PKI melakukan pemberontakan di Madiun pada 1948 yang dipimpin oleh Muso dan Amir Syarifudin. Mereka memproklamirkan Negara Soviet Indonesia namun diberantas oleh tentara pimpinan Gatot Subroto. Muso tewas dan Amir dieksekusi setelah ditangkap. PKI juga menolak kebijakan rekonstruksi dan rasionalisasi dalam tentara serta perjanjian Renville antara Indonesia dan Belanda.