PP No 39/2006 mengatur tentang tata cara pengendalian dan evaluasi pelaksanaan rencana pembangunan. Pengendalian dilakukan oleh masing-masing kementerian, lembaga, dan satuan kerja daerah untuk memantau pelaksanaan program dan anggaran. Evaluasi dilakukan untuk menilai pencapaian target dan meningkatkan pelaksanaan di masa depan.