SNOMED CT Patologian 2019 – projektin suunnitelman esittely. Suunnitelmien katselmointi ja keskustelu rajauksista, tavoitteista, konkreettisista tuotoksista ja työsuunnitelmista. Paula Kujala, THL

1. SNOMED CT Patologian
työpaja
SNOMED CT Seminaari 2019
29.3.2019

2. 29.3. SNOMED CT patologian työpaja
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula Kujala
▪ 12:40 SNOMED patologiassa nyt
▪ SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– Keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT patologian
luokitukselle, Pekka Laurila
- SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti Tolppanen
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula Kujala
▪ 15:00 Keskustelu: Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen,
laaturekisteriläinen ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen, Pekka Laurila
▪ 15:30 Tilaisuuden päätös, Paula Kujala

3. SNOMED use
▪ 1965 SNOP
▪ 1974 SNOMED
▪ 1979 SNOMED II
▪ 1993 SNOMED International 3.0
▪ 1995 SNOMED Microglossary of Signs and Symptoms
▪ 1993-98 SNOMED International versions 3.1-3.5
▪ 2002 First release of SNOMED CT
▪ 2007 All versions of SNOMED acquired by IHTSDO
▪ 2017 All SNOMED versions except SNOMED CT have been formally deprecated
by IHTSDO
Version used today

4. Patologian terminologian käyttö, case Helsinki
▪ Helsingissä 1970 luvulla, SNOP
▪ 1987 PaTi, patologian tietojärjestelmä, HY-patologian keskuslaboratoriossa
(Veterans Administration ohjelma pohjana)
– Snomed-2 diagnoosijärjestelmän pohjaksi
▪ 1999 Qpati kehitettiin patologian tietojärjestelmäksi
– graafinen käyttöliittymä
▪ Tällä hetkellä Qpati versio 3.0 laajalti käytössä eri yliopistosairaaloissa ja muissa
patologian laboratorioissa
– Samalla myös käytössä ollut diagnoosikoodisto on levinnyt eri laboratoriohin.
▪ HUSLAB:ssa kehitteillä My+ patologia, Mylab toimittajana
1.4.2019 4

5. Need for SNOMED CT in pathology
▪ Harmonization of SNOMED use in pathology labs to be able to compare the quality
of diagnostics and treatment, both nationally and internationally
▪ Need for syncronized update of codes in all laboratories
▪ Need for uniform data for research
▪ Need for uniform data for cancer registry, quality registries, biobanks
▪ In 2017 all traditional SNOMED versions except SNOMED CT were formally
deprecated by IHTSDO

6. SNOMED CT in pathology
▪ Pathology defined to be one of two applications in the Finnish SNOMED CT launch
▪ Pathology SNOMED CT project started in August 2018
▪ Finland was accepted as IHTSDO member in November 2018
▪ Pathology SNOMED CT feasibility study (phase 1) will be completed by the end of
March 2019

7. Snomed II use in diagnostics
▪ T (Topography) – Anatomic terms
▪ M (Morphology) – Changes found in cells, tissues and organs
the same harmonized codes shared with International Classification of Diseases for
Oncology.
▪ D (Diagnosis) – Diagnostic terms
▪ Not generally used in pathology labs: L (Living organisms) – Bacteria and viruses, C
(Chemical) – Drugs, F (Function) – Signs and symptoms, J (Occupation) – Terms
that describe the occupation, P (Procedure) – Administrative, diagnostic and
therapeutic procedures, A (Physical agents, forces, activities) – Devices and
activities associated with the disease, S (Social context) – Social conditions and
important relationships in medicine, G (General) – Syntactic linkages and qualifiers

8. Reporting diagnoses using Snomed II
Topography and Morphology: fairly uniform coding in laboratories
• Female breast, left (T04030): Carcinoma, infiltrating duct (M85003)
Prognostic factors: no uniform coding, even if some of the codes exist in
SNOMED II
• Female breast, left: ER neg/PR neg (M69901)
• Female breast, left: Her2 negative (DDISH) (M69900)

9. SNOMED CT in pathology,
results of PHASE 1
▪ SNOMED II usage in the five university hospitals is fairly stable for general
codes of common diagnoses and topographies (M, T, D)
▪ Number of codes in active use is fairly low (3 241 / year 2017)
▪ Use of synonyms and “non-standard” attributes within the term are common
▪ The granularity of codes (e.g. the subtypes and/or grades of cancer,
specific locations) varies
▪ Languages used in terms are Finnish, Swedish, English, Latin
▪ NHS reference set was also evaluated, probably parts will be used as part
of the Finnish reference set

10. NÄYTE- JA DIAGNOOSITIEDOT

11. SNOMED CT in pathology,
results of PHASE 1
▪ Algorithmic mapping using NHS SNOMED II to SNOMED CT and “reverse mapping” using
IHTSDO to SNOMED CT produced “promising” results:
▪ Some errors in existing mappings, some cancer forms are not included in ICD-O-3
mapping etc.
▪ In addition, there are quite a lot of agreeing on granularity of coding, how to code
certain concepts so that the data is truly harmonized between labs
NO CT MAP YES CT MAP TOTAL
SNOMED II AXIS N % N % N
D 26 14 % 162 86 % 188
M 545 28 % 1372 72 % 1917
T 85 7 % 1051 93 % 1136
TOTAL 656 20 % 2585 80 % 3241

12. 29.3. SNOMED CT patologian työpaja
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula Kujala
▪ 12:40 SNOMED patologiassa nyt
▪ SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– Keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT
patologian luokitukselle, Pekka Laurila
- SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti Tolppanen
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula Kujala
▪ 15:00 Keskustelu: Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen,
laaturekisteriläinen ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen, Pekka Laurila
▪ 15:30 Tilaisuuden päätös, Paula Kujala

13. 29.3. SNOMED CT patologian työpaja
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula Kujala
▪ 12:40 SNOMED patologiassa nyt
▪ SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– Lyhyt keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT patologian
luokitukselle, Pekka Laurila
- SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti Tolppanen
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula Kujala
▪ 15:00 Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen, laaturekisteriläinen
ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen
▪ 15:30 Tilaisuuden päätös, PK

14. 29.3. SNOMED CT patologian työpaja
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula Kujala
▪ 12:40 SNOMED patologiassa nyt
▪ SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– Lyhyt keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT patologian
luokitukselle, Pekka Laurila
- SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti Tolppanen
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula Kujala
▪ 15:00 Keskustelu: Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen,
laaturekisteriläinen ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen, Pekka Laurila

15. Projektin työpaketit/työkohteet
15
▪ Projektin työpaketit/työkohteissa käytetään IHTSDO dokumentin ’Practical Guide to Reference
Sets’ mukaista jaottelua:
TP 1 TP 2 TP 4 TP 6
TP 3 TP 5Projekti 1.12.2018
Vaihe 2

16. SNOMED CT IN PATHOLOGY,
PLAN FOR PHASE 2
▪ SNOMED CT includes clinical findings, symptoms, diagnoses, procedures, body structures,
organisms and other etiologies, substances, pharmaceuticals, devices and specimens.
▪ Contains about 440000 codes!
▪ Focus on M (morphologic abnormality), T (body structure), D (disorder) categories
▪ Further evaluation of initial reference set including comparison with NHS Reference set for
histopathology
▪ NHS contains about 4990 morphologic abnormalities, 28000 body structure codes
▪ Terms in English – maybe later in Finnish incl other synonyms

17. SNOMED CT in pathology,
Plan for phase 2
▪ Tampere pilottina – patologian järjestelmän päivitys tulossa
▪ Helsinki seuraava – uusi patologian järjestelmä tulossa
▪ Muiden tilanne, aikataulu, järjestys
▪ Substanssiin liittyvät kysymykset, keitä konsultoidaan ongelmissa
▪ SNOMED CT:hen liittyvät kysymykset: tarvittavat/riittävät mappaukset, Input koodien
valinta, synonyymien käyttö ja valinta
▪ Miten SNOMED CT käyttöä sovelletaan/laajennetaan hallitusti? Taulukkotietoon?
Tutkimusnimikkeistöön? Patologian erityismetodeihin? Genetiikkaan?

18. SNOMED CT in pathology,
Plan for phase 2
▪ Tietojärjestelmiin liittyvät kysymykset: millaisia muutoksia nykytilanteeseen tarvitaan
patologian järjestelmissä tai laboratorion järjestelmissä tai potilastietojärjestelmissä
tai Kannassa.
▪ Tiedon käyttöön ja raportointiin liittyvät kysymykset: mikä on input-koodin merkitys?
miten esim. etsitään nykyisiä T-M pareja, jos S2-pohjasta luovuttaisiin jatkossa
kokonaan? Syöpärekisteri-ilmoitukset, syöpärekisterin tekemät mappaukset

19. SNOMED CT IN PATHOLOGY,
PLAN FOR PHASE 2
TMD INPUTID SNOMED
CONCEPTID
SNOMED CT FULLY SPECIFIED NAME
M M80000 3898006 Neoplasm, benign (morphologic abnormality)
M M80001 86251006 Neoplasm, uncertain whether benign or malignant (morphologic abnormality)
M M80003 86049000 Malignant neoplasm, primary (morphologic abnormality)
M M80006 14799000 Neoplasm, metastatic (morphologic abnormality)
M M80009 6219000 Neoplasm, malignant, uncertain whether primary or metastatic (morphologic abnormality)
M M80011 39577004 Tumor cells, uncertain whether benign or malignant (morphologic abnormality)
M M80013 88400008 Tumor cells, malignant (morphologic abnormality)
M M80102 68956006 Carcinoma in situ, no International Classification of Diseases for Oncology subtype (morphologic abnormality)
M M80103 68453008 Carcinoma, no subtype (morphologic abnormality)
M M80106 79282002 Carcinoma, metastatic (morphologic abnormality)
M M80109 7010000 Carcinomatosis (morphologic abnormality)
M M80123 22687000 Large cell carcinoma (morphologic abnormality)
M M80133 128628002 Large cell neuroendocrine carcinoma (morphologic abnormality)
M M80203 38549000 Carcinoma, undifferentiated (morphologic abnormality)
M M80213 58248003 Carcinoma, anaplastic (morphologic abnormality)
M M80223 16741004 Pleomorphic carcinoma (morphologic abnormality)
M M80313 42596004 Giant cell carcinoma (morphologic abnormality)
M M80323 65692009 Spindle cell carcinoma (morphologic abnormality)
M M80400 128876004 Tumorlet, benign (morphologic abnormality)
M M80401 72938002 Tumorlet (morphologic abnormality)
M M80413 74364000 Small cell carcinoma (morphologic abnormality)
Note: Table is for illustratory purposes only – algorithm generated from existing
SNOMED II usage data using mapping tables

20. SNOMED CT in pathology,
Plan for phase 2
▪ By-product: SNOMED CT coding of 1-3 synoptic reports (to be used as templates for other patient
groups)
▪ ICD-O-3 mapping from SNOMED CT Finnish Pathology refset
▪ Preparation of delivery package for SNOMED NRC FI

21. Sisällön laadunvarmistus (’Content Review’) ja Jakelu
(’Distribution’)
– Sisällön laadunvarmistus sen osalta, että tuotettu sisältö vastaa tarvekartoituksen perusteella
tehtyjä valintoja
– Lisäksi laadunvarmistuksen tavoitteena on saavuttaa kansallinen konsensus patologian
luokituksista
– Työmenetelminä työryhmä (SNOMED CT työryhmän patologit) sekä työpajatyöskentely
– THL Koodistopalvelun prosessien mukainen hyväksyntä: lausuntopyynnöt → (ainakin) IAP:n
Suomen alajaoston hyväksyntä → THL vahvistaa määrittelyt kansalliseksi
referenssimääritykseksi → julkaisu
– Jakeluaineiston muodostaminen Koodistopalvelimelle ja IHTSDO Suomi-sivustolle
– Jakelu osana THL Koodistopalvelun prosessia
21
Vaihe 2

22. 29.3. SNOMED CT PATOLOGIAN TYÖPAJA
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula K
▪ 12:40 SNOMED patologiassa ruudussa 0, Paula K
– SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta Diat 11-12
– Lyhyt keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT patologian luokitukselle,
Pekka L
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula K
▪ 15:00 Keskustelu: Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen,
laaturekisteriläinen ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen, Pekka Laurila
▪ 15:30 Tilaisuuden päätös, PK

23. Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi
jotta kliinikko, biopankkilainen, laaturekisteriläinen ja
järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen
▪ Kommentit ja yhteistyö kehitysvaiheessa, aikataulusta
▪ Kommentit käyttöönotosta
▪ Kommentit ylläpidosta ja laajennuksista
▪ Vanhojen tietojen käyttö

24. 29.3. SNOMED CT PATOLOGIAN TYÖPAJA
▪ 12:30 Tilaisuuden avaus, Paula Kujala
▪ 12:40 SNOMED patologiassa nyt
▪ SNOMED käyttö suomalaisissa laboratorioissa, analyysia nykytilanteesta
– Keskustelu
13:15 Kahvi
▪ 13:30 Tavoitteet, rajaukset ja konkreettiset tuotokset (”projektin output”) uudistetulle SNOMED CT patologian
luokitukselle, Pekka Laurila
- SNOMED -2 kliinisen raportoinnin, Suomen syöpärekisterin, laaturekisterien ja biopankkien kannalta
- Keskustelu
▪ 14:30 SNOMED CT ja tietojärjestelmät. Esa-Matti Tolppanen
▪ 14:45 Suunnitelma siitä miten päästäisiin maaliin. Tampere ensin, muut perässä… Paula Kujala
▪ 15:00 Mitä pitäisi SNOMED CT patologiassa saada aikaiseksi jotta kliinikko, biopankkilainen, laaturekisteriläinen
ja järjestelmän toimittaja olisi tyytyväinen, Pekka Laurila
▪ - Keskustelu
15:30 Tilaisuuden päätös, Paula Kujala