Dokumen tersebut membahas update terkini mengenai varian baru COVID-19 seperti Omicron dan lainnya. Dokumen menjelaskan varian Omicron pertama kali dilaporkan dari Afrika Selatan pada November 2021 dan memiliki potensi mutasi yang menarik perhatian. Dokumen juga menjelaskan varian-varian lain seperti Delta, Lambda, Mu, serta situasi terkini COVID-19 di Indonesia.

1. UPDATE VARIAN COVID BARU OMICRON & LAINYA
Putra Adi Irawan, S.ST., M.Si
Teknologi Laboratorium Medik, Poltekkes Kemenkes Bengkulu
Email: putraadiirawan45@gmail.com
A. Varian
Varian virus covid omicron (B.1.1.529) pertama kali dilaporkan ke WHO yang
berasal dari Afrika Selatan pada 24 November 2021 lalu. Situasi epidemiologis di Afrika
Selatan ditandai dengan tiga puncak berbeda dalam kasus yang dilaporkan, yang terakhir
didominasi varian Delta. Dalam beberapa minggu terakhir, infeksi telah meningkat tajam,
bertepatan dengan deteksi varian B.1.1.529. Infeksi B.1.1.529 terkonfirmasi pertama yang
diketahui berasal dari spesimen yang dikumpulkan pada 9 November 2021.
Varian ini memiliki sejumlah besar potensi mutasi, beberapa di antaranya menjadi
perhatian ahli kesehatan karena dianggap perlu untuk penanganan khusus. Bukti awal
menunjukkan peningkatan risiko infeksi ulang dengan varian ini, dibandingkan dengan VOC
lainnya. Jumlah kasus varian ini tampaknya meningkat di hampir semua provinsi di Afrika
Selatan. Diagnostik PCR SARS-CoV-2 saat ini terus mendeteksi varian ini.
Beberapa laboratorium telah mengindikasikan bahwa untuk satu tes PCR yang
digunakan secara luas, salah satu dari tiga gen target tidak terdeteksi (disebut penurunan gen
S atau kegagalan target gen S) dan oleh karena itu tes ini dapat digunakan sebagai penanda
untuk varian ini, menunggu konfirmasi sekuensing. Penggunaan metode tersebut, dapat
mendeteksi varian tersebut lebih cepat daripada lonjakan infeksi sebelumnya.
Ada sejumlah penelitian yang sedang berlangsung dan dalam tahap evaluasi varian
ini. Berdasarkan sejumlah bukti yang ditampilkan menunjukkan bahwa ada perubahan yang
merugikan dalam epidemiologi COVID-19, sehingga Technical Advisory Group on SARS-
CoV-2 Virus Evolution (TAG-VE) bersama WHO menyimpulakn varian ini harus ditetapkan
sebagai Variant of Concern (VOC), dan WHO telah menetapkan B.1.1.529 sebagai VOC,
bernama Omicron. Oleh karena itu, berbagai negara diminta untuk melakukan hal-hal
berikut:
1) Meningkatkan upaya pengawasan dan pengurutan untuk lebih memahami varian SARS-
CoV-2 yang beredar.
2) Mengirimkan urutan genom lengkap dan metadata terkait ke database yang tersedia
untuk umum, seperti GISAID.
3) Melaporkan kasus/cluster awal yang terkait dengan infeksi VOC ke WHO melalui
mekanisme IHR.
4) Jika punya kapasitas dan berkoordinasi dengan komunitas internasional, melakukan
investigasi lapangan dan penilaian laboratorium untuk meningkatkan pemahaman
tentang potensi dampak VOC pada epidemiologi COVID-19, tingkat keparahan,
efektivitas tindakan kesehatan masyarakat dan sosial, metode diagnostik, respons imun,
antibodi netralisasi, atau karakteristik lain yang relevan.
5) Masyarakat diingatkan untuk meminimalisir risiko COVID-19, termasuk kesehatan
masyarakat dan tindakan sosial yang terbukti seperti mengenakan masker yang pas,
kebersihan tangan, jarak fisik, meningkatkan ventilasi ruang dalam ruangan,
menghindari ruang ramai, dan mendapatkan vaksinasi.

2. Menurut WHO terdapat tiga (3) Variant of Interest (VOI), Variant of Concern (VOC)
SARS-CoV-2, dan Variants Under Monitoring (VUM) lainnya yang ditemukan saat ini yaitu:
1) VOI SARS-CoV-2
Merupakan varian SARS-CoV-2 dengan perubahan genetik yang diperkirakan atau
diketahui mempengaruhi karakteristik virus seperti penularan, keparahan penyakit,
pelepasan kekebalan, pelepasan diagnostik atau terapeutik. Varian tersebut juga telah
diidentifikasi sebagai penyebab penularan komunitas yang signifikan, di sejumlah negara
dengan prevalensi relatif yang meningkat seiring dengan peningkatan jumlah kasus dari
waktu ke waktu, atau dampak epidemiologis nyata lainnya yang menunjukkan risiko yang
muncul terhadap kesehatan masyarakat global. Berikut ini adalah tabel jenis varian VOI
SARS-CoV-2 yaitu:
Tabel 1. Jenis varian VOI SARS-CoV-2
Label
WHO
Pango
Garis
keturunan*
Clade
GISAID
Regangan
berikutnya clade
Didokumentasi
Awal sampel
Tanggal
Diumumkan
Lambda C.37 GR/452Q.V1 21G Peru, Dec-2020 14-Jun-21
Mu B.1.621 GH 21H Colombia, Jan-
2021
30-Aug-21
Sumber: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants
2) VOC SARS-CoV-2
Merupakan varian SARS-CoV-2 yang memenuhi definisi VOI dan, melalui penilaian
komparatif, telah terbukti terkait dengan satu atau lebih perubahan berikut pada tingkat
tertentu signifikansi kesehatan masyarakat global, peningkatan penularan atau perubahan
yang merugikan dalam epidemiologi COVID-19, eningkatan virulensi atau perubahan
presentasi penyakit klinis, penurunan efektivitas kesehatan masyarakat dan tindakan sosial
atau diagnostik, vaksin, terapi yang tersedia. Berikut ini adalah tabel jenis varian VOI SARS-
CoV-2 yaitu:
Tabel 2. Varian VOI SARS-CoV-2
WHO label
Pango Garis
Keturunan•
GISAID
clade
Nextstrain
clade
Perubahan asam
amino tambahan
dipantau ° °
Dokumentasi
Awal Sampel
Tanggal
penunjukan
Alpha B.1.1.7 GRY 20I (V1)
+S:484K
United
Kingdom, 18-Dec-20
+S:452R Sep-2020
Beta B.1.351
GH/501
Y.V2
20H (V2) +S:L18F
South Africa,
18-Dec-20
May-2020
Gamma P.1
GR/501
Y.V3
20J (V3) +S:681H
Brazil,
11-Jan-21
Nov-2020
Delta B.1.617.2
G/478K.
V1
21A, 21I,
21J
+S:417N India,
VOI: 4-Apr-
2021
+S:484K Oct-2020
VOC: 11-
May-2021
Omicron* B.1.1.529 GRA 21K, 21L +R346K
Beberapa
Negara, Nov-
2021
VUM: 24-
Nov-2021
VOC: 26-
Nov-2021
Sumber: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants

3. 3) VARIANVUM
Varian VUM merupakan kelopok yang masih dalam taham monitoring yang
ditemukan di sejumlah negara, sebagaimana yang ditampilakan dalam tabel 3 berikut:
Tabel 3. Varian VUM
Pango garis
keturunan*
clade
GISAID
Nextstrain
clade
Didokumentasi
Awal sampel
Tanggal Diumumkan
AZ.5 # GR -
Beberapa negara,
VUM: 02-Jun-2021
Jan-21
C.1.2 GR - Afrika Selatan, Mei 2021 01-Sep-21
B.1.617.1 § G/452R.V3 21B India, Okt-2020
VOI: 4-Apr-2021
VUM: 20-Sep-2021
B.1.526 § GH/253G.V1 21F
Amerika Serikat, VOI: 24-Mar-2021
Nov-2020 VUM: 20-Sep-2021
B.1.525 § G/484K.V3 21D
Beberapa negara, VOI:17-Mar-2021
Des-2020 VUM: 20-Sep-2021
B.1.630 GH -
Republik Dominika, Mar-
2021
12-Okt-2021
B.1.640 GH/490R - Republik Kongo, Sep-2021 22-Nov-21
Sumber: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants
B. Update Situasi Covid Indonesia Terkini
Gambar 1. Grafik Asesmen Situasi Covid 19 Indonesia Per 15 Feb 2022
(Sumber: https://covid19.go.id/situasi)

4. Referensi:
 World Health Organization. (2022). Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern.
Artikel (online). Diakses Pada 17 Feb 2022 melalui laman: https://www.who.int/news/item/26-11-2021-
classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
 https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants
 https://cov-lineages.org/lineage_list.html
 https://www.pango.network/
 https://covid19.go.id/