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Uploaded byYoshio Honma
3Dプリンタ製分子模型で生命誕生を考える
3Dプリンタ製分子模型で生命誕生を考える（11/24-26，日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2017＠お台場） http://www.ecosci.jp/sccj_sa2017/
3Dプリンタ製分子模型で生命誕生を考える
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- 3. 「ビッグヒストリー」テキスト p.76の『最初の細胞 はどこでどのように誕生したのか？』にはブラック スモーカー。 http://www.ecosci.jp/life/ http://www.ecosci.jp/km/km_ligand.html 長沼 毅「生命の始まりを探して僕は生物学者になっ た」p.73に“硫化鉄が黄鉄鉱になる過程で出てくる化 学エネルギーを使って…” https://www.amazon.co.jp/dp/4309617018 ◆生命誕生と元素；生物と無生物
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- 5. “水と油”で見る20種類のアミノ酸 アミノ酸 特性基 R hydropathy 極性log P 酸性・ 塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点 O I I/O index Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 6.02 Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.98 Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.96 Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 6.00 Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性（疎水性） Aromatic 5.48 Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性（疎水性） Pro & Gly 6.30 Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性（疎水性） Aliphatic 5.74 Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性（中性） Cysteine 5.07 Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性（疎水性） Aromatic 5.89 Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性（中性） Aromatic 5.66 Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性（塩基性） Positive 9.74 Gly G グリシン 0 0 － -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性（疎水性） Pro & Gly 5.97 His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性（塩基性） Positive 7.59 Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性（塩基性） Positive 10.76 Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性（中性） Neutral 6.16 Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.5 12.3 -3.69 酸性 極性（酸性） Negative 3.22 Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.5 10.5 -3.64 中性 極性（中性） Neutral 5.65 Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性 極性（酸性） Negative 2.77 Ser S セリン 20 100 5.000 -0.8 9.2 -3.07 中性 極性（中性） Neutral 5.68 Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.5 11.6 -3.82 中性 極性（中性） Neutral 5.41 http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html
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- 12. ◆生命を支えるエネルギーと元素 http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html ●「見てわかる構造生命科学」（化学同人） フルカラー図版・アニメーション動画 http://www.kagakudojin.co.jp/app endices/c20092/ 生命活動に必要なエネルギーの確保：Mn4CaO5クラスター “歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水（親水性）と油（疎水性） で考える https://www.kagakudojin.co.jp/book/ b325734.html http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/ pr2017/pr20170425/pr20170425.html http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_ release/20170428/ 長沼毅「生命の始まりを探して 僕は 生物学者になった」p.73に“硫化鉄 が黄鉄鉱になる過程で出てくる化学 エネルギーを使って…” https://www.amazon.co.jp/dp /4309617018
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- 14. ◆生命を支えるエネルギーと元素 #カガク #哲学 #生命& 統合学 http://www.ecosci.jp/chem13/ topics16a.html#03 ●池田善昭・福岡伸一，「福岡伸一、西田哲学を読む 生命をめぐる思索の旅 動的平衡と絶対矛盾的自己同 一」，明石書店(2017) http://www.akashi.co.jp/book/b297749.html 動的平衡論 内と外 あいだ 先回り ピュシス https://www.chart.co.jp/goods/item/rika/24713.php http://logmi.jp/231876
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- 18. 画期的分子模型； Oct1/Sox2/DNA複合体 PDB 1GT0 http://www.ecosci.jp/pdb/iPS_1gt0.html DNAを含むデータとして選んだのが，iPS細胞の山中4 因子（Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）関連として， Sox2およびOct4類似のOct1タンパク質がDNAに結 合した構造である。なおOct4は2014年7月に Nature論文が撤回されたSTAP細胞研究でも登場す る。今回の発注ではDNAについてもタンパク同様，シリ コーン樹脂に球棒モデルで石膏構造を内包するよう特 注し，初の試みとして実現していただけた。これにより塩 基対などDNAの2重らせん構造を目の当たりにすること ができた。 ◆脳の発達を戦略としたヒト／人間の誕生 - DNA，iPS，ゲノム編集，Nh， … http://www.ecosci.jp/ CRISPR/ http://blog.miraikan.jst.go.jp/event/ 20160824part-1.html 2017年度ノーベル化学賞 http://www.ecosci.jp/chem13/ topics16b.html#06
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