Documentazione "Open Access" per la chimica dalla Rete - Documentation for "open access chemistry" - Collegamento al sito http://www.freescience.info/index.php (http://www.attaccalite.altervista.org/OpenWeb.pdf)

1. Il Chimico • n. 1 gen/feb 2007
DAGLI
ISCRITTI
Documentazione “Open” dal web 1
Per gli appassionati un manuale in-
Contenuti “chimici” nella rete troduttivo in italiano è reperibile al
sito www.codex.altervista.org.
2
http://it.openoffice.org (versione in
Dr. Tiziano Vendrame, Ordine dei Chimici della Provincia di Treviso italiano): è un ottimo punto di par-
tenza per una “esplorazione” del
mondo “Open Source”
3
Questi programmi devono avere un
“codice sorgente” che può essere li-
E’ nota a tutti la notevole diffusione che negli an- Si tratta di riviste strutturate apparentemente co- beramente letto, ridistribuito e mo-
dificato dai programmatori. Per una
ni recenti hanno avuto i programmi cosiddetti me quelle tradizionali, ma distribuite per lo più so-
definizione più accurata vedi “Open
“Open Source”, quali il sistema operativo Linux1 e il lo in rete. L’accesso è gratuito; talvolta viene ri- Source Initiative” (OSI) in
pacchetto di applicativi Open Office2. chiesta una registrazione. http://www.opensource.org/docs/de-
finition.php
Una loro caratteristica fondamentale è la possibi- Per sostenere i costi gli editori devono quindi 4
Per un elenco di siti più o meno
lità di essere liberamente utilizzabili e modificabi- sfruttare finanziatori istituzionali (es. Arkivoc9, specializzati vedi sempre il rif. 2 (The
li dagli utenti/sviluppatori3, pur non escludendo Beilstein10 Analytical Sciences11, ecc.) o pubblicità (è Case for Open Source: For Hackers
http://www.opensource.org/advoca-
l’esistenza di versioni commerciali a pagamento. tuttavia il caso di molte riviste a carattere tecnico cy/case_for_hackers.php);
Oltre a questi, ben noti, esiste una vera galassia di – applicativo, non accademico, che esulano da 5
La suddivisione per materie è nella
progetti analoghi, che si evolvono e migliorano questo contesto). sez. “Project/Software map/Display
all/Project topics...Vedi “Chemistry” e
grazie ad una miriade di contributi da parte degli Un sistema che capovolge regole consolidate è “Molecular sciences”
utilizzatori. quello di far pagare gli autori: una rivista afferma- 6
Una caratteristica interessante di
ta può chiedere anche oltre 2000 € per pubblica- “freshmeat” è di indicare i progetti
“più vitali” e “più popolari” per cia-
Tra le varie raccolte indicizzate per categorie4 se ne re un articolo12 (!) ma questo modello editoriale scuna sezione.
segnalano due per le notevoli dimensioni: “Sour-S viene visto con crescente favore13. 7
Per dettagli sulle tipologie di licenze
ceForge”5 (http://sourceforge.net) e “freshmeat”
f software “Open” vedi
http://www.opensource.org/index.php
(http://freshmeat.net) Il problema dei costi14 per l’accesso all’informazio- 8
Una definizione precisa si ha nel sito
ne scientifica è centrale nello sviluppo della filoso- della Budapest Open Access Initiati-
Il primo è un archivio imponente, che vanta oltre fia “Open”15. L’esplosione di tante iniziative, che ca- ve
(http://earlham.edu/~peters/fos/bo-
100000 progetti, di cui circa 300 dedicati alla chi- ricano i costi sugli autori, è legato alla percezione aifaq.htm); in sostanza un giornale è
mica, mentre il secondo contiene una novantina di che lo svantaggio dei costi di abbonamento di una “Open Access” solo se consente agli
utilizzatori di “leggere, scaricare, co-
programmi a carattere chimico6. rivista tradizionale, che crea un ostacolo alla diffu-
piare, distribuire, stampare, ricercare,
In entrambi i siti vi sono le tipologie di programmi sione dei risultati, supera di gran lunga il vantag- o collegare (link) il testo completo di
più disparate: da programmi di visualizzazione gio della pubblicazione “gratuita”16. questi articoli”. Ricordare che un ar-
ticolo può essere “Open” solo se
molecolare (dai più semplici, di pura grafica, a veri l’autore lo consente, e in ogni caso i
programmi di calcolo di strutture molecolari e pro- Oltre a riviste “Open” strutturate come quelle tra- diritti d’autore sul materiale pubbli-
prietà collegate), a programmi per l’acquisizione e dizionali, attraverso il processo di peer-review17, vi 9
cato rimangono validi.
“Archive for Organic Chemistry”
la gestione dati spettroscopici, per la gestione di sono iniziative che saltano questo tipo di filtro, (http://www.arkat-usa.org), finanzia-
strumentazione analitica, per il calcolo di proprie- configurandosi come “archivi”18. Questo va tenuto to dalla “Arkat USA Inc. “, una soci-
tà quantomeccaniche, fino a “semplici” programmi presente ma non è, di per sè, indice di scarsa qua- età senza fine di lucro (“charity”) na-
ta nel 2000 da una donazione per-
didattici e di simulazione. lità delle pubblicazioni. sonale di Alan (e Linde) Katritzky,
Vi sono anche “suite” di programmi per la gestio- Un esempio degno di nota è arXiv, sostenuto dal- responsabile dell’omonimo gruppo
ne di dati sperimentali in ambito di ricerca e appli- la Cornell University, (http://xxx.lanl.gov), dedicato di ricerca sugli eterocicli all’Univer-
sità della Florida
cativo. Non mancano nemmeno esempi di LIMS principalmente a fisica, matematica, informatica, 10
“Beilstein Journal of Organic Chem-
per la gestione del laboratorio chimico! ma con interessanti sottosezioni di chimica fisica e istry” (http://bjoc.beilstein-
Utilizzando questi siti è da ricordare che l’uso con- biochimica, che vanta oltre 387000 e-prints. journals.org) edito dall’omonimo Isti-
tuto
sentito dei programmi, anche nel mondo “Open” Nato nel 1991, arXiv è un “highly-automated elec- 11
Della “Japan Society for Analytical
dipende dal tipo di licenza7 con la quale vengono tronic archive and distribution server for research Chemistry”
(http://www.jstage.jst.go.jp/browse/a
rilasciati, e non tutti quelli elencati sono comple- papers”...”without the editorial operations associa-
nalsci)
tamente “Open”. ted to peer review”, ossia un sistema di “pura dis- 12
Chemical & Engineering News (Vol.
seminazione”, a costi estremamente bassi19. 84, n° 26 di luglio 2006, versione
on-line
Parallelamente allo sviluppo della filosofia “Open In questo sistema gli stessi autori archiviano diret- http://pubs.acs.org/cen/news/84/i27
Source” nella programmazione, si sta diffondendo tamente i propri articoli (e-prints) pronti alla con- /8427notw3.html) riporta costi di
un modello di letteratura tecnico – scientifica sultazione “diretta”. Tuttavia anche in questo caso 3000 $ su 36 giornali del gruppo
“Open Access”8. vi è un filtro, legato al meccanismo di registrazio-
In relazione alle norme di pubblicazione di contributi di interesse scientifico-professionale su “Il Chimico Italiano” il
presente articolo è stato ricevuto il 10 novembre 2006 ed è stato accettato per la pubblicazione il 3 gennaio 2007
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2. Il Chimico • n. 1 gen/feb 2007
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Elsevier, mentre “Public Library of
ne degli autori, che garantisce una forma di auto- di buon livello e con “fisionomie” caratteristiche. In
Sciences” (PloS), che pubblica sei controllo su quanto viene pubblicato. merito al “carattere” può essere interessante il
giornali Open Access, richiede tra confronto tra le riviste “Acta Chimica Slovenica”,
1500 e 2000 – 2500 $.
13
Il gruppo Springer consente una All’estremo opposto degli archivi automatici, un “Croatica Chemica Acta” e ”Journal of the Serbian
versione Open (“Springer Open “caso limite” di controllo dei contenuti, ben oltre la Chemical Society”.
Choice™”), previo pagamento di peer-review, è dato da “Organic Synthesis”20, una
O
3000 $ ad articolo, una volta che
questo sia stato accettato. Interes- serie di volumi dedicata alla sintesi, ben nota ai L’utilità di tali iniziative è legata in generale, oltre
sante la scelta di adottare una li- chimici organici, oramai disponibile in versione on- alla qualità del materiale pubblicato, anche all’ef-
cenza d’uso compatibile con la
line “free” dal 1998. ficienza dei motori di ricerca interni e all’indicizza-
“Creative Commons Attribution Li-
cence” La peculiarità è che in questo caso la “review” av- zione degli articoli. Un buon esempio è dato dalle
(http://creativecommons.org/licen- viene tramite la ripetizione completa delle prepa- riviste edite dalla Korean Chemical Society, (vedi
ses/by-nc/2.5)
14
Nelle sezioni descrittive di “Arkivoc”
razioni proposte, da parte di sperimentatori appar- “Bulletin of the Korean Chemical Society” in doaj)
si può reperire un’interessante ta- tenenti ad un laboratorio diverso da quello dell’au- indicizzate in un unico “motore”.
bella comparativa del costo per pa- tore, che aggiungono le proprie osservazioni. E’ da E’ da ricordare che numerose riviste di carattere
gina delle più famose riviste di chi-
mica organica.
precisare che lo scopo di questa serie non è tanto chimico (es. biochimica, scienza dei materiali, chi-
15
Vale la pena di ricordare che nel di pubblicare contributi nuovi ed originali, quanto mica dell’ambiente) in doaj sono catalogati in aree
2004 ben 17 atenei italiani hanno piuttosto di fornire procedure di sintesi affidabili, diverse (biologia, ingegneria...).
aderito alla “Dichiarazione di Berli-
no” (Berlin Declaration on Open Ac-
collaudate e riproducibili21. A confine tra Chimica e discipline umanistiche,
cess to Knowledge in the Sciences merita una citazione la rivista “Hyle” (International
and Humanities), a sostegno del- Nel marasma di iniziative in continua evoluzione, Journal for Philosopy of Chemistry), periodico di
l’accesso aperto alla letteratura
scientifica. Tale Dichiarazione si ri- un ottimo catalogo di giornali Open “tradizionali”, filosofia applicata alla chimica24. L’argomento può
collega alla già citata “Budapest suddiviso per categorie, è la “Directory Open Access
D apparire esotico, ma la rivista merita comunque
Open Access Initiative” Journals” (http://www.doaj.org) collegata a circa almeno una visita.
16
Una interessante discussione sui
costi (e i guadagni) dell’editoria 2400 riviste, che copre sia aree tecnico – scientifi-
scientifica si ha nella sezione che, che applicative ed umanistico – sociali. Tra le “curiosità molto serie” del web chimico, lega-
“blurb” di arXiv (in “About arXiv”); in Il progetto è sostenuto dall’Università di Lund ta in qualche modo al “mondo Open” è da segna-
particolare l’articolo di Paul Gin-
sparg (dei Los Alamos National La- (Svezia meridionale), ed è rivolto solamente a rivi- lare la “Molecular Diversity Preservation Initiative”
M
boratory) “Creating a global kno- ste di carattere scientifico o accademico che vigi- (http://www.mdpi.net).
wledge network”, reperibile diretta-
lano sulla qualità degli articoli pubblicati, tramite il
mente al sito
http://people.ccmr.cornell.edu/~gin- sistema di peer-review, o attraverso controlli di ti- La traduzione suona bizzarra, al contrario dell’in-
sparg/blurb/pg01unesco.html po editoriale. Per oltre 700 giornali è possibile ese- tento: raccogliere e conservare in un archivio cam-
17
“revisione tra pari”, ossia attraverso
l’esame preliminare degli articoli da
guire ricerche fino a livello di articolo (per parole pioni di composti che altrimenti, dopo la sintesi o
parte dei “referee”, esperti del set- chiave). l’isolamento, finirebbero per essere dispersi o di-
tore che valutano l’idoneità di un strutti.
articolo alla pubblicazione, in ter-
mini di correttezza scientifica e di
Nella sezione “chemistry” si contano22 53 riviste, di Il valore dell’iniziativa, a cui hanno dato soste-
aderenza alle linee editoriali; e que- cui 2 di chimica analitica, 39 di chimica generale, gno ben sette Premi Nobel, diventa comprensibi-
sto incide notevolmente sui costi. 3 di chimica organica, 8 di ingegneria chimica e le se si pensa che dei milioni di composti descrit-
18
Per informazioni sui protocolli di
gestione di archivi “Open” vedere la
solo 1 di chimica inorganica. ti in letteratura solo qualche decina di migliaia,
“Open Archives Initiative” (OAI) ossia una misera frazione, è effettivamente rin-
http://www.openarchives.org Tra le riviste di chimica analitica merita una segna- tracciabile25 su qualche scaffale da qualche par-
19
Per una descrizione più estesa delle
vedi gli articoli del già citato “blurb” lazione la già citata “Analytical Sciences” della te del mondo.
di arXiv in http://people.ccmr.cor- “Japan Society for Analytical Chemistry” 23 Di solito è normale che dopo la sintesi e lo studio
nell.edu/~ginsparg/blurb/ Per la chimica organica il “Beilstein Journal of Or- iniziale, se un nuovo composto non dimostra un
20
http://www.orgsyn.org la serie è
iniziata a cavallo della 1° guerra ganic Chemistry”, nato nel 2005, non ha certo bi- ulteriore interesse scientifico o commerciale, rima-
mondiale sogno di presentazioni. ne “parcheggiato” per un certo periodo nel labora-
21
Meriterebbero un accenno alcuni si-
Tuttavia nello stesso settore è molto interessante torio d’origine, ma alla lunga finisce “disperso” o
ti “amatoriali” dedicati alla sintesi
organica (e non), spesso splendida- anche la rivista “Arkivoc”, nata nel 2000, ben pri- viene smaltito tra i rifiuti.
mente documentata anche dal ma della precedente, che si contraddistingue tra Questo preclude ulteriori ricerche (e verifiche!26) su
punto di vista fotografico (es. Lam-
bda Syn, Sciencemadness ecc.), ma
l’altro per le “Commemorative Issues”, dedicate a molecole descritte anche nel recente passato: sin-
in questi casi l’identità e l’affidabili- figure eminenti della chimica organica. tetizzare ex novo una molecola è comunque
tà degli autori di solito non è verifi- Nelle riviste a carattere generale numerose sono un’operazione impegnativa, e non sempre è un la-
quelle edite da Società chimiche nazionali, spesso voro alla portata di chi ne avrebbe bisogno.
In relazione alle norme di pubblicazione di contributi di interesse scientifico-professionale su “Il Chimico Italiano” il
presente articolo è stato ricevuto il 10 novembre 2006 ed è stato accettato per la pubblicazione il 3 gennaio 2007
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3. Il Chimico • n. 1 gen/feb 2007
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L’archivio dei composti (che guarda caso è situato sofia del brevetto è quella di ottenere l’esclusiva di
a Basilea) offre, in quest’ottica, un servizio di pre- ciò che viene descritto.
stito/consegna dei campioni depositati che, a cer- Pur dovendo diffidare del testo dei brevetti, per
te condizioni, può essere reso anche gratuitamen- sua natura ambiguo e fuorviante32, l’esame anche
te. Di fatto si tratta di una biblioteca, che non pre- sommario della letteratura brevettuale è molto
sta libri ma “molecole”. Il paragone è molto stretto, utile per farsi un’idea delle linee di sviluppo o dei
se si pensa che dopo tutto una molecola contiene filoni applicativi relativi ad una determinata area
in sé più informazioni di qualsiasi descrizione che
tecnologica33.
può esserne data.
Non è poi raro riconoscere, in brevetti vecchi o ad-
cabile
dirittura già abbondantemente scaduti, idee o pro- 22
Al momento della stesura dell’arti-
A questa “Iniziativa” sono collegate alcune interes-
dotti che vengono ancora spacciati come “nuovi” colo...
santi riviste27 on-line: “Molecules”, “International 23
Pubblica anche il “Bunseki Kagaku”
Journal of Molecular Sciences”, Sensors”, “Entro- o “novità”. (per lo più in giapponese) e “X-ray
Structure Analysis Online” vantato
py”, “Marine Drugs”, “Molbank”, “ECSOC 28” ecc. come “l’unico giornale elettronico
Non tutte queste riviste sono indicizzate in doaj, in Una delle banche dati più importanti dedicate a per reports di strutture cristalline”
quanto alcune prevedono accesso “immediato” a questo settore è quella dell’Ufficio europeo dei 24
“Hyle” (http://www.hyle.org) è an-
che un ottimo punto di partenza
pagamento e accesso “Open” differito29. brevetti (European Patent Office: http://www.eu-
E
per i numerosi link a riviste di storia
Rispetto a quanto già illustrato, la pubblicazione di ropean-patent-office.org) dal quale si può accede- e filosofia della scienza.
un articolo sulle riviste principali di questo gruppo re al sito nazionale preferito34, ed eseguire ricerche
25
Spesso con notevoli difficoltà, cer-
cando di contattare i singoli ricer-
(soggette a peer-review) costa 500 €. su 50 milioni di documenti on-line. La ricerca è catori
configurata in modo da essere abbastanza sempli- 26
La cosa può essere molto importan-
Una rivista “minore” (ma piuttosto interessante) te in campo brevettuale, ma non
ce anche per un neofita. Nel sito vi è poi parecchio solo
del gruppo è “Molbank”, che si caratterizza per la materiale didattico per chi vuole approfondire le 27
Accessibili dalla pagina principale
filosofia “una molecola – un articolo” 30, destinata tematiche brevettuali. della già citata “mdpi.net”
28
quindi a raccogliere materiale molto eterogeneo. “International Electronic Conference
on Synthetic Organic Chemistry”,
La pubblicazione di un articolo su questa rivista una raccolta annuale di “atti” che
Oltre ai siti europei va senz’altro considerato l’Uf-
(pure soggetta a peer-review) costa solo 50 €. Da parte dal 1997 con numerosissimi
ficio brevetti statunitense (United States Patent
U contributi su temi attuali della chi-
notare che in quest’ultimo caso, la fornitura di al-
meno due campioni dei composti oggetto degli and Trademark Office: http://www.uspto.gov) con 29
mica organica.
La politica di doaj è di non indiciz-
articoli esonera dalle spese di pubblicazione. Un modalità di consultazione analoghe ai precedenti. zare riviste con accesso differito
insolito caso di “pagamento in natura”! (“in kind”). Anche questo è ricco di documentazione su legi- 30
“one-compound-per-paper short
notes and communications on syn-
slazione e tecnica brevettuale. Una funzione ap- thetic compounds and natural pro-
Oltre alle riviste, vi sono numerose banche dati “Open prezzabile è quella “Text only”, che accelera il tra- ducts”
31
http://oaister.umdl.umich.edu/o/oai-
Access”. Sicuramente degna di nota è “Oaister” 31, un sferimento dei documenti.
ster (basta cercare “oaister” su
progetto dell’Università del Michigan. Lo scopo è di Google...) La sigla suona come
creare una raccolta di “risorse digitali” di carattere ac- Concludendo con un accenno alla manualistica “ostrica” (oyster), cui allude il logo
del sito
cademico, in precedenza di difficile accesso. “free”, un sito interessante è “Free Science”35
F 32
La descrizione “giusta” è di solito
(http://www.freescience.info) su cui sono reperibili “annegata” in un mare di dettagli
Oaister raccoglie oltre nove milioni di documenti, superflui e di indicazioni fallimentari
numerosi testi dedicati a chimica, fisica, matema- 33
La replica dei risultati di un brevet-
tra articoli, tesi di laurea, materiale fotografico e di tica e una selezione di programmi “Open” di inte- to è tutt’altra questione: mi è capi-
altre tipologie, che si possono selezionare con le resse scientifico. tato personalmente di partecipare
usuali ricerche per parole chiave, ed “aprire” o “sca- ad una duplicazione riuscita al tre-
dicesimo tentativo! (eppure il testo
ricare” direttamente dall’interfaccia utente. sembrava chiaro, e la reazione sem-
In campo chimico su Oaister si rintracciano nume- brava semplice...)
Ringraziamenti: 34
oppure rapidamente tramite la se-
rosissimi documenti, sia “antichi” che recentissimi,
dei temi e formati più vari. una menzione particolare merita il libro “Il sapere zione “esp@cenet” http://ep.espa-
cenet.com
liberato” del “Gruppo Laser36”, uscito nel settembre 35
NB: freescience non contiene alcun
Altre utilissime banche dati, spesso dimenticate, 2005 e pubblicato nella “Nuova serie Feltrinelli”, libro ma solo i link alle pagine per-
sonali degli autori che hanno deciso
ma generalmente di libero accesso, sono quelle che mi ha dato lo spunto per questo articolo ed è di mettere online i loro testi.
brevettuali. un’ottima introduzione alle tematiche trattate 36
http://www.e-laser.org
Può sembrare strano citare i brevetti come fonte di (brevetti e accesso all’informazione), indipenden-
informazione in un contesto “Open”, ma una filo- temente dagli orientamenti del lettore.
In relazione alle norme di pubblicazione di contributi di interesse scientifico-professionale su “Il Chimico Italiano” il
presente articolo è stato ricevuto il 10 novembre 2006 ed è stato accettato per la pubblicazione il 3 gennaio 2007
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