38th MTG in NIBIO

1. 2014/11/20
第38回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
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2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
– 進捗報告
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– BioHackathon2014の報告
– ICD-10のRDF化について
• 分子生物学会のブース展示
– デモの準備
– 最終確認
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3. 進捗報告
• チュートリアルの修正
• KNApSAcKの検索結果がRDFa Liteのマークアップを反
映(Thanks to previous MEDALS and NBDC)
• PDBjのRDFa Liteのマークアップに対応したindexの作
成開始（Thanks to NBDC)
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4. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• BioHackathon2014の報告
• ICD-10のRDF化
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5. BioHackathon
の報告
片山さん
@DBCLSの投稿
より引用
5

6. Drug Discovery
• 薬と疾患の関連性をLinked Dataと機械学習を組み合わせ
てスコア化し，疾患（特に希少疾患）に対して使用できそ
うな新しい薬を見つける取り組み
• http://bit.ly/1t4Jdrw
– 30ページ付近より
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7. Ten simple rules for publishing
Linked Data for the Life Sciences
• https://github.com/dbcls/bh14/wiki/Ten-simple-rules-for-publishing-
Linked-Data-for-the-Life-Sciences
• 抜粋
– はじめる前にユースケースを作ろう
– Schemaを出そう
– SPARQL endpointで利用可能なデータにしよう
– 言葉で検索出来るようなクエリを作ろう
– ライセンスを明示しよう
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8. 関連の有りそうなTopics
• Node.js framework to query the EBI RDF
platform
– javascriptを使用してEBIで提供しているRDFの
Schemaをもっと見やすくしようという取り組み
• PDB2Uniprot
– Combining SIFTS with wwPDB/RDF using FALDO.
– https://github.com/dbcls/bh14/wiki/PDB2UniProt
• A chemical substance database, Nikkaji
– InChIKeyを通じて国内外の化合物データをつなげよ
うという取り組み
– https://drive.google.com/file/d/0B6E9_nujMg6QUXc3
V1lhdFotX3M/view
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9. ICD-10のRDF化
• BioPortal由来のRDFをベースに
• WHOのデータに準じたRDFを作成
• 工夫した点
– UMLS CUIとのマッピング
– バージョン情報の追加
– 階層情報の追加
– 作業上のコメントを追加
• 修正
– 凡ミス，rdfs:subClassOfの追加
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10. Schema
10
rdf:type
owl:Class
skos:notation
bioportal_ICD10:id
bioportal_STY:sty
xsd:string
bioportal_ICD10:id
rdfs:subClassOf
dcterms:ha sVersion
xsd:string
umls:cui
umls:hasSTY
umls:tui
xsd:string
xsd:string
sios:prefLabel
xsd:string
bf:classification
rdfs:label
xsd:string
xsd:string

11. 11
chapter block mid-block small-block
A00-
B99
A00-
A09
A08
V01-
Y98
V01-
X59
V01-
V99
C00-
D48
C00-
C75
C00-
C14
V01-
V09
C10
V02
Pattern 1 (Most)
three-character_
categories
four-character_
subcategorie
s
A08.2
C10.4
V02.1
Pattern 1 (Some)
Pattern 3 (Rare)
rdfs:subClassOf

12. 分子生物学会のブース展示
• 最終確認
• デモの準備
– Sagace
– TargetMine
– Toxygates
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13. 今後の予定
• 分子生物学会
– 11月25日（火）〜27日（木）
• 次回の予定
– 12月26日（金）？
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