Teknik analisis keragaman genetik meliputi PCR-RAPD, PCR-RFLP, PCR-analisis sekuen, dan PCR-DGGE. PCR-RAPD menggunakan primer untuk mempelajari keanekaragaman genetika, PCR-RFLP melihat polimorfisme dengan enzim pemotong, sedangkan PCR-analisis sekuen dan PCR-DGGE membandingkan urutan DNA.
an Introduction of RT-PCR extended.en.id.pptxElmayanaIlyas
RT-PCR digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen secara kualitatif melalui pembuatan DNA komplementer (cDNA) dari RNA. Teknik ini melibatkan transkripsi balik RNA menjadi cDNA, kemudian amplifikasi cDNA menggunakan PCR. Hasil amplifikasi dapat dideteksi secara kuantitatif menggunakan sinyal fluoresens selama proses PCR atau secara kualitatif pasca PCR. RT-PCR banyak digunakan dalam diagnosis penyakit dan penel
Dokumen tersebut membahas isolasi dan kloning gen IGF-1R (Insulin-like Growth Factor 1 Receptor) dari DNA sapi. Teknik yang digunakan meliputi ekstraksi DNA dari darah sapi, pencernaan DNA menggunakan enzim restriksi, ligasi DNA ke vektor plasmid, transformasi bakteri, dan identifikasi klon yang membawa gen IGF-1R melalui sekuensing DNA. Teknik ini diharapkan dapat mempercepat isolasi, kloning, dan sekuensing gen tertentu
Teknik analisis keragaman genetik meliputi PCR-RAPD, PCR-RFLP, PCR-analisis sekuen, dan PCR-DGGE. PCR-RAPD menggunakan primer untuk mempelajari keanekaragaman genetika, PCR-RFLP melihat polimorfisme dengan enzim pemotong, sedangkan PCR-analisis sekuen dan PCR-DGGE membandingkan urutan DNA.
an Introduction of RT-PCR extended.en.id.pptxElmayanaIlyas
RT-PCR digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen secara kualitatif melalui pembuatan DNA komplementer (cDNA) dari RNA. Teknik ini melibatkan transkripsi balik RNA menjadi cDNA, kemudian amplifikasi cDNA menggunakan PCR. Hasil amplifikasi dapat dideteksi secara kuantitatif menggunakan sinyal fluoresens selama proses PCR atau secara kualitatif pasca PCR. RT-PCR banyak digunakan dalam diagnosis penyakit dan penel
Dokumen tersebut membahas isolasi dan kloning gen IGF-1R (Insulin-like Growth Factor 1 Receptor) dari DNA sapi. Teknik yang digunakan meliputi ekstraksi DNA dari darah sapi, pencernaan DNA menggunakan enzim restriksi, ligasi DNA ke vektor plasmid, transformasi bakteri, dan identifikasi klon yang membawa gen IGF-1R melalui sekuensing DNA. Teknik ini diharapkan dapat mempercepat isolasi, kloning, dan sekuensing gen tertentu
Ringkasan dari dokumen tersebut adalah:
1. Ekspresi gen pada inisiasi transkripsi dikontrol oleh faktor transkripsi dan elemen regulator seperti enhancer.
2. Faktor transkripsi dapat berupa aktivator atau repressor yang mengatur terjadinya transkripsi DNA.
3. Inducer seperti hormon dapat mengaktifkan ekspresi gen tertentu dengan berikatan pada reseptor dan elemen respons di DNA.
Dokumen tersebut membahas tentang keseimbangan genomik dan diferensial ekspresi gen pada tingkat embrio dan molekuler. Termasuk di dalamnya adalah penjelasan mengenai transdeterminasi, metaplasia, kloning, teknik kloning gen, DNA blotting, dan transfer gen seperti konjugasi, transformasi, dan transduksi.
Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR atau reaksi enzim dari Brand MagenSalesIndogen
Dokumen tersebut membahas tentang kit pemurnian fragmen DNA/RNA hasil PCR atau reaksi enzim dari merek Magen. Kit tersebut digunakan untuk memisahkan DNA/RNA dari komponen reaksi lainnya dengan hasil lebih dari 80% untuk aplikasi selanjutnya seperti sekuensing, kloning, pelabelan. Terdapat berbagai jenis kit sesuai dengan jumlah sampel dan jenis nukleotida yang akan dimurnikan.
Genetika-mikroorganisme laut format dalam bentuk pdfwidya113642
Genetik Mikroorganisme. Materi ini cocok untuk sebagai bahan dasar dalam meningkatkan ilmu pengetahuan terkait biologi molekuler. Bahasa-bahasa dasar digunakan dalam materi yang diberikan sehingga mudah dipahami oleh para pembelajar. Silahkan download dan mari belajar bersama.
1. Dokumen membahas tentang asam nukleat DNA dan RNA, serta struktur dan fungsi kromosom dan gen dalam sel.
2. DNA dan RNA berperan sebagai pembawa informasi genetik dalam sel, dengan DNA mengalami replikasi dan RNA mensintesis protein.
3. Struktur DNA berbentuk heliks ganda yang tersusun dari nukleotida yang dihubungkan fosfodiester, sementara RNA hanya beruntai tunggal.
Dokumen tersebut membahas tentang substansi genetika yang mencakup beberapa topik utama seperti kromosom, DNA, RNA, dan kode genetik. Kromosom berisi DNA yang berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik dan mereplikasi diri sendiri sebelum pembelahan sel. Ada beberapa jenis RNA yang terlibat dalam ekspresi gen seperti pembentukan protein. Kode genetik mengatur hubungan antara urutan nukleotida DNA/RNA dengan urutan
Dokumen tersebut membahas tentang DNA dan proses replikasi DNA. DNA merupakan materi genetik yang menyimpan informasi genetik dan mereplikasi diri melalui proses replikasi DNA. Proses replikasi DNA meliputi inisiasi, sintesis primer, sintesis untai pengawal dan tertinggal, penghapusan primer, dan ligasi untuk membentuk DNA baru.
PCR adalah teknik enzimatis untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro dengan menggunakan enzim DNA polimerase. Teknik ini terdiri dari tahapan denaturasi, annealing, dan elongasi yang diulang 30-40 kali untuk memperbanyak DNA target. Hasil PCR dapat diidentifikasi melalui elektroforesis gel agarosa. Teknik ini bermanfaat untuk berbagai aplikasi seperti deteksi patogen, diagnostik genetik, dan kuantitasi DNA.
1. DNA terdiri dari dua rantai yang saling melengkung dan berpasangan secara komplementer untuk menyimpan dan mereplikasi informasi genetik.
2. Proses replikasi DNA diperlukan agar informasi genetik dapat diwariskan ke generasi berikutnya.
3. Ekspresi gen melibatkan transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi protein melalui proses yang melibatkan berbagai molekul seperti enzim, rRNA, dan tRNA.
Dokumen tersebut membahas tentang pengembangan penelitian terkini dalam bidang mikrobiologi molekuler. Terdapat beberapa poin utama yaitu: (1) isolasi DNA dari sampel daun menggunakan metode CTAB, (2) amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR dengan penanda molekuler matK, rbcL, dan trnL-F, (3) sekuensing DNA, dan (4) analisis data.
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah proses sintesis enzimatik untuk melipatgandakan sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. PCR digunakan untuk amplifikasi urutan nukleotida, menentukan mutasi DNA, bidang forensik, dan melacak asal usul seseorang. PCR bekerja melalui tahapan denaturasi, annealing, dan polimerisasi untuk membentuk cetakan DNA secara berulang.
More Related Content
Similar to PPT-UEU-Rekayasa-Genetika-Pertemuan-9.pptx
Ringkasan dari dokumen tersebut adalah:
1. Ekspresi gen pada inisiasi transkripsi dikontrol oleh faktor transkripsi dan elemen regulator seperti enhancer.
2. Faktor transkripsi dapat berupa aktivator atau repressor yang mengatur terjadinya transkripsi DNA.
3. Inducer seperti hormon dapat mengaktifkan ekspresi gen tertentu dengan berikatan pada reseptor dan elemen respons di DNA.
Dokumen tersebut membahas tentang keseimbangan genomik dan diferensial ekspresi gen pada tingkat embrio dan molekuler. Termasuk di dalamnya adalah penjelasan mengenai transdeterminasi, metaplasia, kloning, teknik kloning gen, DNA blotting, dan transfer gen seperti konjugasi, transformasi, dan transduksi.
Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR atau reaksi enzim dari Brand MagenSalesIndogen
Dokumen tersebut membahas tentang kit pemurnian fragmen DNA/RNA hasil PCR atau reaksi enzim dari merek Magen. Kit tersebut digunakan untuk memisahkan DNA/RNA dari komponen reaksi lainnya dengan hasil lebih dari 80% untuk aplikasi selanjutnya seperti sekuensing, kloning, pelabelan. Terdapat berbagai jenis kit sesuai dengan jumlah sampel dan jenis nukleotida yang akan dimurnikan.
Genetika-mikroorganisme laut format dalam bentuk pdfwidya113642
Genetik Mikroorganisme. Materi ini cocok untuk sebagai bahan dasar dalam meningkatkan ilmu pengetahuan terkait biologi molekuler. Bahasa-bahasa dasar digunakan dalam materi yang diberikan sehingga mudah dipahami oleh para pembelajar. Silahkan download dan mari belajar bersama.
1. Dokumen membahas tentang asam nukleat DNA dan RNA, serta struktur dan fungsi kromosom dan gen dalam sel.
2. DNA dan RNA berperan sebagai pembawa informasi genetik dalam sel, dengan DNA mengalami replikasi dan RNA mensintesis protein.
3. Struktur DNA berbentuk heliks ganda yang tersusun dari nukleotida yang dihubungkan fosfodiester, sementara RNA hanya beruntai tunggal.
Dokumen tersebut membahas tentang substansi genetika yang mencakup beberapa topik utama seperti kromosom, DNA, RNA, dan kode genetik. Kromosom berisi DNA yang berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik dan mereplikasi diri sendiri sebelum pembelahan sel. Ada beberapa jenis RNA yang terlibat dalam ekspresi gen seperti pembentukan protein. Kode genetik mengatur hubungan antara urutan nukleotida DNA/RNA dengan urutan
Dokumen tersebut membahas tentang DNA dan proses replikasi DNA. DNA merupakan materi genetik yang menyimpan informasi genetik dan mereplikasi diri melalui proses replikasi DNA. Proses replikasi DNA meliputi inisiasi, sintesis primer, sintesis untai pengawal dan tertinggal, penghapusan primer, dan ligasi untuk membentuk DNA baru.
PCR adalah teknik enzimatis untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro dengan menggunakan enzim DNA polimerase. Teknik ini terdiri dari tahapan denaturasi, annealing, dan elongasi yang diulang 30-40 kali untuk memperbanyak DNA target. Hasil PCR dapat diidentifikasi melalui elektroforesis gel agarosa. Teknik ini bermanfaat untuk berbagai aplikasi seperti deteksi patogen, diagnostik genetik, dan kuantitasi DNA.
1. DNA terdiri dari dua rantai yang saling melengkung dan berpasangan secara komplementer untuk menyimpan dan mereplikasi informasi genetik.
2. Proses replikasi DNA diperlukan agar informasi genetik dapat diwariskan ke generasi berikutnya.
3. Ekspresi gen melibatkan transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi protein melalui proses yang melibatkan berbagai molekul seperti enzim, rRNA, dan tRNA.
Dokumen tersebut membahas tentang pengembangan penelitian terkini dalam bidang mikrobiologi molekuler. Terdapat beberapa poin utama yaitu: (1) isolasi DNA dari sampel daun menggunakan metode CTAB, (2) amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR dengan penanda molekuler matK, rbcL, dan trnL-F, (3) sekuensing DNA, dan (4) analisis data.
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah proses sintesis enzimatik untuk melipatgandakan sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. PCR digunakan untuk amplifikasi urutan nukleotida, menentukan mutasi DNA, bidang forensik, dan melacak asal usul seseorang. PCR bekerja melalui tahapan denaturasi, annealing, dan polimerisasi untuk membentuk cetakan DNA secara berulang.
Similar to PPT-UEU-Rekayasa-Genetika-Pertemuan-9.pptx (20)
2. Kemampuan Akhir yang Diharapkan
• Mahasiswa dapat menjelaskan daerah
polylinker pada suatu vektor
• Menjelaskan fungsi promotor dalam ekspresi
gen
• Menjelaskan teknik analisis sekuen DNA
6. Polylinker
• Merupakan sekuen DNA pendek, yang berisi
sekuen-sekuen DNA yang dikenali oleh enzim
restriksi
• Disebut juga dengan Multiple cloning site
(MCS)
• Pada daerah inilah dilakukan penyisipan gen
target
10. Pembentukan DNA rekombinan
• Yang perlu diperhatikan adalah
Apakah gen target dipotong
menggunakan 1 enzim yang sama
atau 2 enzim restriksi yang berbeda
pada kedua ujungnya
11. Mengapa demikian?
• Gen target (insert) yang dipotong dengan 2 enzim
restriksi yang berbeda menghasilkan orientasi yang
benar
12. Mengapa demikian?
• Gen target (insert) yang dipotong dengan 1 enzim
restriksi yang sama dapat menghasilkan orientasi
yang salah (terbalik)
13. Vektor Ekspresi
• Plasmid atau virus yang didesain untuk ekspresi protein.
• Digunakan misalnya untuk menghasilkan protein,
misalnya insulin.
• Vektor ekspresi harus memiliki elemen ekspresi seperti:
• Promoter,
• RBS (ribosome binding site)
• Start codon (kodon ATG atau AUG)
• Stop codon (kodon UAG, UAA dan UGA)
• Terminator
14. Promoter
• Adalah daerah pada vektor yang berperan
dalam mengawali proses transkripsi
• Merupakan tempat enzim RNA polimerase
mengawali proses transkripsi
• Juga tempat ikatan beberapa faktor transkripsi
lain
• Promoter juga berperan dalam tingkat laju
transkripsi suatu gen
17. Pemilihan Promoter yang Sesuai
• Disesuaikan untuk tujuan ekspresi gen atau tujuan
yang lain (mis.Membentuk shRNA)
• Disesuaikan dengan inang dari protein yang
diekspresikan
– Protein eukariotik memerlukan mekanisme yang lebih
kompleks dibandingkan dengan prokariotik
21. Ekspresi Protein
• Yang perlu diperhatikan adalah
Apakah protein yang diekspresikan
bersifat toksik atau meracuni sel
yang digunakan untuk ekspresi
protein
22. Analisis Sekuen DNA
• Merupakan suatu metode untuk mengetahui urutan
basa nukleotida pada suatu gen atau genom
• Ditemukan oleh Frederick Sanger tahun 1977
• Disebut juga dengan nama Chain Termination Methods
• Pada Human Genome Project, sekuensing dengan
metode Sanger digunakan
23. Metode Sanger
• Memiliki prinsip seperti reaksi PCR
• Tetapi terdapat salah satu bahan unik yang
ditambahkan, yaitu dideoksinukleotida
(ddNTP)
• ddNTP memiliki mirip dengan
deoksinukleotida (dNTP) yang biasa (adenin,
guanine, sitosin dan timin), hanya saja tidak
memiliki gugus hidroksil pada molekul gula
25. Metode Sanger
• Akibat tidak adanya gugus hidroksil pada
molekul gula, pemanjangan pita DNA akan
terhenti
– Karena gugus hiroksil ini seperti “jangkar” tempat
tautan nukleotida baru ditambahkan
31. Next Generation Sequencing (NGS)
• Merupakan metode sekuensing yang terbaru dapat
mensekuen DNA yang panjang (whole genome)
melalui proses paralel
• Sehingga dapat memangkas waktu dan biaya
pengerjaan
– Dengan menggunakan Metode Sanger sekuensing genome
manusia memakan waktu 10 tahun, sedangkan dengan
NGS hanya memerlukan waktu 1 hari
32.
33. Keunggulan Metode NGS
1. Mendapatkan sekuen dari DNA berukuran
besar
2. Harga reaksi per basa lebih murah
dibandingkan dengan metode Sanger
35. Penggunaan NGS
• Penemuan anti kanker
• Sekuensing whole genome bakteri
• Melihat interaksi DNA/RNA-protein
• Analisis variasi genetik pada spesies
• dll
36.
37.
38. Kelemahan Metode NGS
1. Data yang dihasilkan sangat besar,
memerlukan sarana yang memadai untuk
penyimpanan
2. Harga mesin sangat mahal
39. NGS Machine In Indonesia
- Metagenomic 16s from soil
- HLA typing
No. User Platform Research
1 BIOGEN
2 LIPI
Hiseq 2000 Whole genome sequencing oil palm, jatropha, cacao etc
iScan Genotyping rice, maize, soybean
Miseq Banana transcriptomics sequencing
3 BISI Miseq -Amaranthus molecular breeding
4 DKP Subang Miseq Fish pathogen identification
5 YARSI Miseq - M.tuberculosis genome sequencing
6 LITBANGKES Miseq M.tuberculosis drug resistance sequencing
- IVF screening
7 UI Miseq - Breast cancer gene expression (with DHARMAIS)
- M.tuberculosis sequencing
40. NGS Machine In Indonesia
NextSeq 550 Ctyogenetics, Karyomapping
Kita
Microbiology, infectious disease, cytogenetics
MiSeq
No. User Platform Research
8 TDC UNAIR Miseq Deep sequencing on Avian influenza
9 RSAB Harapan
10 Eijkman NextSeq550 &
11 BBVET WATES MiSeq Whole genome sequencing Avian influenza
12 SCI MiSeq Oncology
13 Biofarma MiSeq Virology
14 Prodia NextSeq500 NIPT
, oncology
15 IPB MiSeq AI
Editor's Notes
Review lagi pengetahuan mahasiswa mengenai bagian-bagian plasmid vektor. Beri waktu 3-5 menit hingga terdapat jawaban yang benar.