ライフサイエンス分野におけるLinked Open Dataの活用例

ライフサイエンス分野における
Linked Open Dataの活用例

LODチャレンジ実行委員細見，豊田

Copyright: (C) 2011 LODチャレンジ実行委員会 1

ライフサイエンス分野のLOD
 病気、薬、様々なタンパク質、遺伝子、医学論文、
従来の公開データ
臨床試験などに関するデータが米欧や日本で公開（相互にリンクが無く、フォーマットや名称表記も
 データ提供者・公開者とデータ公開URL 異なるため、相互参照が困難）

– W3C Linking Open Drug Data project 薬情報臨床試験情報
（http://www.w3.org/wiki/HCLSIG/LODD/Data） DrugBank ClinicalTrials

– 欧州Ontotext社 The human
DailyMed
（http://linkedlifedata.com/） diseasome
薬情報病気，遺伝子情報
– 理化学研究所（http://BioLOD.org/）
– サーバーエッヂ社 W3CやOntotext社によるLOD化
（http://www.semanticweb.jp/lod/LodOfLsd.html）（互いの情報がリンクで容易に参照可能）

 データの規模
使用した薬の詳細
– 種類によって数千（基本概念）臨床試験情報
薬情報
～数十億（タンパク質など） DrugBank LinkedCT
 データ形式病気の詳細
薬同士の関係
– 殆どがRDF形式（構文はNotation3 or XML）
で入手可能 DailyMed Diseasome
薬情報病気，遺伝子情報
病気と薬の関係


病気に関するLOD（Diseasome）の例
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74>
左記のRDF（Notation3）データを
<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>
図化＆和訳したもの
"Alzheimer_disease" .
病気（Disease）
a 「アルツハイマー病」
上位概念
<http://www4.wiwiss.fu-
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/diseases> . ラベル
Diseasomeの病気ID
病気74
<http://www4.wiwiss.fu- 病気種別
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/class>
<http://www4.wiwiss.fu- 関連遺伝子神経疾患
berlin.de/diseasome/resource/diseaseClass/Neurological> .

<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/diseasome/resource/diseases/74> 候補薬剤
PSEN1
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/associatedGene>
berlin.de/diseasome/resource/genes/PSEN1> . DailyMedの薬ID
薬205
berlin.de/diseasome/resource/diseasome/possibleDrug> DailyMedのデータセットへのリンクで
<http://www4.wiwiss.fu-berlin.de/dailymed/resource/drugs/205> . 薬205の詳細な情報を参照可能


TripleMapを用いたLOD活用例
http://triplemap.com/

臨床試験ピック病
データ

関連する
遺伝子
認知症
薬と標的疾患の候補

アルツハイマー病

TripleMapでLODの検索と各種関連データのビジュアルな参照が可能。
「最近見つかったアルツハイマー病の新たな候補薬剤が、関連遺伝子PSEN1が共通するピック病に
活かせるかも？」といった調査・検討が効率的にできる。

日本における大規模LOD公開サイト
W3C のレイヤーケーキ図詳細は http://ja.BioLOD.org
Unifying logic

Logic for biology
BioSPARQL.org
OWL-based
Query builder
SemanticJSON.org
Ontology: OWL
Query: BioLOD.org Rule
SPARQL RDFS RIF
SciNetS.org
The Semantic Web layer cake: the technology
stack for the W3C Web architecture Data interchange:
http://www.ibm.com/developerworks/xml/tutorials/x- RDF
sparql/section2.html LinkData.org

LinkData.jp はライフサイエンスに限定しない日本語LOD投稿サイトで、誰でも簡単にRDF作品を創って公
開できる（平成23年12月から運用開始）。その中から選ばれたデータがライフサイエンスの専門家によって
SciNetS.org の情報基盤で再編纂され、オントロジーで体系化されて BioLOD.org からダウンロードできる

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