Download to read offline
Uploaded byOlga Shatova
Количество однонуклеотидных полиморфизмов, определенных с помощью микроматрицы
Документ описывает методологию и результаты анализа геномов древних микробиомов, включая щетинокамин, мамонта и носорога, основанные на более чем 10,000 последовательностях 16s rRNA. Также упоминаются технологии сборки геномов и новые исследования микроматриц ДНК для многопараметрического анализа. Результаты указывают на важность геномной информации для понимания заболеваний и развития новых диагностических решений.
Количество однонуклеотидных полиморфизмов, определенных с помощью микроматрицы
- 1. 1 Количество однонуклеотидных полиморфизмов, определенныхс помощью микроматрицы, которые подтверждаются сиквенсом
- 2. 2 GAII Server GAIIIPAR Windows 2,5 TBytes rsync/samb a Восстановление последовательности одного цикла Временное хранилище 100 Tbytes Вторичный анализ Сравнение многих геномов исследователь Хранение на лентах Здание 140 Здание 101 Схема организации потока генетических данных в Курчатовском Институте Оптический канал, 1 Gb Ethernet
- 3. Отдельные приложения секвенирования: секвенированиемикробиомы, транскриптомы, иммуномы.
- 6. Ancient microbiomes Coelodonta antiquitatisMammuthusprimigenius Microbiome – prokaryotes Analysis of more then 10.000 independent 16S rRNA sequences for each sample Mammoth gut Mammoth lungs Rhinoceros gut
- 7. Средняявстречаемостьобщих остатковв50п.н. Позиция в гене16 рРНКS MID1 - 16S кишечник мамонта; 27FMID1 ACGAGTGCGTAGAGTTTGATCMTGGCTCAG 519MID1 ACGAGTGCGTGWATTACCGCGGCKGCTG MID2 16S легкое мамонта; 27MID2 ACGCTCGACAAGAGTTTGATCMTGGCTCAG 519MID2 ACGCTCGACAGWATTACCGCGGCKGCTG MID3 16S кишечника носорога; 27MID3 AGACGCACTCAGAGTTTGATCMTGGCTCAG 519MID3 AGACGCACTCGWATTACCGCGGCKGCTG MID5 18S кишечник носорога 18SF1MID5 ATCAGACACGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC 18SR1MID5 ATCAGACACGCTTCCGTCAATTCCTTTAAG
- 8. 16S кишечник мамонта– 9409 последовательностей 16S легкое мамонта – 15786 последовательностей 16S кишечника носорога – 20132 последовательностей 18S кишечник носорога – 9218 последовательностей
- 9.
- 10. Основные информационные технологиисборки геномов.
- 11. Церковь Torre Gironaв Барселоне
- 13. Что делать, когдагеном собран? Аннотация геномов.
- 14. rRNA genes: 16S-23S,2 x 5S tRNA genes: 46 Protein coding genes: 2061 Mobile elements: 2 transposons + CRISPR locus General features of the genome Mardanov A.V., Ravin N.V., Svetlitchnyi V.A., Beletsky A.V., Miroshnichenko M.L., Bonch- Osmolovskaya E.A., Skryabin K.G. (2009) Appl. Environ. Microbiol., 75, 4580-4588.
- 15. Growth of T.sibiricus on different substrates Substrate Growth Control without substrates and with 60 mg yeast extract per liter basal level Peptone + Starch - Maltose + Dextran + Amorphous cellulose + Carboxymethyl cellulose + Microcrystalline cellulose - Cellobiose + Agarose + Xylan - Pectin - Hexadecane + Acetone + Olive oil + Glycerol + Sodium linolenate - Sodium palmitate - CO -
- 16. Glucose Glucose-6 -phospha te ADP AMP Fructose-1,6-bisphosphate ADP AMP Glyceraldehyde-3-ph osphate Fd(ox) Fd(red) Pyruvate ADP ATP Fd(ox)+CoASH Fd(re d) ADP ATP+Co ASH FBA Dihydroxyacetone phosphate Laminarin CoASH Formate + Acetyl-CoA A cceptor(ox) Acceptor(red) FDH Amino aci ds 2-Keto acids 2-Ketoglutarate Glutamate ADP ATP + CoASH Amino- tran sfe rases NADPH NADP Glutamate dehydrogenase Fd(ox) + CoASH Fd(red ) ACS I+II Proteins Pro teases Di-/oligo peptides Di-/oligopep tide ABC-transpo rters Di-/oli gop eptide s Peptidase s SCS Fd(ox) Fd(red) AOR Maltose Maltooligo- sacc harides Maltose Mal-I ABC- transp orter Maltoo lig o- saccharide s Mal-II ABC- tra nsporter -Glucosidases -Amylase Glycog en debranching enzyme 4--Glucan otransfera se Cellulose Endo--1,4-glucanases Agarose CellobioseAgarose- oligomers Laminari- oligomers Cel lo- oligomers -Agarase Laminarina se Endo--1,4- gl ucan ases Cellobi ose/-gl ucoside ABC-transporter -Glucoside oligo me rs -Glucan glucoh ydrolase -Glucosidase Cellobiose phosphorylase -Galactosidase GLK Fructose-6-phosphate PGI PFK TIM 3-Phosphoglycerate GAPOR GAPN 2-Phospho glyce rate PGM Phosph oenolpyruvate Enolase PYK POR VOR IOR KGOR Pyru vate Pyruvate: formate lyase POR ACS I+II MBH1 FDH CO2 2H+ H2 H+ H+ MBH2 2H+ H+ H2 H+ Fd(ox) Fd(red) Formate :h ydrogen lyase comp lex MBX NADP H + NADPH H+ Fd(red) Fd(ox) Withou t S0 Without S0 With S0 H+ Na+ NSR S0 H2S Fd(red) Fd(ox ) NAD P+ NADPH Fd(red) Fd(ox ) NAD P+ NADPH H2 2 H+ NADP+ N ADPH Biosynthesis H2 2 H+ NADP+ N ADPH BiosynthesisBiosynthesis BiosynthesisBiosynthesis Soluble NiFe h ydrogenases I+II Ferredoxin:NADP+ oxidored uctase Na+ ADP ATP A1A0 ATP synthase n-Alk anes ? ADP ATP Triglycerides Lipases Fatty acids Glycerol upta ke facilator Glyce rol-phosp hate Glycerol kinase CO 2 Aceta te Acids A B C D E Glycerol F Acetyl-CoA + CO2 Acyl-CoAs + CO2 Aldeh ydes + CO2 AMP Reconstruction of metabolic pathways of T.sibiricus based on genome and physiological data
- 17. Современные международные консорциумы имегапроекты по геномике. • 1000 genomes http://www.1000genomes.org/ • International Cancer Genome Consortium http://www.icgc.org/ • Tumor Cancer Genome Atlas (Америка) • The International Human Microbiome Consortium http://www.human-microbiome.org/
- 18.
- 19.
- 21. Микроматрицы ДНК, каккомпромиссное дешевое решение многопараметрического анализа ДНК.
- 22. Приложение микроматриц ДНК: экспрессионноепрофилирование, определение однонуклеотидных полиморфизмов, «пошаговые» (tiling) микроматрицы.
- 23.
- 25. Будущее: сиквенс экзоновгенов, отвечающих за моногенные заболевания.
- 26.
- 27. Скрининг всех хромосом наанеуплоидии за 12 часов
- 28.
- 29. Какая ниша уготованамикроматрицам ДНК в будущем. Примеры дешевых диагностических решений с помощью микроматриц ДНК.
- 30. What are geneticchanges that cause or predispose a person to disease? 1 million SNP 3 billion nucleotides Microarrays sequencing today Tomorrow, almost today
- 31. Ethnics: • Homemade (894samples from 28 populations); • HapMap ph. III rel. 3 (1397/11); • HGDP (1043/51); Clinical: • Lung cancer, controls (2441/6)- east europeans; • Kidney cancer, controls (331/1)- “mean” russians Sample collection
- 32. 1. Call rate> 95%; 2. Het X chr: • Male <1%; • Female> 20%; 3. No family cases (parents/kids) 4. Genetic distance between each pair of samples- not closer than cousins. Totally: 5565 samples: 3536 males, 2029 females; 2737 clinical (controls). ~200 000 SNP have call rates> 99.5%. QC
- 33. PCA on allsamples Middle East Africa Far East Central Asia Europe Siberia/America Oceania
- 35. Russian analog of“23andMe” service
- 36. Домашнее задание: Зайти насайт www.i-gene.ru и полазить по демо