mata kuliah biokimia

1. JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS SIPATOKKONG MAMBO

2. Mahasiswa dapat membedakan struktur asam amino,
peptide dan protein
Mahasiswa dapat menyebutkan asam amino essensial
dan non essensial serta pentingnya protein dalam
makanan
Mahasiswa dapat menjelaskan pembentukan ikatan
peptide hingga membentuk struktur tersier dan kuarter

4. ASAM AMINO
R
Rantai Samping
Gugus Karboksil
Gugus Amina
ASAM AMINO
Monomer penyusun protein yang berupa senyawa dengan
gugus karboksil dan gugus amina
 Jumlah asam amino penyusun protein ada 20.
 Berbeda hanya pada rantai samping (R)
CH2 CH2 CH2 CH2 CH COO¯
NH3⁺ NH3 ⁺
Lysine

5. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Berdasarkan
rantai
sampingnya
(R), asam
amino
dikelompokan
menjadi 5:
1
Asam amino nonpolar alifatik
Asam amino polar netral
Asam amino bermuatan negative
Asam amino bermuatan positif
Asam amino aromatik

6. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Asam amino nonpolar alifatik
Terdiri dari 7 jenis asam amino, yaitu :
1. Glycine
2. Alanine
3. Proline
4. Valine
5. Leucine
6. Isoleucine
7. methionine

7. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Terdiri dari 5 jenis asam amino, yaitu :
1. Serine
2. Threonine
3. Cysteine
4. Asparagine
5. Glutamine
Asam amino polar netral

8. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Terdiri dari 2 jenis asam amino, yaitu :
1. Aspartate
2. Glutamate
Asam amino bermuatan negative

9. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Terdiri dari 3 jenis asam amino, yaitu :
1. Lysine
2. Arginine
3. Histidine
Asam amino bermuatan positif

10. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Terdiri dari 3 jenis asam amino, yaitu :
1. Phenylalanine
2. Tyrosine
3. Tryptophan
Asam amino aromatik

11. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Berdasarkan
kemampuan
tubuh dalam
mensintesis:
2
Asam amino Essential
Asam amino non Essential
Asam amino yang tidak dapat disintesis di
dalam tubuh sehingga di peroleh dari
makanan yang dikonsumsi.
Asam amino yang dapat disintesis sendiri di
dalam tubuh.

12. PENGELOMPOKAN ASAM AMINO
Asam amino Essential
Asam amino non Essential
1. Alanin
2. Prolin
3. Glisin
4. Serin
5. Sistein
6. Tirosin
7. Asparagin
8. Glutamin
9. Asam Aspartat
10. Asam Glutamat
1. Arginin
2. Histidin
3. Isoleusin
4. Lisin
5. Metionin
6. Fenilalanin
7. Treonin
8. Leusin
9. Triptofan
10. valin

13. PENAMAAN ASAM AMINO
Berdasarkan IUPAC asam amino dapat ditulis lengkap atau dalam singkatan tiga huruf dan singkatan satu huruf
Asam amino 3 Huruf 1 Huruf Asam amino 3 Huruf 1 Huruf
Glisin Gly G Serin Ser S
Alanin Ala A Treonin Thr T
Prolin Pro P Sistein Cys C
Valin Val V Asparagin Asn N
Leusin Leu L Glutamin Gln Q
Isoleusin Ile I Lisin Lys K
Metionin Met M Histidin His H
Fenilalanin Phe F Arginin Arg R
Tirosin Tyr W Aspartat Asp D
Triptofan Trp W Glutamat Glu E

14. SIFAT ASAM AMINO
1. Optis Aktif 2. Zwitter ion
3. Zwitter ion
Artinya asam amino bisa bersifat ion positif atau
ion negative.

15. IKATAN PEPTIDA
Peptida adalah gabungan 2 atau lebih asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida dan
berat molekulnya kurang dari 10.000 Dalton, jika jumlah asam aminonya masih < 50 molekul
disebut peptide namun jika lebih dari 50 molekul disebut protein.
Pembentukan Ikatan Peptida
Ikatan peptide yaitu ikatan kovalen
antara gugus karboksil dan gugus amina
dari 2 asam amino menghasilkan molekul
Dipeptida : 2 asam amino
Tripeptida : 3 asam amino
Tetrapeptida : 4 asam amino
Pentapeptida : 5 asam amino
Ikatan peptida merupakan ikatan yang kuat dan tidak
mudah terurai oleh pemanasan atau garam konsentrasi
tinggi, tetapi dapat rusak karena pemanasan dalam waktu
lama dalam asam atau basa kuat atau dengan enzim.

16. PENAMAAN PEPTIDA

17. PENAMAAN PEPTIDA
Terdiri dari 5 asam amino yaitu : Ser – Gly – Tyr – Ala – Leu
Maka penamaan peptidanya : Serilglisiltirosinilalanilleusin

18. JENIS DAN FUNGSI PEPTIDA
Jenis Peptida Fungsi
Susu Peptida Mereka terbentuk dari protein susu oleh reaksi enzimatik yang dipecah oleh
enzim pencernaan atau oleh proteinase yang dibentuk oleh lactobacilli selama
fermentasi susu. Beberapa peptida susu telah terbukti memiliki efek
antihipertensi pada hewan dan dalam studi klinis
Peptida ribosom Disintesis oleh translasi dari mRNA. Ini berfungsi biasanya dalam organisme
tingkat tinggi, seperti hormone dan molekul sinyal. Beberapa organisme
menghasilkan peptide antibiotik
Peptida non-ribosom peptida ini dirakit oleh enzim yang spesifik untuk masing-masing peptida,
bukan oleh ribosom. Yang paling umum peptida non-ribosom adalah glutathion,
yang merupakan komponen dari pertahanan antioksidan organisme yang
paling aerobik.
Pepton Pepton berasal susu bentuk hewan atau daging yang dicerna oleh pencernaan
proteolitik. Pepton digunakan dalam media nutrisi untuk tumbuh bakteri dan
jamur

19. JENIS DAN FUNGSI PEPTIDA
Hormon Salah satu klasifikasi yang paling umum dari peptide dalam tubuh manusia,
adalah molekul pembawa pesan khusus yang digunakan dalam komunikasi
seluler. Hormon diidentifikasi seperti itu karena mereka dikeluarkan dan
disintesis oleh tim khusus dari sel-sel, disebut kelenjar endokrin. Setelah
sekresi, peptida hormone melakukan perjalanan untuk menargetkan organ
mana mereka beraksi.
Neuropeptida Tersebar luas dalam sisem saraf dan perifer dalam tubuh dan memiliki fungsi
dalam menghambat rangsangan tertentu.
Alkaloid peptida yang umum digunakan dalam pengembangan mekanisme pertahanan
pada jenis jamur, tumbuhan dan hewan kecil seperti kerang. ergotamine,
pandamine dan dynorphin adalah jenis peptida alkaloid
Antibiotik peptida yang menghentikan pertumbuhan mikroorganisme dalam tubuh.
Mereka sering digunakan dalam pengobatan untuk membunuh bakteri
penyebab penyakit.

20. PROTEIN
Protein memiliki fungsi selular penting dalam
tubuh karena berpartisipasi dalam biosintesis
porfirin, purin, pirimidin dan urea. Rantai protein
merupakan jenis polipeptida yang terdiri atas L-
α-asam amino. Polimer asam amino yang
memiliki rantai lebih pendek dinamakan dengan
peptida yang berperan penting sebagai hormon.
Protein merupakan makromolekul yang terdiri
dari 1 (satu) rantai polipeptida dan terkadang
dua atau lebih polipeptida. Protein juga dapat
ditemukan dalam setiap sel dan molekulnya
terdiri dari unsur C, H, N, O, S dan terkadang P, Fe,
Zn dan Co. Berdasarkan jumlah asam amino yang
menyusun polipeptida, peptida merupakan
polipeptida yang tersusun atas kurang dari 50
asam amino sedangkan protein tersusun atas
lebih dari 50 asam amino.
Ada lebih dari 300 jenis asam amino yang dapat
ditemukan di alam, tetapi hanya 20 jenis asam
amino yang menyusun protein. Manusia dan
hewan tingkat tinggi hanya bisa mensintesis 10
dari 20 jenis asam amino tersebut sehingga
membutuhkan tambahan nutrisi yang
mengandung asam amino dari sumber
makanannya. Sel dapat memproduksi protein
dengan susunan dan fungsi yang berbeda
menggunakan kombinasi dari 20 jenis asam
amino. Oleh karena building blocks yang berbeda,
organisme dapat menghasilkan protein dengan
banyak fungsi seperti enzim, hormon, antibodi,
transport, jaringan otot, protein pembentuk lensa
mata, bulu, jaring laba-laba, tanduk badak,
antibiotik, protein susu, bisa ular dan aktivitas
biologi lainnya.

21. KLASIFIKASI PROTEIN
1) Protein sederhana. Jika protein ini dihidrolisis maka hanya akan menghasilkan asam
amino. Komposisi unsur penyusunnya adalah 50% karbon, 7% hidrogen, 23%
oksigen, 16% nitrogen dan 0 – 3% belerang. Contoh protein sederhana Albumin,
Globulin, Histon, Globin, Glutelin, Prolamin, Skleroprotein, Protamin.
2) Protein terkonjugasi. Jika protein ini dihidrolisis maka akan menghasilkan asam
amino dan senyawa organik atau anorganik. Komponen non-asam amino yang
terkonjugasi pada struktur protein dinamakan gugus prostetik. Contoh protein
terkonjugasi adalah nukleoprotein, lipoprotein, fosfoprotein, metaloprotein dan
glikoprotein.
Berdasarkan komponen penyusunnya, protein diklasifikasikan
menjadi dua kategori, yaitu:

22. KLASIFIKASI PROTEIN
Berdasarkan jenis konformasinya, protein dapat
diklasifikasikan menjadi:
a) Protein Fibrous. Protein jenis ini berupa paralel single axis yang tidak
larut dalam air tetapi larut dalam larutan garam. Contohnya adalah
kolagen, α-keratin, rambut, kuku, bulu dan kulit.
b) Protein Globular. Protein ini memiliki bentuk spiral atau globular dan
larut dalam sistem air. Contohnya adalah albumin dan hemoglobin.

23. KLASIFIKASI PROTEIN
Fungsi protein tergantung pada struktur pembentuk protein. Beberapa jenis
protein berdasarkan fungsi biologinya yaitu :
FUNGSI PROTEIN NAMA PROTEIN
Enzim (Biokatalisator) Contohnya adalah heksokinase, sitokrom c dan DNA polimerase
Storage Protein Contohnya adalah ovalbumin, kasein, gliadin dan zein
Protein Transport Contohnya adalah hemoglobin (oksigen) , Albumin (bilirubin, asam lemak,
dll)
Protein Kontraktil Contohnya adalah miosin dan dinein
Protein Protektif Hanya ada pada vertebrata dan contohnya adalah antibodi dan
trombin
Toksin Contohnya adalah bisa ular dan racun pada jamur
Protein Struktur Contohnya adalah kolagen dan α-keratin
Hormon Contohnya adalah insulin dan hormon pertumbuhan

24. KLASIFIKASI PROTEIN
Dikelompokkan dalam 4 tingkatan struktur, yaitu :
Struktur Primer merupakan struktur linear dari residu
asam amino sepanjang rantai polipeptida, yang
melibatkan pembentukan ikatan kovalen berupa ikatan
peptida dan ikatan sulfide dari intra atau antar rantai
polipeptida.
Struktur Sekunder merupakan struktur tiga dimensi
dari rantai peptida dimana terjadi pelipatan dari bagia-
bagian rantai polipeptida membentuk struktur tertentu
yang beraturan seperti α-helik, yang melibatkan
pembentukan ikatan kovalen antar asam amino dan ikatan
disulfide dari sistein juga terdapat ikatan-ikatan hydrogen
dari gugus polar pada residu asam amino.
Struktur Tersier merupakan tiga dimensi dari molekul
protein secara keselurruhan. Dalam pembentukan
struktur tersier disamping pelipatan membentuk
struktur α-helik, maupun lembar β, juga terjadi interaksi-
interaksi non kovalen lain.
Struktur Kwartener merupakan molekul yang kompleks
tidak hanya terdiri dari satu rantai polipeptida, tetapi
mengandung beberapa rantai polipeptida. Jadi pada
struktur ini, rantai polipeptida yang satu dengan yang
lainnya dapat berinteraksi pula satu sama lain baik
berupa interaksi polar, non polar maupun interaksi van
der waals.

25. KLASIFIKASI PROTEIN
Dikelompokkan dalam 4
tingkatan struktur, yaitu
: