Tiga masalah utama dalam pembangunan wilayah di Indonesia adalah (1) ketimpangan ekonomi antar wilayah yang menyebabkan tingkat kesejahteraan yang berbeda, (2) kualitas SDM yang rendah karena pendidikan dan kesehatan yang kurang memadai, dan (3) berkurangnya kualitas lingkungan akibat deforestasi dan kerusakan ekosistem.