Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc

Dịch vụ viết thuê đề tài – KB Zalo/Tele 0917.193.864 – luanvantrust.com
Kham thảo miễn phí – Kết bạn Zalo/Tele mình 0917.193.864
BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC
VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
-----------------------------
Đào Thị Ngọc Bích
CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ
NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN
PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG
Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018
LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC
Hà Nội -

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC
VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
-----------------------------
Đào Thị Ngọc Bích
CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ
NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN
PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG
Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018
Chuyên ngành: Động vật học (Vi sinh vật y học)
Mã số: 8420103
LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
Hướng dẫn 1: TS. Phạm Hồng Nhung
Hướng dẫn 2: PGS. TS. Phí Quyết Tiến
Hà Nội -

LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan những số liệu và kết quả trên đây là do bản thân tôi
tham gia thực hiện nghiên cứu nghiêm túc và trung thực.
Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với những kết quả đã nêu trong luận
văn.

LỜI CẢM ƠN
Trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn này, tôi đã
nhận được rất nhiều sự giúp đỡ tận tình của thầy cô, đồng nghiệp, bạn bè
và gia đình.
Tôi xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc Học viện Khoa học và công
nghệ, Phòng đào tạo Học viện Khoa học và công nghệ - Viện hàn lâm
Khoa học và công nghệ đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình
học tập tại trường.
Đặc biệt, tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới:
Ts. Phạm Hồng Nhung, Phó chủ nhiệm Bộ môn Vi sinh - Trường Đại
học Y Hà Nội, Phó khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai đã dìu dắt, hướng
dẫn trực tiếp, giúp đỡ tận tình, và cho tôi những ý kiến quý báu để hoàn
thành luận văn này tôi.
PGS.TS. Phí Quyết Tiến, Viện phó - Viện công nghệ sinh học, Viện hàn
lâm Khoa học và công nghệ đã hướng dẫn, tư vấn, dạy dỗ tôi, đã tạo điều kiện
giúp đỡ trong quá trình học tập, nghiên cứu và thực hiện luận văn này.
Bằng tất cả lòng biết ơn và kính trọng, tôi xin chân thành cảm ơn:
PGS.TS. Lương Tuấn Khanh - Giám đốc trung tâm PHCN Bệnh viện
Bạch Mai đã cho phép và tạo mọi điều kiện thuận lợi để tôi thực hiện luận văn
này tại trung tâm.
Ths. Trương Thái Phương, Phụ trách khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai
đã hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi và chỉ dẫn tôi hoàn thành luận văn này.
Tôi cũng xin chân thành cảm ơn tất cả các đồng nghiệp của tôi trong
Khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai, khoa PHCN, phòng Kế hoạch tổng
hợp những người đã luôn tạo điều kiện giúp đỡ tôi vượt qua những khó
khăn trong quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu.
Và cuối cùng, tôi xin dành những tình cảm trân trọng nhất cho những
người thân trong gia đình đã động viên tôi vượt qua những khó khăn trong
quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu.

CÁC CHỮ VIẾT TẮT TRONG LUẬN VĂN
CAUTI
CFU
ESBL
NKBV
NKTN
PHCN
E. coli
K. pneumoniae
P. aeruginosa
S. aureus
: NKTN liên quan đến ống thông tiểu
: Colony forming unit
: Extended spectrum beta - lactamase
: Nhiễm khuẩn bệnh viện
: Nhiễm khuẩn tiết niệu
: Phục hồi chức năng
: Escherichia coli
: Klebsiella pneumoniae
: Pseudomonas aeruginosa
: Staphycoccus aureus

DANH MỤC BẢNG
Bảng 3.1. Tỷ lệ phân lập các tác nhân gây NKTN .....................................50
Bảng 3.2. Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân.....................................................51
Bảng 3.3. Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN .....................................52
Bảng 3.4. Tỷ lệ mắc NKTN bệnh viện .......................................................54
Bảng 3.5. Căn nguyên gây NKTN bệnh viện. ............................................55
Bảng 3.6. Tỷ lệ NKTN liên quan đến thời gian đặt ống thông tiểu............56
Bảng 3.7. Dấu hiệu lâm sàng của NKTN bệnh viện...................................58
Bảng 3.8. Mật độ NKTN liên quan đến đặt ống thông tiểu/1000 ngày đặt ống
thông tiểu.....................................................................................................59
Bảng 3.9. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E. coli qua một số nghiên cứu
trên bệnh phẩm nước tiểu............................................................................62
Bảng 3.10. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E. coli qua một số nghiên cứu
trên bệnh phẩm máu và bệnh phẩm hô hấp.................................................63
Bảng 3.11. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae qua một số
nghiên cứu trên bệnh phẩm nước tiểu.........................................................65
Bảng 3.12. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae qua một số
nghiên cứu trên bệnh phẩm hô hấp và bệnh phẩm máu..............................66
Bảng 3.13. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P. aeruginosa qua một số
nghiên cứu trong và ngoài nước..................................................................69

DANH MỤC HÌNH VẼ, BIỂU ĐỒ
Hình 1.1 Khung thời gian nhiễm khuẩn bệnh viện.......................................9
Hình 1.2. Khung thời gian giai đoạn cửa sổ ...............................................10
Hình 1.3. Khung thời gian dấu hiện và triệu chứng xảy ra trước ngày lấy mẫu. .. 11
Hình 1.4. Khung thời gian dấu hiệu và triệu chứng xảy ra sau ngày lấy mẫu.
.........................................................................................................................11
Hình 1.5 Khung thời gian biến cố 14 ngày.................................................11
Hình 1.6. Khung thời gian liên quan đến CAUTI.......................................12
Hình 1.7. Khuẩn lạc E. coli trên môi trường nuôi cấy UTI agar. ...............18
Hình 1.8. Khuẩn lạc K. pneumoniae trên môi trường nuôi cấy UTI agar. .19
Hình 1.9. Khuẩn lạc P. aeruginosa trên môi trường nuôi cấy UTI agar....21
Hình 1.10. Khuẩn lạc Enterococcus sp. trên môi trường nuôi cấy UTI agar. 22
Hình 1.11. Khuẩn lạc S. aureus trên môi trường nuôi cấy UTI agar..........23
Hình 1.12. Khuẩn lạc A. baumanii trên môi trường nuôi cấy UTI agar.....25
Hình 1.13. Khuẩn lạc E. aerogenens trên môi trường nuôi cấy UTI agar..26
Hình 1.14. Nhuộm Gram bệnh phẩm lâm sàng nước tiểu. .........................28
Hình 1.15. Bộ sinh phẩm test 10 thông số nước tiểu..................................29
Hình 1.16. Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy. .......................................30
Hình 1.17. Kết quả định danh API 20E của chủng Proteus mirabilis........31
Hình 1.18. Hệ thống máy định danh Vitek 2 COMPACT.........................32
Hình 1.19. Hệ thông máy định danh MALDI - TOF..................................33
Hình 1.20. Kết quả kháng sinh đồ của chủng P. aeruginosa......................35
Hình 1.21. Kết quả Etest của chủng K. pneumonie. ...................................36
Hình 1.22. Kháng sinh đồ pha loãng trong môi trường canh thang. ..........37
Hình 1.23. Kháng sinh đồ pha loãng trong thạch. ......................................38
Hình 2.1. Quy trình nghiên cứu. .................................................................43
Biều đồ 3.1. Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân.………………………………51
Biểu đồ 3.2. Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN .................................52
Biểu đồ 3.3. Tỷ lệ người bệnh mắc nhiễm khuẩn bệnh viện. .....................54
Biểu đồ 3.4. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E. coli (n = 161). .............61
Biểu đồ 3.5. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae (n = 59)...64
Biểu đồ 3.6. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của Enterococcus sp. (n = 48). .. 67
Biểu đồ 3.7. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P. aeruginosa (n = 34). ...68

1
MỤC LỤC
LỜI CẢM ƠN........................................................................................... 4
DANH MỤC BẢNG.................................................................................. 6
DANH MỤC HÌNH VẼ, BIỂU ĐỒ........................................................... 7
MỞ ĐẦU................................................................................................... 5
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU.................................................... 7
1.1. Nhiễm khuẩn tiết niệu, nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn tiết niệu
liên quan đến catheter ................................................................................. 7
1.1.1. Nhiễm khuẩn tiết niệu .............................................................. 7
1.1.1.1. Định nghĩa ............................................................................ 7
1.1.1.2. Tiêu chuẩn vi sinh đánh giá NKTN ........................................ 7
1.1.1.3. Nhận định NKTN theo triệu chứng lâm sàng ........................ 8
1.1.2. Nhiễm khuẩn bệnh viện ........................................................... 8
1.1.2.1. Định nghĩa ............................................................................ 8
1.1.2.2. Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện............................................ 9
1.1.3. Nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến ống thông tiểu (CAUTI).. 10
1.1.3.1. Đặt ống thông tiểu............................................................... 10
1.1.3.2. Một số thuật ngữ ................................................................. 10
1.1.3.3. CAUTI............................................................................... 12
1.2. PHÂN LOẠI...................................................................................... 12
1.2.1. Phân loại theo thể bệnh .......................................................... 12
1.2.2. Phân loại theo cơ chế bệnh sinh .............................................. 13
1.2.2.1. Nhiễm khuẩn tiết niệu ngược dòng ...................................... 13
1.2.2.2.Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường máu ................................. 13
1.2.2.3. Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường bạch huyết ...................... 14
1.2.2.4. Nhiễm khuẩn tiết niệu từ các cơ quan phụ cận ...................... 14

2
1.3. TÌNH HÌNH NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ CĂN NGUYÊN GÂY
NKTN THƯỜNG GẶP............................................................................. 14
1.3.1. Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu ............................................. 14
1.3.2. Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu thường gặp.................. 17
1.3.2.1. Escherichia coli .................................................................. 17
1.3.2.2. Klebsiella pneumoniae ........................................................ 19
1.3.2.3. Pseudomonas aeruginosa .................................................... 20
1.3.2.4. Entercoccus sp. ................................................................... 22
1.3.2.5. Staphycoccus aureus ........................................................... 23
1.3.2.6. Acinetobacter sp. ................................................................ 24
1.3.2.7. Enterobacter sp................................................................... 26
1.4. PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN PHÒNG XÉT NGHIỆM CĂN
NGUYÊN GÂY NKTN ............................................................................ 26
1.4.1. Phương pháp lấy bệnh phẩm .................................................. 27
1.4.2. Nhuộm Gram......................................................................... 27
1.4.3. Kỹ thuật chẩn đoán nhanh ...................................................... 28
1.4.4. Nuôi cấy và định danh ........................................................... 29
1.4.4.1. Nuôi cấy ............................................................................. 29
1.4.4.2. Định danh ........................................................................... 30
1.4.4.3. Sinh học phân tử……………………………………………. 34
1.5. KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM .............................. 34
1.5.1. Phương pháp kháng sinh khuếch tán ....................................... 34
1.5.1.1. Phương pháp kháng sinh đồ khoanh giấy kháng sinh khuếch
tán ................................................................................................. 34
1.5.1.2. Phương pháp kháng sinh đồ dải giấy khuếch tán theo bậc nồng
độ (Etest). ....................................................................................... 35
1.5.2. Phương pháp kháng sinh đồ pha loãng .................................... 36
1.5.2.1. Pha loãng trên canh thang kháng sinh .................................. 37

3
1.5.2.2. Pha loãng trên thạch ............................................................ 37
1.5.3. Hệ thống tự động ................................................................... 38
1.5.3.1. Máy VITEK ....................................................................... 38
1.5.3.2. Máy M50............................................................................ 38
CHƯƠNG 2. NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN
CỨU........................................................................................................ 40
2.1. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU...................................... 40
2.2. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU............................................................. 40
2.2.1. Tiêu chuẩn chọn mục tiêu cho NKTN ..................................... 40
2.2.2. Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân cho mục tiêu ca bệnh giám sát ...... 40
2.2.3. Tiêu chuẩn loại trừ ................................................................. 41
2.3. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU ................................................................ 41
2.3.1. Bệnh phẩm ............................................................................ 41
2.3.2. Môi trường nuôi cấy, định danh và làm kháng sinh đồ vi khuẩn 41
2.3.1.1. Môi trường nuôi cấy vi khuẩn.............................................. 41
2.3.1.2. Môi trường làm kháng sinh đồ vi khuẩn ............................... 41
2.3.1.3. Các hóa chất khác ............................................................... 41
2.3.1.4. Các dụng cụ khác ................................................................ 41
2.4. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU....................................................... 42
2.4.1. Thiết kế nghiên cứu ............................................................... 42
2.4.2. Phương pháp lấy mẫu............................................................. 42
2.4.3. Phương pháp thu thập số liệu.................................................. 42
2.4.4. Quy trình nghiên cứu: ............................................................ 43
2.4.5. Các bước tiến hành ................................................................ 44
2.4.5.1. Xử lý bệnh phẩm ................................................................ 44
2.4.5.2. Nuôi cấy ............................................................................. 44
2.4.5.3. Đọc kết quả ........................................................................ 45
2.4.6. Định danh và làm kháng sinh đồ ............................................. 45

4
2.4.6.1. Định danh ........................................................................... 45
2.4.6.2. Kháng sinh đồ..................................................................... 47
2.5. XỬ LÝ VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU.................................................... 49
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ........................................... 50
3.1. KẾT QUẢ PHÂN LẬP CĂN NGUYÊN GÂY NKTN. ....................... 50
3.1.1.Tỷ lệ phân lập các tác nhân gây NKTN. ................................... 50
3.1.2. Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân. ................................................ 51
3.1.3. Tỷ lệ phân loại các loại tác nhân gây nhiễm khuẩn tiết niệu. .... 52
3.2. KẾT QUẢ PHÂN LẬP CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN BỆNH
VIỆN........................................................................................................ 54
3.2.1. Tỷ lệ mới mắc nhiễm khuẩn bệnh viện.................................... 54
3.2.2. Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện. ................... 55
3.2.3. Tỷ lệ nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến thời gian đặt ống thông
tiểu.................................................................................................. 56
3.2.4. Các dấu hiệu lâm sàng của nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện. ... 58
3.2.5. Tỷ suất CAUTI. ..................................................................... 59
3.3. KẾT QUẢ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN. ............... 61
3.3.1. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E. coli. ............................... 61
3.3.2 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae. ................... 64
3.3.3.Mức độ nhạy cảm kháng sinh của Enterococcus sp. ................. 67
3.3.4. Mức độ nhạy kháng sinh của P. aeruginosa. ........................... 68
CHƯƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ........................................... 71
4.1. KẾT LUẬN ....................................................................................... 71
4.2. KIẾN NGHỊ ...................................................................................... 70
TÀI LIỆU THAM KHẢO....................................................................... 73

5
MỞ ĐẦU
Nhiễm khuẩn tiết niệu (NKTN) là tình trạng nhiễm khuẩn trên đường
bài xuất nước tiểu kể từ bể thận, niệu quản, bàng quang, niệu đạo. Tùy theo
vị trí tổn thương và mức độ nặng nhẹ mà có tên gọi khác nhau như viêm
bàng quang, viêm niệu đạo. Nhiễm khuẩn tiết niệu chỉ sự có mặt và nhân
lên của vi khuẩn trong đường tiết niệu.
NKTN liên quan đến các yếu tố ảnh hưởng đến đường tiết niệu bao gồm
tắc nghẽn đường tiểu, bí tiểu do bàng quang thần kinh, ức chế miễn dịch, suy
thận, ghép thận, sự hiện diện của các dị vật như đầu sonde….[72], [78]. Chính
việc đặt ống thông tiểu làm tăng tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) mà
NKTN bệnh viện là một trong những NKBV hay gặp nhất, sau nhiễm
khuẩn máu và nhiễm khuẩn hô hấp [51].
Một trong số những ảnh hưởng của chấn thương tủy sống là gây rối loạn
chức năng bàng quang tiết niệu. Những bệnh nhân bị chấn thương tủy sống đa
số đều phải sử dụng ống thông tiểu để làm tăng áp lực tĩnh mạch và tăng dư
lượng nước tiểu, góp phần tăng nguy cơ và mức độ nghiêm trọng của NKTN.
Ở những bệnh nhân sử dụng ống thông tiểu, tình trạng NKTN lặp đi lặp lại
nhiều lần, điều trị liên tục với kháng sinh dẫn đến gia tăng tỷ lệ đa kháng
thuốc và hậu quả là ảnh hưởng đến sức khỏe thể chất, tâm lý, kinh tế của
bệnh nhân. Tác động kinh tế của NKTN đối với hệ thống y tế đã trở thành
một vấn đề ngày càng quan trọng. Tại Hoa Kì, có tới 40% các bệnh nhiễm
khuẩn mắc phải và gần 99000 ca liên quan đến NKTN, chi phí ước tính là 5
tỷ USD đến 10 tỷ USD mỗi năm [68], [94], [104].
Vấn đề khó khăn trong chẩn đoán là NKTN thường có triệu chứng lâm
sàng không điển hình, do sinh bệnh học của NKTN, và phần khác do bệnh
nhân có thể trong tình trạng hôn mê khó có thể nhận biết được triệu chứng.
Vì vậy, việc xác định các căn nguyên gây bệnh đã định hướng cho phương
pháp điều trị thích hợp và nâng cao hiệu quả điều trị cho người bệnh bằng
các xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn là rất cần thiết.
Ở Việt Nam và trên thế giới thường xuyên có các nghiên cứu dịch tễ học,

6
tình hình nhiễm khuẩn, yếu tố nguy cơ NKTN. Một số nghiên cứu của tác giả đã
cho thấy bệnh nhân bị chấn thương cột sống rất dễ bị NKTN do rất nhiều căn
nguyên gây ra. Tuy nhiên tùy theo khu vực địa lí, từng bệnh viện, từng giai đoạn
mà tỷ lệ bị NKTN, tình hình kháng thuốc có thể khác nhau [77], [103].
Vì vậy, việc giám sát NKTN và mức độ nhạy cảm với kháng sinh giúp
cho bác sĩ lâm sàng về dịch tễ học của vi khuẩn, xu hướng đề kháng kháng
sinh tại bệnh viện nhằm cung cấp cơ sở dữ liệu để xây dựng phác đồ điều
trị theo kinh nghiệm, và giảm thiểu các biến chứng do NKTN gây ra. Nhiều
tiến bộ trong chẩn đoán như các xét nghiệm phân lập, định danh vi khuẩn
và làm kháng sinh đồ cũng như đưa vào sử dụng các thuốc kháng sinh mới
làm thay đổi rất nhiều đến hiệu quả trong điều trị và tiên lượng bệnh.
Chính vì những lí do trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Căn
nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các
chủng vi khuẩn phân lập tại khoa Phục hồi chức năng ở Bệnh viện Bạch
Mai từ 01-12/2018” với hai mục tiêu:
1.Xác định căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và nhiễm khuẩn
tiết niệu liên quan đến catheter ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại khoa
Phục hồi chức năng ở Bệnh viện Bạch Mai từ tháng 1-12/2018.
2.Xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh của một số chủng vi khuẩn
phân lập được.

7
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU, NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN VÀ
NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU LIÊN QUAN ĐẾN CATHETER
1.1.1. Nhiễm khuẩn tiết niệu
1.1.1.1. Định nghĩa
Nhiễm khuẩn tiết niệu là một bệnh nhiễm khuẩn thường gặp, xuất hiện khi
vi sinh vật gây bệnh đi vào lỗ tiểu và nhân lên trong đường tiết niệu hoặc do
vi sinh vật từ máu đến định cư tại nơi này. NKTN là tình trạng nhiễm khuẩn
trên đường bài xuất nước tiểu kể từ bể thận, niệu quả, bàng quang, niệu đạo
[1], [20].
1.1.1.2. Tiêu chuẩn vi sinh đánh giá NKTN [17]
- Tiêu chuẩn nhuộm soi
+ Soi có ≥ 1 vi khuẩn/vi trường: chắc chắn có nhiễm khuẩn, số lượng
> 105 CFU/ ml.
+ Soi có > 5 BCĐN/vi trường: Chắc chắn có nhiễm khuẩn.
+ Soi có 1 - 5 BCĐN/vi trường: Nghi ngờ có nhiễm khuẩn.
- Tiêu chuẩn nuôi cấy
+ < 105 CFU/ml: kèm theo có bạch cầu đa nhân hoặc triệu chứng lâm
sàng rõ thì nghĩ đến vi khuẩn gây bệnh.
+ ≥ 105 CFU/ml: thì chắc chắn là vi khuẩn gây bệnh, định danh và
kháng sinh đồ.

8
1.1.1.3. Nhận định NKTN theo triệu chứng lâm sàng [17]
Số lượng vi khuẩn
Bạch cầu Triệu
Kết luận
đa nhân chứng
(-) (-) Không nhiễm khuẩn
(+) HSV: cấy dịch niệu đạo, nước
tiểu
Không mọc (< 102 (+) (-) Mủ niệu vô khuẩn
CFU/ ml (+) Hội chứng viêm niệu đạo: cấy
dịch niệu đạo
Bệnh nhân đang dùng kháng
sinh
(-) (-) Đặt ống thông tiểu
(+) Không có bằng chứng nhiễm
≤ 102 đến < 105
trùng
Đang sử dụng kháng sinh
CFU/ ml
(+) (-) NKTN không điển hình. Đã sử
dụng kháng sinh trước
(+) NKTN điển hình
(-) (-) NKTN không điển hình (có
thai, người già), nhiễm khuẩn
do sang chấn (catheter).
≥ 105 CFU/ ml (+) Viêm bàng quang, viêm thận
(+) (-) NKTN không điển hình (có
thai, người già)
(+) Viêm bàng quang, viêm thận
1.1.2. Nhiễm khuẩn bệnh viện
1.1.2.1. Định nghĩa [38]
Nhiễm khuẩn bệnh viện được định nghĩa các nhiễm khuẩn mắc phải trong
thời gian bệnh nhân nằm viện, thường chỉ biểu hiện sau 48 giờ sau khi nhập

9
viện và không có hiện diện tại thời điểm nhập viện.
Hình 1.1 Khung thời gian nhiễm khuẩn bệnh viện.
1.1.2.2. Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện [38]
Hệ thống này theo dõi các trường hợp NKTN khẳng định bằng xét nghiệm
vi sinh và những trường hợp không dựa vào xét nghiệm vi
sinh: Tiêu chí ca bệnh khẳng định bằng xét nghiệm vi sinh
+ Cấy nước tiểu dương tính với không hơn 2 loài vi sinh vật.
+ Ít nhất một vi sinh vật trong nước tiểu cấy có ≥ 105 CFU/ml.
+ Ít nhất một trong các triệu chứng cơ năng thực thể và không có
nguyên nhân khác được xác định:
• Sốt (> 38°C thân nhiệt trung tâm)
• Đau nhẹ vùng trên xương mu
• Mót tiểu
• Tiểu dắt
• Tiểu buốt
Tiêu chí ca bệnh không dựa vào xét nghiệm vi sinh
+ Ít nhất hai trong số các dấu hiệu và triệu chứng UTI sau và không
có nguyên nhân khác: Sốt (> 38°C thân nhiệt trung tâm), đau vùng trên
xương mu, mót tiểu, tiểu dắt, tiểu buốt.
+ Ít nhất có một trong các bằng chứng xét nghiệm dưới đây:
• Que thử nước tiểu tìm bạch cầu esterase và /hoặc nitrate dương tính.

10
• Tiểu ra mủ (mẫu nước tiểu có ≥ 10 WBC/mL hoặc ≥ WBC/kính hiển
vi cao độ so nước tiểu không quay.
• Tìm thấy vi sinh vật khi nhuộm Gram nước tiểu không quay ly tâm
(unspun urine).
• Ít nhất 2 mẫu cấy được phân lập lặp lại cùng tác nhân gây bệnh có
≥ 102 CFU/mL nhưng < 105 CFU/ml có được qua ống thông bàng quang.
• Cấy nước tiểu có < 105 CFU/ml mẫu tác nhân gây bệnh duy nhất ở
bệnh nhân đang dùng kháng sinh điều trị NKTN.
1.1.3. Nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến ống thông tiểu (CAUTI)
[38]
1.1.3.1. Đặt ống thông tiểu
Ống dẫn lưu được đưa vào bàng quang qua niệu đạo, được lưu lại và
nối vào túi dẫn lưu. Bao cao su và ống thông thẳng không có bóng chèn (sử
dụng để rửa bàng quang), ống dẫn lưu từ thận ra da hoặc ống thông trên mu
đều không được tính là ống thông tiểu trừ ống thông Foley đang sử dụng).
1.1.3.2. Một số thuật ngữ
- Giai đoạn cửa sổ (Window Period)
+ Định nghĩa ca bệnh NKTN phải đạt trong vòng khung thời gian 7
ngày được gọi là “Giai đoạn cửa sổ”.
+ Bao gồm ngày cho kết quả dương tính đầu tiên, 3 ngày lịch trước,
và 3 ngày lịch sau lấy mẫu xét nghiệm.
Hình 1.2. Khung thời gian giai đoạn cửa sổ [38].
- Ngày biến cố (Date of event)

11
+ Nếu các dấu hiệu và triệu chứng xuất hiện trước khi lấy mẫu nước
tiểu để cấy, thì ngày khởi phát dấu hiêu/triệu chứng sẽ là ngày biến cố.
Hình 1.3. Khung thời gian dấu hiện và triệu chứng xảy ra trước ngày lấy mẫu.
+ Nếu nước tiểu được lấy để cấy trước khi khởi phát các dấu hiệu và
triệu chứng, thì ngày lấy mẫu cấy sẽ là ngày biến cố.
Hình 1.4. Khung thời gian dấu hiệu và triệu chứng xảy ra sau ngày lấy mẫu.
- Khung thời gian biến cố (Event Timeframe)
+ Khung thời gian 14 - ngày trong đó NKTN được coi là đang diễn ra
và không có NKTN mới được khai báo cho bệnh nhân này.
+ Ngày biến cố = ngày 1 của khung thời gian biến cố.
Hình 1.5 Khung thời gian biến cố 14 ngày.

12
1.1.3.3. CAUTI
Người bệnh có đủ tiêu chuẩn chẩn đoán NKTN và có thêm một trong
những dấu hiệu sau:
+ Có ống thông tiểu giữ lưu đã đặt được hơn > 2 ngày lịch vào ngày
biến cố, với ngày thay catheter là ngày 1.
Hoặc
+ Có ống thông giữ lưu đã đặt được hơn > 2 ngày lịch nhưng rút vào
ngày biến cố kiện hoặc ngày trước ngày biến cố.
Hình 1.6. Khung thời gian liên quan đến CAUTI.
1.2. PHÂN LOẠI
1.2.1. Phân loại theo thể bệnh
NKTN thường xuất hiện đầu tiên ở phần dưới (niệu đạo, bàng quang),
nếu không được điều trị có thể diễn biến nặng lên dẫn đến nhiễm khuẩn ở
đường tiết niệu trên (niệu quản, thận). Có bốn thể bệnh điển hình:
• Viêm bàng quang: Là NKTN thấp giới hạn bởi bàng quang thường
gặp nhất gây nên đau tức bụng dưới, khó tiểu, nước tiểu rất khai và đôi khi
tiểu máu [1].
• Viêm niệu đạo: Viêm hay nhiễm khuẩn niệu đạo gây nên cảm giác
bỏng rát khi đi tiểu và đôi khi có mủ, với nam giới có thể thấy dịch mủ
chảy ra từ dương vật, điển hình nhất là bệnh lậu [1].

13
• Viêm thận - bể thận cấp: Là tình trạng nhiễm khuẩn ở đường tiết niệu
cao đó là nhu mô thận và bể thận. Có thể do nhiễm khuẩn ngược dòng từ bàng
quang lên hoặc do từ dòng máu. Nhiễm khuẩn thận hay viêm thận - bể thận là
một cấp cứu y khoa vì nó có thể nhanh chóng đưa đến suy giảm chức năng
thận cũng như tử vong nếu không điều trị kịp thời và hiệu quả [1].
• Viêm thận - bể thận mạn: Là tổn thương do tình trạng nhiễm khuẩn dai
dẳng hoặc tái đi tái lại nhiều lần. Tình trạng bệnh lý này chỉ thường xuất hiện
ở những người có các bất thường về giải phẫu đường tiết niệu [1].
1.2.2. Phân loại theo cơ chế bệnh sinh
1.2.2.1. Nhiễm khuẩn tiết niệu ngược dòng
Khi có luồng trào ngược bàng quang - niệu quản có thể dẫn NKTN. Có
nhiều bằng chứng lâm sàng và thử nghiệm cho thấy sự gia tăng của vi
khuẩn từ niệu đạo là con đường phổ biến nhất dẫn đến NKTN đặc biệt là E.
coli, Enterobacteriaceae [82].
Hầu hết các vi khuẩn đi ngược theo đường dẫn nước tiểu của hệ tiết
niệu lên phía trên gây NKTN. Vi khuẩn còn có thể xâm nhập do đưa các
dụng cụ qua niệu đạo vào bàng quang khi thăm dò hay thông bàng quang.
Việc chẩn đoán và điều trị với hệ tiết niệu như nội soi, chụp thận ngược
dòng đặt ống thông niệu quản (catheter) làm tăng nguy cơ NKTN ngược
dòng.
Phụ nữ có tỷ lệ NKTN cao hơn nam giới do niệu đạo nữ ngắn, lỗ niệu
đạo gần âm đạo nên vi khuẩn ở đường sinh dục dễ gây NKTN. Trong
NKTN, tỷ lệ nữ/nam dao động khoảng 2/1 hoặc 4/1 [10].
1.2.2.2.Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường máu
Tỷ lệ NKTN theo đường máu thấp hơn theo đường ngược dòng nhưng lại rất
quan trọng, số lượng máu qua thận chiếm khoảng 1/4 lượng máu lưu thông từ
tim. Do đó khi máu nhiễm vi sinh vật từ bất cứ ổ nhiễm nào của cơ thể cũng dễ
gây nhiễm khuẩn ở thận. Nhiễm khuẩn ở thận thường là những ổ áp xe nhỏ ở vỏ
thận và có thể lan ra tổ chức quanh thận gây áp xe quanh thận [82].

14
NKTN là nguyên nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn máu ở bệnh nhân bị
tổn thương tủy sống, có tỷ lệ tử vong cao [31].
NKTN theo đường máu thường liên quan đến một số vi sinh vật gây
bệnh không phổ biến như Candida sp. điển hình là Candida albicans,
Salmonella sp., Mycobacterium tuberculosis [82].
Với các loài vi khuẩn gây nhiễm khuẩn máu như S. aureus, P.
aeruginosa nguy cơ gây nhiễm khuẩn thận rất cao. Đôi khi vi khuẩn ở thận
vào máu gây nhiễm khuẩn huyết rồi quay lại gây nhiễm khuẩn thận [10].
1.2.2.3. Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường bạch huyết
NKTN có thể do từ đường bạch huyết tuy ít gặp hơn. Một số tác giả cho
rằng nhiễm khuẩn ở đại tràng, ruột thừa, thận, phổi, cổ tử cung cũng có thể
gây nhiễm khuẩn ở thận qua đường bạch mạch. Năm 1910, Franke có chứng
minh đường bạch huyết từ ruột thừa và manh tràng thông với thận phải [10].
1.2.2.4. Nhiễm khuẩn tiết niệu từ các cơ quan phụ cận
Áp xe trong ổ bụng như áp xe ruột thừa, viêm túi thừa ở đại tràng Sigma
có thể gây ra nhiễm khuẩn bàng quang [30].
1.3. TÌNH HÌNH NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ CĂN NGUYÊN GÂY
NKTN THƯỜNG GẶP
1.3.1. Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu
Nhiễm khuẩn tiết niệu là một trong những bệnh nhiễm khuẩn mắc phải
tại cộng đồng và bệnh viện phổ biến nhất, gần 40% dân số bị nhiễm NKTN
và bị ít nhất một lần trong đời, chiếm tỷ lệ mắc bệnh và chi phí chăm sóc
sức khỏe đáng kể với chi phí ước tính hàng năm lên tới 5 - 10 tỷ USD [68],
[94]. Theo CDC ước tính rằng 600.000 bệnh nhân bị nhiễm NKTN hàng
năm, với 80% là NKTN do ống thông tiểu gây ra và các biến chứng bao
gồm nhiễm trùng máu thứ phát, 10% tỷ lệ tử vong và tăng số ngày nằm
viện thêm 2 - 4 ngày [31], [34].
Nguyên nhân chủ yếu gây NKTN trên bệnh nhân tổn thương tủy sống là
tiểu tiện không tự chủ, nước tiểu tồn dư trong bàng quang, đặt ống thông tiểu

15
và phẫu thuật đường tiết niệu. Bên cạnh đó, tình trạng nằm lâu ngày do rối
loạn vận động bị liệt tứ chi cũng là yếu tố nguy cơ dẫn đến NKTN [52], [57],
[70], [97]. Các nhà nghiên cứu xác định rằng mẫu bệnh phẩm ở những người
sử dụng ống thông tiểu trong có tỷ lệ NKTN cao nhất [72], [103]. Một trong
những báo cáo sớm nhất về NKTN có từ năm 1883, Clark phát hiện ra rằng
những người đàn ông trung niên khỏe mạnh không có bệnh trước đó đã bị sốt
sau khi sử dụng ống thông tiểu, và một số trong số họ đã chết [35]. 70% bệnh
nhân liệt tủy sống bị NKTN có triệu chứng sốt sau khi đặt ống thông tiểu và
được chứng minh là kéo dài đáng kể sau thời gian nhập viện [3], [8]. Trong
một nghiên cứu tiến cứu trên bệnh nhân bị liệt tủy sống, bệnh nhân đặt ống
thông tiểu Foley có khả năng mắc bệnh đái tháo đường cao hơn 10 lần so với
bệnh nhân sử dụng ống thông ngắt quãng [66]. Stamm Walter đã báo cáo rằng
2 - 4% bệnh nhân bị chấn thương tủy sống được đặt ống thông tiểu dễ mắc
thêm nhiễm khuẩn huyết [95]. Phần lớn NKTN là do 4 căn nguyên gây ra, chủ
yếu bao gồm E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, Enterococcus sp. [33],
[44], [45], [48], [63], [103], [104]. Trong đó, E. coli và Klebsiella chiếm ưu
thế, với E. coli chiếm gần 40% tổng số chủng được phân lập [98]. Tại Viện
vật lý trị liệu và phục hồi chức năng, Đại học Sarajevo, Dedeić-Ljubović A và
cộng sự đã nghiên cứu, hơn 90% bệnh nhân bị mắc NKTN không có triệu
chứng. 113/145 (77%) bị NKTN mắc phải trong vòng 7 ngày kể từ khi đặt
ống thông tiểu. Phần lớn là trực khuẩn Gram âm và Enterococci. Trong đó,
P. stuarti (18,9%) là phổ biến nhất, tiếp theo là P. mirabilis (16,3%), E. coli
(11,8%), P. aeruginosa (10,2%), K. pneumoniae (8,1%), E. faecalis (8,6%)
[41]. Tại Thổ Nhĩ Kì, nghiên cứu có ghi nhận 56/230 bệnh nhân chấn
thương tủy sống NKBV, trong đó E. coli (51,9%), Pseudomonas sp.
(13,5%), Klesbiella sp. (9,6%), Enterococcus sp. (5,8%) [48]. Tại Việt
Nam, nghiên cứu của Nguyễn Ngọc Dự, E. coli (60,5%), K. pneumoniae
(5,3%), P. aeruginosa (7,8%), E. faecalis (10,5%) [8]. Ngoài việc tăng
nguy cơ bị NKBV, bệnh nhân cũng dễ bị nhiễm nấm, đã được phát hiện có
liên quan đến việc sử dụng kháng sinh và đặt ống thông tiểu [3], [8], [51].

16
Các khuyến cáo điều trị kháng sinh nhiễm khuẩn từ trước đến nay vẫn
dựa trên căn nguyên vi khuẩn phân lập được. Tuy nhiên, do triệu chứng lâm
sàng của NKTN không điển hình, và phần khác do bệnh nhân có thể trong tình
trạng hôn mê khó có thể nhận biết được triệu chứng bắt buộc các bác sĩ lâm
sàng phải điều trị theo kinh nghiệm và dẫn đến tình trạng kháng kháng sinh.
Do áp lực chọn lọc cho việc sử dụng kháng sinh quá mức cần thiết bệnh nhân
nội trú hay ngoại trú đã dẫn tới sự lan tràn của các chủng kháng thuốc.
Chương trình giám sát kháng sinh của SMART đã theo dõi tình hình
NKTN ở khu vực châu Á - Thái Bình Dương và công bố số liệu năm 2009.
Các chủng vi khuẩn phân lập được tiến hành bằng phương pháp vi pha loãng
theo khuyến nghị của Viện Tiêu chuẩn lâm sàng và phòng thí nghiệm CLSI.
Kết quả cho thấy E. coli (56,5%) và K. pneumoniae (13,8%) là căn nguyên
phổ biến nhất trong đó E. coli tỷ lệ nhạy cảm với cefoxitin là 50,3% và dao
động từ 54,4 - 68,7% đối với cephalosporin thế hệ thứ ba và thứ tư. Đối với
ciprofloxacin và levofloxacin, tỷ lệ nhạy cảm lần lượt là 43,2% và 44,1%.
Enterobacteriaceae sinh men β - lactamase (ESBL) chiếm 28,2% của tất cả
các chủng và 33,4% chủng sinh ESBL kháng ceftazidime. Nghiên cứu cũng
chỉ ra, một tỷ lệ kháng cao với carbapenem trong số A. baumannii và P.
aeruginosa [77]. Trong một nghiên cứu khác, ở khu vực Bắc Mỹ và Châu Âu
giai đoạn 2009 - 2010, 3646 mẫu nước tiểu nuôi cấy dương tính. Vi khuẩn gây
bệnh chủ yếu là Enterobacteriaceae sp., thường gặp nhất vẫn E. coli và
K. pneumoniae. Ở khu vực Bắc Mỹ, tỷ lệ sinh men β - lactamase hoạt phổ
mở rộng ESBL ở E. coli (8,5%) và K. pneumoniae (8,8%). Ở khu vực Châu
Âu, tỷ lệ sinh men β - lactamase hoạt phổ mở rộng ESBL ở E. coli (17,6%)
và K. pneumoniae (38,9%). Trên 90% tất cả các chủng sinh ESBL có tỷ lệ
đề kháng kháng sinh cao với cefotaxime, ceftriaxone. Nghiên cứu cũng chỉ
ra rằng, E. coli và K. pneumoniae có tỉ lệ nhạy cảm rất cao với các kháng
sinh carbapenems (ertapenem và imipenem) [61].
Tại Châu Âu, năm 2003, Jdias Neto và cộng sự đã nghiên cứu cho thấy
sau 48 giờ nhập viện, 188 bệnh nhân bị mắc phải NKTN. Kết quả cho thấy

17
E. coli (26%) và Klebsiella sp. (15%), P. aeruginosa (15%) và
Enterococcus sp. (11%) là căn nguyên thường gặp nhất. Hầu hết các chủng
vi khuẩn nhạy cảm cao với imipenem (83%), cephalosporin thế hệ thứ hai
hoặc thứ ba và aminoglycoside (71 - 98%). Đề kháng cao với ampicillin
(73%) và cefalothin (70%), ciprofloxacin (58%) [63].
Tại Thái Lan, tại trung tâm PHCN, Wasuwat và cộng sự đã nghiên cứu
cho thấy E. coli (74,4%) là căn nguyên gây NKTN phổ biến nhất, tiếp theo
lần lượt là K. pneumoniae (12,82%), E. faecalis (5%) và P. mirabilis (5%).
Hầu hết các vi khuẩn Gram âm đều nhạy cảm với amikacin (26 - 100%) và
cephalosporin thế hệ thứ ba (50 - 100%). Trong đó, E. coli đã đề kháng cao
với amikacin (26%), ciprofloxacin (44%), nhạy cảm cao với
trimethoprim/sulfamethoxazole (74,3%), ceftazidime (96,1%) [104].
Tại Việt Nam, đã có một số nghiên cứu đánh giá về tình hình kháng
kháng sinh ở bệnh nhân liệt tủy sống. Các kết quả cho thấy các vi khuẩn
phân lập được từ bệnh phẩm nước tiểu có hiện tượng đề kháng kháng sinh
thường được sử dụng [12], [13], [16]. Theo nghiên cứu của Nguyễn Ngọc
Dự, phần lớn E. coli có tỉ lệ đề kháng cao với ampicillin,
trimethoprim/sulfamethoxazole (77 - 88,2%). Klebsiella có tỷ lệ đề kháng
cao với nhóm cephalosporin (43,8 - 54,7%) [8]. Theo nghiên cứu của
Nguyễn Thị Kim Liên, E. coli là vi khuẩn thường gặp nhất và có khả năng
đề kháng với ampicillin (100%), trimethoprim/sulfamethoxazole (92,3%).
Các kháng sinh fosmycin, amikacin và carbapenem ít bị đề kháng với tỷ lệ
lần lượt là 3,8%, 7,7% và 11,5%. Ngoại trừ amikacin không bị đề kháng
kháng sinh bởi K. pneumoniae, các kháng sinh còn lại đều bị kháng (33,3 -
100%) [14]. Do vậy, việc sử dụng kháng sinh trước khi nuôi cấy cùng với
việc chưa tuân thủ các quy tắc kiểm soát nhiễm khuẩn cũng có thể là
nguyên nhân gây gia tăng tỉ lệ đề kháng kháng sinh.
1.3.2. Căn nguyên gây NKTN thường gặp
1.3.2.1. Escherichia coli

18
* Đặc điểm sinh vật hóa học:
- Hình thái: Trực khuẩn Gram âm, thuộc họ Enterobacteriaceae. Kích
thước trung bình từ 2 - 3 x 0,5 µm. Rất ít chủng E. coli có vỏ, nhưng hầu
hết đều có lông và có khả năng di động [6].
- Tính chất nuôi cấy: Phát triển dễ dàng trên môi trường nuôi cấy thông
thường. Trên môi trường phân lập vi khuẩn đường ruột (SS, Macconkey, UTI
agar), E. coli có dạng S, tròn, lồi, nhẵn bóng có kích thước khoảng 1 - 2 mm
và làm thay đổi môi trường có màu đỏ sẫm do lên men đường lactose [6].
Hình 1.7. Khuẩn lạc E. coli trên môi trường nuôi cấy UTI agar.
* Khả năng gây bệnh:
- Yếu tố độc lực: Dựa vào vị trí gây bệnh E. coli có khả năng gây bệnh ở
người thành 2 nhóm: nhóm gây bệnh đường ruột (IPEC - intestinal pathogenic E.
coli, DEC - Diarrheagenic E. coli và nhóm gây bệnh ngoài đường ruột trong đó
UPEC (Uropathogen E. coli) gây NKTN. Chất kết dính Pili, FimH, liên kết các
uroplakin mannosyl hóa và các thụ thể xuyên màng bao phủ bề mặt của các tế
bào, trong đó các FimH - α3β1 thông qua kích hoạt các GTPase (như protein
RAC), dẫn đến sự xâm nhập của vi khuẩn. Lipopolysacarit (LPS) do UPEC được
cảm nhận bởi thụ thể TLR4, sản xuất ra AMP (cAMP) theo chu kỳ thông qua
hoạt hóa adenylyl cyclase 3 (AC3), dẫn đến ngoại bào. Lúc này, UPEC phá vỡ hệ
thống phòng thủ của vật chủ, trốn vào tế bào chất, sau đó nó nhân lên và hình
thành màng sinh học (IBC). Sự hình thành của màng sinh học gây ra sự phát tán
của vi khuẩn và cho phép sự xâm nhập của các tế bào

19
chủ khác. Ngoài ra, UPEC tồn tại trong bàng quang, bằng cách tiết ra độc tố α
- haemolysin (HlyA) thúc đẩy quá trình ly giải tế bào chủ tạo điều kiện thu
nhận chất dinh dưỡng và giúp cho các vi khuẩn sống sót gây NKTN [36],
[47].
- Đặc điểm gây bệnh: E. coli là vi khuẩn thuộc nhóm vi hệ bình thường
trong đường tiêu hóa chiếm tỷ lệ cao nhất trong số các vi khuẩn hiếu khí
(khoảng 80%). Tuy nhiên E. coli đứng đầu trong các vi khuẩn gây viêm
đường ruột, viêm đường tiết niệu, viêm đường mật [6], [54]. E. coli gây
NKTN tái phát tới 78%. Jinnah (1996) cũng chứng minh rằng E. coli gây
NKTN ở nhóm có triệu chứng có các yếu động lực cao hơn nhóm không
triệu chứng [62].
1.3.2.2. Klebsiella pneumoniae
* Đặc điểm sinh vật hóa học
- Hình thái: Trực khuẩn Gram âm, thường đứng thành đôi, kích thước
trung bình 0,3 - 1 x 0,6 - 6 µm. Không có lông, không di động, không sinh
nha bào và có vỏ dày [6].
thường. Trên môi trường thạch máu, K. pneumoniae có dạng nhầy, màu trắng
đục như sữa, không gây tan máu. K. pneumoniae có màu đỏ sẫm (trên SS,
Mac), có màu xanh tím than (trên UTI agar) [6].
Hình 1.8. Khuẩn lạc K. pneumoniae trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

20
* Khả năng gây bệnh
- Yếu tố độc lực: K. pneumoniae có khả năng sinh ra 2 loại độc tố ruột (chịu
nhiệt và không chịu nhiệt) và bacteriocin có tác dụng ức chế một số vi khuẩn
khác, cảm ứng quá trình chết theo chương trình của các tế bào chủ.
K. pneumoniae sử dụng Pili bám vào niêm mạc đường tiết niệu nhờ vào
một yếu tố kết dính có khả năng ức chế manose, hình thành nên màng sinh
học. Lúc này, vỏ của vi khuẩn có khả năng chống lại thực bào do có khả
năng ức chế sự opsonin hóa bởi các kháng thể đặc hiệu và bổ thể, làm cho
chống lại các yếu tố diệt khuẩn trong huyết thanh. Các độc tố này gây ra
hủy hoại mô [6].
- Đặc điểm gây bệnh: K. pneumoniae có trong hệ vi khuẩn bình thường ở
ruột người trưởng thành hoặc có thể gặp ở đường hô hấp trên. K. pneumoniae
chủ yếu gây bệnh cơ hội đặc biệt là tác nhân gây NKBV. Đặc biệt, vi khuẩn
này thường gây ra viêm phổi, thường gặp ở những trẻ sơ sinh. Ngoài ra, nó có
khả năng gây nhiễm khuẩn huyết, viêm ruột, viêm xoang, viêm màng não,
viêm tai giữa, nhiễm khuân tiết niệu, áp xe gan… [6].
1.3.2.3. Pseudomonas aeruginosa
- Hình thái: Trực khuẩn bắt màu Gram âm, mảnh, thẳng hoặc hơi cong,
hai đầu tròn, kích thước 0,5 - 1,0 x 1,5 - 3µm, di động nhờ một lông ở đầu,
không sinh nha bào, có pili ở cực [18].
- Tính chất nuôi cấy: Khuẩn lạc P. aeruginosa tròn, trơn, hơi lồi, có thể
tan máu beta, có ánh kim. Trên môi trường thạch thường, khuẩn lạc có sắc
tố màu xanh lục, có mùi thơm đặc biệt như mùi nho do vi khuẩn sản sinh ra
4 loại sắc tố chính là pyocyanin, pyoverdins, pyorubrin, pyomelanin. Tuy
nhiên, không phải tất cả các P. aeruginosa đều sinh sắc tố, khoảng 5 - 10%
số chủng P. aeruginosa không sinh sắc [18].

21
Hình 1.9. Khuẩn lạc P. aeruginosa trên môi trường nuôi cấy UTI agar.
- Yếu tố độc lực: P. aeruginosa sản xuất ra 3 yếu tố độc lực chính gây
NKTN: elastase, haemolytic phospholipase C, exoenzyme S (ExoS). Hoạt
động GTPase của ExoS điều hòa chức năng đại thực bào RAC1, can thiệp vào
sự hình thành lamellopodium. Hoạt động ADP - ribosyltransfease của ExoS
nhắm vào các protein (protein RAS và RalA), ảnh hưởng đến tế bào. Elastase
gây ra sự phá hủy mô thông qua hoạt động protease của nó, giải phóng các
chất dinh dưỡng để tiếp tục phát triển vi khuẩn. Phospholipase C là một độc tố
α giúp thủy phân phosphatidylcholine từ màng tế bào chủ, làm tổn hại đến
tính toàn vẹn của tế bào và dẫn đến tổn thương nội tạng. Lúc này, chúng liên
kết với protein hoạt hóa phiên mã, và kích hoạt biểu hiện của các yếu tố độc
lực, dính vào bề măt ống thông và hình thành nên màng sinh học [42], [59].
- Đặc điểm gây bệnh: P. aeruginosa là vi khuẩn gây bệnh có điều kiện. Khi
cơ thể bị suy giảm miễn dịch (tự nhiên hoặc mắc phải), bị mắc các bệnh ác
tính hoặc mạn tính, dùng lâu dài corticoid, kháng sinh hoặc các chất chống
ung thư thì dễ mắc bệnh nhiễm trùng nội sinh hoặc ngoại sinh. P. aeruginosa
từ môi trường bên ngoài xâm nhập vào cơ thể qua các vết thương hở (nhất là
bỏng). Tại chỗ xâm nhập, chúng gây viêm có mủ (điển hình mủ có màu xanh).
Nếu cơ thể suy giảm sức đề kháng chúng có thể xâm nhập vào và gây viêm
các phủ tạng (xương, đường tiết niệu, tai giữa, phế quản, màng não…)

22
hoặc gây bệnh toàn thân (nhiễm khuẩn huyết, viêm nội tâm mạc) [18].
1.3.2.4. Entercoccus sp.
- Hình thái: Cầu khuẩn Gram dương xếp thành đôi hoặc chuỗi ngắn .
- Tính chất nuôi cấy: Phát triển tốt trên môi trường nuôi cấy thông
thường như thạch máu, chocolate, canh thang có 6,5% muối. Có thể phát
triển trong khoảng nhiệt độ 10 - 45°. Trên môi trường UTI agar khuẩn lạc
có màu xanh lam [21].
Hình 1.10. Khuẩn lạc Enterococcus sp. trên môi trường nuôi cấy UTI agar.
- Yếu tố độc lực: Enterococcus sản xuất ra protease gelatinase (GelE) và
proteinase serine ngoại bào (SprE). GelE làm trung gian cho độc lực thông
qua các tác động như suy thoái các mô chủ và điều chế phản ứng miễn dịch
của vật chủ. Nó có vai trò quan trọng trong việc làm sạch các protein bị sai
lệch và tham gia vào quá trình kích hoạt autolysin, một loại enzyme phân hủy
peptido-glycan, dẫn đến giải phóng DNA ngoại bào và hình thành màng sinh
học. Ngoài ra, Enterococcus cũng tạo ra một số yếu tố bám dính bao gồm
collagen bámin Ace, protein bề mặt enterococcal (Esp), kháng nguyên
polysacarit enterococcal (Epa) và Pili. Lúc này, fibrinogen được giải phóng
vào bàng quang như là một phần của phản ứng viêm. Fibrinogen được tích

23
lũy trong bàng quang và trên ống thông. Enterococcus gắn vào ống thông
được bọc fibrinogen và sử dụng nó để tăng trưởng, tăng cường phát triển
hình thành màng sinh học trên ống thông [21], [40].
- Đặc điểm gây bệnh: Enterococcus sp. thường cư trú ở đường tiêu hóa của
động vật máu nóng. Tuy nhiên nó cũng gây một số bệnh ở người như viêm
đường tiết niệu, đặc biệt là người đặt ống thông đường tiết niệu. Viêm màng
trong tim đứng thứ ba sau Streptoccocci nhóm vidridans và S. aureus (chiếm
5-20% các trường hợp) [21]. Và là một trong những căn nguyên chủ yếu gây
NKTN [60]. Enterococcus sp. là nguyên nhân gây bệnh phổ biến của NKTN
ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch và ở những bệnh nhân đặt ống
thông tiểu [45], [106]. Ngoài ra, E. faecalis có thể gây ra chứng viêm nội
nhãn sau phẫu thuật.
1.3.2.5. Staphycoccus aureus
- Hình thái: Cầu khuẩn Gram dương xếp đám, có đường kính 0,8 - 1,0
µm, không có lông, không nha bào, thường không có vỏ [4].
- Tính chất nuôi cấy: Dễ dàng phát triển trên môi trường nuôi cấy thông
thường. Trên môi trường thạch thường, S. aureus tạo thành khuẩn lạc dạng
S, đường kính 1 - 2 mm, nhẵn, sau 24 giờ, khuẩn lạc có màu vàng chanh.
Trên môi trường thạch máu, S. aureus tan máu hoàn toàn [4].
Hình 1.11. Khuẩn lạc S. aureus trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

24
- Yếu tố độc lực: Sự hình thành màng sinh học S. aureus được điều hòa bởi
sự kết dính nội bào polysacarit (PIA), làm trung gian tế bào với sự kết dính
của tế bào và được mã hóa bởi operon iBC ADBC. Ngoài ra, S. aureus cũng
tạo ra 15 chất kết dính protein (bap, bbp, clfA, clfB, cna, ebpS, fib, fnbA,
fnbB, eno, icaAD, icaBC, sasG, sasC, xin) tham gia vào quá trình tổng hợp tế
bào và phản ứng tổng hợp tế bào. Nó được biểu hiện một loạt các thành phần
như protein liên kết với sợi A (FnbA), các yếu tố đông tụ A (ClfA) và protein
liên quan đến màng sinh học (Bap). Lúc này, protein bị biến đổi (PBP2a),
được mã hóa bởi gen mecA. Gen này là chèn vào một yếu tố di truyền được
gọi là nhiễm sắc thể staphylococcus mec (SCCmec) và hình thành nên màng
sinh học. Tuy nhiên, cơ chế hình thành màng sinh học và khả năng gây bệnh
của nhiễm trùng S. aureus trong đường tiết niệu đang gây tranh cãi. Gần đây,
nghiên cứu về các gen liên quan đến sự hình thành màng sinh học và vai trò
trong các bệnh nhiễm trùng do S. aureus đã đang được quan tâm lớn [4], [96].
- Đặc điểm gây bệnh: S. aureus thường kí sinh ở mũi họng và có thể ở da.
Vi khuẩn này gây bệnh cho những người bị suy giảm sức đề kháng. Do S.
aureus kí sinh ở da và niêm mạc mũi nên nó có thể xâm nhập qua các lỗ chân
lông, chân tóc...Từ đó, nó có thể xâm nhập từ da vào máu dẫn đến nhiễm
khuẩn huyết, và từ nhiễm khuẩn huyết nó đi tới các cơ quan khác và gây nên ổ
apxe hoặc viêm nội tâm mạc. Ngoài ra, S. aureus gây nhiễm khuẩn đường tiêu
hóa, viêm phổi, viêm tủy xương, nhiễm khuẩn tiết niệu [4].
1.3.2.6. Acinetobacter sp.
* Đặc điểm sinh vật hóa học:
- Hình thái: Cầu khuẩn trực khuẩn, bắt màu Gram âm, không di động .
thường. Trên môi trường thạch máu, thạch thường, A. baumanii có khuẩn
lạc dạng S, mỡ, đường kính 2 - 3mm. Trên môi trường UTI agar, khuẩn lạc
có màu trắng [23].

25
Hình 1.12. Khuẩn lạc A. baumanii trên môi trường nuôi cấy UTI agar.
- Yếu tố độc lực: Acinetobacter sp. được coi là một sinh vật có độc lực
thấp và có tính kỵ nước giúp nó tránh bị thực bào. Các yếu tố độc lực gồm
outer membrane proteins (OMPs), toxic slime polysaccharides và
verotoxin. Riêng A. baumannii có lipopolysacarit (endotoxin) kích thích
mạnh mẽ của các tế bào bạch cầu lưu hành để giải phóng các chất gây
viêm, gây độc với bạch cầu trung tính và ức chế sự di chuyển cũng như quá
trình thực bào. Ngoài ra, nó bị ảnh hưởng bởi một số các yếu tố như
polysacarit dạng nang K1, BAP (protein kháng nguyên bề mặt), hệ thống
thu nhận sắt, màng ngoài, chất vận chuyển acineto - bactin giúp cho A.
baumannii hình thành nên màng sinh học [23].
- Đặc điểm gây bệnh: Chúng thường tồn tại ở các môi trường ẩm ướt
trong bệnh viện là căn nguyên chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện, đặc biệt
là ở các khoa hồi sức tích cực [66]. Ngoài ra chúng còn gây các nhiễm
khuẩn khác ở người như viêm phổi, viêm nội tâm mạc, nhiễm trùng da và
vết thương, viêm phúc mạc, nhiễm khuẩn tiết niệu, viêm kết mạc, viêm
xương tủy. Hiện nay, A. baumannii thường đề kháng với nhiều loại kháng
sinh, kể cả các kháng sinh cephalosporin thế hệ thứ 3 và carbapenem làm
cho việc điều trị hết sức khó khăn [23].

26
1.3.2.7. Enterobacter sp.
- Hình thái: là các trực khuẩn Gram âm, kích thước trung bình 0,6 - 1,0µm
x 1,2 - 3,0µm, có lông ở xung quanh than và có khả năng di động [6].
- Tính chất nuôi cấy: Mọc được trên các môi trường nuôi cấy thông
thường. Trên môi trường đặc có 3 dạng khuẩn lạc: dạng S, dạng M, dạng R.
[6].
Hình 1.13. Khuẩn lạc E. aerogenens trên môi trường nuôi cấy UTI agar.
- Enetrobacter sp. thường có mặt trong đất, ngoài môi trường. E.
cloacae và E. aerogenes thường cư trú trong ruột người và động vật.
- Enetrobacter sp. gây nhiễm khuẩn ở nhiều cơ quan khác nhau. Đứng
đầu là nhiễm khuẩn tiêu hóa (80%), nhiễm khuẩn tiết niệu (70%), nhiễm
khuẩn huyết (50%). Và cũng là căn nguyên thường gặp trong viêm đường
mật, viêm phổi ở trẻ nhỏ hoặc trẻ sơ sinh.... [6].
1.4. PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN PHÒNG XÉT NGHIỆM CĂN
NGUYÊN GÂY NKTN
Trong điều trị NKTN, việc xác định căn nguyên có ý nghĩa rất quan trọng
trong định hướng trên lâm sàng điều trị kịp thời và thích hợp cho bệnh nhân.

27
Do vậy, chẩn đoán phòng thí nghiệm căn nguyên gây NKTN rất quan trọng.
Hiện nay, có nhiều phương pháp được dùng để chẩn đoán căn nguyên này.
1.4.1. Phương pháp lấy bệnh phẩm
Để chẩn đoán chính xác căn nguyên vi khuẩn gây NKTN, kết quả nuôi
cấy có thể tùy thuộc vào kỹ thuật lấy bệnh phẩm. Có 3 phương pháp thường
được sử dụng để lấy mẫu nước tiểu bao gồm: nước tiểu giữa dòng, nước
tiểu qua sonde niệu đạo, nước tiểu qua chọc hút bàng quang.
Phương pháp lấy nước tiểu giữa dòng là phương pháp được sử dụng
thường xuyên nhất trong lâm sàng vì nó dễ thực hiện, không dùng thủ
thuật, chi phí thấp và có thể giúp định danh vi khuẩn gây bệnh. Hạn chế của
phương pháp này là khó xác định được tác nhân phân lập được có phải là
căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu hay đơn thuần là vi hệ trên da hoặc
là nhiễm từ ngoài vào do vệ sinh không được sạch sẽ.
Phương pháp lấy nước tiểu qua chọc hút bàng quang và phương pháp
lấy nước tiểu qua sonde niệu đạo đều là phương pháp sẽ lấy được vi khuẩn
nằm sâu bên trong, nhưng lại là kĩ thuật xâm lấn, gây đau. Ưu điểm là giảm
khả năng nhiễm bẩn của bệnh phẩm, và trong 1 số trường hợp bệnh nhân
khó đi tiểu mà bắt buộc phải lấy để làm xét nghiệm chẩn đoán căn nguyên.
Tuy nhiên ở phương pháp lấy nước tiểu qua sonde niệu đạo có thể gây nguy
cơ nhiễm trùng ngược dòng cho bệnh nhân.
1.4.2. Nhuộm Gram
Mặc dù đã được sử dụng hàng thế kỷ nay nhưng nhuộm Gram vẫn là
phương pháp nhuộm quan trọng nhất trong vi sinh và được sử dụng rộng rãi
như là một kỹ thuật nhanh để định hướng điều trị kháng sinh trong các nhiễm
khuẩn đe doạ tính mạng như viêm màng não mủ. Đối với NKTN, nhuộm
Gram đã được sử dụng để ước tính nhanh lượng vi khuẩn trong nước tiểu và
hỗ trợ việc đánh giá chẩn đoán lâm sàng. Nhuộm soi cho phép nhận định
nhanh tác nhân gây bệnh (nhuộm Gram độ nhạy 54 - 80%) [73]. Phương pháp
này nhanh, đơn giản, dễ làm nhưng trong một số trường hợp nhuộm Gram cho
độ đặc hiệu thấp 73% nên cũng bỏ sót căn nguyên gây bệnh [37]. Nhuộm soi

28
có thể phân biệt được cầu khuẩn, trực khuẩn hay nấm giúp cho sơ bộ cho
chẩn đoán và hướng điều trị. Nhưng trong một số trường hợp khó có thể
phân biệt được, không định danh được chính xác vi khuẩn.
Hình 1.14. Nhuộm Gram bệnh phẩm lâm sàng nước tiểu.
1.4.3. Kỹ thuật chẩn đoán nhanh
Que nhúng nước tiểu là kĩ thuật được sử dụng thường xuyên nhất để chẩn
đoán bệnh nhân bị NKTN nếu có triệu chứng lâm sàng. Các que thử như
chemstrip – 10 (Roche) phát hiện sự có mặt của nitrit (NIT) và leukocyte
esterase (LE) để sàng lọc sự hiện diện của vi khuẩn trong nước tiểu như là một
chỉ số về chẩn đoán NKTN. Nitrit trong nước tiểu phản ứng với axit p -
arsanilic tạo thành hợp chất diazonium lần lượt kết hợp với 1,2,3,4 -
tetrahydrobenzo (h) quinolin - 3 - ol để tạo ra màu hồng. Bạch cầu hạt chứa
các este xúc tác quá trình thủy phân este axit amin pyrrole dẫn xuất để giải
phóng pyrrole 3 - hydroxy - 5 - phenyl, pyrrole này sau đó phản ứng với một
muối diazonium để tạo ra một sản phẩm màu tím [10], [42].

29
Hình 1.15. Bộ sinh phẩm test 10 thông số nước tiểu.
Phương pháp này cho kết quả nhanh, đơn giản, dễ sử dụng, kết quả nhanh
nhưng có độ nhạy thấp. Trong một phân tích tổng hợp 34 nghiên cứu, đánh
giá mức độ chính xác của phương pháp này cho thấy độ nhạy trung bình
chiếm 48%, chứng tỏ sự có mặt của vi khuẩn ≥ 105 CFU/ml. Các nitrit chủ
yếu do các vi khuẩn đường ruột sản sinh ra như E. coli và Enterobacter… Tuy
nhiên, kết quả có thể cho âm tính giả, trong trường hợp một số loại vi khuẩn
không sản xuất ra nitrit, chẳng hạn như Enterococcus và Staphylococcus sp.,
hoặc trong những mẫu nước tiểu loãng [46], [100].
1.4.4. Nuôi cấy và định danh
1.4.4.1. Nuôi cấy
Nuôi cấy định danh vi khuẩn trên môi trường thích hợp nhằm tăng sinh vi
khuẩn về số lượng, tách được những khuẩn lạc riêng, và phát hiện, định danh
vi khuẩn bằng phương pháp nuôi cấy bán định lượng. Khi vi khuẩn đã mọc
trên môi trường nuôi cấy, có thể định danh vi khuẩn bằng nhiều phương pháp.
Hình thái trên kính hiển vi, đặc điểm ở môi trường nuôi cấy, màu sinh sắc, tốc
độ phát triển và sắc tố là đặc điểm nhận định sơ bộ nhóm vi khuẩn nghi
ngờ. Các thử nghiệm sinh vật hóa học như catalase, coagulase, oxidase,
tính tan muối mật… có thể là giúp định danh vi khuẩn.
Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy thường quy trên môi trường không
chọn lọc ban đầu thạch máu và thạch UTI agar và được ủ ấm ở 35 - 37ºC [17].

30
Thạch máu là môi trường dễ mọc để nuôi cấy vi khuẩn và nấm cho phép phát
hiện đặc tính tan máu của vi khuẩn. Môi trường UTI agar là môi trường định
danh sơ bộ một số tác nhân gây bệnh chính như E. coli, Enterococcus sp.,
Pseudomonas sp., Proteus sp., Klebsiella sp. Với nguyên lý sử dụng chất chỉ
thị màu là X - Gluc, hướng tới β - glucosidase, và cho phép phát hiện cụ thể
các Enterococci thông qua sự hình thành các khuẩn lạc màu xanh lam. Chất
tạo màu khác, Red - Gal, được cắt bởi enzyme β - galactosidase sinh ra bởi E.
coli, kết quả là các khuẩn lạc màu hồng. Môi trường cũng chứa tryptophan có
tác dụng như một chỉ thị về hoạt động deaminase tryptophan, kết quả là các
khuẩn lạc của Proteus, Morganella và Providencia sp. xuất hiện màu nâu.
Hình 1.16. Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy.
Phương pháp cấy này đòi hỏi phải có thời gian để cho vi khuẩn nhân
lên. Việc có kết quả cấy muộn dẫn đến chậm chỉ định kháng sinh hiệu quả,
do đó làm tăng nguy cơ tử vong của các trường hợp bị nhiễm ngược dòng
nhiễm khuẩn huyết, nhiễm khuẩn thận [10]. Kết quả cấy đôi khi không
phân biệt được hiện tượng cư trú bị nhiễm vào hay là bệnh nhân bị nhiễm
thực sự, có thể được giải thích do bệnh phẩm lấy nước tiểu giữa dòng thông
qua niệu đạo, nên dễ bị nhiễm các tác nhân bên ngoài nhiễm vào.
1.4.4.2. Định danh
1.4.4.2.1. Kit thương mai
- Hệ thống định danh này được đưa vào sử dụng từ năm 1986 nhưng API
là phổ biến nhất. Hệ thống này giúp định danh các những trực khuẩn đường

31
ruột và các trực khuẩn Gram âm dễ nuôi cấy (thuộc họ Enterobacteriaceae)
và dựa trên 20 tính chất sinh vật hóa học để định danh nên được gọi là API
20E [69]. Hệ thống này gồm 20 giếng (cupules) gắn trên một thanh nhựa.
Trong mỗi giếng có chứa các cơ chất phụ thuộc pH dưới dạng đông khô.
Hỗn hợp vi khuẩn được hoà vào nước muối sinh lý 0,9% tạo thành dung
dịch rồi nhỏ vào các giếng. Kết quả được ghi lại là 1 dãy gồm 7 chữ số cho
20 test. Sau khi xác định được số hồ sơ theo bộ dữ liệu mà nhà sản xuất
cung cấp sẽ xác định được loài. Ngoài API 20E, để định danh cầu khuẩn
Gram dương (API 20 Strep, Staph), trực khuẩn Gram âm không lên men
(API 20NE), vi khuẩn kị khí (API 20A).
Hình 1.17. Kết quả định danh API 20E của chủng Proteus mirabilis.
Ưu điểm của phương pháp này là tiện lợi, chi phí thấp, không tốn kém, dễ
dàng sử dụng, bộ kít khá nhỏ gọn. Chẩn đoán định danh được hầu hết các loại
vi khuẩn, nấm. Tuy nhiên phải mất đến 24 - 48 giờ mới định danh được vi
khuẩn.
1.4.4.2.2. Hệ thống tự động
a) Một số hệ thống định danh tự động đang được sử dụng (BD phoenix
hoặc Vitek)
Hệ thống tự động này hoạt động nhờ hệ thống quang học tự động theo dõi
quá trình phát triển của vi sinh vật xảy ra trong thẻ card. Phương pháp này
thực hiện theo nguyên lý sự suy giảm cường độ sáng. Hệ thống quang học này

32
sử dụng ánh sáng nhìn thấy để theo dõi trực tiếp sự phát triển của vi sinh
vật thông qua việc đo cường độ ánh sáng bị chặn lại (hay sự suy giảm
cường độ ánh sáng) khi ánh sáng đi qua giếng. Định danh vi khuẩn dùng
phương pháp đo màu để nhận biết các tính chất sinh vật hóa học của vi sinh
vật thông qua sự thay đổi màu của các giếng môi trường có trong thẻ.
Hình 1.18. Hệ thống máy định danh Vitek 2 COMPACT.
Ưu điểm của hệ thống tự động là khả năng tương tác với hệ thống thông
tin phòng xét nghiệm, giảm thời gian chờ đợi để thông báo kết quả. Ngoài
ra, nó còn cho thấy khả năng thống kê kết quả, lấy thông tin và phân tích
dịch tễ, giảm các sai sót phân tích. Nếu hệ thống này được kết hợp với hệ
thống kháng sinh đồ tự động, những dữ liệu này có thể kết nối tới khoa
dược ứng dụng cho điều trị bệnh nhân. Về mặt lý thuyết thì thông báo kết
quả sớm có thể làm giảm thời gian nằm viện, thúc đẩy sử dụng các liệu
pháp điều trị kháng sinh thích hợp cho nên làm giảm chi phí nằm viện. Tuy
nhiên, phương pháp này cho ta thấy một số chủng vi khuẩn gây bệnh hiếm
gặp định danh không chính xác. Bởi vậy nên có sự phối hợp giữa các
phương pháp chẩn đoán để đưa ra kết quả định danh chính xác nhất.
b) MALDI - TOF
MALDI - TOF là một trong những hệ thống hiện đại nhất định danh nhanh
vi khuẩn và nấm. Hệ thống MALDI - TOF là một kỹ thuật trong đó các phân

33
tử tích điện được tạo bằng các ion hóa và nhận dạng của chúng được xác
định dựa trên tỷ lệ khối lượng: điện tích. Phổ đại diện cho dấu ấn protein
được dùng để định danh chính xác cụ thể bằng cách so sánh với thư viện
phổ của dòng vi khuẩn. MALDI là thuật ngữ chỉ phương pháp ion hóa mẫu
hấp thụ dựa trên sự hỗ trợ của các chất nền và năng lượng laser (Matrix -
assisted laser desorption ionization, MALDI). Nguồn MALDI sử dụng các
chất nền hỗ trợ để ion hóa mẫu dưới tác dụng của năng lượng laser lớn. Các
ô trống trên đĩa sau khi được phết khuẩn lạc lên sẽ được phủ matrix (hoặc
đầu tiên nhỏ dung dịch acid formic, sau đó để khô và sau đó phủ matrix)
sau đó để khô, và đĩa đích được đặt vào máy đo khối phổ. Matrix sẽ tách
các phân tử protein vi khuẩn hoặc nấm, bảo vệ chúng khỏi phân mảnh và
không bị hấp thụ bởi năng lượng laser, phần lớn năng lượng laser bị hấp
thụ bởi matrix, chuyển nó thành trạng thái ion hoá. Phần mềm máy tính so
sánh khối phổ thu được với dữ liệu trong thư viện tham chiếu để đưa ra một
danh sách các vi sinh vật gần giống nhất và có xếp hạng điểm.
Hình 1.19. Hệ thông máy định danh MALDI - TOF.
Tuỳ thuộc vào giá trị phù hợp thế nào, vi khuẩn cần định danh có thể xác
định được họ, chi hoặc loài. Thời gian để phân tích vi khuẩn là 30 phút, có thể
lên tới 96 mẫu bệnh phẩm. Các hệ thống này có ưu điểm là cho kết quả định
danh nhanh và chính xác. Nhược điểm của hệ thống này là cơ sở dữ liệu chưa
rộng, vẫn phải cập nhật thêm. Ngoài ra, một số trường hợp không phân biệt
được các vi khuẩn có phổ protein giống nhau. Ví dụ như E. coli và Shigella

34
không phân biệt được bằng MALDI - TOF. Burkholderia pseudomallei
không thể xác định được vì cơ sở dữ liệu của MALDI - TOF không có,
thay vào đó là Burkholderia thailandensis.
1.4.4.3. Sinh học phân tử
a) SeptiFast real - time PCR (Roche)
PCR được dùng để khuếch đại một đoạn DNA ngắn, đã xác định được
một phần, đó có thể là gen đơn hoặc là một phần của gen nhờ hoạt động
xúc tác của enzyme xác định vi khuẩn Gram dương và Gram âm và một số
loài nấm. SeptiFast đã được so sánh trực tiếp với trên 82 mẫu nước tiểu
được nuôi cấy của 81 bệnh nhân nghi ngờ NKTN. Các mẫu nước tiểu được
xử lý mà không cần ủ trước và DNA được chiết xuất từ các tế bào trong
nước tiểu để phân tích PCR. Xét nghiệm cho ta thấy có độ nhạy và độ đặc
hiệu tương ứng là 82% và 60% để phát hiện nhiễm khuẩn tiết niệu [74].
b) FilmArray (bioMérieux) và GeneXpert (Cepheid)
Kỹ thuật này đã tích hợp chiết xuất axit nucleic và PCR ghép kênh, vì
vậy người dùng cuối chỉ cần trộn mẫu với dung dịch đệm và áp dụng nó
vào hộp thử nghiệm. Xét nghiệm này nó có khả năng phát hiện vi khuẩn
gây nhiễm khuẩn lây truyền qua đường tình dục chẳng hạn như bệnh lậu
Chlamydia trachomatis và Neisseria, trong vòng 90 phút trực tiếp từ mẫu
nước tiểu. Độ nhạy và độ đặc hiệu của việc phát hiện các căn nguyên này
đều trên 97% trong các mẫu từ nam và nữ. Tuy nhiên, giống như hệ thống
SeptiFast, xét nghiệm GeneXpert hiện tại có tính chất định tính và không
biết số lượng vi khuẩn từ các mẫu nước tiểu, điều này rất quan trọng đối
với chẩn đoán nhiễm khuẩn tiết niệu. Nhược điểm của phương pháp này là
không làm được kháng sinh đồ cho bệnh nhân.
1.5. KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM
1.5.1. Phương pháp kháng sinh khuếch tán
1.5.1.1. Phương pháp kháng sinh đồ khoanh giấy kháng sinh khuếch
tán [39], [40], [51].

35
Kỹ thuật này xác định mức độ nhạy cảm với các kháng sinh của các
chủng vi khuẩn dựa trên nguyên lý khuếch tán (định tính). Thuốc kháng sinh
được thấm vào những khoanh giấy với nồng độ nhất định, có đường kính
thường là 6 mm và được đặt tại một điểm trên bề mặt đĩa thạch dàn đều chủng
vi khuẩn. Kháng sinh từ khoanh giấy khuếch tán ra môi trường xung
quanh. Độ khuếch tán phụ thuộc vào tính chất của từng loại kháng sinh và
độ dày của môi trường. Vì vậy, càng xa nơi đặt khoanh giấy, nồng độ
kháng sinh càng thấp và ngược lại, càng gần nơi đặt khoanh giấy, nồng độ
kháng sinh càng cao. Nơi có thuốc kháng sinh, chủng vi khuẩn không phát
triển được gọi là vùng ức chế. Đường kính vùng ức chế của từng loại thuốc
kháng sinh tùy thuộc vào quy định của hãng. Tuy nhiên, vì sự ức chế tăng
trưởng của vi khuẩn không có nghĩa là cái chết của vi khuẩn, phương pháp
này có thể phân biệt tác dụng diệt khuẩn và kìm khuẩn.
Hình 1.20. Kết quả kháng sinh đồ của chủng P. aeruginosa.
Kĩ thuật khuếch tán đĩa cung cấp nhiều lợi thế so với các phương pháp
khác: đơn giản, chi phí thấp, khả năng kiểm tra số lượng lớn vi sinh vật và
dễ dàng giải thích kết quả. Hơn nữa, một số nghiên cứu đã chứng minh sự
quan tâm lớn ở những bệnh nhân bị nhiễm vi sinh vật trong một liệu pháp
kháng sinh dựa trên kháng sinh của tác nhân gây bệnh [71].
1.5.1.2. Phương pháp kháng sinh đồ dải giấy khuếch tán theo bậc
nồng độ (Etest).
Kỹ thuật này xác định chính xác nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh
với các chủng vi khuẩn hiếu khí dễ nuôi cấy. Phương pháp kháng khuẩn này

36
kết hợp nguyên tắc của phương pháp pha loãng với phương pháp khuếch tán
để xác định giá trị Etest, là một phiên bản thương mại của kỹ thuật này [29],
[32]. Kháng sinh được thấm vào dải giấy với nồng độ thấm lượng kháng sinh
khác nhau ở các vị trí khác nhau trên dải giấy. Có 29 nồng độ kháng sinh
được pha loãng bậc 2 gắn cố định ở một mặt của dải giấy. Thuốc kháng sinh
từ dải giấy khuếch tán ra môi trường xung quanh. Độ khuếch tán phụ thuộc
vào tính chất của từng loại thuốc và độ dày của môi trường. Khi dải giấy được
đặt lên mặt thạch đã dàn vi khuẩn ở các bậc có nồng độ nhanh chóng khuếch
tán trong thạch. Giá trị Etest được xác định tại giao điểm của dải và hình elip
ức chế tăng trưởng. Kỹ thuật này cũng có thể được thực hiện để điều tra sự
tương tác kháng khuẩn giữa hai loại thuốc [105].
Hình 1.21. Kết quả Etest của chủng K. pneumonie.
Ưu điểm của phương pháp này đơn giản, dễ thực hiện, dễ dàng giải
thích kết quả. Phương pháp này trở nên tốn kém nếu nhiều loại kháng sinh
được thử nghiệm.
1.5.2. Phương pháp kháng sinh đồ pha loãng
Phương pháp kháng sinh đồ pha loãng là phương pháp xác định giá trị
nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh được thử nghiệm trong môi trường
canh thang hoặc môi trường thạch. Giá trị MIC được xác định là nồng độ thấp
nhất của chất kháng sinh đã được thử nghiệm có tác dụng ức chế sự tăng

37
trưởng của vi sinh vật được biểu thị bằng hàm lượng μg/mL hoặc mg/L.
Các tiêu chuẩn đánh giá, thử nghiệm kháng sinh đã được công nhận bởi
Viện chuẩn hóa xét nghiệm và lâm sàng (CLSI), đã cung cấp một quy trình
thống nhất để thử nghiệm trong hầu hết các phòng xét nghiệm vi sinh.
1.5.2.1. Pha loãng trên canh thang kháng sinh
Phương pháp pha loãng trên canh thang là phương pháp nuôi cấy một
lượng vi khuẩn nhất định vào các ống (giếng canh thang) có nồng độ kháng
sinh xác định (thường giảm dần theo bậc 2) nhằm xác định nồng độ ức chế
tối thiểu của kháng sinh đối với vi sinh vật.
Hình 1.22. Kháng sinh đồ pha loãng trong môi trường canh thang.
Ưu điểm của phương pháp này là xác định nồng độ ức chế tối thiểu với
độ chính xác cao. Đảm bảo ổn định nồng độ kháng sinh trong môi trường
nên áp dụng được tất cả kháng sinh. Nhược điểm chính của phương pháp
này là thực hiện thủ công mất rất nhiều thời gian và công sức, yêu cầu
người thực hiện có chuyên môn cao, nhiều thao tác nhỏ nhặt nên có nhiều
nguy cơ sai sót, cần phải có thiết bị hỗ trợ đọc ghi lại kết quả phát hiện sự
tăng trưởng trong giếng. Tuy nhiên, nhược điểm này có thể hạn chế bằng sử
dụng các kit thương mại đã được kiểm chứng mặc dù cho chi phí cao.
1.5.2.2. Pha loãng trên thạch
Phương pháp pha loãng trên thạch là phương pháp nuôi cấy một lượng vi
khuẩn nhất định vào các đĩa thạch có nồng độ kháng sinh xác định (thường
giảm dần theo bậc 2) nhằm xác định nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh

38
đối với vi sinh vật.
Hình 1.23. Kháng sinh đồ pha loãng trong thạch.
Giống như phương pháp pha loãng trên canh thanh kháng sinh, ưu điểm
của phương pháp này cho độ chính xác cao, đảm bảo ổn định nồng độ
kháng sinh trong môi trường. Tuy nhiên, phương pháp này có thể áp dụng
cho một số loại vi khuẩn khó mọc.
1.5.3. Hệ thống tự động
1.5.3.1. Máy VITEK
Xác định chủng vi khuẩn nhạy cảm hoặc kháng các loại thuốc chống vi
khuẩn (định lượng). Thẻ AST dành cho VITEK 2 COMPACT là phương
pháp thử nghiệm tự động dựa trên kĩ thuật kháng sinh đồ pha loãng. Mỗi
thẻ AST có giếng chứng chỉ chứa môi trường nuôi cấy vi sinh vật. Các
giếng còn lại chứa số lượng kháng sinh cụ thể đã được đo trước kết hợp với
môi trường nuôi cấy. Huyền dịch vi sinh vật để thử nghiệm phải được pha
loãng tới nồng độ chuẩn hóa trong nước muôi sinh lý 0,45% trước khi được
sử dụng để bù nước lại môi trường có kháng sinh bên trong thẻ. Sau đó thẻ
được làm đầy, bịt kín và đặt vào màng ủ đầu đọc của thiết bị. Thiết bị giám
sát sự phát triển của từng giếng trong thẻ qua một khoảng thời gian xác
định tối đa 36 tiếng. Sau khi hoàn thành chu kỳ ủ, các giá trị của MIC được
xác định cho từng kháng sinh chứa trên thẻ.
1.5.3.2. Máy M50
Xác định chủng vi khuẩn nhạy cảm hoặc kháng các loại thuốc chống vi

39
khuẩn. Áp dụng phương pháp đo độ đục kết hợp với chỉ thị oxi hóa khử
nhằm phát hiện nhanh nồng độ ức chế tối thiểu MIC của mỗi vi sinh vật
tương ứng với mỗi kháng sinh đồ có trên thanh panel.
Sự kết hợp giữa đo độ đục và chỉ thị oxy hóa khử trong thực hiện kháng sinh
đồ mang lại kết quả nhanh nhất và chính xác nhất có thể. Trong 1 thanh panel có
chứa nhiều kháng sinh và mỗi kháng sinh được thiết kế với nhiều nồng độ khác
nhau. Dãy nồng độ của mỗi kháng sinh giảm dần theo cấp số nhân (pha loãng
bậc hai). Đặc điểm này giúp hệ thống Phoenix trả kết quả MIC thực, không trả
kết quả MIC nội suy. Ngoài kết quả kháng sinh, hệ thống còn phát hiện các đề
kháng quan trọng: Extended Spectrum β - lactamase (ESBL), Methicillin -
resistance Staphylococci (MRS), Vancomycin resistance Enterococcus (VRE),
High - level aminoglycoside resistance (HLAR), Gram Positive β - lactamase
(GP - BL), Macrolide resistance Streptococcus (MLSB).

40
CHƯƠNG 2. NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1.THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU
Nghiên cứu được thực hiện tại khoa Vi sinh, Bệnh viện Bạch Mai từ
tháng 1/2018 đến tháng 12/2018.
2.2. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
Tất cả các bệnh nhân và chủng vi khuẩn phân lập được chẩn đoán
NKTN nằm điều trị tại khoa PHCN - Bệnh viện Bạch Mai.
2.2.1. Tiêu chuẩn chọn mục tiêu cho NKTN
Tất cả các chủng vi khuẩn gây bệnh phân lập của các bệnh nhân được
chẩn đoán NKTN nằm điều trị tại khoa PHCN - Bệnh viện Bạch Mai.
2.2.2. Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân cho mục tiêu ca bệnh giám
sát Tiêu chuẩn chẩn đoán ca bệnh NKTN
Tất cả các chủng vi khuẩn nuôi cấy có số lượng ≥ 105 CFU/ml và phải thỏa
mãn điều kiện UTI - A:
+ Bệnh nhân có đặt sonde tiểu dài ngày (≥ 5 ngày).
+ Cấy nước tiểu dương tính với không hơn 2 loài vi khuẩn.
+ Ít nhất một vi khuẩn nuôi cấy có số lượng ≥ 105 CFU/ml.
+ Có một trong các triệu chứng sau:
• Sốt (> 38°C thân nhiệt trung tâm)
• Đau nhẹ vùng trên xương mu
• Mót tiểu
• Tiểu buốt
• Tiểu dắt
- Người bệnh có đủ tiêu chuẩn chẩn đoán NKTN [32] và có thêm một
trong những dấu hiệu sau:
+ Có ống thông tiểu giữ lưu đã đặt được hơn > 2 ngày lịch vào ngày
biến cố, với ngày thay catheter là ngày 1.
Hoặc

41
+ Có ống thông giữ lưu đã đặt được hơn > 2 ngày lịch nhưng rút vào
ngày biến cố kiện hoặc ngày trước ngày biến cố.
2.2.3. Tiêu chuẩn loại trừ
Các chủng vi khuẩn trên cùng một bệnh nhân trùng với chủng đã được
chọn từ những bệnh nhân đó.
2.3. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU
2.3.1. Bệnh phẩm
Bệnh phẩm được khoa PHCN - Bệnh viện Bạch Mai lấy theo quy định
lấy bệnh phẩm xét nghiệm vi sinh của Bệnh viện Bạch Mai.
2.3.2. Môi trường nuôi cấy, định danh và làm kháng sinh đồ vi
khuẩn
2.3.1.1. Môi trường nuôi cấy vi khuẩn
- Thạch máu
- Thạch UTI agar
2.3.1.2. Môi trường làm kháng sinh đồ vi khuẩn
- Thạch Muller Hilton
2.3.1.3. Các hóa chất khác
- PYR
- Huyết tương thỏ (xác định men catalase)
- Thuốc thử Oxydase, Kowac
- Nước muối sinh lý 0,9%
- Các khoanh giấy kháng sinh phục vụ làm kháng sinh đồ
- Bộ thuốc nhuộm Gram
2.3.1.4. Các dụng cụ khác
- Ống nghiệm vô trùng
- Tăm bông vô trùng

42
- Lam kính
- Que cấy ria phân vùng
- Que cấy định lượng 1µl, 10µl
- Các máy móc thiết bị
+ Hệ thống máy định danh VITEK 2 COMPACT, MALDI - TOF
+ Kính hiển vi với vật kính x40, x100
+ Tủ ấm nuôi cấy vi khuẩn (tủ ấm 37°C)
+ Thước đo mm
+ Máy tính cài phần mềm đọc kháng sinh đồ Whonet 5.6
2.4. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.4.1. Thiết kế nghiên cứu
Sử dụng phương pháp mô tả cắt ngang để khảo sát trên 728 mẫu
nước tiểu được nuôi cấy tại khoa PHCN.
2.4.2. Phương pháp lấy mẫu
Tất cả các chủng vi khuẩn đủ tiêu chuẩn được lựa chọn vào nghiên
cứu theo phương pháp lấy mẫu thuận lợi nhằm: Mô tả các đặc điểm NKTN,
tỷ lệ của các tác nhân gây NKTN, NKTN bệnh viện. Mối liên hệ giữa các
triệu chứng lâm sàng. Yếu tố nguy cơ liên quan đến NKTN bệnh viện. Tình
hình nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập được.
2.4.3. Phương pháp thu thập số liệu
- Các chủng vi khuẩn gây bệnh phân lập được từ tất cả các bệnh phẩm
chỉ định nuôi cấy ở Bệnh viện Bạch Mai từ tháng 01 - 12/2018.
- Tất cả các bệnh nhân vào khoa PHCN - Bệnh viện Bạch Mai điều trị
nội trú chẩn đoán bị chấn thương tủy sống từ tháng 1 - 12/2018 được nuôi
cấy nước tiểu dương tính.
- Các số liệu thu thập được ghi chép vào mẫu bệnh án của bệnh nhân.

Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc

Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc

Recommended

Recommended

More Related Content

Similar to Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc

Similar to Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc (20)

More from Dịch vụ viết thuê đề tài trọn gói ☎☎☎ Liên hệ ZALO/TELE: 0973.287.149 👍👍

More from Dịch vụ viết thuê đề tài trọn gói ☎☎☎ Liên hệ ZALO/TELE: 0973.287.149 👍👍 (20)

Recently uploaded

Recently uploaded (11)

Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện Bạch Mai.doc