterra di segnare la sua egemonia culturale. Questi coloni mantennero la propria cultura e la propria religione, senza fondersi con la popolazione irlandese. Comincia dunque a profilarsi la "Questione Irlandese". Trinity College di Dublino
