日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2022（2022/11/05-06，お台場テレコムセンタービル） http://www.ecosci.jp/sccj_sa2022/ 3Dプリンタによる新生体分子模型Kawakami Model http://www.ecosci.jp/m/ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造 http://www.ecosci.jp/AF/

1. 本間善夫（ecosci.jp）
日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2022（2022/11/06）
http://www.ecosci.jp/sccj_sa2022/
http://www.ecosci.jp/AF/
The RCSB PDB Molecule of the Month by David S. Goodsell
https://pdb101.rcsb.org/motm/motm-about
➢ 模型開発：川上 勝 先生（山形大学）
➢ 模型製作・展示紹介：中村昇太（スタジオミダス）
http://studio-midas.com/
➢ 展示模型発案：本間善夫（ecosci.jp）

2. ◆画期的3Dプリンタ模型，川上モデル “触る”科学の魅力
●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/
biophys/55/2/55_104/_pdf
●川上モデル製作：スタジオミダス
http://studio-midas.com/bunshi/
http://www.tkd-pbl.com/book/b146076.html
㊙スタジオミダス提供の
分子模型製作中の写真
http://www.ecosci.jp/m/

3. http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造
ヘモグロビンを例に
RCSB PDB
http://www.pdb.org/pdb/
http://www.youtube.com/
watch?v=qBRFIMcxZNM

4. アミノ酸
特性基 R
酸性・塩基性 極性・非極性 等電点
O I I/O
Ile I イソロイシン 80 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.02
Leu L ロイシン 70 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.98
Val V バリン 50 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.96
Ala A アラニン 20 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.00
Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 中性 非極性（疎水性） 5.48
Pro P プロリン 60 10 0.167 中性 非極性（疎水性） 6.30
Met M メチオニン 100 20 0.200 中性 非極性（疎水性） 5.74
Cys C システイン 60 20 0.333 中性 極性（中性） 5.07
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 中性 非極性（疎水性） 5.89
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 中性 極性（中性） 5.66
Lys K リシン 80 70 0.875 塩基性 極性（塩基性） 9.74
Gly G グリシン 0 0 － 中性 非極性（疎水性） 5.97
His H ヒスチジン 80 152 1.900 塩基性 極性（塩基性） 7.59
Arg R アルギニン 80 190 2.375 塩基性 極性（塩基性） 10.76
Thr T トレオニン 40 100 2.500 中性 極性（中性） 6.16
Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 酸性 極性（酸性） 3.22
Gln Q グルタミン 60 200 3.333 中性 極性（中性） 5.65
Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 酸性 極性（酸性） 2.77
Ser S セリン 20 100 5.000 中性 極性（中性） 5.68
Asn N アスパラギン 40 200 5.000 中性 極性（中性） 5.41
◆水に溶ける? 溶けない?
“水と油”で見る20種類のアミノ酸；展示3Dプリンタ模型
（“鍵と鍵穴”模型も）のアミノ酸着色

5. ◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部
Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム
http://www.pharm.kumamoto-u.ac.jp/museum/exhibition/panel/panel4.html
http://www.sankyoshuppan.co.jp/
detail.php?id=310
http://www.ecosci.jp/ocd/

6. ◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部
◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の
無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。

7. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/env/
POPs_WWF_new20.html
“元素・分子が登場する本を読もう！”
ビスフェノールA
PFAS汚染問題
http://www.ecosci.jp/PFAS/
JmolトピックNo.1091
http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01
GIGAZINE，2022/08/10
https://gigazine.net/news/20220810
-rainwater-drink/

8. ◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS
http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/env/
POPs_WWF_new20.html
PFAS汚染問題
http://www.ecosci.jp/PFAS/
JmolトピックNo.1091
http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01
GIGAZINE，2022/08/10
https://gigazine.net/news/20220810
-rainwater-drink/
毎日新聞，2022/10/16
https://mainichi.jp/articles/20221016/
rky/00m/040/006000c

9. http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html
http://www.ecosci.jp/ocd/
“鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト
https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-
bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html
◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル
生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA
http://www.ecosci.jp/ocd/
●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/
biophys/55/2/55_104/_pdf
●川上モデル製作：スタジオミダス
http://studio-midas.com/bunshi/

10. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
https://www.nature.com/articles/
s41586-021-03819-2
http://www.tkd-
pbl.com/book/b591384.html
https://www.itmedia.
co.jp/news/articles/2
107/20/news136.html
http://www.ecosci.jp/AF/
にリンク情報多数!!
https://www.asahi.com/articles/
ASQ7F46VDQ7CPLBJ002.html
https://www.itmedia.co.jp/news/
articles/2207/29/news206.html

11. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
“PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造”
https://www.ebi.ac.uk/thornton-
srv/databases/cgi-
bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html
https://horomary.hatenablog.
com/entry/2021/10/01/194825
…網羅的情報掲載
https://alphafold.ebi.ac.uk/
http://www.ecosci.jp/AF/

12. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
“PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造”
http://www.ecosci.jp/AF/
https://www.youtube.com/watch?v=
np7ZZ852ezQ
…サイエンスアゴラ2021出展動画（ロング版）

13. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
“PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造”
http://www.ecosci.jp/p450/
『P450ファミリーの独特の形状は
“おにぎり”や“プリズム”に例えられま
す』
http://www.ecosci.jp/AF/
AlphaFold 構 造 と
PDB 2V0MのPyMOL
による重ね合わせ
AlphaFold構造にはリガンドが含ま
れないが重ね合わせデータからPDB
2V0Mのものを残すことが可能

14. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
PDB 2V0M_1|Chains A
ATOM 1 N HIS A 30 35.335 2.749 40.934
ATOM 2 CA HIS A 30 34.963 1.447 41.576
ATOM 3 C HIS A 30 36.161 0.541 41.885
ATOM 4 O HIS A 30 36.002 -0.563 42.420
ATOM 5 CB HIS A 30 33.930 0.694 40.731
ATOM 6 CG HIS A 30 32.543 1.242 40.852
ATOM 7 ND1 HIS A 30 31.562 1.001 39.914
ATOM 8 CD2 HIS A 30 31.974 2.027 41.798
ATOM 9 CE1 HIS A 30 30.447 1.608 40.281
ATOM 10 NE2 HIS A 30 30.670 2.239 41.420
ATOM 11 N GLY A 31 37.359 1.010 41.565
ATOM 12 CA GLY A 31 38.552 0.212 41.783
ATOM 13 C GLY A 31 39.113 0.316 43.183
ATOM 14 O GLY A 31 40.080 -0.364 43.512
ATOM 15 N LEU A 32 38.498 1.154 44.010
ATOM 16 CA LEU A 32 39.091 1.541 45.284
ATOM 17 C LEU A 32 39.327 0.378 46.224
ATOM 18 O LEU A 32 40.465 0.132 46.621
ATOM 19 CB LEU A 32 38.268 2.628 45.980
ATOM 20 CG LEU A 32 38.988 3.340 47.125
ATOM 21 CD1 LEU A 32 39.905 4.422 46.578
ATOM 22 CD2 LEU A 32 37.994 3.921 48.114
ATOM 23 N PHE A 33 38.272 -0.348 46.573
ATOM 24 CA PHE A 33 38.428 -1.444 47.523
ATOM 25 C PHE A 33 39.364 -2.547 47.035
ATOM 26 O PHE A 33 40.119 -3.111 47.832
ATOM 27 CB PHE A 33 37.077 -1.977 47.989
ATOM 28 CG PHE A 33 36.330 -1.008 48.855
ATOM 29 CD1 PHE A 33 36.904 -0.527 50.033
ATOM 30 CD2 PHE A 33 35.066 -0.560 48.493
ATOM 31 CE1 PHE A 33 36.230 0.374 50.840
ATOM 32 CE2 PHE A 33 34.381 0.346 49.291
ATOM 33 CZ PHE A 33 34.966 0.815 50.469
ATOM 34 N LYS A 34 39.324 -2.836 45.734
ATOM 35 CA LYS A 34 40.284 -3.751 45.109
ATOM 36 C LYS A 34 41.702 -3.273 45.409
ATOM 37 O LYS A 34 42.484 -3.968 46.061
ATOM 38 CB LYS A 34 40.077 -3.821 43.589
ATOM 39 CG LYS A 34 38.959 -4.749 43.108
ATOM 40 CD LYS A 34 39.188 -5.178 41.639
ATOM 41 CE LYS A 34 40.294 -6.259 41.522
ATOM 42 NZ LYS A 34 40.955 -6.342 40.176
UniProt accession P08684 …人工知能による
ATOM 229 CA HIS A 30 14.027 7.749 -26.708
ATOM 230 C HIS A 30 13.744 6.789 -27.875
ATOM 231 CB HIS A 30 13.611 9.186 -27.045
ATOM 232 O HIS A 30 12.589 6.527 -28.204
ATOM 233 CG HIS A 30 13.447 10.106 -25.855
ATOM 234 CD2 HIS A 30 13.562 9.784 -24.531
ATOM 235 ND1 HIS A 30 13.151 11.464 -25.958
ATOM 236 CE1 HIS A 30 13.105 11.927 -24.699
ATOM 237 NE2 HIS A 30 13.334 10.940 -23.821
ATOM 238 N GLY A 31 14.786 6.222 -28.487
ATOM 239 CA GLY A 31 14.670 5.187 -29.520
ATOM 240 C GLY A 31 14.562 3.749 -28.995
ATOM 241 O GLY A 31 14.307 2.843 -29.791
ATOM 242 N LEU A 32 14.762 3.514 -27.690
ATOM 243 CA LEU A 32 14.869 2.166 -27.112
ATOM 244 C LEU A 32 13.656 1.270 -27.406
ATOM 245 CB LEU A 32 15.140 2.257 -25.595
ATOM 246 O LEU A 32 13.822 0.199 -27.986
ATOM 247 CG LEU A 32 15.331 0.890 -24.911
ATOM 248 CD1 LEU A 32 16.577 0.186 -25.452
ATOM 249 CD2 LEU A 32 15.463 1.095 -23.404
ATOM 250 N PHE A 33 12.440 1.692 -27.048
ATOM 251 CA PHE A 33 11.254 0.843 -27.220
ATOM 252 C PHE A 33 10.907 0.616 -28.691
ATOM 253 CB PHE A 33 10.069 1.425 -26.445
ATOM 254 O PHE A 33 10.536 -0.493 -29.064
ATOM 255 CG PHE A 33 10.306 1.449 -24.952
ATOM 256 CD1 PHE A 33 10.539 0.252 -24.250
ATOM 257 CD2 PHE A 33 10.308 2.670 -24.261
ATOM 258 CE1 PHE A 33 10.791 0.280 -22.868
ATOM 259 CE2 PHE A 33 10.585 2.702 -22.886
ATOM 260 CZ PHE A 33 10.818 1.507 -22.186
ATOM 261 N LYS A 34 11.153 1.615 -29.551
ATOM 262 CA LYS A 34 11.024 1.461 -31.006
ATOM 263 C LYS A 34 11.970 0.379 -31.539
ATOM 264 CB LYS A 34 11.250 2.817 -31.692
ATOM 265 O LYS A 34 11.546 -0.442 -32.345
ATOM 266 CG LYS A 34 10.971 2.743 -33.202
ATOM 267 CD LYS A 34 11.222 4.093 -33.882
ATOM 268 CE LYS A 34 10.984 3.961 -35.391
ATOM 269 NZ LYS A 34 11.285 5.226 -36.108
PDB形式による原子座標表記例（P450 3A4，アミノ酸残基30~34のみ）

15. ◆AlphaFold/AlphaFold2の衝撃
FASTA形式によるアミノ酸配列の表記例（P450 3A4）
PDB 2V0M_1|Chains A [23-507]
MAYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS
VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ
DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI
IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA
LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV
SGAHHHH
UniProt accession P08684 [1-503]
MALIPDLAMETWLLLAVSLVLLYLYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS
VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ
DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI
IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA
LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV
SGA

16. ◆目に見えない分子に関心を持ってもらうには?
─サイエンスアゴラへの出展（第1回2006年～2022年まで皆勤）
日本コンピュータ化学会 科学コミュニケーション室（分室）
http://www.ecosci.jp/sccj_sc/
※2006～2010年は個人または有志で出展，2011年から
学会メンバーとして参加
https://yamlab.net/news-220723
今年は新メンバーとして千葉工業大学の山本典史
先生がブース展示参加。
https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/
11/5-6にテレコムセンタービルでお待ちしています！
“科学”・“分子”・“計算科学”へのスイッチを入れてもらう機会に。