Kapsul merupakan lapisan pelindung sel bakteri yang terbuat dari polisakarida. Kapsul dapat dikenali dengan pewarnaan menggunakan Carbol Fuchsin dan tinta cina, dimana kapsul akan tetap transparan sedangkan badan bakteri akan berwarna merah. Ada beberapa metode pewarnaan kapsul seperti metode Burry Gins, Hiss, dan Muir.